src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  34         Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  46    */\r
  47   public boolean loadingDasSources = false;\r
  48 \r
  49   protected static String getDasRegistryURL()\r
  50   {\r
  51     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52             DEFAULT_REGISTRY);\r
  53 \r
  54     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser()\r
  63   {\r
  64     String registry = getDasRegistryURL();\r
  65 \r
  66     registryURL.setText(registry);\r
  67 \r
  68     setSelectedFromProperties();\r
  69 \r
  70     displayFullDetails(null);\r
  71     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  72 \r
  73     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  76 \r
  77     // Ask to be notified of selection changes.\r
  78     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  79     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  80     {\r
  81       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  82       {\r
  83         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  84         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  85         {\r
  86           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  87           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  88         }\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  93     {\r
  94       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  95       {\r
  96         if (evt.getClickCount() == 2\r
  97                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  98         {\r
  99           editRemoveLocalSource(evt);\r
 100         }\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     if (dasSources != null)\r
 105     {\r
 106       init();\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 111   {\r
 112     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 113     {\r
 114       Thread worker = new Thread(this);\r
 115       worker.start();\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void init()\r
 120   {\r
 121     int dSize = dasSources.length;\r
 122     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 123     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 124     {\r
 125       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 126       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 127               .getNickname()));\r
 128     }\r
 129 \r
 130     refreshTableData(data);\r
 131     setCapabilities(dasSources);\r
 132 \r
 133     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 134     {\r
 135       public void run()\r
 136       {\r
 137         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 138         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 139         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 140       }\r
 141     });\r
 142 \r
 143     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 144     progressBar.setVisible(false);\r
 145     addLocal.setVisible(true);\r
 146     refresh.setVisible(true);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 150   {\r
 151     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 152     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 153     table.setModel(sorter);\r
 154   }\r
 155 \r
 156   void displayFullDetails(String nickName)\r
 157   {\r
 158 \r
 159     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 160             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 161 \r
 162     if (nickName == null)\r
 163     {\r
 164       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 165               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int dSize = dasSources.length;\r
 170     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 171     {\r
 172       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 173       {\r
 174         continue;\r
 175       }\r
 176 \r
 177       DasSource ds = dasSources[i];\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 180               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 181       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 182               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 183       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 184               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 185 \r
 186       text\r
 187               .append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 188                       + dasSources[i].getAdminemail()\r
 189                       + "\">"\r
 190                       + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 193               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 194 \r
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 196               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 199       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 200       {\r
 201         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 202         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 203         {\r
 204           text.append(",");\r
 205         }\r
 206         text.append(" ");\r
 207       }\r
 208       text.append("<br>");\r
 209 \r
 210       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 211       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 212       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 213       {\r
 214         text.append(scap[j]);\r
 215         if (j < scap.length - 1)\r
 216         {\r
 217           text.append(", ");\r
 218         }\r
 219       }\r
 220       text.append("<br>");\r
 221 \r
 222       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 223       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 224       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 225       {\r
 226         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 227                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 228         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 229         {\r
 230           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 231         }\r
 232         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 233         {\r
 234           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 235         }\r
 236 \r
 237         text.append("<br>");\r
 238       }\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 241               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 242 \r
 243       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 244               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 245       {\r
 246         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 247                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 248                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 249       }\r
 250 \r
 251       text.append("</font></html>");\r
 252 \r
 253       break;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     fullDetails.setText(text.toString());\r
 257     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 258     {\r
 259       public void run()\r
 260       {\r
 261         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 262       }\r
 263     });\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void run()\r
 267   {\r
 268     loadingDasSources = true;\r
 269 \r
 270     addLocal.setVisible(false);\r
 271     refresh.setVisible(false);\r
 272     progressBar.setVisible(true);\r
 273     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 274     // Refresh the source list.\r
 275     dasSources = null;\r
 276     getDASSource();\r
 277 \r
 278     init();\r
 279 \r
 280     loadingDasSources = false;\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284   public Vector getSelectedSources()\r
 285   {\r
 286     Vector selected = new Vector();\r
 287     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 288     {\r
 289       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 290       {\r
 291         if (dasSources[i].getNickname()\r
 292                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 293         {\r
 294           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 295           break;\r
 296         }\r
 297       }\r
 298     }\r
 299 \r
 300     return selected;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   /**\r
 304    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 305    * \r
 306    * @return\r
 307    */\r
 308   public DasSource[] getDASSource()\r
 309   {\r
 310     if (dasSources == null)\r
 311     {\r
 312       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 313       appendLocalSources();\r
 314     }\r
 315 \r
 316     return dasSources;\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 320   {\r
 321     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 322 \r
 323     Thread worker = new Thread(this);\r
 324     worker.start();\r
 325   }\r
 326 \r
 327   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 328   {\r
 329     Vector authority = new Vector();\r
 330     Vector type = new Vector();\r
 331     Vector label = new Vector();\r
 332 \r
 333     authority.addElement("Any");\r
 334     type.addElement("Any");\r
 335     label.addElement("Any");\r
 336 \r
 337     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 338     {\r
 339       DasSource ds = sources[i];\r
 340 \r
 341       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 342 \r
 343       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 344       {\r
 345         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 346         {\r
 347           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 348         }\r
 349 \r
 350         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 351         {\r
 352           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 353         }\r
 354       }\r
 355 \r
 356       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 357       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 358       {\r
 359         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 360         {\r
 361           label.addElement(slabels[s]);\r
 362         }\r
 363       }\r
 364 \r
 365     }\r
 366 \r
 367     filter1.setListData(authority);\r
 368     filter2.setListData(type);\r
 369     filter3.setListData(label);\r
 370 \r
 371     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 372     {\r
 373       public void run()\r
 374       {\r
 375         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 376         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 377         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 378       }\r
 379     });\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 383   {\r
 384     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 385 \r
 386     if (!newSource)\r
 387     {\r
 388       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 389       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 390       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 391     }\r
 392 \r
 393     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 394     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 395 \r
 396     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 397     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 398     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 399     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 400     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 401     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 402     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 403     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 404     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 405 \r
 406     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 407             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 408             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 409 \r
 410     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 411     {\r
 412       return;\r
 413     }\r
 414 \r
 415     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 416     {\r
 417       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 418     }\r
 419 \r
 420     Das1Source local = new Das1Source();\r
 421 \r
 422     local.setUrl(urltf.getText());\r
 423     local.setNickname(nametf.getText());\r
 424 \r
 425     if (localSources == null)\r
 426     {\r
 427       localSources = new Hashtable();\r
 428     }\r
 429 \r
 430     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 431 \r
 432     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 433     {\r
 434       localSources.remove(nickname);\r
 435     }\r
 436 \r
 437     int size = dasSources.length;\r
 438     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 439 \r
 440     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 441     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 442     {\r
 443       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 444       {\r
 445         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 446         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 447         data[i][0] = local.getNickname();\r
 448         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 449       }\r
 450       else\r
 451       {\r
 452         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 453         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 454                 .getNickname()));\r
 455       }\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (newSource)\r
 459     {\r
 460       data[size][0] = local.getNickname();\r
 461       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 462       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 463     }\r
 464 \r
 465     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 466 \r
 467     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 468 \r
 469     if (newSource)\r
 470     {\r
 471       tmp[size] = local;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     dasSources = tmp;\r
 475 \r
 476     refreshTableData(data);\r
 477 \r
 478     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 479     {\r
 480       public void run()\r
 481       {\r
 482         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 483                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 484       }\r
 485     });\r
 486 \r
 487     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 488   }\r
 489 \r
 490   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 491   {\r
 492     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 493     if (selectedRow == -1)\r
 494     {\r
 495       return;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 499 \r
 500     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 501     {\r
 502       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 503               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 504               "Public DAS source - not editable",\r
 505               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 506       return;\r
 507     }\r
 508 \r
 509     Object[] options =\r
 510     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 511     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 512             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 513             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 514             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 515             null, options, options[2]);\r
 516 \r
 517     switch (choice)\r
 518     {\r
 519     case 0:\r
 520       amendLocal(false);\r
 521       break;\r
 522     case 1:\r
 523       localSources.remove(nickname);\r
 524       selectedSources.remove(nickname);\r
 525       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 526       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 527       int index = 0;\r
 528       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 529       {\r
 530         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 531         {\r
 532           continue;\r
 533         }\r
 534         else\r
 535         {\r
 536           tmp[index] = dasSources[i];\r
 537           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 538           data[index][1] = new Boolean(selectedSources\r
 539                   .contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 540           index++;\r
 541         }\r
 542       }\r
 543       dasSources = tmp;\r
 544       refreshTableData(data);\r
 545       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 546       {\r
 547         public void run()\r
 548         {\r
 549           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 550                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 551         }\r
 552       });\r
 553 \r
 554       break;\r
 555     }\r
 556   }\r
 557 \r
 558   void appendLocalSources()\r
 559   {\r
 560     if (localSources == null)\r
 561     {\r
 562       return;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 566     int lsize = localSources.size();\r
 567 \r
 568     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 569     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 570     {\r
 571       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 572       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 573               .getNickname()));\r
 574     }\r
 575 \r
 576     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 577     if (dasSources != null)\r
 578     {\r
 579       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 580     }\r
 581 \r
 582     Enumeration en = localSources.keys();\r
 583     int index = size;\r
 584     while (en.hasMoreElements())\r
 585     {\r
 586       String key = en.nextElement().toString();\r
 587       data[index][0] = key;\r
 588       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 589       tmp[index] = new Das1Source();\r
 590       tmp[index].setNickname(key);\r
 591       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 592 \r
 593       index++;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     dasSources = tmp;\r
 597 \r
 598     refreshTableData(data);\r
 599   }\r
 600 \r
 601   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 602   {\r
 603     // Called when the MainTable selection changes\r
 604     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 605     {\r
 606       return;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     displayFullDetails(null);\r
 610 \r
 611     // Filter the displayed data sources\r
 612     int dSize = dasSources.length;\r
 613 \r
 614     ArrayList names = new ArrayList();\r
 615     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 616     DasSource ds;\r
 617 \r
 618     // The features filter is not visible, but we must still\r
 619     // filter the das source list here.\r
 620     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 621     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 622     { "features" };\r
 623 \r
 624     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 625     {\r
 626       ds = dasSources[i];\r
 627       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 628 \r
 629       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 630               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 631               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 632               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 633       {\r
 634         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 635         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 636         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 637         names.add(ds.getNickname());\r
 638         selected\r
 639                 .add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 640         continue;\r
 641       }\r
 642 \r
 643       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 644               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(), ds\r
 645                       .getLabels()))\r
 646       {\r
 647         continue;\r
 648       }\r
 649 \r
 650       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 651       {\r
 652         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 653         { dcs[j].getName() })\r
 654                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 655                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 656         {\r
 657           names.add(ds.getNickname());\r
 658           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 659                   .getNickname())));\r
 660           break;\r
 661         }\r
 662       }\r
 663     }\r
 664 \r
 665     dSize = names.size();\r
 666     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 667     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 668     {\r
 669       data[d][0] = names.get(d);\r
 670       data[d][1] = selected.get(d);\r
 671     }\r
 672 \r
 673     refreshTableData(data);\r
 674   }\r
 675 \r
 676   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 677   {\r
 678     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 679     {\r
 680       if (selection[i].equals("Any"))\r
 681       {\r
 682         return true;\r
 683       }\r
 684 \r
 685       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 686       {\r
 687         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 688         {\r
 689           return true;\r
 690         }\r
 691       }\r
 692     }\r
 693 \r
 694     return false;\r
 695   }\r
 696 \r
 697   void setSelectedFromProperties()\r
 698   {\r
 699     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 700             "uniprot");\r
 701     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 702     selectedSources = new Vector();\r
 703     while (st.hasMoreTokens())\r
 704     {\r
 705       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 706     }\r
 707 \r
 708     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 709     if (local != null)\r
 710     {\r
 711       if (localSources == null)\r
 712       {\r
 713         localSources = new Hashtable();\r
 714       }\r
 715 \r
 716       st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 717       while (st.hasMoreTokens())\r
 718       {\r
 719         String token = st.nextToken();\r
 720         int bar = token.indexOf("|");\r
 721         Das1Source source = new Das1Source();\r
 722 \r
 723         source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 724         source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 725 \r
 726         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 727       }\r
 728     }\r
 729   }\r
 730 \r
 731   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 732   {\r
 733     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 734   }\r
 735 \r
 736   public void saveProperties(Properties properties)\r
 737   {\r
 738     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 739     {\r
 740       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 741     }\r
 742     else\r
 743     {\r
 744       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 745     }\r
 746 \r
 747     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 748     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 749     {\r
 750       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 751       {\r
 752         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 753       }\r
 754     }\r
 755 \r
 756     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString());\r
 757 \r
 758     if (localSources != null)\r
 759     {\r
 760       sb = new StringBuffer();\r
 761       Enumeration en = localSources.keys();\r
 762       while (en.hasMoreElements())\r
 763       {\r
 764         String token = en.nextElement().toString();\r
 765         sb.append(token + "|"\r
 766                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 767       }\r
 768 \r
 769       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 770     }\r
 771 \r
 772   }\r
 773 \r
 774   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 775   {\r
 776 \r
 777     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 778     {\r
 779       this.data = data;\r
 780     }\r
 781 \r
 782     private String[] columnNames = new String[]\r
 783     { "Nickname", "Use Source" };\r
 784 \r
 785     private Object[][] data;\r
 786 \r
 787     public int getColumnCount()\r
 788     {\r
 789       return columnNames.length;\r
 790     }\r
 791 \r
 792     public int getRowCount()\r
 793     {\r
 794       return data.length;\r
 795     }\r
 796 \r
 797     public String getColumnName(int col)\r
 798     {\r
 799       return columnNames[col];\r
 800     }\r
 801 \r
 802     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 803     {\r
 804       return data[row][col];\r
 805     }\r
 806 \r
 807     /*\r
 808      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 809      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 810      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 811      */\r
 812     public Class getColumnClass(int c)\r
 813     {\r
 814       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /*\r
 818      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 819      */\r
 820     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 821     {\r
 822       // Note that the data/cell address is constant,\r
 823       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 824       return col == 1;\r
 825 \r
 826     }\r
 827 \r
 828     /*\r
 829      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 830      */\r
 831     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 832     {\r
 833       data[row][col] = value;\r
 834       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 835 \r
 836       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 837       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 838 \r
 839       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 840       {\r
 841         selectedSources.remove(name);\r
 842       }\r
 843 \r
 844       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 845       {\r
 846         selectedSources.add(name);\r
 847       }\r
 848     }\r
 849   }\r
 850 }\r