src/jalview/gui/Console.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29 import java.awt.Toolkit;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.awt.event.WindowAdapter;
  33 import java.awt.event.WindowEvent;
  34 import java.awt.event.WindowListener;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.PipedInputStream;
  37 import java.io.PipedOutputStream;
  38 import java.io.PrintStream;
  39
  40 import javax.swing.JButton;
  41 import javax.swing.JFrame;
  42 import javax.swing.JScrollPane;
  43 import javax.swing.JTextArea;
  44
  45 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  46
  47 /**
  48  * Simple Jalview Java Console. Version 1 - allows viewing of console output
  49  * after desktop is created. Acquired with thanks from RJHM's site
  50  * http://www.comweb.nl/java/Console/Console.html A simple Java Console for your
  51  * application (Swing version) Requires Java 1.1.5 or higher Disclaimer the use
  52  * of this source is at your own risk. Permision to use and distribute into your
  53  * own applications RJHM van den Bergh , rvdb@comweb.nl
  54  */
  55
  56 public class Console extends WindowAdapter implements WindowListener,
  57         ActionListener, Runnable
  58 {
  59   private JFrame frame;
  60
  61   private JTextArea textArea;
  62
  63   /*
  64    * unused - tally and limit for lines in console window int lines = 0;
  65    *
  66    * int lim = 1000;
  67    */
  68   int byteslim = 102400, bytescut = 76800; // 100k and 75k cut point.
  69
  70   private Thread reader, reader2, textAppender;
  71
  72   private boolean quit;
  73
  74   private final PrintStream stdout = System.out, stderr = System.err;
  75
  76   private PipedInputStream pin = new PipedInputStream();
  77
  78   private PipedInputStream pin2 = new PipedInputStream();
  79
  80   private StringBuffer displayPipe = new StringBuffer();
  81
  82   Thread errorThrower; // just for testing (Throws an Exception at this Console
  83
  84   // are we attached to some parent Desktop
  85   Desktop parent = null;
  86
  87   public Console()
  88   {
  89     // create all components and add them
  90     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  91     frame = initFrame("Java Console", screenSize.width / 2,
  92             screenSize.height / 2, -1, -1);
  93     initConsole(true);
  94   }
  95
  96   private void initConsole(boolean visible)
  97   {
  98     initConsole(visible, true);
  99   }
 100
 101   /**
 102    *
 103    * @param visible
 104    *          - open the window
 105    * @param redirect
 106    *          - redirect std*
 107    */
 108   private void initConsole(boolean visible, boolean redirect)
 109   {
 110     // CutAndPasteTransfer cpt = new CutAndPasteTransfer();
 111     // textArea = cpt.getTextArea();
 112     textArea = new JTextArea();
 113     textArea.setEditable(false);
 114     JButton button = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 115
 116     // frame = cpt;
 117     frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 118     frame.getContentPane().add(new JScrollPane(textArea),
 119             BorderLayout.CENTER);
 120     frame.getContentPane().add(button, BorderLayout.SOUTH);
 121     frame.setVisible(visible);
 122     updateConsole = visible;
 123     frame.addWindowListener(this);
 124     button.addActionListener(this);
 125     if (redirect)
 126     {
 127       redirectStreams();
 128     }
 129     else
 130     {
 131       unredirectStreams();
 132     }
 133     quit = false; // signals the Threads that they should exit
 134
 135     // Starting two seperate threads to read from the PipedInputStreams
 136     //
 137     reader = new Thread(this);
 138     reader.setDaemon(true);
 139     reader.start();
 140     //
 141     reader2 = new Thread(this);
 142     reader2.setDaemon(true);
 143     reader2.start();
 144     // and a thread to append text to the textarea
 145     textAppender = new Thread(this);
 146     textAppender.setDaemon(true);
 147     textAppender.start();
 148   }
 149
 150   PipedOutputStream pout = null, perr = null;
 151
 152   public void redirectStreams()
 153   {
 154     if (pout == null)
 155     {
 156       try
 157       {
 158         pout = new PipedOutputStream(this.pin);
 159         System.setOut(new PrintStream(pout, true));
 160       } catch (java.io.IOException io)
 161       {
 162         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 163                 + io.getMessage());
 164         io.printStackTrace(stderr);
 165       } catch (SecurityException se)
 166       {
 167         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 168                 + se.getMessage());
 169         se.printStackTrace(stderr);
 170       }
 171
 172       try
 173       {
 174         perr = new PipedOutputStream(this.pin2);
 175         System.setErr(new PrintStream(perr, true));
 176       } catch (java.io.IOException io)
 177       {
 178         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 179                 + io.getMessage());
 180         io.printStackTrace(stderr);
 181       } catch (SecurityException se)
 182       {
 183         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 184                 + se.getMessage());
 185         se.printStackTrace(stderr);
 186       }
 187     }
 188   }
 189
 190   public void unredirectStreams()
 191   {
 192     if (pout != null)
 193     {
 194       try
 195       {
 196         System.setOut(stdout);
 197         pout.flush();
 198         pout.close();
 199         pin = new PipedInputStream();
 200         pout = null;
 201       } catch (java.io.IOException io)
 202       {
 203         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 204                 + io.getMessage());
 205         io.printStackTrace(stderr);
 206       } catch (SecurityException se)
 207       {
 208         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 209                 + se.getMessage());
 210         se.printStackTrace(stderr);
 211       }
 212
 213       try
 214       {
 215         System.setErr(stderr);
 216         perr.flush();
 217         perr.close();
 218         pin2 = new PipedInputStream();
 219         perr = null;
 220       } catch (java.io.IOException io)
 221       {
 222         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 223                 + io.getMessage());
 224         io.printStackTrace(stderr);
 225       } catch (SecurityException se)
 226       {
 227         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 228                 + se.getMessage());
 229         se.printStackTrace(stderr);
 230       }
 231     }
 232   }
 233
 234   public void test()
 235   {
 236     // testing part
 237     // you may omit this part for your application
 238     //
 239
 240     System.out.println("Hello World 2");
 241     System.out.println("All fonts available to Graphic2D:\n");
 242     GraphicsEnvironment ge = GraphicsEnvironment
 243             .getLocalGraphicsEnvironment();
 244     String[] fontNames = ge.getAvailableFontFamilyNames();
 245     for (int n = 0; n < fontNames.length; n++)
 246       System.out.println(fontNames[n]);
 247     // Testing part: simple an error thrown anywhere in this JVM will be printed
 248     // on the Console
 249     // We do it with a seperate Thread becasue we don't wan't to break a Thread
 250     // used by the Console.
 251     System.out.println("\nLets throw an error on this console");
 252     errorThrower = new Thread(this);
 253     errorThrower.setDaemon(true);
 254     errorThrower.start();
 255   }
 256
 257   private JFrame initFrame(String string, int i, int j, int x, int y)
 258   {
 259     JFrame frame = new JFrame(string);
 260     frame.setName(string);
 261     if (x == -1)
 262       x = (int) (i / 2);
 263     if (y == -1)
 264       y = (int) (j / 2);
 265     frame.setBounds(x, y, i, j);
 266     return frame;
 267   }
 268
 269   /**
 270    * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
 271    *
 272    * @param desktop
 273    */
 274   public Console(Desktop desktop)
 275   {
 276     this(desktop, true);
 277   }
 278
 279   /**
 280    * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
 281    *
 282    * @param desktop
 283    * @param showjconsole
 284    *          - if true, then redirect stdout immediately
 285    */
 286   public Console(Desktop desktop, boolean showjconsole)
 287   {
 288     parent = desktop;
 289     // window name - get x,y,width, height possibly scaled
 290     Rectangle bounds = desktop.getLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_");
 291     if (bounds == null)
 292     {
 293       frame = initFrame("Jalview Java Console", desktop.getWidth() / 2,
 294               desktop.getHeight() / 4, desktop.getX(), desktop.getY());
 295     }
 296     else
 297     {
 298       frame = initFrame("Jalview Java Console", bounds.width,
 299               bounds.height, bounds.x, bounds.y);
 300     }
 301     // desktop.add(frame);
 302     initConsole(false);
 303     JalviewAppender jappender = new JalviewAppender();
 304     jappender.setLayout(new SimpleLayout());
 305     JalviewAppender.setTextArea(textArea);
 306     org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(jappender);
 307   }
 308
 309   public synchronized void stopConsole()
 310   {
 311     quit = true;
 312     this.notifyAll();
 313     /*
 314      * reader.notify(); reader2.notify(); if (errorThrower!=null)
 315      * errorThrower.notify(); // stop all threads if (textAppender!=null)
 316      * textAppender.notify();
 317      */
 318     if (pout != null)
 319     {
 320       try
 321       {
 322         reader.join(10);
 323         pin.close();
 324       } catch (Exception e)
 325       {
 326       }
 327       try
 328       {
 329         reader2.join(10);
 330         pin2.close();
 331       } catch (Exception e)
 332       {
 333       }
 334       try
 335       {
 336         textAppender.join(10);
 337       } catch (Exception e)
 338       {
 339       }
 340     }
 341     if (!frame.isVisible())
 342     {
 343       frame.dispose();
 344     }
 345     // System.exit(0);
 346   }
 347
 348   public synchronized void windowClosed(WindowEvent evt)
 349   {
 350     frame.setVisible(false);
 351     closeConsoleGui();
 352   }
 353
 354   private void closeConsoleGui()
 355   {
 356     updateConsole = false;
 357     if (parent == null)
 358     {
 359
 360       stopConsole();
 361     }
 362     else
 363     {
 364       parent.showConsole(false);
 365     }
 366   }
 367
 368   public synchronized void windowClosing(WindowEvent evt)
 369   {
 370     frame.setVisible(false); // default behaviour of JFrame
 371     closeConsoleGui();
 372
 373     // frame.dispose();
 374   }
 375
 376   public synchronized void actionPerformed(ActionEvent evt)
 377   {
 378     trimBuffer(true);
 379     // textArea.setText("");
 380   }
 381
 382   public synchronized void run()
 383   {
 384     try
 385     {
 386       while (Thread.currentThread() == reader)
 387       {
 388         if (pin == null || pin.available() == 0)
 389         {
 390           try
 391           {
 392             this.wait(100);
 393             if (pin.available() == 0)
 394             {
 395               trimBuffer(false);
 396             }
 397           } catch (InterruptedException ie)
 398           {
 399           }
 400         }
 401
 402         while (pin.available() != 0)
 403         {
 404           String input = this.readLine(pin);
 405           stdout.print(input);
 406           long time = System.nanoTime();
 407           appendToTextArea(input);
 408           // stderr.println("Time taken to stdout append:\t"
 409           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 410           // lines++;
 411         }
 412         if (quit)
 413           return;
 414       }
 415
 416       while (Thread.currentThread() == reader2)
 417       {
 418         if (pin2.available() == 0)
 419         {
 420           try
 421           {
 422             this.wait(100);
 423             if (pin2.available() == 0)
 424             {
 425               trimBuffer(false);
 426             }
 427           } catch (InterruptedException ie)
 428           {
 429           }
 430         }
 431         while (pin2.available() != 0)
 432         {
 433           String input = this.readLine(pin2);
 434           stderr.print(input);
 435           long time = System.nanoTime();
 436           appendToTextArea(input);
 437           // stderr.println("Time taken to stderr append:\t"
 438           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 439           // lines++;
 440         }
 441         if (quit)
 442           return;
 443       }
 444       while (Thread.currentThread() == textAppender)
 445       {
 446         if (updateConsole)
 447         {
 448           // check string buffer - if greater than console, clear console and
 449           // replace with last segment of content, otherwise, append all to
 450           // content.
 451           long count;
 452           while (displayPipe.length() > 0)
 453           {
 454             count = 0;
 455             StringBuffer tmp = new StringBuffer(), replace;
 456             synchronized (displayPipe)
 457             {
 458               replace = displayPipe;
 459               displayPipe = tmp;
 460             }
 461             // simply append whole buffer
 462             textArea.append(replace.toString());
 463             count += replace.length();
 464             if (count > byteslim)
 465             {
 466               trimBuffer(false);
 467             }
 468           }
 469           if (displayPipe.length() == 0)
 470           {
 471             try
 472             {
 473               this.wait(100);
 474               if (displayPipe.length() == 0)
 475               {
 476                 trimBuffer(false);
 477               }
 478             } catch (InterruptedException e)
 479             {
 480             }
 481             ;
 482           }
 483         }
 484         else
 485         {
 486           try
 487           {
 488             this.wait(100);
 489           } catch (InterruptedException e)
 490           {
 491
 492           }
 493         }
 494         if (quit)
 495         {
 496           return;
 497         }
 498
 499       }
 500     } catch (Exception e)
 501     {
 502       textArea.append("\nConsole reports an Internal error.");
 503       textArea.append("The error is: " + e.getMessage());
 504       // Need to uncomment this to ensure that line tally is synched.
 505       // lines += 2;
 506       stderr.println("Console reports an Internal error.\nThe error is: "
 507               + e);
 508     }
 509
 510     // just for testing (Throw a Nullpointer after 1 second)
 511     if (Thread.currentThread() == errorThrower)
 512     {
 513       try
 514       {
 515         this.wait(1000);
 516       } catch (InterruptedException ie)
 517       {
 518       }
 519       throw new NullPointerException(
 520               MessageManager.getString("exception.application_test_npe"));
 521     }
 522   }
 523
 524   private void appendToTextArea(final String input)
 525   {
 526     if (updateConsole == false)
 527     {
 528       // do nothing;
 529       return;
 530     }
 531     long time = System.nanoTime();
 532     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 533     {
 534       public void run()
 535       {
 536         displayPipe.append(input); // change to stringBuffer
 537         // displayPipe.flush();
 538
 539       }
 540     });
 541     // stderr.println("Time taken to Spawnappend:\t" + (System.nanoTime() -
 542     // time)
 543     // + " ns");
 544   }
 545
 546   private String header = null;
 547
 548   private boolean updateConsole = false;
 549
 550   private synchronized void trimBuffer(boolean clear)
 551   {
 552     if (header == null && textArea.getLineCount() > 5)
 553     {
 554       try
 555       {
 556         header = textArea.getText(0, textArea.getLineStartOffset(5))
 557                 + "\nTruncated...\n";
 558       } catch (Exception e)
 559       {
 560         e.printStackTrace();
 561       }
 562     }
 563     // trim the buffer
 564     int tlength = textArea.getDocument().getLength();
 565     if (header != null)
 566     {
 567       if (clear || (tlength > byteslim))
 568       {
 569         try
 570         {
 571           if (!clear)
 572           {
 573             long time = System.nanoTime();
 574             textArea.replaceRange(header, 0, tlength - bytescut);
 575             // stderr.println("Time taken to cut:\t"
 576             // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 577           }
 578           else
 579           {
 580             textArea.setText(header);
 581           }
 582         } catch (Exception e)
 583         {
 584           e.printStackTrace();
 585         }
 586         // lines = textArea.getLineCount();
 587       }
 588     }
 589
 590   }
 591
 592   public synchronized String readLine(PipedInputStream in)
 593           throws IOException
 594   {
 595     String input = "";
 596     int lp = -1;
 597     do
 598     {
 599       int available = in.available();
 600       if (available == 0)
 601         break;
 602       byte b[] = new byte[available];
 603       in.read(b);
 604       input = input + new String(b, 0, b.length);
 605       // counts lines - we don't do this for speed.
 606       // while ((lp = input.indexOf("\n", lp + 1)) > -1)
 607       // {
 608       // lines++;
 609       // }
 610     } while (!input.endsWith("\n") && !input.endsWith("\r\n") && !quit);
 611     return input;
 612   }
 613
 614   public static void main(String[] arg)
 615   {
 616     new Console().test(); // create console with not reference
 617
 618   }
 619
 620   public void setVisible(boolean selected)
 621   {
 622     frame.setVisible(selected);
 623     if (selected == true)
 624     {
 625       redirectStreams();
 626       updateConsole = true;
 627       frame.toFront();
 628     }
 629     else
 630     {
 631       unredirectStreams();
 632       updateConsole = false;
 633     }
 634   }
 635
 636   public Rectangle getBounds()
 637   {
 638     if (frame != null)
 639     {
 640       return frame.getBounds();
 641     }
 642     return null;
 643   }
 644
 645   /**
 646    * set the banner that appears at the top of the console output
 647    *
 648    * @param string
 649    */
 650   public void setHeader(String string)
 651   {
 652     header = string;
 653     if (header.charAt(header.length() - 1) != '\n')
 654     {
 655       header += "\n";
 656     }
 657     textArea.insert(header, 0);
 658   }
 659
 660   /**
 661    * get the banner
 662    *
 663    * @return
 664    */
 665   public String getHeader()
 666   {
 667     return header;
 668   }
 669 }