src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.io.FileLoader;
  27 import jalview.io.FormatAdapter;
  28 import jalview.io.IdentifyFile;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  32 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.ImageMaker;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  37 import jalview.ws.params.ParamManager;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Dimension;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.GridLayout;
  45 import java.awt.Point;
  46 import java.awt.Rectangle;
  47 import java.awt.Toolkit;
  48 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  49 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  50 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  51 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  52 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  53 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  54 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  55 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  57 import java.awt.event.ActionEvent;
  58 import java.awt.event.ActionListener;
  59 import java.awt.event.FocusEvent;
  60 import java.awt.event.FocusListener;
  61 import java.awt.event.MouseAdapter;
  62 import java.awt.event.MouseEvent;
  63 import java.awt.event.MouseListener;
  64 import java.awt.event.WindowAdapter;
  65 import java.awt.event.WindowEvent;
  66 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  67 import java.beans.PropertyChangeListener;
  68 import java.beans.PropertyVetoException;
  69 import java.io.BufferedInputStream;
  70 import java.io.File;
  71 import java.io.FileOutputStream;
  72 import java.lang.reflect.Constructor;
  73 import java.net.URL;
  74 import java.util.ArrayList;
  75 import java.util.Hashtable;
  76 import java.util.List;
  77 import java.util.StringTokenizer;
  78 import java.util.Vector;
  79 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  80 import java.util.concurrent.Executors;
  81 import java.util.concurrent.Semaphore;
  82
  83 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  84 import javax.swing.DesktopManager;
  85 import javax.swing.JButton;
  86 import javax.swing.JComboBox;
  87 import javax.swing.JComponent;
  88 import javax.swing.JDesktopPane;
  89 import javax.swing.JFrame;
  90 import javax.swing.JInternalFrame;
  91 import javax.swing.JLabel;
  92 import javax.swing.JMenuItem;
  93 import javax.swing.JOptionPane;
  94 import javax.swing.JPanel;
  95 import javax.swing.JPopupMenu;
  96 import javax.swing.JProgressBar;
  97 import javax.swing.SwingUtilities;
  98 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  99 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 100 import javax.swing.event.MenuEvent;
 101 import javax.swing.event.MenuListener;
 102
 103 /**
 104  * Jalview Desktop
 105  *
 106  *
 107  * @author $author$
 108  * @version $Revision: 1.155 $
 109  */
 110 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 111         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 112         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 113 {
 114
 115   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 116
 117   /**
 118    * news reader - null if it was never started.
 119    */
 120   private BlogReader jvnews = null;
 121
 122   private File projectFile;
 123
 124   /**
 125    * @param listener
 126    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 127    */
 128   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 129           PropertyChangeListener listener)
 130   {
 131     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * @param propertyName
 136    * @param listener
 137    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 138    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 139    */
 140   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 141           PropertyChangeListener listener)
 142   {
 143     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @param propertyName
 148    * @param listener
 149    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 150    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 151    */
 152   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 153           PropertyChangeListener listener)
 154   {
 155     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 156             listener);
 157   }
 158
 159   /** Singleton Desktop instance */
 160   public static Desktop instance;
 161
 162   public static MyDesktopPane desktop;
 163
 164   static int openFrameCount = 0;
 165
 166   static final int xOffset = 30;
 167
 168   static final int yOffset = 30;
 169
 170   private static AlignFrame currentAlignFrame;
 171
 172   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 173
 174   public static Object[] jalviewClipboard;
 175
 176   public static boolean internalCopy = false;
 177
 178   static int fileLoadingCount = 0;
 179
 180   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 181   {
 182
 183     private DesktopManager delegate;
 184
 185     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 186     {
 187       this.delegate = delegate;
 188     }
 189
 190     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 191     {
 192       try
 193       {
 194         delegate.activateFrame(f);
 195       } catch (NullPointerException npe)
 196       {
 197         Point p = getMousePosition();
 198         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 199       }
 200     }
 201
 202     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 203     {
 204       delegate.beginDraggingFrame(f);
 205     }
 206
 207     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 208     {
 209       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 210     }
 211
 212     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 213     {
 214       delegate.closeFrame(f);
 215     }
 216
 217     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 218     {
 219       delegate.deactivateFrame(f);
 220     }
 221
 222     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 223     {
 224       delegate.deiconifyFrame(f);
 225     }
 226
 227     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 228     {
 229       if (newY < 0)
 230       {
 231         newY = 0;
 232       }
 233       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 234     }
 235
 236     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 237     {
 238       delegate.endDraggingFrame(f);
 239     }
 240
 241     public void endResizingFrame(JComponent f)
 242     {
 243       delegate.endResizingFrame(f);
 244     }
 245
 246     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       delegate.iconifyFrame(f);
 249     }
 250
 251     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 252     {
 253       delegate.maximizeFrame(f);
 254     }
 255
 256     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 257     {
 258       delegate.minimizeFrame(f);
 259     }
 260
 261     public void openFrame(JInternalFrame f)
 262     {
 263       delegate.openFrame(f);
 264     }
 265
 266     @Override
 267     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 268             int newHeight)
 269     {
 270       if (newY < 0)
 271       {
 272         newY = 0;
 273       }
 274       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 275     }
 276
 277     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 278             int newWidth, int newHeight)
 279     {
 280       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 281     }
 282
 283     // All other methods, simply delegate
 284
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Creates a new Desktop object.
 289    */
 290   public Desktop()
 291   {
 292     /**
 293      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 294      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 295      * constructor.
 296      */
 297     instance = this;
 298     doVamsasClientCheck();
 299     doGroovyCheck();
 300     doConfigureStructurePrefs();
 301     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 302     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 303     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 304             false);
 305     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 306             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 307     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 308     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 309     desktop.setBackground(Color.white);
 310     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 311     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 312     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 313     // sp.getViewport().setView(desktop);
 314     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 315     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 316     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 317
 318     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 319     // if previous window was maximised
 320     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 321             new DefaultDesktopManager()));
 322
 323     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 324     if (dims != null)
 325     {
 326       setBounds(dims);
 327     }
 328     else
 329     {
 330       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 331       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 332               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 333     }
 334     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 335     // add essential build information
 336     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 337             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 338             + "Jalview Installation: "
 339             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 340             + "\n" + "Build Date: "
 341             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 342             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 343             + System.getProperty("os.arch") + " "
 344             + System.getProperty("os.name") + " "
 345             + System.getProperty("os.version"));
 346
 347     showConsole(showjconsole);
 348
 349     showNews.setVisible(false);
 350
 351     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 352     {
 353       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 354       {
 355         quit();
 356       }
 357     });
 358
 359     MouseAdapter ma;
 360     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 361     {
 362       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 363       {
 364         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 365         {
 366           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 367         }
 368       }
 369     });
 370     desktop.addMouseListener(ma);
 371
 372     this.addFocusListener(new FocusListener()
 373     {
 374
 375       @Override
 376       public void focusLost(FocusEvent e)
 377       {
 378         // TODO Auto-generated method stub
 379
 380       }
 381
 382       @Override
 383       public void focusGained(FocusEvent e)
 384       {
 385         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 386         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 387         instance.relayerWindows();
 388       }
 389     });
 390     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 391     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 392     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 393     {
 394       public void run()
 395       {
 396         new SplashScreen();
 397       }
 398     });
 399
 400     // displayed.
 401     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 402     // takes to open it later on.
 403     new Thread(new Runnable()
 404     {
 405       public void run()
 406       {
 407         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 408         new JalviewFileChooser(
 409                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 410                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 411                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 412                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 413         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 414       }
 415     }).start();
 416     // Add the service change listener
 417     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 418             new PropertyChangeListener()
 419             {
 420
 421               @Override
 422               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 423               {
 424                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 425                         + evt.getNewValue());
 426                 JalviewServicesChanged(evt);
 427               }
 428
 429             });
 430   }
 431
 432   public void doConfigureStructurePrefs()
 433   {
 434     // configure services
 435     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 436             .getStructureSelectionManager(this);
 437     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 438     {
 439       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 440               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 441       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 442               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 443       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 444               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 445     }
 446     else
 447     {
 448       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 449       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 450       ssm.setSecStructServices(false);
 451     }
 452   }
 453
 454   public void checkForNews()
 455   {
 456     final Desktop me = this;
 457     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 458     addDialogThread(new Runnable()
 459     {
 460       @Override
 461       public void run()
 462       {
 463         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 464
 465         jvnews = new BlogReader(me);
 466         showNews.setVisible(true);
 467         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 468       }
 469     });
 470   }
 471
 472   @Override
 473   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 474   {
 475     showNews(showNews.isSelected());
 476   }
 477
 478   void showNews(boolean visible)
 479   {
 480     {
 481       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 482       showNews.setSelected(visible);
 483       if (visible && !jvnews.isVisible())
 484       {
 485         new Thread(new Runnable()
 486         {
 487           @Override
 488           public void run()
 489           {
 490             long now = System.currentTimeMillis();
 491             Desktop.instance.setProgressBar(
 492                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 493             jvnews.refreshNews();
 494             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 495             jvnews.showNews();
 496           }
 497         }).start();
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502   /**
 503    * recover the last known dimensions for a jalview window
 504    *
 505    * @param windowName
 506    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 507    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 508    *         window geom was known)
 509    */
 510   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 511   {
 512     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 513     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 514     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 515     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 516     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 517             + "SCREEN_WIDTH");
 518     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 519             + "SCREEN_HEIGHT");
 520     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 521     {
 522       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 523               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 524       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 525       {
 526         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 527         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 528         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 529         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 530                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 531                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 532         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 533                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 534                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 535         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 536         ix = (int) (ix * sw);
 537         iw = (int) (iw * sw);
 538         iy = (int) (iy * sh);
 539         ih = (int) (ih * sh);
 540         while (ix >= screenSize.width)
 541         {
 542           jalview.bin.Cache.log
 543                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 544           ix -= screenSize.width;
 545         }
 546         while (iy >= screenSize.height)
 547         {
 548           jalview.bin.Cache.log
 549                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 550           iy -= screenSize.height;
 551         }
 552         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 553                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 554                 + " height:" + ih);
 555       }
 556       // return dimensions for new instance
 557       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 558     }
 559     return null;
 560   }
 561
 562   private void doVamsasClientCheck()
 563   {
 564     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 565     {
 566       setupVamsasDisconnectedGui();
 567       VamsasMenu.setVisible(true);
 568       final Desktop us = this;
 569       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 570       {
 571         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 572         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 573         // reselected again.
 574         boolean refresh = true;
 575
 576         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 577         {
 578           refresh = true;
 579         }
 580
 581         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 582         {
 583           refresh = true;
 584         }
 585
 586         public void menuSelected(MenuEvent e)
 587         {
 588           if (refresh)
 589           {
 590             us.buildVamsasStMenu();
 591             refresh = false;
 592           }
 593         }
 594       });
 595       vamsasStart.setVisible(true);
 596     }
 597   }
 598
 599   void showPasteMenu(int x, int y)
 600   {
 601     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 602     JMenuItem item = new JMenuItem(
 603             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 604     item.addActionListener(new ActionListener()
 605     {
 606       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 607       {
 608         paste();
 609       }
 610     });
 611
 612     popup.add(item);
 613     popup.show(this, x, y);
 614   }
 615
 616   public void paste()
 617   {
 618     try
 619     {
 620       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 621       Transferable contents = c.getContents(this);
 622
 623       if (contents != null)
 624       {
 625         String file = (String) contents
 626                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 627
 628         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 629                 FormatAdapter.PASTE);
 630
 631         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 632
 633       }
 634     } catch (Exception ex)
 635     {
 636       System.out
 637               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 638                       + ex);
 639     }
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Adds and opens the given frame to the desktop
 644    *
 645    * @param frame
 646    *          Frame to show
 647    * @param title
 648    *          Visible Title
 649    * @param w
 650    *          width
 651    * @param h
 652    *          height
 653    */
 654   public static synchronized void addInternalFrame(
 655           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 656   {
 657     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 662    *
 663    * @param frame
 664    *          Frame to show
 665    * @param title
 666    *          Visible Title
 667    * @param makeVisible
 668    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 669    *          setVisible themselves.
 670    * @param w
 671    *          width
 672    * @param h
 673    *          height
 674    */
 675   public static synchronized void addInternalFrame(
 676           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 677           int w, int h)
 678   {
 679     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 684    *
 685    * @param frame
 686    *          Frame to show
 687    * @param title
 688    *          Visible Title
 689    * @param w
 690    *          width
 691    * @param h
 692    *          height
 693    * @param resizable
 694    *          Allow resize
 695    */
 696   public static synchronized void addInternalFrame(
 697           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 698           boolean resizable)
 699   {
 700     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 705    *
 706    * @param frame
 707    *          Frame to show
 708    * @param title
 709    *          Visible Title
 710    * @param makeVisible
 711    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 712    *          setVisible themselves.
 713    * @param w
 714    *          width
 715    * @param h
 716    *          height
 717    * @param resizable
 718    *          Allow resize
 719    */
 720   public static synchronized void addInternalFrame(
 721           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 722           int w, int h, boolean resizable)
 723   {
 724
 725     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 726     // bounds object).
 727     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 728     // the current window title
 729
 730     frame.setTitle(title);
 731     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 732     {
 733       frame.setSize(w, h);
 734     }
 735     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 736     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 737     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 738     // ///////////////////////////////////////////////
 739     if (instance == null
 740             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 741                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 742     {
 743       return;
 744     }
 745
 746     openFrameCount++;
 747
 748     frame.setVisible(makeVisible);
 749     frame.setClosable(true);
 750     frame.setResizable(resizable);
 751     frame.setMaximizable(resizable);
 752     frame.setIconifiable(resizable);
 753     frame.setFrameIcon(null);
 754
 755     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 756     {
 757       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 758               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 759     }
 760
 761     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 762     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 763     {
 764       public void internalFrameActivated(
 765               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 766       {
 767         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 768         if (itf != null)
 769         {
 770           itf.requestFocus();
 771         }
 772
 773       }
 774
 775       public void internalFrameClosed(
 776               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 777       {
 778         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 779         openFrameCount--;
 780         windowMenu.remove(menuItem);
 781         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 782         if (itf != null)
 783         {
 784           itf.requestFocus();
 785         }
 786         System.gc();
 787       };
 788     });
 789
 790     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 791     {
 792       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 793       {
 794         try
 795         {
 796           frame.setSelected(true);
 797           frame.setIcon(false);
 798         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 799         {
 800
 801         }
 802       }
 803     });
 804     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 805     {
 806
 807       @Override
 808       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 809       {
 810       }
 811
 812       @Override
 813       public void mousePressed(MouseEvent e)
 814       {
 815       }
 816
 817       @Override
 818       public void mouseExited(MouseEvent e)
 819       {
 820         try
 821         {
 822           frame.setSelected(false);
 823         } catch (PropertyVetoException e1)
 824         {
 825         }
 826       }
 827
 828       @Override
 829       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 830       {
 831         try
 832         {
 833           frame.setSelected(true);
 834         } catch (PropertyVetoException e1)
 835         {
 836         }
 837       }
 838
 839       @Override
 840       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 841       {
 842
 843       }
 844     });
 845
 846     windowMenu.add(menuItem);
 847
 848     desktop.add(frame);
 849     frame.toFront();
 850     try
 851     {
 852       frame.setSelected(true);
 853       frame.requestFocus();
 854     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 855     {
 856     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 857     {
 858       Cache.log
 859               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 860                       cex);
 861     }
 862   }
 863
 864   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 865   {
 866     if (!internalCopy)
 867     {
 868       Desktop.jalviewClipboard = null;
 869     }
 870
 871     internalCopy = false;
 872   }
 873
 874   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 875   {
 876   }
 877
 878   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 879   {
 880   }
 881
 882   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 883   {
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 888   {
 889   }
 890
 891   /**
 892    * DOCUMENT ME!
 893    *
 894    * @param evt
 895    *          DOCUMENT ME!
 896    */
 897   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 898   {
 899     boolean success = true;
 900     Transferable t = evt.getTransferable();
 901     java.util.List files = null;
 902     java.util.List protocols = null;
 903
 904     try
 905     {
 906       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 907               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 908       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 909       {
 910         // Works on Windows and MacOSX
 911         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 912         files = (java.util.List) t
 913                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 914       }
 915       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 916       {
 917         // This is used by Unix drag system
 918         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 919         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 920         files = new java.util.ArrayList(1);
 921         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 922         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 923                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 924         {
 925           String s = st.nextToken();
 926           if (s.startsWith("#"))
 927           {
 928             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 929             continue;
 930           }
 931           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 932           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 933           {
 934             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 935             files.add(uri.toString());
 936           }
 937           else
 938           {
 939             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 940             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 941             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 942             files.add(file.toString());
 943           }
 944         }
 945       }
 946     } catch (Exception e)
 947     {
 948       success = false;
 949     }
 950
 951     if (files != null)
 952     {
 953       try
 954       {
 955         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 956         {
 957           String file = files.get(i).toString();
 958           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 959                   : (String) protocols.get(i);
 960           String format = null;
 961
 962           if (file.endsWith(".jar"))
 963           {
 964             format = "Jalview";
 965
 966           }
 967           else
 968           {
 969             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 970           }
 971
 972           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 973
 974         }
 975       } catch (Exception ex)
 976       {
 977         success = false;
 978       }
 979     }
 980     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 981                                // transfered to any new windows created
 982   }
 983
 984   /**
 985    * DOCUMENT ME!
 986    *
 987    * @param e
 988    *          DOCUMENT ME!
 989    */
 990   @Override
 991   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 992   {
 993     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 994             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 995             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 996             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 997             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 998
 999     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1000     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1001             .getString("label.open_local_file"));
1002     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1003
1004     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1005
1006     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1007     {
1008       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1009       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1010               .getSelectedFile().getParent());
1011
1012       String format = null;
1013       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1014               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1015       {
1016         format = "Jalview";
1017       }
1018       else
1019       {
1020         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1021       }
1022
1023       if (viewport != null)
1024       {
1025         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1026                 format);
1027         // viewport.setShowSequenceFeatures(JSONFile.isSeqFeaturesEnabled());
1028         // AlignFrame af = viewport.getAlignPanel().alignFrame;
1029         // if (af != null)
1030         // {
1031         // af.changeColour(JSONFile.getColourScheme());
1032         // af.setMenusForViewport();
1033         // }
1034       }
1035       else
1036       {
1037         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1038       }
1039     }
1040   }
1041
1042   /**
1043    * DOCUMENT ME!
1044    *
1045    * @param e
1046    *          DOCUMENT ME!
1047    */
1048   @Override
1049   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1050   {
1051     // This construct allows us to have a wider textfield
1052     // for viewing
1053     JLabel label = new JLabel(
1054             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1055     final JComboBox history = new JComboBox();
1056
1057     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1058     panel.add(label);
1059     panel.add(history);
1060     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1061     history.setEditable(true);
1062     history.addItem("http://www.");
1063
1064     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1065
1066     StringTokenizer st;
1067
1068     if (historyItems != null)
1069     {
1070       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1071
1072       while (st.hasMoreTokens())
1073       {
1074         history.addItem(st.nextElement());
1075       }
1076     }
1077
1078     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1079             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1080             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1081
1082     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1083     {
1084       return;
1085     }
1086
1087     String url = history.getSelectedItem().toString();
1088
1089     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1090     {
1091       if (viewport != null)
1092       {
1093         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1094                 "Jalview");
1095       }
1096       else
1097       {
1098         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1099       }
1100     }
1101     else
1102     {
1103       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1104
1105       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1106       {
1107         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1108                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1109                         new Object[] { url }), MessageManager
1110                         .getString("label.url_not_found"),
1111                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1112
1113         return;
1114       }
1115
1116       if (viewport != null)
1117       {
1118         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1119       }
1120       else
1121       {
1122         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1123       }
1124     }
1125   }
1126
1127   /**
1128    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1129    *
1130    * @param viewPanel
1131    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1132    *          alignment; if null, to a new alignment window
1133    */
1134   @Override
1135   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1136           AlignmentViewPanel viewPanel)
1137   {
1138     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1139     cap.setForInput(viewPanel);
1140     Desktop.addInternalFrame(cap,
1141             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1142             true, 600, 500);
1143   }
1144
1145   /*
1146    * Exit the program
1147    */
1148   @Override
1149   public void quit()
1150   {
1151     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1152     jalview.bin.Cache
1153             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1154     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1155             + "");
1156     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1157             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1158
1159     if (jconsole != null)
1160     {
1161       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1162       jconsole.stopConsole();
1163     }
1164     if (jvnews != null)
1165     {
1166       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1167
1168     }
1169     if (dialogExecutor != null)
1170     {
1171       dialogExecutor.shutdownNow();
1172     }
1173     closeAll_actionPerformed(null);
1174     System.exit(0);
1175   }
1176
1177   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1178   {
1179     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1180             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1181             + " height:" + jc.height);
1182
1183     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1184     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1185     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1186     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1187   }
1188
1189   /**
1190    * DOCUMENT ME!
1191    *
1192    * @param e
1193    *          DOCUMENT ME!
1194    */
1195   @Override
1196   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1197   {
1198     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1199     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1200     //
1201     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1202     new Thread(new Runnable()
1203     {
1204       public void run()
1205       {
1206         new SplashScreen(true);
1207       }
1208     }).start();
1209   }
1210
1211   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1212   {
1213     StringBuffer message = new StringBuffer();
1214     message.append("<html>");
1215     if (shortv)
1216     {
1217       message.append("<h1><strong>Version: "
1218               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1219       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1220               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1221               + "</em></strong>");
1222
1223     }
1224     else
1225     {
1226
1227       message.append("<strong>Version "
1228               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1229               + "; last updated: "
1230               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1231     }
1232
1233     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1234             "Checking"))
1235     {
1236       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1237     }
1238     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1239             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1240     {
1241       boolean red = false;
1242       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1243               .indexOf("automated build") == -1)
1244       {
1245         red = true;
1246         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1247         // version is not a development build
1248         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1249       }
1250
1251       message.append("<br>!! Version "
1252               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1253                       "..Checking..")
1254               + " is available for download from "
1255               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1256                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1257       if (red)
1258       {
1259         message.append("</div>");
1260       }
1261     }
1262     message.append("<br>Authors:  "
1263             + jalview.bin.Cache
1264                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1265                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1266             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1267             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1268             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1269             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1270             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1271             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1272             + "</html>");
1273     return message;
1274   }
1275
1276   /**
1277    * DOCUMENT ME!
1278    *
1279    * @param e
1280    *          DOCUMENT ME!
1281    */
1282   @Override
1283   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1284   {
1285     try
1286     {
1287       Help.showHelpWindow();
1288     } catch (Exception ex)
1289     {
1290     }
1291   }
1292
1293   @Override
1294   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1295   {
1296     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1297     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1298     {
1299       try
1300       {
1301         frames[i].setClosed(true);
1302       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1303       {
1304       }
1305     }
1306     System.out.println("ALL CLOSED");
1307     if (v_client != null)
1308     {
1309       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1310     }
1311
1312     /*
1313      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1314      * when all windows are closed)
1315      */
1316     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1317             .getStructureSelectionManager(this);
1318     if (ssm != null)
1319     {
1320       ssm.resetAll();
1321     }
1322   }
1323
1324   @Override
1325   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1326   {
1327     reorderAssociatedWindows(false, false);
1328   }
1329
1330   @Override
1331   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1332   {
1333     reorderAssociatedWindows(true, false);
1334   }
1335
1336   void closeAssociatedWindows()
1337   {
1338     reorderAssociatedWindows(false, true);
1339   }
1340
1341   /*
1342    * (non-Javadoc)
1343    *
1344    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1345    * ActionEvent)
1346    */
1347   @Override
1348   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1349   {
1350     // We simply collect the garbage
1351     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1352     System.gc();
1353     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1354   }
1355
1356   /*
1357    * (non-Javadoc)
1358    *
1359    * @see
1360    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1361    * )
1362    */
1363   @Override
1364   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1365   {
1366     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1367   }
1368
1369   /*
1370    * (non-Javadoc)
1371    *
1372    * @see
1373    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1374    * )
1375    */
1376   @Override
1377   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1378   {
1379     showConsole(showConsole.isSelected());
1380   }
1381
1382   Console jconsole = null;
1383
1384   /**
1385    * control whether the java console is visible or not
1386    *
1387    * @param selected
1388    */
1389   void showConsole(boolean selected)
1390   {
1391     showConsole.setSelected(selected);
1392     // TODO: decide if we should update properties file
1393     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1394             .toString());
1395     jconsole.setVisible(selected);
1396   }
1397
1398   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1399   {
1400     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1401     if (frames == null || frames.length < 1)
1402     {
1403       return;
1404     }
1405
1406     AlignmentViewport source = null, target = null;
1407     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1408     {
1409       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1410     }
1411     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1412     {
1413       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1414     }
1415     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1416     {
1417       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1418     }
1419     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1420     {
1421       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1422     }
1423
1424     if (source != null)
1425     {
1426       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1427       {
1428         target = null;
1429         if (frames[i] == null)
1430         {
1431           continue;
1432         }
1433         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1434         {
1435           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1436         }
1437         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1438         {
1439           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1440         }
1441         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1442         {
1443           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1444         }
1445         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1446         {
1447           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1448         }
1449
1450         if (source == target)
1451         {
1452           try
1453           {
1454             if (close)
1455             {
1456               frames[i].setClosed(true);
1457             }
1458             else
1459             {
1460               frames[i].setIcon(minimize);
1461               if (!minimize)
1462               {
1463                 frames[i].toFront();
1464               }
1465             }
1466
1467           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1468           {
1469           }
1470         }
1471       }
1472     }
1473   }
1474
1475   /**
1476    * DOCUMENT ME!
1477    *
1478    * @param e
1479    *          DOCUMENT ME!
1480    */
1481   @Override
1482   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1483   {
1484     new Preferences();
1485   }
1486
1487   /**
1488    * DOCUMENT ME!
1489    *
1490    * @param e
1491    *          DOCUMENT ME!
1492    */
1493   @Override
1494   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1495   {
1496     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1497             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1498             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1499             "Jalview Project");
1500
1501     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1502     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1503
1504     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1505
1506     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1507     {
1508       final Desktop me = this;
1509       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1510       setProjectFile(choice);
1511
1512       new Thread(new Runnable()
1513       {
1514         public void run()
1515         {
1516           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1517           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1518                   "label.saving_jalview_project",
1519                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1520           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1521                   choice.getParent());
1522           // TODO catch and handle errors for savestate
1523           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1524           try
1525           {
1526             new Jalview2XML().saveState(choice);
1527           } catch (OutOfMemoryError oom)
1528           {
1529             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1530                     + choice.getName(), oom);
1531           } catch (Exception ex)
1532           {
1533             Cache.log.error(
1534                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1535                     ex);
1536             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1537                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1538                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1539                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1540                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1541           }
1542           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1543         }
1544       }).start();
1545     }
1546   }
1547
1548   private void setProjectFile(File choice)
1549   {
1550     this.projectFile = choice;
1551   }
1552
1553   public File getProjectFile()
1554   {
1555     return this.projectFile;
1556   }
1557
1558   /**
1559    * DOCUMENT ME!
1560    *
1561    * @param e
1562    *          DOCUMENT ME!
1563    */
1564   @Override
1565   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1566   {
1567     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1568             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1569                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1570                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1571     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1572     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1573
1574     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1575
1576     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1577     {
1578       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1579       setProjectFile(selectedFile);
1580       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1581       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1582               selectedFile.getParent());
1583       new Thread(new Runnable()
1584       {
1585         public void run()
1586         {
1587           setProgressBar(
1588                   MessageManager.formatMessage(
1589                           "label.loading_jalview_project",
1590                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1591           try
1592           {
1593             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1594           } catch (OutOfMemoryError oom)
1595           {
1596             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1597           } catch (Exception ex)
1598           {
1599             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1600                     + choice, ex);
1601             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1602                     .formatMessage(
1603                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1604                             new Object[] { choice }), MessageManager
1605                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1606                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1607           }
1608           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1609         }
1610       }).start();
1611     }
1612   }
1613
1614   @Override
1615   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1616   {
1617     new SequenceFetcher(this);
1618   }
1619
1620   JPanel progressPanel;
1621
1622   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1623
1624   public void startLoading(final String fileName)
1625   {
1626     if (fileLoadingCount == 0)
1627     {
1628       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1629               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1630     }
1631     fileLoadingCount++;
1632   }
1633
1634   private JPanel addProgressPanel(String string)
1635   {
1636     if (progressPanel == null)
1637     {
1638       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1639       totalProgressCount = 0;
1640       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1641     }
1642     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1643     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1644     progressBar.setIndeterminate(true);
1645
1646     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1647
1648     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1649     progressPanel.add(thisprogress);
1650     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1651             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1652     ++totalProgressCount;
1653     instance.validate();
1654     return thisprogress;
1655   }
1656
1657   int totalProgressCount = 0;
1658
1659   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1660   {
1661     if (progressPanel != null)
1662     {
1663       synchronized (progressPanel)
1664       {
1665         progressPanel.remove(progbar);
1666         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1667         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1668         if (--totalProgressCount < 1)
1669         {
1670           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1671           progressPanel = null;
1672         }
1673       }
1674     }
1675     validate();
1676   }
1677
1678   public void stopLoading()
1679   {
1680     fileLoadingCount--;
1681     if (fileLoadingCount < 1)
1682     {
1683       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1684       {
1685         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1686       }
1687       fileLoadingPanels.clear();
1688       fileLoadingCount = 0;
1689     }
1690     validate();
1691   }
1692
1693   public static int getViewCount(String alignmentId)
1694   {
1695     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1696     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1697   }
1698
1699   /**
1700    *
1701    * @param alignmentId
1702    *          - if null, all sets are returned
1703    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1704    */
1705   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1706   {
1707     if (Desktop.desktop == null)
1708     {
1709       // no frames created and in headless mode
1710       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1711       return null;
1712     }
1713     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1714     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1715     if (frames == null)
1716     {
1717       return null;
1718     }
1719     for (AlignFrame af : frames)
1720     {
1721       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1722       {
1723         if (alignmentId == null
1724                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1725         {
1726           aps.add(ap);
1727         }
1728       }
1729     }
1730     if (aps.size() == 0)
1731     {
1732       return null;
1733     }
1734     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1735     return vap;
1736   }
1737
1738   /**
1739    * get all the viewports on an alignment.
1740    *
1741    * @param sequenceSetId
1742    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1743    *          case)
1744    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1745    */
1746   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1747   {
1748     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1749     if (desktop != null)
1750     {
1751       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1752
1753       for (AlignFrame afr : frames)
1754       {
1755         if (sequenceSetId == null
1756                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1757                         .equals(sequenceSetId))
1758         {
1759           if (afr.alignPanels != null)
1760           {
1761             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1762             {
1763               if (sequenceSetId == null
1764                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1765               {
1766                 viewp.add(ap.av);
1767               }
1768             }
1769           }
1770           else
1771           {
1772             viewp.add(afr.getViewport());
1773           }
1774         }
1775       }
1776       if (viewp.size() > 0)
1777       {
1778         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1779       }
1780     }
1781     return null;
1782   }
1783
1784   /**
1785    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1786    *
1787    * @param af
1788    */
1789   public void explodeViews(AlignFrame af)
1790   {
1791     int size = af.alignPanels.size();
1792     if (size < 2)
1793     {
1794       return;
1795     }
1796
1797     for (int i = 0; i < size; i++)
1798     {
1799       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1800       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1801
1802       /*
1803        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1804        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1805        * position and size.
1806        */
1807       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1808       if (geometry != null)
1809       {
1810         newaf.setBounds(geometry);
1811       }
1812
1813       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1814
1815       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1816               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1817     }
1818
1819     af.alignPanels.clear();
1820     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1821
1822   }
1823
1824   /**
1825    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1826    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1827    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1828    * views. We take the lot.
1829    *
1830    * @param source
1831    */
1832   public void gatherViews(AlignFrame source)
1833   {
1834     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1835     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1836     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1837     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1838
1839     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1840     {
1841       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1842       {
1843         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1844         boolean gatherThis = false;
1845         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1846         {
1847           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1848           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1849           {
1850             gatherThis = true;
1851             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1852             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1853             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1854           }
1855         }
1856
1857         if (gatherThis)
1858         {
1859           af.alignPanels.clear();
1860           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1861         }
1862       }
1863     }
1864
1865   }
1866
1867   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1868
1869   @Override
1870   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1871   {
1872     if (v_client == null)
1873     {
1874       // Load and try to start a session.
1875       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1876               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1877
1878       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1879       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1880               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1881       chooser.setToolTipText(MessageManager
1882               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1883
1884       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1885
1886       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1887       {
1888         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1889         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1890         {
1891           JOptionPane
1892                   .showInternalMessageDialog(
1893                           Desktop.desktop,
1894                           MessageManager.formatMessage(
1895                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1896                                   new Object[] { fle }),
1897                           MessageManager
1898                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1899                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1900         }
1901       }
1902     }
1903     else
1904     {
1905       jalview.bin.Cache.log
1906               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1907     }
1908   }
1909
1910   /**
1911    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1912    *
1913    * @param file
1914    * @return true if import was a success and a session was started.
1915    */
1916   public boolean vamsasImport(URL url)
1917   {
1918     // TODO: create progress bar
1919     if (v_client != null)
1920     {
1921
1922       jalview.bin.Cache.log
1923               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1924       return false;
1925     }
1926
1927     try
1928     {
1929       // copy the URL content to a temporary local file
1930       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1931       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1932       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1933       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1934       byte[] buffer = new byte[2048];
1935       int ln;
1936       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1937       {
1938         fos.write(buffer, 0, ln);
1939       }
1940       bis.close();
1941       fos.close();
1942       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1943               url.toExternalForm());
1944     } catch (Exception ex)
1945     {
1946       jalview.bin.Cache.log.error(
1947               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1948                       + url, ex);
1949       return false;
1950     }
1951     setupVamsasConnectedGui();
1952     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1953     return v_client.inSession();
1954   }
1955
1956   /**
1957    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1958    *
1959    * @param file
1960    * @return true if import was a success and a session was started.
1961    */
1962   public boolean vamsasImport(File file)
1963   {
1964     if (v_client != null)
1965     {
1966
1967       jalview.bin.Cache.log
1968               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1969       return false;
1970     }
1971
1972     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1973             "status.importing_vamsas_session_from",
1974             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1975     try
1976     {
1977       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1978     } catch (Exception ex)
1979     {
1980       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1981               "status.importing_vamsas_session_from",
1982               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1983       jalview.bin.Cache.log.error(
1984               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1985       return false;
1986     }
1987     setupVamsasConnectedGui();
1988     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1989     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1990             "status.importing_vamsas_session_from",
1991             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1992     return v_client.inSession();
1993   }
1994
1995   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
1996   {
1997     if (v_client != null)
1998     {
1999       throw new Error(
2000               MessageManager
2001                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2002     }
2003     if (mysesid == null)
2004     {
2005       throw new Error(
2006               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2007     }
2008     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2009     setupVamsasConnectedGui();
2010     v_client.initial_update();
2011     return (v_client.inSession());
2012   }
2013
2014   @Override
2015   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2016   {
2017     if (v_client == null)
2018     {
2019       // Start a session.
2020       // we just start a default session for moment.
2021       /*
2022        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2023        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2024        *
2025        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2026        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2027        * chooser.setToolTipText("Import");
2028        *
2029        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2030        *
2031        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2032        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2033        */
2034       v_client = new VamsasApplication(this);
2035       setupVamsasConnectedGui();
2036       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2037     }
2038     else
2039     {
2040       // store current data in session.
2041       v_client.push_update(); // TODO: thread
2042     }
2043   }
2044
2045   protected void setupVamsasConnectedGui()
2046   {
2047     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2048     vamsasSave.setVisible(true);
2049     vamsasStop.setVisible(true);
2050     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2051     // not possible for vamsas-client-1.0.
2052   }
2053
2054   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2055   {
2056     vamsasSave.setVisible(false);
2057     vamsasStop.setVisible(false);
2058     vamsasImport.setVisible(true);
2059     vamsasStart.setText(MessageManager
2060             .getString("label.new_vamsas_session"));
2061   }
2062
2063   @Override
2064   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2065   {
2066     if (v_client != null)
2067     {
2068       v_client.end_session();
2069       v_client = null;
2070       setupVamsasDisconnectedGui();
2071     }
2072   }
2073
2074   protected void buildVamsasStMenu()
2075   {
2076     if (v_client == null)
2077     {
2078       String[] sess = null;
2079       try
2080       {
2081         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2082       } catch (Exception e)
2083       {
2084         jalview.bin.Cache.log.warn(
2085                 "Problem getting current sessions list.", e);
2086         sess = null;
2087       }
2088       if (sess != null)
2089       {
2090         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2091                 + sess.length + " entries.");
2092         VamsasStMenu.removeAll();
2093         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2094         {
2095           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2096           sessit.setText(sess[i]);
2097           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2098                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2099           final Desktop dsktp = this;
2100           final String mysesid = sess[i];
2101           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2102           {
2103
2104             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2105             {
2106               if (dsktp.v_client == null)
2107               {
2108                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2109                 {
2110
2111                   public void run()
2112                   {
2113                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2114                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2115                     dsktp.v_client.initial_update();
2116                   }
2117
2118                 });
2119                 rthr.start();
2120               }
2121             };
2122           });
2123           VamsasStMenu.add(sessit);
2124         }
2125         // don't show an empty menu.
2126         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2127
2128       }
2129       else
2130       {
2131         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2132         VamsasStMenu.removeAll();
2133         VamsasStMenu.setVisible(false);
2134       }
2135     }
2136     else
2137     {
2138       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2139       VamsasStMenu.setVisible(false);
2140     }
2141   }
2142
2143   @Override
2144   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2145   {
2146     if (v_client != null)
2147     {
2148       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2149               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2150               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2151               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2152
2153       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2154       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2155               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2156
2157       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2158
2159       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2160       {
2161         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2162         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2163                 "label.saving_vamsas_doc",
2164                 new Object[] { choice.getName() }));
2165         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2166         String warnmsg = null;
2167         String warnttl = null;
2168         try
2169         {
2170           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2171         } catch (Error ex)
2172         {
2173           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2174           warnmsg = ex.toString();
2175           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2176                   + choice, ex);
2177
2178         } catch (Exception ex)
2179         {
2180           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2181           warnmsg = ex.toString();
2182           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2183                   + choice, ex);
2184
2185         }
2186         removeProgressPanel(progpanel);
2187         if (warnmsg != null)
2188         {
2189           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2190
2191           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2192         }
2193       }
2194     }
2195   }
2196
2197   JPanel vamUpdate = null;
2198
2199   /**
2200    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2201    *
2202    * @param b
2203    *          true to hide gui, false to reveal gui
2204    */
2205   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2206   {
2207     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2208             + (b ? "in progress" : "finished"));
2209
2210     if (vamUpdate != null)
2211     {
2212       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2213     }
2214     if (b)
2215     {
2216       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2217               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2218     }
2219     vamsasStart.setVisible(!b);
2220     vamsasStop.setVisible(!b);
2221     vamsasSave.setVisible(!b);
2222   }
2223
2224   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2225   {
2226     return desktop.getAllFrames();
2227   }
2228
2229   /**
2230    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2231    * should be informed of a new questionnaire.
2232    *
2233    * @param url
2234    */
2235   public void checkForQuestionnaire(String url)
2236   {
2237     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2238     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2239     new Thread(jvq).start();
2240   }
2241
2242   /**
2243    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2244    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2245    * low.
2246    *
2247    * @author AMW
2248    */
2249   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2250   {
2251
2252     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2253
2254     boolean showMemoryUsage = false;
2255
2256     Runtime runtime;
2257
2258     java.text.NumberFormat df;
2259
2260     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2261             percentUsage;
2262
2263     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2264     {
2265       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2266     }
2267
2268     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2269     {
2270       this.showMemoryUsage = showMemory;
2271       if (showMemory)
2272       {
2273         Thread worker = new Thread(this);
2274         worker.start();
2275       }
2276     }
2277
2278     public boolean isShowMemoryUsage()
2279     {
2280       return showMemoryUsage;
2281     }
2282
2283     public void run()
2284     {
2285       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2286       df.setMaximumFractionDigits(2);
2287       runtime = Runtime.getRuntime();
2288
2289       while (showMemoryUsage)
2290       {
2291         try
2292         {
2293           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2294           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2295           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2296           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2297
2298           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2299
2300           // if (percentUsage < 20)
2301           {
2302             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2303             // Color.red);
2304             // instance.set.setBorder(border1);
2305           }
2306           repaint();
2307           // sleep after showing usage
2308           Thread.sleep(3000);
2309         } catch (Exception ex)
2310         {
2311           ex.printStackTrace();
2312         }
2313       }
2314     }
2315
2316     @Override
2317     public void paintComponent(Graphics g)
2318     {
2319       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2320       {
2321         if (percentUsage < 20)
2322         {
2323           g.setColor(Color.red);
2324         }
2325         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2326         if (fm != null)
2327         {
2328           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2329                   "label.memory_stats",
2330                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2331                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2332                   getHeight() - fm.getHeight());
2333         }
2334       }
2335     }
2336   }
2337
2338   /**
2339    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2340    * on top actually are
2341    */
2342   public void relayerWindows()
2343   {
2344
2345   }
2346
2347   protected JMenuItem groovyShell;
2348
2349   public void doGroovyCheck()
2350   {
2351     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2352     {
2353       groovyShell = new JMenuItem();
2354       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2355       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2356       {
2357         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2358         {
2359           groovyShell_actionPerformed();
2360         }
2361       });
2362       toolsMenu.add(groovyShell);
2363       groovyShell.setVisible(true);
2364     }
2365   }
2366
2367   /**
2368    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2369    *
2370    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2371    */
2372   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2373   {
2374     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2375
2376     if (frames == null)
2377     {
2378       return null;
2379     }
2380     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2381     // REVERSE ORDER
2382     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2383     {
2384       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2385       {
2386         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2387       }
2388       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2389       {
2390         /*
2391          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2392          */
2393         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2394         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2395         {
2396           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2397         }
2398         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2399         {
2400           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2401         }
2402       }
2403     }
2404     if (avp.size() == 0)
2405     {
2406       return null;
2407     }
2408     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2409     return afs;
2410   }
2411
2412   /**
2413    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2414    *
2415    * @return
2416    */
2417   public GStructureViewer[] getJmols()
2418   {
2419     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2420
2421     if (frames == null)
2422     {
2423       return null;
2424     }
2425     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2426     // REVERSE ORDER
2427     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2428     {
2429       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2430       {
2431         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2432         avp.add(af);
2433       }
2434     }
2435     if (avp.size() == 0)
2436     {
2437       return null;
2438     }
2439     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2440     return afs;
2441   }
2442
2443   /**
2444    * Add Groovy Support to Jalview
2445    */
2446   public void groovyShell_actionPerformed()
2447   {
2448     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2449     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2450     {
2451       throw new Error(
2452               MessageManager
2453                       .getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2454     }
2455     try
2456     {
2457       Class<?> gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2458               "groovy.ui.Console");
2459       Constructor<?> gccons = gcClass.getConstructor();
2460       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2461               new Class[] { String.class, Object.class });
2462       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run");
2463       Object gc = gccons.newInstance();
2464       setvar.invoke(gc, new Object[] { "Jalview", this });
2465       run.invoke(gc);
2466     } catch (Exception ex)
2467     {
2468       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2469       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2470
2471       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2472               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2473               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2474     }
2475   }
2476
2477   /**
2478    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2479    */
2480   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2481
2482   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2483
2484   /*
2485    * (non-Javadoc)
2486    *
2487    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2488    */
2489   public void setProgressBar(String message, long id)
2490   {
2491     if (progressBars == null)
2492     {
2493       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2494       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2495     }
2496
2497     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2498     {
2499       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2500       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2501       {
2502         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2503       }
2504       removeProgressPanel(panel);
2505     }
2506     else
2507     {
2508       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2509     }
2510   }
2511
2512   /*
2513    * (non-Javadoc)
2514    *
2515    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2516    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2517    */
2518   public void registerHandler(final long id,
2519           final IProgressIndicatorHandler handler)
2520   {
2521     if (progressBarHandlers == null
2522             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2523     {
2524       throw new Error(
2525               MessageManager
2526                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2527     }
2528     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2529     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2530     if (handler.canCancel())
2531     {
2532       JButton cancel = new JButton(
2533               MessageManager.getString("action.cancel"));
2534       final IProgressIndicator us = this;
2535       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2536       {
2537
2538         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2539         {
2540           handler.cancelActivity(id);
2541           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2542                   "label.cancelled_params",
2543                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2544                           .getText() }), id);
2545         }
2546       });
2547       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2548     }
2549   }
2550
2551   /**
2552    *
2553    * @return true if any progress bars are still active
2554    */
2555   @Override
2556   public boolean operationInProgress()
2557   {
2558     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2559     {
2560       return true;
2561     }
2562     return false;
2563   }
2564
2565   /**
2566    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2567    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2568    * av.
2569    *
2570    * @param viewport
2571    * @return alignFrame for viewport
2572    */
2573   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2574   {
2575     if (desktop != null)
2576     {
2577       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2578       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2579       {
2580         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2581         {
2582           return aps[panel].alignFrame;
2583         }
2584       }
2585     }
2586     return null;
2587   }
2588
2589   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2590   {
2591     return v_client;
2592
2593   }
2594
2595   /**
2596    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2597    */
2598   private boolean inBatchMode = false;
2599
2600   /**
2601    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2602    *
2603    * @return inBatchMode
2604    */
2605   public boolean isInBatchMode()
2606   {
2607     return inBatchMode;
2608   }
2609
2610   /**
2611    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2612    *
2613    * @param inBatchMode
2614    */
2615   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2616   {
2617     this.inBatchMode = inBatchMode;
2618   }
2619
2620   public void startServiceDiscovery()
2621   {
2622     startServiceDiscovery(false);
2623   }
2624
2625   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2626   {
2627     boolean alive = true;
2628     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2629     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2630     if (true)
2631     {
2632       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2633       if (discoverer == null)
2634       {
2635         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2636         // register PCS handler for desktop.
2637         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2638       }
2639       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2640       // until we phase out completely
2641       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2642     }
2643
2644     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2645     {
2646       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2647       {
2648         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2649       }
2650       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2651               changeSupport);
2652
2653     }
2654     Thread t3 = null;
2655     {
2656       // TODO: do rest service discovery
2657     }
2658     if (blocking)
2659     {
2660       while (alive)
2661       {
2662         try
2663         {
2664           Thread.sleep(15);
2665         } catch (Exception e)
2666         {
2667         }
2668         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2669                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2670                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2671                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2672       }
2673     }
2674   }
2675
2676   /**
2677    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2678    *
2679    * @param evt
2680    */
2681   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2682   {
2683     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2684     {
2685       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2686               .getErrorMessages();
2687       if (ermsg != null)
2688       {
2689         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2690         {
2691           if (serviceChangedDialog == null)
2692           {
2693             // only run if we aren't already displaying one of these.
2694             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2695             {
2696               public void run()
2697               {
2698
2699                 /*
2700                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2701                  *
2702                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2703                  * Auto-generated method stub
2704                  *
2705                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2706                  * Auto-generated method stub
2707                  *
2708                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2709                  * Auto-generated method stub
2710                  *
2711                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2712                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2713                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2714                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2715                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2716                  * +
2717                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2718                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2719                  * 400);
2720                  *
2721                  * jd.waitForInput();
2722                  */
2723                 JOptionPane
2724                         .showConfirmDialog(
2725                                 Desktop.desktop,
2726                                 new JLabel(
2727                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2728                                                 + ermsg
2729                                                 + "</td></tr></table>"
2730                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2731                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2732                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2733                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2734                                 "Web Service Configuration Problem",
2735                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2736                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2737                 serviceChangedDialog = null;
2738
2739               }
2740             });
2741           }
2742         }
2743         else
2744         {
2745           Cache.log
2746                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2747                           + ermsg);
2748         }
2749       }
2750     }
2751   }
2752
2753   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2754
2755   /**
2756    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2757    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2758    * to open the URL.
2759    *
2760    * @param url
2761    */
2762   public static void showUrl(final String url)
2763   {
2764     showUrl(url, Desktop.instance);
2765   }
2766
2767   /**
2768    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2769    *
2770    * @param url
2771    * @param progress
2772    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2773    */
2774   public static void showUrl(final String url,
2775           final IProgressIndicator progress)
2776   {
2777     new Thread(new Runnable()
2778     {
2779       public void run()
2780       {
2781         try
2782         {
2783           if (progress != null)
2784           {
2785             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2786                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2787                     .hashCode());
2788           }
2789           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2790         } catch (Exception ex)
2791         {
2792           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2793                   MessageManager
2794                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2795                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2796                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2797
2798           ex.printStackTrace();
2799         }
2800         if (progress != null)
2801         {
2802           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2803         }
2804       }
2805     }).start();
2806   }
2807
2808   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2809
2810   public static ParamManager getUserParameterStore()
2811   {
2812     if (wsparamManager == null)
2813     {
2814       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2815     }
2816     return wsparamManager;
2817   }
2818
2819   /**
2820    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2821    *
2822    * @param e
2823    */
2824   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2825   {
2826     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2827     {
2828       String url = null;
2829       try
2830       {
2831         url = e.getURL().toString();
2832         Desktop.showUrl(url);
2833       } catch (Exception x)
2834       {
2835         if (url != null)
2836         {
2837           if (Cache.log != null)
2838           {
2839             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2840           }
2841           else
2842           {
2843             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2844                     + " as a URL.");
2845           }
2846         }
2847         // ignore any exceptions due to dud links.
2848       }
2849
2850     }
2851   }
2852
2853   /**
2854    * single thread that handles display of dialogs to user.
2855    */
2856   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2857
2858   /**
2859    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2860    */
2861   private volatile boolean dialogPause = true;
2862
2863   /**
2864    * pause the queue
2865    */
2866   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2867
2868   /**
2869    * add another dialog thread to the queue
2870    *
2871    * @param prompter
2872    */
2873   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2874   {
2875     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2876     {
2877       public void run()
2878       {
2879         if (dialogPause)
2880         {
2881           try
2882           {
2883             block.acquire();
2884           } catch (InterruptedException x)
2885           {
2886           }
2887           ;
2888         }
2889         if (instance == null)
2890         {
2891           return;
2892         }
2893         try
2894         {
2895           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2896         } catch (Exception q)
2897         {
2898           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2899         }
2900       }
2901     });
2902   }
2903
2904   public void startDialogQueue()
2905   {
2906     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2907     // the current task to begin
2908     dialogPause = false;
2909     block.release();
2910   }
2911
2912   @Override
2913   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2914   {
2915     invalidate();
2916     File of;
2917     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2918             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2919                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2920                             + ".eps"), "View of desktop");
2921     try
2922     {
2923       paintAll(im.getGraphics());
2924       im.writeImage();
2925     } catch (Exception q)
2926     {
2927       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
2928               q);
2929       return;
2930     }
2931     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2932             + of.getAbsolutePath());
2933   }
2934
2935   /**
2936    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame windows.
2937    *
2938    * @param sf
2939    */
2940   public void explodeViews(SplitFrame sf)
2941   {
2942     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
2943     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
2944     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
2945             .getAlignPanels();
2946     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
2947             .getAlignPanels();
2948     int viewCount = topPanels.size();
2949     if (viewCount < 2)
2950     {
2951       return;
2952     }
2953
2954     /*
2955      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
2956      * not visible. I don't know why!
2957      */
2958     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
2959     {
2960       /*
2961        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
2962        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
2963        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
2964        * new split frames.
2965        */
2966       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
2967       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
2968       newTopFrame.setSize(new Dimension(AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2969               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT));
2970       newTopFrame.setVisible(true);
2971       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
2972       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
2973       newBottomFrame.setSize(new Dimension(AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2974               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT));
2975       newBottomFrame.setVisible(true);
2976       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2977       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2978       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
2979               newBottomFrame);
2980       // either panel may hold previous exploded frame geometry
2981       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
2982               .getExplodedGeometry();
2983       if (geometry != null)
2984       {
2985         splitFrame.setBounds(geometry);
2986       }
2987       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
2988     }
2989
2990     /*
2991      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
2992      * before closing the old SplitFrame.
2993      */
2994     topPanels.clear();
2995     bottomPanels.clear();
2996     sf.close();
2997   }
2998
2999   /**
3000    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3001    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3002    * frames may themselves have multiple views.
3003    *
3004    * @param source
3005    */
3006   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3007   {
3008     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3009     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3010     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
3011     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
3012     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3013     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3014     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3015     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3016
3017     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3018     for (JInternalFrame frame : frames)
3019     {
3020       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3021       {
3022         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3023         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3024         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3025         boolean gatherThis = false;
3026         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3027         {
3028           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3029           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3030           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3031                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3032           {
3033             gatherThis = true;
3034             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3035             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3036             // both panels refer to the same split frame geometry
3037             Rectangle position = sf.getBounds();
3038             topPanel.av.setExplodedGeometry(position);
3039             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(position);
3040             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3041             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3042           }
3043         }
3044
3045         if (gatherThis)
3046         {
3047           topFrame.getAlignPanels().clear();
3048           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3049           sf.close();
3050         }
3051       }
3052     }
3053
3054     /*
3055      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3056      */
3057     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3058
3059   }
3060
3061   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
3062   {
3063     return currentAlignFrame;
3064   }
3065
3066   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
3067   {
3068     Desktop.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
3069   }
3070
3071 }