src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.BorderLayout;
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.awt.Component;
  23 import java.awt.Dimension;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.GridLayout;
  26 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  27 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  28 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  29 import java.awt.dnd.DropTarget;
  30 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  31 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.awt.event.ComponentEvent;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.awt.event.MouseListener;
  39 import java.io.File;
  40 import java.text.DateFormat;
  41 import java.util.ArrayList;
  42 import java.util.Collection;
  43 import java.util.Date;
  44 import java.util.List;
  45
  46 import javax.swing.DefaultListModel;
  47 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  48 import javax.swing.Icon;
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JFrame;
  51 import javax.swing.JLabel;
  52 import javax.swing.JList;
  53 import javax.swing.JOptionPane;
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.JScrollPane;
  56 import javax.swing.JSplitPane;
  57 import javax.swing.JTextField;
  58 import javax.swing.ListModel;
  59 import javax.swing.ListSelectionModel;
  60 import javax.swing.UIManager;
  61 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  62 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  63 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  64
  65 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  66 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  69 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  70 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  71 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  74 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  75 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  76
  77 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  78         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  79         MouseListener
  80 {
  81
  82   /**
  83          *
  84          */
  85   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  86
  87   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  88
  89   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  90
  91   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  92
  93   public VARNAPanel vp;
  94
  95   protected JPanel _tools = new JPanel();
  96
  97   private JPanel _input = new JPanel();
  98
  99   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
 100
 101   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 102
 103   private JLabel _info = new JLabel();
 104
 105   private JTextField _str = new JTextField();
 106
 107   private JTextField _seq = new JTextField();
 108
 109   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 110
 111   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 112
 113   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 114
 115   private JButton _updateButton = new JButton("Update");
 116
 117   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 118
 119   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 120
 121   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 122
 123   private ReorderableJList _sideList = null;
 124
 125   private static String errorOpt = "error";
 126
 127   @SuppressWarnings("unused")
 128   private boolean _error;
 129
 130   private Color _backgroundColor = Color.white;
 131
 132   private static int _nextID = 1;
 133
 134   @SuppressWarnings("unused")
 135   private int _algoCode;
 136
 137   private BackupHolder _rnaList;
 138
 139   /*
 140    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 141    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 142    *
 143    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 144    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 145    */
 146
 147   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 148   {
 149     // super("VARNA in Jalview");
 150     initVarna(seq, struc);
 151     System.out.println("here(1)");
 152   }
 153
 154   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 155   {
 156          System.out.println("here(2)");
 157     // super("VARNA in Jalview");
 158     initVarnaEdit(rnaList);
 159   }
 160
 161   private void initVarna(String seq, String str)
 162   {
 163           System.out.println("initialisation VARNA (appvarnabinding");
 164     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 165
 166     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 167     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 168     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 169
 170     _sideList = new ReorderableJList();
 171     _sideList.setModel(dlm);
 172     _sideList.addMouseListener(this);
 173     _sideList.setSelectionModel(m);
 174     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 175     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 176     {
 177       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 178       {
 179         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 180         {
 181           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 182           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 183                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 184           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 185           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 186           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 187         }
 188       }
 189     });
 190
 191     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 192     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 193
 194     try
 195     {
 196     System.out.println("here");
 197       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 198       _RNA1.setRNA(seq, str);
 199       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 200     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 201     {
 202       vp.errorDialog(e);
 203     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 204     {
 205       e2.printStackTrace();
 206     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 207     {
 208       e3.printStackTrace();
 209     }
 210     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 211     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 212
 213     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 214     vp.setBackground(_backgroundColor);
 215
 216     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 217     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 218
 219     // setVisible(true);
 220     vp.addVARNAListener(this);
 221   }
 222
 223   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 224   {
 225          System.out.println("initialisation VARNA(2) (appvarnabinding");
 226     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 227
 228     int marginTools = 40;
 229
 230     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 231     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 232     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 233
 234     _sideList = new ReorderableJList();
 235     _sideList.setModel(dlm);
 236     _sideList.addMouseListener(this);
 237     _sideList.setSelectionModel(m);
 238     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 239     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 240     {
 241       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 242       {
 243         // System.out.println(arg0);
 244         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 245         {
 246           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 247           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 248                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 249           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 250           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 251           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 252         }
 253       }
 254     });
 255     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 256
 257     try
 258     {
 259         System.out.println("here(plop)");
 260       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 261       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 262       {
 263         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 264         System.out.println(i);
 265       }
 266     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 267     {
 268       vp.errorDialog(e);
 269     }
 270     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 271     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 272     {
 273       if (i < rnaInList.size() - 1)
 274       {
 275         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 276                 .get(i).getName());
 277       }
 278       else
 279       {
 280         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 281                 .get(i).getName(), true);
 282       }
 283     }
 284
 285     /*
 286      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 287      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 288      */
 289
 290     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 291     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 292
 293     vp.setBackground(_backgroundColor);
 294
 295     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 296
 297     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 298     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 299     _seq.setFont(textFieldsFont);
 300     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 301
 302     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 303     {
 304       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 305       {
 306         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 307         sel.rna.setSequence("A");
 308       }
 309     });
 310
 311     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 312     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 313     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 314
 315     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 316     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 317     _str.setFont(textFieldsFont);
 318     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 319     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 320     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 321
 322     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 323     // _input.add(_seqPanel);
 324     _input.add(_strPanel);
 325
 326     JPanel goPanel = new JPanel();
 327     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 328
 329     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 330     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 331     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 332     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 333
 334     /*
 335      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 336      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 337      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 338      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 339      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 340      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 341      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 342      * Date()),true); }});
 343      */
 344     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 345
 346     JPanel ops = new JPanel();
 347     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 348     ops.add(_deleteButton);
 349     ops.add(_duplicateButton);
 350
 351     JLabel j = new JLabel("Structures Manager", JLabel.CENTER);
 352     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 353
 354     //_listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 355     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 356     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 357
 358     // JSplitPane split = new
 359     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 360     /**
 361      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 362      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 363      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 364      */
 365
 366     // TODO setVisible(true);
 367     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 368
 369     vp.addVARNAListener(this);
 370   }
 371
 372   public JPanel getTools()
 373   {
 374     return _tools;
 375   }
 376
 377   public JPanel getListPanel()
 378   {
 379     return _listPanel;
 380   }
 381
 382   /**
 383    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 384    *
 385    * @return Currently selected RNA
 386    */
 387   public RNA getSelectedRNA()
 388   {
 389     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 394    *
 395    * @param rnaEdit
 396    */
 397   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 398   {
 399     vp.repaint();
 400     vp.showRNA(rnaEdit);
 401   }
 402
 403   /*
 404    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 405    * DefaultListModel();
 406    *
 407    *
 408    * int marginTools = 40;
 409    *
 410    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 411    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 412    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 413    *
 414    *
 415    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 416    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 417    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 418    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 419    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 420    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 421    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 422    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 423    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 424    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 425    * });
 426    *
 427    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 428    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 429    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 430    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 431    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 432    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 433    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 434    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 435    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 436    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 437    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 438    *
 439    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 440    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 441    *
 442    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 443    *
 444    *
 445    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 446    *
 447    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 448    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 449    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 450    *
 451    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 452    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 453    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 454    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 455    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 456    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 457    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 458    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 459    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 460    *
 461    *
 462    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 463    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 464    *
 465    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 466    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 467    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 468    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 469    * BorderLayout.CENTER);
 470    *
 471    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 472    * _input.add(_strPanel);
 473    *
 474    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 475    *
 476    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 477    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 478    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 479    *
 480    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 481    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 482    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 483    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 484    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 485    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 486    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 487    * Date()),true); }});
 488    *
 489    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 490    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 491    *
 492    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 493    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 494    *
 495    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 496    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 497    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 498    *
 499    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 500    *
 501    * JSplitPane split = new
 502    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 503    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 504    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 505    *
 506    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 507    *
 508    * vp.addVARNAListener(this); }
 509    */
 510   public static String generateDefaultName()
 511   {
 512     return "User file #" + _nextID++;
 513   }
 514
 515   public RNA getRNA()
 516   {
 517     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 518   }
 519
 520   public String[][] getParameterInfo()
 521   {
 522     String[][] info =
 523     {
 524         // Parameter Name Kind of Value Description,
 525         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 526         { "structureDBN", "String",
 527             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 528         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 529     return info;
 530   }
 531
 532   public void init()
 533   {
 534     vp.setBackground(_backgroundColor);
 535     _error = true;
 536   }
 537
 538   @SuppressWarnings("unused")
 539   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 540   {
 541     Color result;
 542     try
 543     {
 544       result = Color.decode(col);
 545     } catch (Exception e)
 546     {
 547       try
 548       {
 549         result = Color.getColor(col, def);
 550       } catch (Exception e2)
 551       {
 552         return def;
 553       }
 554     }
 555     return result;
 556   }
 557
 558   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 559   {
 560     return vp;
 561   }
 562
 563   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 564   {
 565     vp = surface;
 566   }
 567
 568   public String get_seq()
 569   {
 570     return _seq.getText();
 571   }
 572
 573   public void set_seq(String _seq)
 574   {
 575     this._seq.setText(_seq);
 576   }
 577
 578   public String get_str()
 579   {
 580     return _str.getText();
 581   }
 582
 583   public void set_str(String _str)
 584   {
 585     this._str.setText(_str);
 586   }
 587
 588   public JLabel get_info()
 589   {
 590     return _info;
 591   }
 592
 593   public void set_info(JLabel _info)
 594   {
 595     this._info = _info;
 596   }
 597
 598   /*
 599    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 600    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 601    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 602    */
 603
 604   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 605   {
 606     // TODO Auto-generated method stub
 607
 608   }
 609
 610   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 611   {
 612     // TODO Auto-generated method stub
 613
 614   }
 615
 616   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 617   {
 618     // TODO Auto-generated method stub
 619
 620   }
 621
 622   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 623   {
 624     try
 625     {
 626       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 627       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 628       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 629       {
 630         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 631         {
 632           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 633           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 634           if (ob instanceof List)
 635           {
 636             List list = (List) ob;
 637             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 638             {
 639               Object o = list.get(j);
 640
 641               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 642               {
 643                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 644                 Component c = dt.getComponent();
 645                 if (c instanceof VARNAPanel)
 646                 {
 647                   String path = o.toString();
 648                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 649                   try
 650                   {
 651                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 652                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 653                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 654                   {
 655                     int mn=1;
 656                     Collection<RNA> mdls=fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory.loadSecStr(path);
 657                     for (RNA r:mdls)
 658                     {
 659                     r.drawRNA(vp.getConfig());
 660                     String name = r.getName();
 661                     if (name.equals(""))
 662                     {
 663                       name = path.substring(path
 664                               .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 665                     }
 666                     if (mdls.size()>1)
 667                     {
 668                       name += " (Model "+mn+++")";
 669                     }
 670                     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 671                     }
 672                   }
 673                 }
 674               }
 675             }
 676           }
 677           // If we made it this far, everything worked.
 678           dtde.dropComplete(true);
 679           return;
 680         }
 681       }
 682       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 683       dtde.rejectDrop();
 684     } catch (Exception e)
 685     {
 686       e.printStackTrace();
 687       dtde.rejectDrop();
 688     }
 689
 690   }
 691
 692   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 693   {
 694   }
 695
 696   private class BackupHolder
 697   {
 698     private DefaultListModel _rnaList;
 699
 700     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 701
 702     JList _l;
 703
 704     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 705     {
 706       _rnaList = rnaList;
 707       _l = l;
 708     }
 709
 710     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 711     {
 712       add(c, r, r.getName(), false);
 713     }
 714
 715     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 716     {
 717       add(c, r, r.getName(), select);
 718     }
 719
 720     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 721     {
 722       add(c, r, name, false);
 723     }
 724
 725     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 726     {
 727       if (select)
 728       {
 729         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 730       }
 731       if (name.equals(""))
 732       {
 733         name = generateDefaultName();
 734       }
 735       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 736       _rnas.add(0, r);
 737       _rnaList.add(0, bck);
 738       if (select)
 739       {
 740         _l.setSelectedIndex(0);
 741       }
 742     }
 743
 744     public void remove(int i)
 745     {
 746       _rnas.remove(i);
 747       _rnaList.remove(i);
 748
 749     }
 750
 751     public DefaultListModel getModel()
 752     {
 753       return _rnaList;
 754     }
 755
 756     public boolean contains(RNA r)
 757     {
 758       return _rnas.contains(r);
 759     }
 760
 761     /*
 762      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 763      */
 764     public FullBackup getElementAt(int i)
 765     {
 766       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 767     }
 768
 769     public void removeSelected()
 770     {
 771       int i = _l.getSelectedIndex();
 772       if (i != -1)
 773       {
 774         if (_rnaList.getSize() == 1)
 775         {
 776           RNA r = new RNA();
 777           try
 778           {
 779             r.setRNA(" ", ".");
 780           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 781           {
 782           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 783           {
 784           }
 785           vp.showRNA(r);
 786           vp.repaint();
 787         }
 788         else
 789         {
 790           int newi = i + 1;
 791           if (newi == _rnaList.getSize())
 792           {
 793             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 794           }
 795           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 796           _l.setSelectedValue(bck, true);
 797         }
 798         _rnaList.remove(i);
 799       }
 800
 801     }
 802   }
 803
 804   public void onLayoutChanged()
 805   {
 806     // TODO Auto-generated method stub
 807
 808   }
 809
 810   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 811   {
 812     _rnaList.add(v, r, "", true);
 813   }
 814
 815   public void onWarningEmitted(String s)
 816   {
 817     // TODO Auto-generated method stub
 818
 819   }
 820
 821   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 822   {
 823     if (e.getClickCount() == 2)
 824     {
 825       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 826       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 827       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 828       ;
 829       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 830       /*
 831        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 832        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 833        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 834        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 835        * this._sideList.repaint(); }
 836        */
 837     }
 838   }
 839
 840   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 841   {
 842     // TODO Auto-generated method stub
 843
 844   }
 845
 846   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 847   {
 848     // TODO Auto-generated method stub
 849
 850   }
 851
 852   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 853   {
 854     // TODO Auto-generated method stub
 855
 856   }
 857
 858   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 859   {
 860     // TODO Auto-generated method stub
 861
 862   }
 863
 864   @Override
 865   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 866           String pdbId)
 867   {
 868     // TODO Auto-generated method stub
 869     return null;
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public String[] getPdbFile()
 874   {
 875     // TODO Auto-generated method stub
 876     return null;
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 881           String pdbId)
 882   {
 883     // TODO Auto-generated method stub
 884
 885   }
 886
 887   @Override
 888   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 889   {
 890     // TODO Auto-generated method stub
 891
 892   }
 893
 894   @Override
 895   public void releaseReferences(Object svl)
 896   {
 897     // TODO Auto-generated method stub
 898
 899   }
 900
 901   @Override
 902   public void updateColours(Object source)
 903   {
 904     // TODO Auto-generated method stub
 905
 906   }
 907
 908   @Override
 909   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 910   {
 911     // TODO Auto-generated method stub
 912
 913   }
 914
 915   @Override
 916   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 917   {
 918     // TODO Auto-generated method stub
 919
 920   }
 921
 922   @Override
 923   public void componentResized(ComponentEvent e)
 924   {
 925     // TODO Auto-generated method stub
 926
 927   }
 928
 929   @Override
 930   public void componentShown(ComponentEvent e)
 931   {
 932     // TODO Auto-generated method stub
 933
 934   }
 935
 936   @Override
 937   public void onStructureRedrawn()
 938   {
 939     // TODO Auto-generated method stub
 940
 941   }
 942 }
 943
 944 /*
 945  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 946  * JTextField("ATGC");
 947  *
 948  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 949  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 950  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 951  */