src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  22 import jalview.util.MessageManager;
  23 import jalview.util.TableSorter;
  24 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  25 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.MouseAdapter;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Properties;
  34 import java.util.StringTokenizer;
  35 import java.util.Vector;
  36
  37 import javax.swing.JCheckBox;
  38 import javax.swing.JLabel;
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JTextField;
  42 import javax.swing.ListSelectionModel;
  43 import javax.swing.SwingUtilities;
  44 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  45 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  46 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  47
  48 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  52
  53 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  54         Runnable, ListSelectionListener
  55 {
  56   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  57
  58   Vector<String> selectedSources;
  59
  60   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  61   {
  62     fs = featureSettings;
  63     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  64     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  65     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  66
  67     registryURL.setText(registry);
  68
  69     setSelectedFromProperties();
  70
  71     displayFullDetails(null);
  72     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  73
  74     filter1.addListSelectionListener(this);
  75     filter2.addListSelectionListener(this);
  76     filter3.addListSelectionListener(this);
  77
  78     // Ask to be notified of selection changes.
  79     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  80     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  81     {
  82       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  83       {
  84         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  85         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  86         {
  87           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  88           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  89         }
  90       }
  91     });
  92
  93     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  94     {
  95       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  96       {
  97         if (evt.getClickCount() == 2
  98                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
  99         {
 100           editRemoveLocalSource(evt);
 101         }
 102       }
 103     });
 104
 105     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 106     {
 107       init();
 108     }
 109   }
 110
 111   FeatureSettings fs = null;
 112
 113   private boolean loadingDasSources;
 114
 115   public DasSourceBrowser()
 116   {
 117     this(null);
 118   }
 119
 120   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 121   {
 122     if (sourceRegistry == null)
 123     {
 124       Thread worker = new Thread(this);
 125       worker.start();
 126     }
 127   }
 128
 129   void init()
 130   {
 131     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 132     int dSize = sources.size();
 133     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 134     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 135     {
 136       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 137       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 138               .getTitle()));
 139     }
 140
 141     refreshTableData(data);
 142     setCapabilities(sourceRegistry);
 143
 144     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 145     {
 146       public void run()
 147       {
 148         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 149         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 150         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 151       }
 152     });
 153
 154     progressBar.setIndeterminate(false);
 155     progressBar.setVisible(false);
 156     addLocal.setVisible(true);
 157     refresh.setVisible(true);
 158   }
 159
 160   public void refreshTableData(Object[][] data)
 161   {
 162     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 163     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 164     table.setModel(sorter);
 165   }
 166
 167   void displayFullDetails(String nickName)
 168   {
 169
 170     StringBuffer text = new StringBuffer(
 171             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 172
 173     if (nickName == null)
 174     {
 175       fullDetails.setText(text + MessageManager.getString("label.select_das_service_from_table"));
 176       return;
 177     }
 178
 179     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 180     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 181     {
 182       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 183       {
 184         continue;
 185       }
 186
 187       VERSION latest = ds.getVersion();
 188       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 189               + "<br>");
 190       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 191               + ds.getTitle() + "<br>");
 192
 193       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 194               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 195               + "<br>");
 196       if (!ds.isLocal())
 197       {
 198         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 199         {
 200           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 201                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 202                   + "<br>");
 203         }
 204
 205         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 206                 + ds.getDescription() + "<br>");
 207
 208         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 209                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 210
 211         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 212                 + latest.getCreated() + "<br>");
 213
 214         // TODO: Identify last successful test date
 215         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 216         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 217       }
 218       else
 219       {
 220         text.append("Source was added manually.<br/>");
 221       }
 222       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 223       boolean b = false;
 224       for (PROP labl : latest.getPROP())
 225       {
 226         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 227         {
 228           if (b)
 229           {
 230             text.append(",");
 231           }
 232           text.append(" ");
 233
 234           text.append(labl.getValue());
 235           b = true;
 236         }
 237         ;
 238       }
 239       text.append("<br>");
 240
 241       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 242       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 243       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 244       {
 245         text.append(scap[j].getType());
 246         if (j < scap.length - 1)
 247         {
 248           text.append(", ");
 249         }
 250       }
 251       text.append("<br>");
 252
 253       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 254       int i = 1;
 255       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 256       {
 257         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 258         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 259         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 260         {
 261           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 262         }
 263         if (dcs.getVersion() != null
 264                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 265         {
 266           {
 267             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 268           }
 269         }
 270         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 271                 + "</a>)");
 272       }
 273       text.append("</font></html>");
 274
 275       break;
 276     }
 277
 278     fullDetails.setText(text.toString());
 279     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 280     {
 281       public void run()
 282       {
 283         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 284       }
 285     });
 286   }
 287
 288   public void run()
 289   {
 290     loadingDasSources = true;
 291
 292     addLocal.setVisible(false);
 293     refresh.setVisible(false);
 294     progressBar.setVisible(true);
 295     progressBar.setIndeterminate(true);
 296     setParentGuiEnabled(false);
 297     // Refresh the source list.
 298     sourceRegistry.refreshSources();
 299
 300     init();
 301
 302     setParentGuiEnabled(true);
 303     loadingDasSources = false;
 304
 305   }
 306
 307   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 308   {
 309     if (fs != null)
 310     {
 311       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 312       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 313     }
 314   }
 315
 316   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 317   {
 318     // wait around if we're still loading.
 319     while (sourceRegistry == null)
 320     {
 321       if (!loadingDasSources)
 322       {
 323         new Thread(this).start();
 324         try
 325         {
 326           Thread.sleep(5);
 327         } catch (Exception e)
 328         {
 329         }
 330         ;
 331         while (loadingDasSources)
 332         {
 333           try
 334           {
 335             Thread.sleep(5);
 336           } catch (Exception e)
 337           {
 338           }
 339           ;
 340         }
 341         ;
 342       }
 343     }
 344
 345     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 346     for (String source : selectedSources)
 347     {
 348       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 349       if (srce != null)
 350       {
 351         selected.addElement(srce);
 352       }
 353     }
 354     return selected;
 355   }
 356
 357   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 358   {
 359     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 360
 361     Thread worker = new Thread(this);
 362     worker.start();
 363   }
 364
 365   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 366   {
 367     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 368     Vector<String> type = new Vector<String>();
 369     Vector<String> label = new Vector<String>();
 370     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 371     authority.add("Any");
 372     type.add("Any");
 373     label.add("Any");
 374
 375     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 376     {
 377       VERSION latest = ds.getVersion();
 378
 379       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 380       {
 381         if (!type.contains(cs.getSource()))
 382         {
 383           type.add(cs.getSource()); // source==category
 384         }
 385
 386         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 387         {
 388           authority.add(cs.getAuthority());
 389         }
 390       }
 391
 392       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 393       {
 394         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 395                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 396         {
 397           label.add(slabel.getValue());
 398         }
 399       }
 400
 401     }
 402
 403     filter1.setListData(authority);
 404     filter2.setListData(type);
 405     filter3.setListData(label);
 406     // filter4 taxIds
 407
 408     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 409     {
 410       public void run()
 411       {
 412         filter1.setSelectedIndex(0);
 413         filter2.setSelectedIndex(0);
 414         filter3.setSelectedIndex(0);
 415       }
 416     });
 417   }
 418
 419   public void amendLocal(boolean newSource)
 420   {
 421     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 422     boolean seqsrc = false;
 423     if (!newSource)
 424     {
 425       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 426       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 427       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 428       url = source.getUri();
 429       seqsrc = source.isSequenceSource();
 430     }
 431
 432     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 433     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 434     JCheckBox seqs = new JCheckBox(MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 435     seqs.setSelected(seqsrc);
 436     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 437     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 438     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.structure_manager")), BorderLayout.CENTER);
 439     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 440     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 441     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 442     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")), BorderLayout.NORTH);
 443     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 444     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 445     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 446
 447     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 448             panel, MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 449             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 450
 451     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 452     {
 453       return;
 454     }
 455
 456     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 457     {
 458       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 459     }
 460
 461     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 462             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 463     List sources = sourceRegistry.getSources();
 464     int osize = sources.size();
 465     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 466
 467     Object[][] data = new Object[size][2];
 468     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 469             .getModel()).getTableModel() : null;
 470     for (int i = 0; i < osize; i++)
 471     {
 472       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 473               .getValueAt(i, 0);
 474       if (!newSource && osrc != null
 475               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 476       {
 477         data[i][0] = local.getTitle();
 478         data[i][1] = new Boolean(true);
 479       }
 480       else
 481       {
 482         data[i][0] = osrc;
 483         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 484       }
 485     }
 486     // Always add a new source at the end
 487     if (newSource)
 488     {
 489       data[osize][0] = local.getTitle();
 490       data[osize][1] = new Boolean(true);
 491       selectedSources.add(local.getTitle());
 492     }
 493
 494     refreshTableData(data);
 495
 496     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 497     {
 498       public void run()
 499       {
 500         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 501                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 502       }
 503     });
 504
 505     displayFullDetails(local.getTitle());
 506   }
 507
 508   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 509   {
 510     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 511     if (selectedRow == -1)
 512     {
 513       return;
 514     }
 515
 516     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 517
 518     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 519     {
 520       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 521               MessageManager.getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 522               MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 523               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 524       return;
 525     }
 526
 527     Object[] options =
 528     { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 529     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 530             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 531             "Edit / Remove Local DAS Source",
 532             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 533             null, options, options[2]);
 534
 535     switch (choice)
 536     {
 537     case 0:
 538       amendLocal(false);
 539       break;
 540     case 1:
 541       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 542       selectedSources.remove(nickname);
 543       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 544       int index = 0,
 545       l = table.getRowCount();
 546
 547       for (int i = 0; i < l; i++)
 548       {
 549         String nm;
 550         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 551         {
 552           continue;
 553         }
 554         else
 555         {
 556           data[index][0] = nm;
 557           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 558           index++;
 559         }
 560       }
 561       refreshTableData(data);
 562       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 563       {
 564         public void run()
 565         {
 566           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 567                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 568         }
 569       });
 570
 571       break;
 572     }
 573   }
 574
 575   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 576   {
 577     // Called when the MainTable selection changes
 578     if (evt.getValueIsAdjusting())
 579     {
 580       return;
 581     }
 582
 583     displayFullDetails(null);
 584
 585     // Filter the displayed data sources
 586
 587     ArrayList names = new ArrayList();
 588     ArrayList selected = new ArrayList();
 589
 590     // The features filter is not visible, but we must still
 591     // filter the das source list here.
 592     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 593     Object[] dummyFeatureList = new Object[]
 594     { "features" };
 595     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 596     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 597     {
 598
 599       VERSION v = ds.getVersion();
 600       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 601       if (ds.isLocal()
 602               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 603                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 604                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 605                       .getSelectedIndex() == 0))
 606       {
 607         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 608         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 609         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 610         names.add(ds.getTitle());
 611         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 612         continue;
 613       }
 614
 615       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 616               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 617                       ds.getLabelsFor(v)))
 618       {
 619         continue;
 620       }
 621
 622       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 623       {
 624         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]
 625         { coords.get(j).getAuthority() })
 626                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 627                 { coords.get(j).getSource() }))
 628         {
 629           names.add(ds.getTitle());
 630           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 631           break;
 632         }
 633       }
 634     }
 635
 636     int dSize = names.size();
 637     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 638     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 639     {
 640       data[d][0] = names.get(d);
 641       data[d][1] = selected.get(d);
 642     }
 643
 644     refreshTableData(data);
 645   }
 646
 647   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 648   {
 649     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 650     {
 651       if (selection[i].equals("Any"))
 652       {
 653         return true;
 654       }
 655       if (items == null || items.length == 0)
 656       {
 657         return false;
 658       }
 659       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 660               + selection[i];
 661       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 662       {
 663         if (sel.equals(items[j]))
 664         {
 665           return true;
 666         }
 667       }
 668     }
 669
 670     return false;
 671   }
 672
 673   void setSelectedFromProperties()
 674   {
 675     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 676             "uniprot");
 677     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 678     selectedSources = new Vector();
 679     while (st.hasMoreTokens())
 680     {
 681       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 682     }
 683   }
 684
 685   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 686   {
 687     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 688   }
 689
 690   /**
 691    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 692    *
 693    * @param properties
 694    */
 695   public void saveProperties(Properties properties)
 696   {
 697     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 698     {
 699       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 700     }
 701     else
 702     {
 703       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 704               registryURL.getText());
 705     }
 706
 707     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 708     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 709     {
 710       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 711       {
 712         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 713       }
 714     }
 715
 716     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 717             sb.toString());
 718
 719     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 720     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 721   }
 722
 723   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 724   {
 725
 726     public DASTableModel(Object[][] data)
 727     {
 728       this.data = data;
 729     }
 730
 731     private String[] columnNames = new String[]
 732     { "Nickname", "Use Source" };
 733
 734     private Object[][] data;
 735
 736     public int getColumnCount()
 737     {
 738       return columnNames.length;
 739     }
 740
 741     public int getRowCount()
 742     {
 743       return data.length;
 744     }
 745
 746     public String getColumnName(int col)
 747     {
 748       return columnNames[col];
 749     }
 750
 751     public Object getValueAt(int row, int col)
 752     {
 753       return data[row][col];
 754     }
 755
 756     /*
 757      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 758      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 759      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 760      */
 761     public Class getColumnClass(int c)
 762     {
 763       return getValueAt(0, c).getClass();
 764     }
 765
 766     /*
 767      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 768      */
 769     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 770     {
 771       // Note that the data/cell address is constant,
 772       // no matter where the cell appears onscreen.
 773       return col == 1;
 774
 775     }
 776
 777     /*
 778      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 779      */
 780     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 781     {
 782       data[row][col] = value;
 783       fireTableCellUpdated(row, col);
 784
 785       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 786       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 787
 788       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 789       {
 790         selectedSources.remove(name);
 791       }
 792
 793       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 794       {
 795         selectedSources.add(name);
 796       }
 797     }
 798   }
 799
 800   public void initDasSources()
 801   {
 802
 803     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 804     {
 805       public void run()
 806       {
 807         // this actually initialises the das source list
 808         paintComponent(null); // yuk
 809       }
 810     });
 811     thr.start();
 812     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 813     {
 814       try
 815       {
 816         Thread.sleep(10);
 817       } catch (Exception e)
 818       {
 819       }
 820       ;
 821     }
 822   }
 823
 824   /**
 825    * disable or enable the buttons on the source browser
 826    *
 827    * @param b
 828    */
 829   public void setGuiEnabled(boolean b)
 830   {
 831     refresh.setEnabled(b);
 832     addLocal.setEnabled(b);
 833   }
 834 }