src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  56         Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  85       {
  86         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  87         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  88         {
  89           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  90           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  91         }
  92       }
  93     });
  94
  95     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  96     {
  97       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  98       {
  99         if (evt.getClickCount() == 2
 100                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 101         {
 102           editRemoveLocalSource(evt);
 103         }
 104       }
 105     });
 106
 107     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 108     {
 109       init();
 110     }
 111   }
 112
 113   FeatureSettings fs = null;
 114
 115   private boolean loadingDasSources;
 116
 117   public DasSourceBrowser()
 118   {
 119     this(null);
 120   }
 121
 122   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 123   {
 124     if (sourceRegistry == null)
 125     {
 126       Thread worker = new Thread(this);
 127       worker.start();
 128     }
 129   }
 130
 131   void init()
 132   {
 133     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 134     int dSize = sources.size();
 135     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 136     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 137     {
 138       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 139       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 140               .getTitle()));
 141     }
 142
 143     refreshTableData(data);
 144     setCapabilities(sourceRegistry);
 145
 146     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 147     {
 148       public void run()
 149       {
 150         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 151         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 152         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 153       }
 154     });
 155
 156     progressBar.setIndeterminate(false);
 157     progressBar.setVisible(false);
 158     addLocal.setVisible(true);
 159     refresh.setVisible(true);
 160   }
 161
 162   public void refreshTableData(Object[][] data)
 163   {
 164     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 165     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 166     table.setModel(sorter);
 167   }
 168
 169   void displayFullDetails(String nickName)
 170   {
 171
 172     StringBuffer text = new StringBuffer(
 173             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 174
 175     if (nickName == null)
 176     {
 177       fullDetails.setText(text
 178               + MessageManager
 179                       .getString("label.select_das_service_from_table"));
 180       return;
 181     }
 182
 183     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 184     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 185     {
 186       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 187       {
 188         continue;
 189       }
 190
 191       VERSION latest = ds.getVersion();
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 193               + "<br>");
 194       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 195               + ds.getTitle() + "<br>");
 196
 197       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 198               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 199               + "<br>");
 200       if (!ds.isLocal())
 201       {
 202         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 203         {
 204           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 205                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 206                   + "<br>");
 207         }
 208
 209         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 210                 + ds.getDescription() + "<br>");
 211
 212         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 213                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 214
 215         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 216                 + latest.getCreated() + "<br>");
 217
 218         // TODO: Identify last successful test date
 219         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 220         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 221       }
 222       else
 223       {
 224         text.append("Source was added manually.<br/>");
 225       }
 226       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 227       boolean b = false;
 228       for (PROP labl : latest.getPROP())
 229       {
 230         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 231         {
 232           if (b)
 233           {
 234             text.append(",");
 235           }
 236           text.append(" ");
 237
 238           text.append(labl.getValue());
 239           b = true;
 240         }
 241         ;
 242       }
 243       text.append("<br>");
 244
 245       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 246       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 247       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 248       {
 249         text.append(scap[j].getType());
 250         if (j < scap.length - 1)
 251         {
 252           text.append(", ");
 253         }
 254       }
 255       text.append("<br>");
 256
 257       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 258       int i = 1;
 259       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 260       {
 261         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 262         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 263         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 264         {
 265           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 266         }
 267         if (dcs.getVersion() != null
 268                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 269         {
 270           {
 271             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 272           }
 273         }
 274         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 275                 + "</a>)");
 276       }
 277       text.append("</font></html>");
 278
 279       break;
 280     }
 281
 282     fullDetails.setText(text.toString());
 283     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 284     {
 285       public void run()
 286       {
 287         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 288       }
 289     });
 290   }
 291
 292   public void run()
 293   {
 294     loadingDasSources = true;
 295
 296     addLocal.setVisible(false);
 297     refresh.setVisible(false);
 298     progressBar.setVisible(true);
 299     progressBar.setIndeterminate(true);
 300     setParentGuiEnabled(false);
 301     // Refresh the source list.
 302     sourceRegistry.refreshSources();
 303
 304     init();
 305
 306     setParentGuiEnabled(true);
 307     loadingDasSources = false;
 308
 309   }
 310
 311   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 312   {
 313     if (fs != null)
 314     {
 315       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 316       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 317     }
 318   }
 319
 320   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 321   {
 322     // wait around if we're still loading.
 323     while (sourceRegistry == null)
 324     {
 325       if (!loadingDasSources)
 326       {
 327         new Thread(this).start();
 328         try
 329         {
 330           Thread.sleep(5);
 331         } catch (Exception e)
 332         {
 333         }
 334         ;
 335         while (loadingDasSources)
 336         {
 337           try
 338           {
 339             Thread.sleep(5);
 340           } catch (Exception e)
 341           {
 342           }
 343           ;
 344         }
 345         ;
 346       }
 347     }
 348
 349     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 350     for (String source : selectedSources)
 351     {
 352       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 353       if (srce != null)
 354       {
 355         selected.addElement(srce);
 356       }
 357     }
 358     return selected;
 359   }
 360
 361   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 364
 365     Thread worker = new Thread(this);
 366     worker.start();
 367   }
 368
 369   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 370   {
 371     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 372     Vector<String> type = new Vector<String>();
 373     Vector<String> label = new Vector<String>();
 374     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 375     authority.add("Any");
 376     type.add("Any");
 377     label.add("Any");
 378
 379     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 380     {
 381       VERSION latest = ds.getVersion();
 382
 383       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 384       {
 385         if (!type.contains(cs.getSource()))
 386         {
 387           type.add(cs.getSource()); // source==category
 388         }
 389
 390         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 391         {
 392           authority.add(cs.getAuthority());
 393         }
 394       }
 395
 396       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 397       {
 398         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 399                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 400         {
 401           label.add(slabel.getValue());
 402         }
 403       }
 404
 405     }
 406
 407     filter1.setListData(authority);
 408     filter2.setListData(type);
 409     filter3.setListData(label);
 410     // filter4 taxIds
 411
 412     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 413     {
 414       public void run()
 415       {
 416         filter1.setSelectedIndex(0);
 417         filter2.setSelectedIndex(0);
 418         filter3.setSelectedIndex(0);
 419       }
 420     });
 421   }
 422
 423   public void amendLocal(boolean newSource)
 424   {
 425     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 426     boolean seqsrc = false;
 427     if (!newSource)
 428     {
 429       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 430       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 431       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 432       url = source.getUri();
 433       seqsrc = source.isSequenceSource();
 434     }
 435
 436     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 437     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 438     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 439             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 440     seqs.setSelected(seqsrc);
 441     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 442     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 443     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name")),
 444             BorderLayout.CENTER);
 445     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 446     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 447     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 448     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")),
 449             BorderLayout.NORTH);
 450     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 451     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 452     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 453
 454     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 455             panel,
 456             MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 457             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 458
 459     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 460     {
 461       return;
 462     }
 463
 464     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 465     {
 466       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 467     }
 468
 469     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 470             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 471     List sources = sourceRegistry.getSources();
 472     int osize = sources.size();
 473     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 474
 475     Object[][] data = new Object[size][2];
 476     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 477             .getModel()).getTableModel() : null;
 478     for (int i = 0; i < osize; i++)
 479     {
 480       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 481               .getValueAt(i, 0);
 482       if (!newSource && osrc != null
 483               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 484       {
 485         data[i][0] = local.getTitle();
 486         data[i][1] = new Boolean(true);
 487       }
 488       else
 489       {
 490         data[i][0] = osrc;
 491         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 492       }
 493     }
 494     // Always add a new source at the end
 495     if (newSource)
 496     {
 497       data[osize][0] = local.getTitle();
 498       data[osize][1] = new Boolean(true);
 499       selectedSources.add(local.getTitle());
 500     }
 501
 502     refreshTableData(data);
 503
 504     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 505     {
 506       public void run()
 507       {
 508         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 509                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 510       }
 511     });
 512
 513     displayFullDetails(local.getTitle());
 514   }
 515
 516   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 517   {
 518     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 519     if (selectedRow == -1)
 520     {
 521       return;
 522     }
 523
 524     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 525
 526     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 527     {
 528       JOptionPane
 529               .showInternalMessageDialog(
 530                       Desktop.desktop,
 531                       MessageManager
 532                               .getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 533                       MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 534                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 535       return;
 536     }
 537
 538     Object[] options = { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 539     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 540             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 541             "Edit / Remove Local DAS Source",
 542             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 543             null, options, options[2]);
 544
 545     switch (choice)
 546     {
 547     case 0:
 548       amendLocal(false);
 549       break;
 550     case 1:
 551       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 552       selectedSources.remove(nickname);
 553       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 554       int index = 0,
 555       l = table.getRowCount();
 556
 557       for (int i = 0; i < l; i++)
 558       {
 559         String nm;
 560         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 561         {
 562           continue;
 563         }
 564         else
 565         {
 566           data[index][0] = nm;
 567           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 568           index++;
 569         }
 570       }
 571       refreshTableData(data);
 572       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 573       {
 574         public void run()
 575         {
 576           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 577                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 578         }
 579       });
 580
 581       break;
 582     }
 583   }
 584
 585   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 586   {
 587     // Called when the MainTable selection changes
 588     if (evt.getValueIsAdjusting())
 589     {
 590       return;
 591     }
 592
 593     displayFullDetails(null);
 594
 595     // Filter the displayed data sources
 596
 597     ArrayList names = new ArrayList();
 598     ArrayList selected = new ArrayList();
 599
 600     // The features filter is not visible, but we must still
 601     // filter the das source list here.
 602     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 603     Object[] dummyFeatureList = new Object[] { "features" };
 604     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 605     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 606     {
 607
 608       VERSION v = ds.getVersion();
 609       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 610       if (ds.isLocal()
 611               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 612                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 613                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 614                       .getSelectedIndex() == 0))
 615       {
 616         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 617         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 618         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 619         names.add(ds.getTitle());
 620         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 621         continue;
 622       }
 623
 624       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 625               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 626                       ds.getLabelsFor(v)))
 627       {
 628         continue;
 629       }
 630
 631       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 632       {
 633         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),
 634                 new String[] { coords.get(j).getAuthority() })
 635                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 636                 { coords.get(j).getSource() }))
 637         {
 638           names.add(ds.getTitle());
 639           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 640           break;
 641         }
 642       }
 643     }
 644
 645     int dSize = names.size();
 646     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 647     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 648     {
 649       data[d][0] = names.get(d);
 650       data[d][1] = selected.get(d);
 651     }
 652
 653     refreshTableData(data);
 654   }
 655
 656   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 657   {
 658     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 659     {
 660       if (selection[i].equals("Any"))
 661       {
 662         return true;
 663       }
 664       if (items == null || items.length == 0)
 665       {
 666         return false;
 667       }
 668       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 669               + selection[i];
 670       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 671       {
 672         if (sel.equals(items[j]))
 673         {
 674           return true;
 675         }
 676       }
 677     }
 678
 679     return false;
 680   }
 681
 682   void setSelectedFromProperties()
 683   {
 684     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 685             "uniprot");
 686     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 687     selectedSources = new Vector();
 688     while (st.hasMoreTokens())
 689     {
 690       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 691     }
 692   }
 693
 694   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 695   {
 696     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 697   }
 698
 699   /**
 700    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 701    *
 702    * @param properties
 703    */
 704   public void saveProperties(Properties properties)
 705   {
 706     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 707     {
 708       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 709     }
 710     else
 711     {
 712       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 713               registryURL.getText());
 714     }
 715
 716     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 717     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 718     {
 719       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 720       {
 721         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 722       }
 723     }
 724
 725     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 726             sb.toString());
 727
 728     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 729     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 730   }
 731
 732   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 733   {
 734
 735     public DASTableModel(Object[][] data)
 736     {
 737       this.data = data;
 738     }
 739
 740     private String[] columnNames = new String[] {
 741         MessageManager.getString("label.nickname"),
 742         MessageManager.getString("label.use_source") };
 743
 744     private Object[][] data;
 745
 746     public int getColumnCount()
 747     {
 748       return columnNames.length;
 749     }
 750
 751     public int getRowCount()
 752     {
 753       return data.length;
 754     }
 755
 756     public String getColumnName(int col)
 757     {
 758       return columnNames[col];
 759     }
 760
 761     public Object getValueAt(int row, int col)
 762     {
 763       return data[row][col];
 764     }
 765
 766     /*
 767      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 768      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 769      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 770      */
 771     public Class getColumnClass(int c)
 772     {
 773       return getValueAt(0, c).getClass();
 774     }
 775
 776     /*
 777      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 778      */
 779     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 780     {
 781       // Note that the data/cell address is constant,
 782       // no matter where the cell appears onscreen.
 783       return col == 1;
 784
 785     }
 786
 787     /*
 788      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 789      */
 790     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 791     {
 792       data[row][col] = value;
 793       fireTableCellUpdated(row, col);
 794
 795       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 796       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 797
 798       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 799       {
 800         selectedSources.remove(name);
 801       }
 802
 803       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 804       {
 805         selectedSources.add(name);
 806       }
 807     }
 808   }
 809
 810   public void initDasSources()
 811   {
 812
 813     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 814     {
 815       public void run()
 816       {
 817         // this actually initialises the das source list
 818         paintComponent(null); // yuk
 819       }
 820     });
 821     thr.start();
 822     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 823     {
 824       try
 825       {
 826         Thread.sleep(10);
 827       } catch (Exception e)
 828       {
 829       }
 830       ;
 831     }
 832   }
 833
 834   /**
 835    * disable or enable the buttons on the source browser
 836    *
 837    * @param b
 838    */
 839   public void setGuiEnabled(boolean b)
 840   {
 841     refresh.setEnabled(b);
 842     addLocal.setEnabled(b);
 843   }
 844 }