applied 2009 GPL license

author jprocter <Jim Procter>

Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)

committer jprocter <Jim Procter>

Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)
author jprocter <Jim Procter>
Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)
committer jprocter <Jim Procter>
Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)
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  <?xml version="1.0"?>
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
+  This program is free software; you can redistribute it and/or
+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
  <project name="jalviewX" default="usage" basedir=".">
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@@ -1,4 +1,22 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"  ?>
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
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+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
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  <!DOCTYPE toc PUBLIC "-//Sun Microsystems Inc.//DTD JavaHelp TOC Version 1.0//EN" "http://java.sun.com/products/javahelp/toc_1_0.dtd">
  <toc version="1.0">
  <tocitem text="Jalview Documentation" target="home" expand="true" >
diff --git a/jalview-jalopy.xml b/jalview-jalopy.xml

index 7008872..018c94e 100755 (executable)
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-                        <exception> * @throws $exceptionType$ TODO: DOCUMENT ME!</exception>\r
-                        <param> * @param $paramType$ TODO: DOCUMENT ME!</param>\r
-                        <return> * @return TODO: DOCUMENT ME!</return>\r
-                        <top>/**| * TODO: DOCUMENT ME!</top>\r
-                    </method>\r
-                </templates>\r
-            </javadoc>\r
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
+  This program is free software; you can redistribute it and/or
+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+  \r
+  This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+  modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+  of the License, or (at your option) any later version.\r
+  \r
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+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+  GNU General Public License for more details.\r
+  \r
+  You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+  along with this program; if not, write to the Free Software\r
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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         History: Originally created from EMBL_common_V1.0\r
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diff --git a/resources/uniprot_mapping.xml b/resources/uniprot_mapping.xml

index 0f7ffd5..813e60c 100755 (executable)
--- a/resources/uniprot_mapping.xml
+++ b/resources/uniprot_mapping.xml
@@ -1,4 +1,22 @@
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
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+  
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+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
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index 84220c2..e267fc2 100755 (executable)
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+++ b/schemas/JalviewUserColours.xsd
@@ -1,15 +1,33 @@
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+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
+<!-- edited with XMLSpy v2005 rel. 3 U (http://www.altova.com) by lj (jl) -->
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+                                       <xs:attribute name="RGB" type="xs:string" use="required"/>
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+                       </xs:element>
+               </xs:sequence>
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+       </xs:complexType>
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+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+  \r
+  This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+  modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+  of the License, or (at your option) any later version.\r
+  \r
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+  GNU General Public License for more details.\r
+  \r
+  You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+  along with this program; if not, write to the Free Software\r
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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  <!--DOCTYPE schema PUBLIC "-//W3C/DTD XML Schema Version 1.0//EN"\r
      "http://www.w3.org/TR/2000/WD-xmlschema-1-20000225/structures.dtd"-->\r
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
+  This program is free software; you can redistribute it and/or
+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
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+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" xmlns:jalview="www.jalview.org/colours" xmlns:jv="www.jalview.org" targetNamespace="www.jalview.org" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
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         <xs:import namespace="www.jalview.org/colours" schemaLocation="JalviewUserColours.xsd"/>
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index 2022ce2..6d76ec0 100644 (file)
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+  \r
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+  modify it under the terms of the GNU General Public License\r
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+  \r
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+  along with this program; if not, write to the Free Software\r
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+  
+  This program is free software; you can redistribute it and/or
+  modify it under the terms of the GNU General Public License
+  as published by the Free Software Foundation; either version 2
+  of the License, or (at your option) any later version.
+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
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+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" targetNamespace="www.vamsas.ac.uk/jalview/version2" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">
         <xs:complexType name="VAMSAS">
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index b830c94..1f6c25b 100644 (file)
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+  Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+  \r
+  This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+  modify it under the terms of the GNU General Public License\r
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+  GNU General Public License for more details.\r
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+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
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  <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:vamsas="www.vamsas.org" targetNamespace="www.vamsas.org" elementFormDefault="qualified" attributeFormDefault="unqualified">\r
         <xs:complexType name="VAMSAS">\r
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--- a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This program is free software; you can redistribute it and/or
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diff --git a/src/MCview/AppletPDBViewer.java b/src/MCview/AppletPDBViewer.java

index 8299abc..6872caf 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
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index e69e1ce..448e24e 100755 (executable)
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+++ b/src/MCview/Atom.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/MCview/Bond.java b/src/MCview/Bond.java

index cc5e67c..48c1037 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/MCview/MCMatrix.java b/src/MCview/MCMatrix.java

index 1b9a2d8..d153802 100755 (executable)
--- a/src/MCview/MCMatrix.java
+++ b/src/MCview/MCMatrix.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/MCview/PDBCanvas.java b/src/MCview/PDBCanvas.java

index ccc359b..4cdadbd 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/PDBCanvas.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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diff --git a/src/MCview/PDBChain.java b/src/MCview/PDBChain.java

index c1c586a..d5cb1c9 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBChain.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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diff --git a/src/MCview/PDBViewer.java b/src/MCview/PDBViewer.java

index dda04a8..f8336db 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBViewer.java
+++ b/src/MCview/PDBViewer.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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diff --git a/src/MCview/PDBfile.java b/src/MCview/PDBfile.java

index 5fd3d10..87a965b 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBfile.java
+++ b/src/MCview/PDBfile.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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diff --git a/src/MCview/Residue.java b/src/MCview/Residue.java

index 4516b96..1f9ab51 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Residue.java
+++ b/src/MCview/Residue.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/MCview/Zsort.java b/src/MCview/Zsort.java

index 05a1fc9..783269a 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Zsort.java
+++ b/src/MCview/Zsort.java
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistry.java b/src/ext/vamsas/IRegistry.java

index 9b91b5d..3fa1310 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistry.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistry.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java

index c99414d..3518690 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java

index b83a9ee..6eb26e6 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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index 2805a1d..4a5686d 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
+++ b/src/ext/vamsas/Jpred.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 61ef50b..30f6fd1 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredService.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredService.java
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index ec70fe6..8611794 100755 (executable)
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index 5915dca..dc1934a 100755 (executable)
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index c4e1f77..9632719 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
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index 76a5995..e07d13f 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
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diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index c361e8d..5b005bf 100755 (executable)
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index f8b0fb7..b3ec5d9 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 598e1ad..b9be7bc 100644 (file)
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index 1775b9d..4f17e06 100644 (file)
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index 11e307b..eafe7d7 100644 (file)
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index 8b15688..8977091 100755 (executable)
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diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index 60e4ffd..2164813 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java

index 36534a3..2e0e20d 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java

index c9a8077..49be7f9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

index fe2cfc7..9b010dc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Conservation.java b/src/jalview/analysis/Conservation.java

index 31a4b66..746a1f2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index 8bc844b..a43f526 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index 8bf8962..a41e4fc 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index 756897c..b09ff26 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Finder.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index fe0df1a..9c5855b 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index f9a0343..58c1345 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index 211f4e2..344248d 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
+++ b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index a86775d..ef6822e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index 240f9cf..c2f9122 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
+++ b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index f7ecfda..6a177b5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 1f75bf2..3336ccc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index b39aaeb..947faed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index c2bdaf0..f41ba81 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

index 4416ec3..793a19a 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

index 28270c9..4b78542 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

index 13db915..6d4d600 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

index 7939d9b..2a6fd32 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index 6f5498d..d13bb7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java

index b1cd40e..abc0f46 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java

index df59ef4..d444606 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

index cb9736e..3392246 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index 4649786..b117c13 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/Finder.java b/src/jalview/appletgui/Finder.java

index 6d205b6..c52684f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Finder.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Finder.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index 514b059..46288f3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index d530fd8..2d99c5c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java

index 9bf2374..b2dfe04 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java

index 4a9f9ef..ecaa64d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java

index b85424c..b8fe5a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

index ef7c16d..2ab5d73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

index 922941b..1940c54 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

index 20edeeb..d040452 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

index c122b3f..a33e7e2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

index 9682000..e8fbe98 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java

index 4f54670..3b3b815 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

index 431bc66..106d668 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 68b8501..71af0be 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
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index bf392e9..3cdba36 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index c41c35f..81a5ae5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index a05bbf0..8f9e5ac 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 0bbe98b..9d6c81a 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

index 8c445f0..90fd4d5 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java

index d6c0069..6a95a55 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

index 0f30539..fc3cf9e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/bin/Cache.java b/src/jalview/bin/Cache.java

index 4475bff..ccd1393 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
+++ b/src/jalview/bin/Cache.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/bin/Jalview.java b/src/jalview/bin/Jalview.java

index 0179023..423780b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Jalview.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java

index cb8f4f7..8a7fd15 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Alignment.java b/src/jalview/binding/Alignment.java

index 96812e3..e64b0ed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Alignment.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Annotation.java b/src/jalview/binding/Annotation.java

index ec3e248..fa9ff55 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Annotation.java
+++ b/src/jalview/binding/Annotation.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java

index 160141c..4be37b2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Colour.java b/src/jalview/binding/Colour.java

index 60d0291..d4de0e3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Colour.java
+++ b/src/jalview/binding/Colour.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Feature.java b/src/jalview/binding/Feature.java

index 509d0e6..fb7ffda 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Feature.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java

index b6c3640..997778c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Features.java b/src/jalview/binding/Features.java

index 8adfa03..d3a6344 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Features.java
+++ b/src/jalview/binding/Features.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/JGroup.java b/src/jalview/binding/JGroup.java

index a0117ee..9f2894c 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/JSeq.java b/src/jalview/binding/JSeq.java

index 19ef2ae..6a9eb09 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModel.java b/src/jalview/binding/JalviewModel.java

index eae870d..5277d2d 100755 (executable)
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+++ b/src/jalview/binding/JalviewModel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

index 2a247c0..d7e9f2e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java

index 822392e..63a8e34 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 53a2484..1263c1a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbentry.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index dc2314b..1f34883 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 9713859..58eae81 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbids.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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index 4ab620a..a220bf5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Property.java
+++ b/src/jalview/binding/Property.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Sequence.java b/src/jalview/binding/Sequence.java

index bd895f6..17f4344 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Sequence.java
+++ b/src/jalview/binding/Sequence.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index e348f9a..11984e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index a6bf64e..3216e34 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceType.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index 3f05e27..f364355 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index f7679f1..777471d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Tree.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index 2002137..e5211dd 100755 (executable)
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+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index 467904a..dae3e49 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/UserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColours.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index b886fb9..753e45d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index f44a964..71da6b8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index 95b8adf..07cd34e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

index 7a74e08..382b533 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/CommandI.java b/src/jalview/commands/CommandI.java

index 9fe508b..422f7bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/CommandI.java
+++ b/src/jalview/commands/CommandI.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/EditCommand.java b/src/jalview/commands/EditCommand.java

index 85e6ad5..83dd6bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/EditCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/EditCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/OrderCommand.java b/src/jalview/commands/OrderCommand.java

index 6ea28ee..f9014af 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/OrderCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/OrderCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

index c5e12f5..b500938 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

index d2bd486..6644337 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

index c8a5533..9660176 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

index 30f813f..c0befab 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

index 3b59249..e17d209 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Alignment.java b/src/jalview/datamodel/Alignment.java

index 981fdfa..2a03bc4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

index 381a054..87eaf7f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

index 9254876..af4908d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

index f807890..b10c62d 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

index 0884ea4..bd8c18f 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
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index 348c9a4..724d21f 100755 (executable)
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index 9be34b4..c41af78 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

index 52b0ece..731bf71 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java

index 6842f4a..1febe4a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index b0efe6c..23b0870 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index f5619cf..fde77f6 100644 (file)
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index 4013f93..cc178a6 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index 9dbaced..3267e1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

index c9d59ec..6db9e24 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

index 6dca74f..ecedbdb 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

index d736a49..f01b5ea 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java

index 7a4aa56..5c92b62 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

index 22fe523..581a40b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Mapping.java b/src/jalview/datamodel/Mapping.java

index c7e359b..c49aeb2 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Mapping.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Mapping.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java

index 446d719..88b11bd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Provenance.java b/src/jalview/datamodel/Provenance.java

index bed8004..a8f3bab 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Provenance.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Provenance.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java

index a33f203..e492087 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java

index e62c150..7350c12 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java

index cc9eaa7..aad7849 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Sequence.java b/src/jalview/datamodel/Sequence.java

index eda5684..9d7af0d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Sequence.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index 0686419..9d5cbed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

index dd842ea..db82b0e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java

index 3e9c4c7..7f425f0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

index ea3e515..369c34e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

index a8b0503..e0de926 100755 (executable)
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index bd2c37c..2ea6e3b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java

index 6df0bad..ceb99eb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index ebdf7d7..f123cc6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 410f7b8..5f0434d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index a3dffd1..b139ed7 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index 0cee0b4..846b733 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index ee76978..ea30975 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index 091846e..fff1b4b 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index 4df9f67..5f26244 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index 2444592..cbe3758 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index 8421aad..a7f0a63 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java

index 5bdae54..8dfcf97 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index 27806ff..83712a1 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index 6cd76dd..0a1d690 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index d7a52c2..166e8ea 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index c8fcd39..7eef222 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index 4c7bc0c..4914392 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index be0ef74..95a0c31 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index 8050490..2ecbfac 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index af1ff7a..be7a13b 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index 3a87f8c..a36cf9b 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmol.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index 6459de4..4a6a71c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
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diff --git a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

index e336d9a..74a27b9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
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diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java

index 5d6cb40..fcd2dca 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
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diff --git a/src/jalview/gui/EPSOptions.java b/src/jalview/gui/EPSOptions.java

index 193cfcc..2c4b532 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
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diff --git a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java

index cf11803..d266397 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
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diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index 9eacb6c..39f350b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
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diff --git a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java

index 632ad00..0e1c57b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
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diff --git a/src/jalview/gui/Finder.java b/src/jalview/gui/Finder.java

index cad734b..e64c14d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
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diff --git a/src/jalview/gui/FontChooser.java b/src/jalview/gui/FontChooser.java

index 6e99d91..fbc7c1c 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java

index 43f3cec..df02dd4 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/gui/IdCanvas.java b/src/jalview/gui/IdCanvas.java

index b1fbe08..27b4029 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdCanvas.java
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diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java

index a781830..af60669 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
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diff --git a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java

index c257900..33376d6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
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diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index 88bb5f2..1a082dc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java

index ca2db7b..f8fda46 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
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diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 9b69825..511ce35 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index 6bc630c..3fc4f42 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index b397cf5..23209a2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index 19fe4c9..029183b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index 15c8c70..efc23ae 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index a7e853a..a1a8715 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index bd4c900..9489368 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index 2355b47..3aad3f3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index 14cd425..a954189 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
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diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index 4dfb8c8..0a36805 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java

index 9b13847..6fd11fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
+++ b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index 052932b..60b627c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
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diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index bdfcef4..dd71809 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
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diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index 88b0c2b..c4c33ce 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index a3dd5a6..e09c6a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
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diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index a200699..eac56d5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
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diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index 9e98d42..d8219cc 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index c0f3916..e88fb17 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index 77564aa..af0e9e6 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index d179355..56e9129 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index ca1ebf4..30ce6bf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index 8a596ad..33ad46a 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index c52ca9f..998756a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index a0eeedf..842d5dc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index 569d351..e183bba 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 3ca2563..b872fc4 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/AnnotationFile.java b/src/jalview/io/AnnotationFile.java

index d9fd871..8f383ef 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

index e5fc584..fd565ab 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
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diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index 9b5b3e5..dc44817 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
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diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index 696ccb2..8a10450 100644 (file)
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
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diff --git a/src/jalview/io/ClustalFile.java b/src/jalview/io/ClustalFile.java

index f46e3ad..4a25474 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/DBRefFile.java b/src/jalview/io/DBRefFile.java

index 9ebc661..d1d5ade 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
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diff --git a/src/jalview/io/FastaFile.java b/src/jalview/io/FastaFile.java

index 2ee715d..63aa485 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/FeaturesFile.java b/src/jalview/io/FeaturesFile.java

index 462ee22..3d2cd1b 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/FileLoader.java b/src/jalview/io/FileLoader.java

index 6cb1212..bc76e42 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
+++ b/src/jalview/io/FileLoader.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/FileParse.java b/src/jalview/io/FileParse.java

index cca8ace..e6d9804 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
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diff --git a/src/jalview/io/FormatAdapter.java b/src/jalview/io/FormatAdapter.java

index 6514e60..6b294f2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/HTMLOutput.java b/src/jalview/io/HTMLOutput.java

index 3d2a148..8d10603 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/HTMLOutput.java
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diff --git a/src/jalview/io/IdentifyFile.java b/src/jalview/io/IdentifyFile.java

index f1f51b1..1c954f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/IdentifyFile.java
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diff --git a/src/jalview/io/JPredFile.java b/src/jalview/io/JPredFile.java

index a038cac..d496406 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index b381d62..6f409f1 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java

index 7178aae..d26762e 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index d09b200..accc453 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

index 993737b..4b3d074 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/MSFfile.java b/src/jalview/io/MSFfile.java

index 73d0f0f..b184d3f 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/MatrixFile.java b/src/jalview/io/MatrixFile.java

index 011eda3..3d8a403 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/io/ModellerDescription.java b/src/jalview/io/ModellerDescription.java

index e4483a5..b7425a7 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index 8dc2389..13fcc86 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index 4c10abe..5bb387f 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index 223e7a4..5dcf6e6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/PileUpfile.java b/src/jalview/io/PileUpfile.java

index 947d982..339e5db 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index 2183f2d..e5d1bdd 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/StockholmFile.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index c2031cc..fe8b053 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
+++ b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index ad291db..f820c1c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index 42e494f..c2fe6f5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index e8fedac..8faeb9f 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java

index 2c9eddc..df9a031 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java

index 2686e85..d7187bd 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java

index 08bb669..31cf874 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index fd9294b..b164767 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

index a12a74f..9f172e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java

index cc3d68f..47e1bc4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java

index 2697e1c..0f2a9e5 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java

index 625e2c4..1a277e7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index a8e2ef5..7edfd5b 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index 6444582..f752134 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFinder.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index a30293a..a3f97a8 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index 6ad36e8..0e9be71 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index b4e6321..5b827ba 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index e28581f..bed10c8 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index b412f6c..4183431 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index e8df12d..671ae09 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index d2bebc3..d4610db 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

index d6677f4..d95cd5f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java

index 70a75e4..63f8843 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java

index 89c5bf2..4f9efe0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index 5baf47c..7a04a41 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index 3487c6d..d6baaf6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index 117ebcd..1f59722 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index 165bad0..1fdc262 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index 5b7b55d..3d7d414 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index bf36492..88231e2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index ff6dea7..c46f964 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index 576b4ad..1811085 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index c1c1751..15a18fe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index a232298..c78309c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index 90aba34..7024bf5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index 819b05d..8b07cfe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
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index d577efc..3b09aaa 100755 (executable)
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index bcc26d1..bb4ea7c 100644 (file)
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index 2e201c9..ec3b7f2 100644 (file)
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index c24533e..b6aca72 100755 (executable)
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index 90bee0f..67789a9 100755 (executable)
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index 9c7fead..68fba6f 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index 8d5cda1..af68f86 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index 72126e0..8c9effe 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 3ecf00f..fa7ab12 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index 0bb9fc6..eff7b95 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index efb1bc5..33e3404 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index fc9edc9..a21eb4a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index ae49027..1ef7043 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index 54b63a8..68ef0ae 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index 1d4fff0..9e3575a 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 94de615..9461c9b 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index d0556c0..2c9ca22 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index ce54ffd..05c2cab 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java

index 7360772..d76d689 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index 3179078..8f52d69 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index c48c247..1fa8ead 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index 7f61b94..d36fbbc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index 56c3fe6..cf47bd2 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index 373db78..64f6282 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index b523c44..1bf82c4 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index 6e3b6c9..2552bfc 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java

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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index 7a7edf5..a35ceef 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index 135cbda..3d92cbc 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index 1e1c2b2..dcb4e55 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index fe62433..2329e8a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index 49bfe1d..c3a915d 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java

index 8901c8f..773fd9b 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

index 4e606ed..4dca0c8 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

index d69c267..07422c3 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

index 71b365a..30f519d 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index d7d4d19..6720096 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index d23f637..71fd067 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index 6e2c377..c0a6d00 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 367aeda..7ab5559 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index ab9951d..f789c80 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index a33663e..6067b81 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index 9182852..1f5b031 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index 8ff6830..56114f5 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

index c46f426..33f42aa 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

index 2d17aee..e39c735 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index 8c87fa2..bf93cfe 100644 (file)
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index 9891a28..ed16d30 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index 78c44ab..3cde48d 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java

index fb92e6f..6fcf222 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index 0f8d0e9..50f9ecf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java

index 6f69b87..3195d9a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

index 0f30a75..3c42e19 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

index ad04be7..6f06b52 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

index df41b22..2473cd6 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

index e13879d..a5d0870 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index 620de04..f92494f 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index 84eaa2f..d4aa283 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index ed55820..6613c14 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

index e265961..3bd0e7d 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index 79ce7eb..7b3704c 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index 653903f..e96c4c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index 122205d..06884cf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index a5cfd08..6c02a45 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index 34e9f46..bf8ae9f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index 5a983e7..924fbef 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index 57d24c3..0cb8f3c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index 053d0c7..c8f036a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index 6935c49..eeb6794 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index 26502d0..8207fa1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index 93fa6f1..55058f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

index 57cd1fa..ca1b33c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

index 57b1664..a8c2be7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

index 476e9f7..d08e0b1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

index 5f9f8f0..f1f6e94 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 8deb556..8c93d91 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index 6fc4e2b..6b927ff 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index c60b0b6..26f4344 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index 4ab0431..031e845 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index b934714..bae2d72 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index 39a0d6c..4eb844c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index 18fc6e4..f294855 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index 4990791..9976fc7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index 77938dd..8fd7b61 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index 743df65..5f05fff 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

index a5a5ed3..398e6be 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java

index 8c69fcc..5e78d02 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 590191b..27bc68d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java

index e461586..04b466d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index e42fd29..2b3e018 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java

index 27f1f33..aff6502 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/structure/SequenceListener.java b/src/jalview/structure/SequenceListener.java

index 7021f95..2310ab6 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureListener.java b/src/jalview/structure/StructureListener.java

index 0f7bf30..39a32f4 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureMapping.java b/src/jalview/structure/StructureMapping.java

index b119e73..bd6fba2 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

index 2f3a312..69e241f 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
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diff --git a/src/jalview/structure/VamsasListener.java b/src/jalview/structure/VamsasListener.java

index 962c928..18e70c6 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java

index f3c8cfd..e8a808d 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/Comparison.java b/src/jalview/util/Comparison.java

index 9cb2430..c3772cf 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/DBRefUtils.java b/src/jalview/util/DBRefUtils.java

index 9704170..5bd38e7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/DBRefUtils.java
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diff --git a/src/jalview/util/Format.java b/src/jalview/util/Format.java

index 46abdb9..e6b1a01 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index 511212a..5baee47 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

index 6405f98..1869e55 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/Platform.java b/src/jalview/util/Platform.java

index e225857..395eebc 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java

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diff --git a/src/jalview/util/ShiftList.java b/src/jalview/util/ShiftList.java

index be416dc..0e208db 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/util/TableSorter.java b/src/jalview/util/TableSorter.java

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diff --git a/src/jalview/util/UrlLink.java b/src/jalview/util/UrlLink.java

index c2df608..edd85f5 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index 96ac7e8..5ce7d28 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index f252b67..df3e00b 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/Discoverer.java b/src/jalview/ws/Discoverer.java

index 7e822aa..c967ca5 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/ws/JPredClient.java b/src/jalview/ws/JPredClient.java

index 3add58d..6c979f2 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/ws/JPredThread.java b/src/jalview/ws/JPredThread.java

index 68360d6..6178b55 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/MsaWSClient.java

index 089b243..0040b5e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/MsaWSClient.java
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 3f05213..93a76d0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/MsaWSThread.java
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index 9b6023c..f6a043c 100644 (file)
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index 0c34518..13d83f1 100644 (file)
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index e883ea4..aa0ac71 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/ws/WSClientI.java b/src/jalview/ws/WSClientI.java

index 8e78ba5..8bea9bf 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/ws/WSThread.java b/src/jalview/ws/WSThread.java

index 72d1e4f..a0ed4c6 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java

index 9283c66..72d3cfa 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

index de2a034..6547991 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

index 0dfc924..8562f37 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index 344182f..5c16f18 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java

index 61f2d8b..0d38980 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

index 3555532..7def332 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

index 754176c..8f3875f 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

index 91ffbca..f6794a9 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

index 25e08fc..46f2053 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

index 5cde798..d895ea3 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

index ab0b10c..e291767 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java

index c827b03..24fc423 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

index e036404..4795418 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

index d5ab2e1..6ef7b8a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index 8a8cf44..6caa587 100644 (file)
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index 25fbcbf..141f287 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index 10aaf7d..222e5fc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java

index 58f8a8b..345bfaa 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * CrossReference.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.picr.model;\r
  \r
  public class CrossReference implements java.io.Serializable\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java

index e07e14e..d9d8a44 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * CrossReference_Helper.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.picr.model;\r
  \r
  public class CrossReference_Helper\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java

index b7ad7a6..c0d37d6 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * UPEntry.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.picr.model;\r
  \r
  public class UPEntry implements java.io.Serializable\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java

index 579a1b1..03aeedf 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * UPEntry_Helper.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * \r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.picr.model;\r
  \r
  public class UPEntry_Helper\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java

index d9e1037..bab9a0a 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * Data.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
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+ * 
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public class Data implements java.io.Serializable
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java

index 0284103..230f098 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * InputParams.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
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+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
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+ * 
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+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public class InputParams implements java.io.Serializable
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java

index 0dd62b1..348efa6 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSFile.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public class WSFile implements java.io.Serializable
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java

index 09d59a4..3215920 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlast.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
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   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public interface WSWUBlast extends java.rmi.Remote
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java

index ececb65..16356c4 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastService.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public interface WSWUBlastService extends javax.xml.rpc.Service
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java

index 6e8fca9..cc02f50 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastServiceLocator.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public class WSWUBlastServiceLocator extends org.apache.axis.client.Service
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java

index a8157b8..048cb76 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**
- * WSWUBlastSoapBindingStub.java
- *
- * This file was auto-generated from WSDL
- * by the Apache Axis WSDL2Java emitter.
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
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+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
   */
-
  package uk.ac.ebi.www;
  
  public class WSWUBlastSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java

index ed401ad..1cb6615 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperBindingStub.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
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+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
  \r
  public class AccessionMapperBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java

index faf327b..ae6f57d 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperInterface.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
  \r
  public interface AccessionMapperInterface extends java.rmi.Remote\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java

index a234689..12d81de 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperService.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
  \r
  public interface AccessionMapperService extends javax.xml.rpc.Service\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java

index debb3c9..1b4f737 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
@@ -1,10 +1,21 @@
-/**\r
- * AccessionMapperServiceLocator.java\r
- *\r
- * This file was auto-generated from WSDL\r
- * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)\r
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ * \r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
   */\r
-\r
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;\r
  \r
  public class AccessionMapperServiceLocator extends\r
diff --git a/src/vamsas/IMsaWS.java b/src/vamsas/IMsaWS.java

index 93d6289..f05fbe6 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

index 0eb9256..241a776 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java

index 7bd91d0..d64d260 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java

index f294d51..93d0764 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java

index edc1fc3..7e7f732 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java

index 3b9bb2a..b9c60b3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java

index 3065aeb..15e7115 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java

index a2b179e..311ac63 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java

index 96fbca0..6037fe3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object.java b/src/vamsas/objects/simple/Object.java

index 81d954a..3f57d0e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java

index 6ea63e7..b5dc7f5 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result.java b/src/vamsas/objects/simple/Result.java

index 84df25d..daf69e9 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java

index 011ebf9..de15fde 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java

index 93c8467..2f20951 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java

index 1052f69..72f3faf 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index c902117..ea9e411 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*\r
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java

index 3e10bab..4c2963a 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java

index 40c8ea0..e5e3364 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index d8416b8..05c0af9 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index 5ad832f..fbe73ab 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java

index f45ff0c..99c42b9 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index cce5388..0838493 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index 77272d7..c0cb02e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

index ac65ad2..5123ced 100644 (file)
--- a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
+++ b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
@@ -1,4 +1,22 @@
  <?xml version="1.0"?>
+<!--
+  Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
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+  
+  This program is distributed in the hope that it will be useful,
+  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+  GNU General Public License for more details.
+  
+  You should have received a copy of the GNU General Public License
+  along with this program; if not, write to the Free Software
+  Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+-->
  <project name="jalviewInstallAnywhere" default="build" basedir=".">
    <property name="IA_LOCATION" value="/homes/ws-dev1/Macrovision/InstallAnywhere_2008_VP1_Standard"/>
    <property name="IA_PROJECT" location="Jalview.iap_xml"/>
diff --git a/utils/help2Website.java b/utils/help2Website.java

index 6bb4dfc..18a71e5 100755 (executable)
--- a/utils/help2Website.java
+++ b/utils/help2Website.java
@@ -1,6 +1,6 @@
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author	jprocter <Jim Procter>
	Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)
committer	jprocter <Jim Procter>
	Tue, 2 Jun 2009 12:11:24 +0000 (12:11 +0000)