src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JPanel;
  42 import javax.swing.JTextField;
  43 import javax.swing.ListSelectionModel;
  44 import javax.swing.SwingUtilities;
  45 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  47 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  48
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  53
  54 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser
  55         implements Runnable, ListSelectionListener
  56 {
  57   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  58
  59   Vector<String> selectedSources;
  60
  61   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  62   {
  63     fs = featureSettings;
  64     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  65     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  66     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  67
  68     registryURL.setText(registry);
  69
  70     setSelectedFromProperties();
  71
  72     displayFullDetails(null);
  73     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  74
  75     filter1.addListSelectionListener(this);
  76     filter2.addListSelectionListener(this);
  77     filter3.addListSelectionListener(this);
  78
  79     // Ask to be notified of selection changes.
  80     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  81     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  82     {
  83       @Override
  84       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  85       {
  86         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  87         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  88         {
  89           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  90           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  91         }
  92       }
  93     });
  94
  95     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  96     {
  97       @Override
  98       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  99       {
 100         if (evt.getClickCount() == 2 || evt.isPopupTrigger())
 101         {
 102           editRemoveLocalSource(evt);
 103         }
 104       }
 105     });
 106
 107     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 108     {
 109       init();
 110     }
 111   }
 112
 113   FeatureSettings fs = null;
 114
 115   private boolean loadingDasSources;
 116
 117   public DasSourceBrowser()
 118   {
 119     this(null);
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 124   {
 125     if (sourceRegistry == null)
 126     {
 127       Thread worker = new Thread(this, "PaintDas");
 128       worker.start();
 129     }
 130   }
 131
 132   void init()
 133   {
 134     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 135     int dSize = sources.size();
 136     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 137     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 138     {
 139       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 140       data[i][1] = new Boolean(
 141               selectedSources.contains(sources.get(i).getTitle()));
 142     }
 143
 144     refreshTableData(data);
 145     setCapabilities(sourceRegistry);
 146
 147     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 148     {
 149       @Override
 150       public void run()
 151       {
 152         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 153         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 154         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 155       }
 156     });
 157
 158     progressBar.setIndeterminate(false);
 159     progressBar.setVisible(false);
 160     addLocal.setVisible(true);
 161     refresh.setVisible(true);
 162   }
 163
 164   public void refreshTableData(Object[][] data)
 165   {
 166     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 167     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 168     table.setModel(sorter);
 169   }
 170
 171   void displayFullDetails(String nickName)
 172   {
 173
 174     StringBuffer text = new StringBuffer(
 175             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 176
 177     if (nickName == null)
 178     {
 179       fullDetails.setText(text + MessageManager
 180               .getString("label.select_das_service_from_table"));
 181       return;
 182     }
 183
 184     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 185     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 186     {
 187       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 188       {
 189         continue;
 190       }
 191
 192       VERSION latest = ds.getVersion();
 193       text.append(
 194               "<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri() + "<br>");
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 196               + ds.getTitle() + "<br>");
 197
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 199               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 200               + "<br>");
 201       if (!ds.isLocal())
 202       {
 203         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 204         {
 205           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 206                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 207                   + "<br>");
 208         }
 209
 210         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 211                 + ds.getDescription() + "<br>");
 212
 213         text.append(
 214                 "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 215                         + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>"
 216                         + "<br>");
 217
 218         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 219                 + latest.getCreated() + "<br>");
 220
 221         // TODO: Identify last successful test date
 222         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 223         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 224       }
 225       else
 226       {
 227         text.append("Source was added manually.<br/>");
 228       }
 229       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 230       boolean b = false;
 231       for (PROP labl : latest.getPROP())
 232       {
 233         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 234         {
 235           if (b)
 236           {
 237             text.append(",");
 238           }
 239           text.append(" ");
 240
 241           text.append(labl.getValue());
 242           b = true;
 243         }
 244         ;
 245       }
 246       text.append("<br>");
 247
 248       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 249       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 250       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 251       {
 252         text.append(scap[j].getType());
 253         if (j < scap.length - 1)
 254         {
 255           text.append(", ");
 256         }
 257       }
 258       text.append("<br>");
 259
 260       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 261       int i = 1;
 262       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 263       {
 264         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 265         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 266         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 267         {
 268           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 269         }
 270         if (dcs.getVersion() != null
 271                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 272         {
 273           {
 274             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 275           }
 276         }
 277         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 278                 + "</a>)");
 279       }
 280       text.append("</font></html>");
 281
 282       break;
 283     }
 284
 285     fullDetails.setText(text.toString());
 286     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 287     {
 288       @Override
 289       public void run()
 290       {
 291         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 292       }
 293     });
 294   }
 295
 296   @Override
 297   public void run()
 298   {
 299     loadingDasSources = true;
 300
 301     addLocal.setVisible(false);
 302     refresh.setVisible(false);
 303     progressBar.setVisible(true);
 304     progressBar.setIndeterminate(true);
 305     setParentGuiEnabled(false);
 306     // Refresh the source list.
 307     sourceRegistry.refreshSources();
 308
 309     init();
 310
 311     setParentGuiEnabled(true);
 312     loadingDasSources = false;
 313
 314   }
 315
 316   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 317   {
 318     if (fs != null)
 319     {
 320       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 321       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 322     }
 323   }
 324
 325   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 326   {
 327     // wait around if we're still loading.
 328     while (sourceRegistry == null)
 329     {
 330       if (!loadingDasSources)
 331       {
 332         new Thread(this).start();
 333         try
 334         {
 335           Thread.sleep(5);
 336         } catch (Exception e)
 337         {
 338         }
 339         ;
 340         while (loadingDasSources)
 341         {
 342           try
 343           {
 344             Thread.sleep(5);
 345           } catch (Exception e)
 346           {
 347           }
 348           ;
 349         }
 350         ;
 351       }
 352     }
 353
 354     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<>();
 355     for (String source : selectedSources)
 356     {
 357       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 358       if (srce != null)
 359       {
 360         selected.addElement(srce);
 361       }
 362     }
 363     return selected;
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 368   {
 369     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 370
 371     Thread worker = new Thread(this, "RepaintDas");
 372     worker.start();
 373   }
 374
 375   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 376   {
 377     Vector<String> authority = new Vector<>();
 378     Vector<String> type = new Vector<>();
 379     Vector<String> label = new Vector<>();
 380     Vector<String> taxIds = new Vector<>();
 381     authority.add("Any");
 382     type.add("Any");
 383     label.add("Any");
 384
 385     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 386     {
 387       VERSION latest = ds.getVersion();
 388
 389       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 390       {
 391         if (!type.contains(cs.getSource()))
 392         {
 393           type.add(cs.getSource()); // source==category
 394         }
 395
 396         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 397         {
 398           authority.add(cs.getAuthority());
 399         }
 400       }
 401
 402       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 403       {
 404         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 405                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 406         {
 407           label.add(slabel.getValue());
 408         }
 409       }
 410
 411     }
 412
 413     filter1.setListData(authority);
 414     filter2.setListData(type);
 415     filter3.setListData(label);
 416     // filter4 taxIds
 417
 418     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 419     {
 420       @Override
 421       public void run()
 422       {
 423         filter1.setSelectedIndex(0);
 424         filter2.setSelectedIndex(0);
 425         filter3.setSelectedIndex(0);
 426       }
 427     });
 428   }
 429
 430   @Override
 431   public void amendLocal(boolean newSource)
 432   {
 433     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 434     boolean seqsrc = false;
 435     if (!newSource)
 436     {
 437       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 438       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 439       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 440       url = source.getUri();
 441       seqsrc = source.isSequenceSource();
 442     }
 443
 444     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 445     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 446     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 447             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 448     seqs.setSelected(seqsrc);
 449     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 450     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 451     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name:")),
 452             BorderLayout.CENTER);
 453     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 454     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 455     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 456     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url:")),
 457             BorderLayout.NORTH);
 458     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 459     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 460     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 461
 462     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 463             panel, MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 464             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 465
 466     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
 467     {
 468       return;
 469     }
 470
 471     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 472     {
 473       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 474     }
 475
 476     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(urltf.getText(),
 477             nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 478     List sources = sourceRegistry.getSources();
 479     int osize = sources.size();
 480     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 481
 482     Object[][] data = new Object[size][2];
 483     DASTableModel dtm = (table != null)
 484             ? (DASTableModel) ((TableSorter) table.getModel())
 485                     .getTableModel()
 486             : null;
 487     for (int i = 0; i < osize; i++)
 488     {
 489       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null
 490               : (String) dtm.getValueAt(i, 0);
 491       if (!newSource && osrc != null
 492               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 493       {
 494         data[i][0] = local.getTitle();
 495         data[i][1] = new Boolean(true);
 496       }
 497       else
 498       {
 499         data[i][0] = osrc;
 500         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 501       }
 502     }
 503     // Always add a new source at the end
 504     if (newSource)
 505     {
 506       data[osize][0] = local.getTitle();
 507       data[osize][1] = new Boolean(true);
 508       selectedSources.add(local.getTitle());
 509     }
 510
 511     refreshTableData(data);
 512
 513     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 514     {
 515       @Override
 516       public void run()
 517       {
 518         scrollPane.getVerticalScrollBar()
 519                 .setValue(scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 520       }
 521     });
 522
 523     displayFullDetails(local.getTitle());
 524   }
 525
 526   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 527   {
 528     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 529     if (selectedRow == -1)
 530     {
 531       return;
 532     }
 533
 534     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 535
 536     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 537     {
 538       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 539               MessageManager.getString(
 540                       "label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 541               MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 542               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 543       return;
 544     }
 545
 546     Object[] options = { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 547     int choice = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 548             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 549             "Edit / Remove Local DAS Source",
 550             JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
 551             JvOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, options, options[2]);
 552
 553     switch (choice)
 554     {
 555     case 0:
 556       amendLocal(false);
 557       break;
 558     case 1:
 559       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 560       selectedSources.remove(nickname);
 561       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 562       int index = 0, l = table.getRowCount();
 563
 564       for (int i = 0; i < l; i++)
 565       {
 566         String nm;
 567         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 568         {
 569           continue;
 570         }
 571         else
 572         {
 573           data[index][0] = nm;
 574           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 575           index++;
 576         }
 577       }
 578       refreshTableData(data);
 579       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 580       {
 581         @Override
 582         public void run()
 583         {
 584           scrollPane.getVerticalScrollBar()
 585                   .setValue(scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 586         }
 587       });
 588
 589       break;
 590     }
 591   }
 592
 593   @Override
 594   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 595   {
 596     // Called when the MainTable selection changes
 597     if (evt.getValueIsAdjusting())
 598     {
 599       return;
 600     }
 601
 602     displayFullDetails(null);
 603
 604     // Filter the displayed data sources
 605
 606     ArrayList names = new ArrayList();
 607     ArrayList selected = new ArrayList();
 608
 609     // The features filter is not visible, but we must still
 610     // filter the das source list here.
 611     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 612     Object[] dummyFeatureList = new Object[] { "features" };
 613     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 614     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 615     {
 616
 617       VERSION v = ds.getVersion();
 618       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 619       if (ds.isLocal() || ((coords == null || coords.size() == 0)
 620               && filter1.getSelectedIndex() == 0
 621               && filter2.getSelectedIndex() == 0
 622               && filter3.getSelectedIndex() == 0))
 623       {
 624         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 625         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 626         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 627         names.add(ds.getTitle());
 628         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 629         continue;
 630       }
 631
 632       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 633               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 634                       ds.getLabelsFor(v)))
 635       {
 636         continue;
 637       }
 638
 639       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 640       {
 641         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),
 642                 new String[]
 643                 { coords.get(j).getAuthority() })
 644                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 645                 { coords.get(j).getSource() }))
 646         {
 647           names.add(ds.getTitle());
 648           selected.add(
 649                   new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 650           break;
 651         }
 652       }
 653     }
 654
 655     int dSize = names.size();
 656     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 657     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 658     {
 659       data[d][0] = names.get(d);
 660       data[d][1] = selected.get(d);
 661     }
 662
 663     refreshTableData(data);
 664   }
 665
 666   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 667   {
 668     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 669     {
 670       if (selection[i].equals("Any"))
 671       {
 672         return true;
 673       }
 674       if (items == null || items.length == 0)
 675       {
 676         return false;
 677       }
 678       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 679               + selection[i];
 680       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 681       {
 682         if (sel.equals(items[j]))
 683         {
 684           return true;
 685         }
 686       }
 687     }
 688
 689     return false;
 690   }
 691
 692   void setSelectedFromProperties()
 693   {
 694     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 695             "uniprot");
 696     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 697     selectedSources = new Vector();
 698     while (st.hasMoreTokens())
 699     {
 700       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 701     }
 702   }
 703
 704   @Override
 705   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 706   {
 707     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 708   }
 709
 710   /**
 711    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 712    *
 713    * @param properties
 714    */
 715   public void saveProperties(Properties properties)
 716   {
 717     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 718     {
 719       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 720     }
 721     else
 722     {
 723       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 724               registryURL.getText());
 725     }
 726
 727     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 728     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 729     {
 730       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 731       {
 732         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 733       }
 734     }
 735
 736     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 737             sb.toString());
 738
 739     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 740     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 741   }
 742
 743   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 744   {
 745
 746     public DASTableModel(Object[][] data)
 747     {
 748       this.data = data;
 749     }
 750
 751     private String[] columnNames = new String[] {
 752         MessageManager.getString("label.nickname"),
 753         MessageManager.getString("label.use_source") };
 754
 755     private Object[][] data;
 756
 757     @Override
 758     public int getColumnCount()
 759     {
 760       return columnNames.length;
 761     }
 762
 763     @Override
 764     public int getRowCount()
 765     {
 766       return data.length;
 767     }
 768
 769     @Override
 770     public String getColumnName(int col)
 771     {
 772       return columnNames[col];
 773     }
 774
 775     @Override
 776     public Object getValueAt(int row, int col)
 777     {
 778       return data[row][col];
 779     }
 780
 781     /*
 782      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 783      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 784      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 785      */
 786     @Override
 787     public Class getColumnClass(int c)
 788     {
 789       return getValueAt(0, c).getClass();
 790     }
 791
 792     /*
 793      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 794      */
 795     @Override
 796     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 797     {
 798       // Note that the data/cell address is constant,
 799       // no matter where the cell appears onscreen.
 800       return col == 1;
 801
 802     }
 803
 804     /*
 805      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 806      */
 807     @Override
 808     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 809     {
 810       data[row][col] = value;
 811       fireTableCellUpdated(row, col);
 812
 813       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 814       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 815
 816       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 817       {
 818         selectedSources.remove(name);
 819       }
 820
 821       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 822       {
 823         selectedSources.add(name);
 824       }
 825     }
 826   }
 827
 828   public void initDasSources()
 829   {
 830
 831     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 832     {
 833       @Override
 834       public void run()
 835       {
 836         // this actually initialises the das source list
 837         paintComponent(null); // yuk
 838       }
 839     });
 840     thr.start();
 841     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 842     {
 843       try
 844       {
 845         Thread.sleep(10);
 846       } catch (Exception e)
 847       {
 848       }
 849       ;
 850     }
 851   }
 852
 853   /**
 854    * disable or enable the buttons on the source browser
 855    *
 856    * @param b
 857    */
 858   public void setGuiEnabled(boolean b)
 859   {
 860     refresh.setEnabled(b);
 861     addLocal.setEnabled(b);
 862   }
 863 }