src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  30 import jalview.io.BackupFiles;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.io.FileFormat;
  33 import jalview.io.FileFormatException;
  34 import jalview.io.FileFormatI;
  35 import jalview.io.FileFormats;
  36 import jalview.io.FileLoader;
  37 import jalview.io.FormatAdapter;
  38 import jalview.io.IdentifyFile;
  39 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  40 import jalview.io.JalviewFileView;
  41 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  42 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  43 import jalview.project.Jalview2XML;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  46 import jalview.util.BrowserLauncher;
  47 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.util.UrlConstants;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52 import jalview.ws.params.ParamManager;
  53 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  54
  55 import java.awt.BorderLayout;
  56 import java.awt.Color;
  57 import java.awt.Dimension;
  58 import java.awt.FontMetrics;
  59 import java.awt.Graphics;
  60 import java.awt.GridLayout;
  61 import java.awt.Point;
  62 import java.awt.Rectangle;
  63 import java.awt.Toolkit;
  64 import java.awt.Window;
  65 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  66 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  67 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  68 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  69 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  70 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  71 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  72 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  73 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  74 import java.awt.event.ActionEvent;
  75 import java.awt.event.ActionListener;
  76 import java.awt.event.InputEvent;
  77 import java.awt.event.KeyEvent;
  78 import java.awt.event.MouseAdapter;
  79 import java.awt.event.MouseEvent;
  80 import java.awt.event.WindowAdapter;
  81 import java.awt.event.WindowEvent;
  82 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  83 import java.beans.PropertyChangeListener;
  84 import java.io.BufferedInputStream;
  85 import java.io.File;
  86 import java.io.FileOutputStream;
  87 import java.io.IOException;
  88 import java.net.URL;
  89 import java.util.ArrayList;
  90 import java.util.Hashtable;
  91 import java.util.List;
  92 import java.util.ListIterator;
  93 import java.util.Vector;
  94 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  95 import java.util.concurrent.Executors;
  96 import java.util.concurrent.Semaphore;
  97
  98 import javax.swing.AbstractAction;
  99 import javax.swing.Action;
 100 import javax.swing.ActionMap;
 101 import javax.swing.Box;
 102 import javax.swing.BoxLayout;
 103 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 104 import javax.swing.DesktopManager;
 105 import javax.swing.InputMap;
 106 import javax.swing.JButton;
 107 import javax.swing.JCheckBox;
 108 import javax.swing.JComboBox;
 109 import javax.swing.JComponent;
 110 import javax.swing.JDesktopPane;
 111 import javax.swing.JFrame;
 112 import javax.swing.JInternalFrame;
 113 import javax.swing.JLabel;
 114 import javax.swing.JMenuItem;
 115 import javax.swing.JPanel;
 116 import javax.swing.JPopupMenu;
 117 import javax.swing.JProgressBar;
 118 import javax.swing.JTextField;
 119 import javax.swing.KeyStroke;
 120 import javax.swing.SwingUtilities;
 121 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 122 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 123 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 124 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 125 import javax.swing.event.MenuEvent;
 126 import javax.swing.event.MenuListener;
 127
 128 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 129
 130 /**
 131  * Jalview Desktop
 132  *
 133  *
 134  * @author $author$
 135  * @version $Revision: 1.155 $
 136  */
 137 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 138         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 139         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 140 {
 141   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 142
 143   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 144
 145   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 146
 147   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 148
 149   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 150
 151   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 152
 153   /**
 154    * news reader - null if it was never started.
 155    */
 156   private BlogReader jvnews = null;
 157
 158   private File projectFile;
 159
 160   /**
 161    * @param listener
 162    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 163    */
 164   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 165           PropertyChangeListener listener)
 166   {
 167     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * @param propertyName
 172    * @param listener
 173    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 174    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 175    */
 176   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 177           PropertyChangeListener listener)
 178   {
 179     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 180   }
 181
 182   /**
 183    * @param propertyName
 184    * @param listener
 185    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 186    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 187    */
 188   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 189           PropertyChangeListener listener)
 190   {
 191     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 192             listener);
 193   }
 194
 195   /** Singleton Desktop instance */
 196   public static Desktop instance;
 197
 198   public static MyDesktopPane desktop;
 199
 200   public static MyDesktopPane getDesktop()
 201   {
 202     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 203     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 204     return desktop;
 205   }
 206
 207   static int openFrameCount = 0;
 208
 209   static final int xOffset = 30;
 210
 211   static final int yOffset = 30;
 212
 213   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 214
 215   public static Object[] jalviewClipboard;
 216
 217   public static boolean internalCopy = false;
 218
 219   static int fileLoadingCount = 0;
 220
 221   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 222   {
 223
 224     private DesktopManager delegate;
 225
 226     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 227     {
 228       this.delegate = delegate;
 229     }
 230
 231     @Override
 232     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 233     {
 234       try
 235       {
 236         delegate.activateFrame(f);
 237       } catch (NullPointerException npe)
 238       {
 239         Point p = getMousePosition();
 240         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 241       }
 242     }
 243
 244     @Override
 245     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 246     {
 247       delegate.beginDraggingFrame(f);
 248     }
 249
 250     @Override
 251     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 252     {
 253       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 254     }
 255
 256     @Override
 257     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 258     {
 259       delegate.closeFrame(f);
 260     }
 261
 262     @Override
 263     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 264     {
 265       delegate.deactivateFrame(f);
 266     }
 267
 268     @Override
 269     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 270     {
 271       delegate.deiconifyFrame(f);
 272     }
 273
 274     @Override
 275     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 276     {
 277       if (newY < 0)
 278       {
 279         newY = 0;
 280       }
 281       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 282     }
 283
 284     @Override
 285     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 286     {
 287       delegate.endDraggingFrame(f);
 288       desktop.repaint();
 289     }
 290
 291     @Override
 292     public void endResizingFrame(JComponent f)
 293     {
 294       delegate.endResizingFrame(f);
 295       desktop.repaint();
 296     }
 297
 298     @Override
 299     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 300     {
 301       delegate.iconifyFrame(f);
 302     }
 303
 304     @Override
 305     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 306     {
 307       delegate.maximizeFrame(f);
 308     }
 309
 310     @Override
 311     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 312     {
 313       delegate.minimizeFrame(f);
 314     }
 315
 316     @Override
 317     public void openFrame(JInternalFrame f)
 318     {
 319       delegate.openFrame(f);
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 324             int newHeight)
 325     {
 326       if (newY < 0)
 327       {
 328         newY = 0;
 329       }
 330       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 331     }
 332
 333     @Override
 334     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 335             int newWidth, int newHeight)
 336     {
 337       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 338     }
 339
 340     // All other methods, simply delegate
 341
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Creates a new Desktop object.
 346    */
 347   public Desktop()
 348   {
 349           super();
 350     /**
 351      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might block
 352      * are spawned off as threads rather than waited for during this constructor.
 353      */
 354     instance = this;
 355     if (!Platform.isJS())
 356     {
 357       doVamsasClientCheck();
 358     }
 359
 360     doConfigureStructurePrefs();
 361     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 362     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 363     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 364             false);
 365     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 366             false);
 367     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 368
 369
 370     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 371     desktop.setBackground(Color.white);
 372     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 373     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 374     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 375     // sp.getViewport().setView(desktop);
 376     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 377
 378     // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 379         if (Platform.isJS())
 380         {
 381           getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 382         }
 383
 384     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 385     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 386
 387     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 388     // if previous window was maximised
 389     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 390             (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 391                     : Platform.isAMacAndNotJS()
 392                             ? new AquaInternalFrameManager(
 393                                     desktop.getDesktopManager())
 394                             : desktop.getDesktopManager())));
 395
 396     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 397     if (dims != null)
 398     {
 399       setBounds(dims);
 400     }
 401     else
 402     {
 403       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 404       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 405       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 406       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 407     }
 408
 409     boolean doFullLoad = /** @j2sNative ! */true;
 410
 411     if (doFullLoad) {
 412
 413       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 414       // add essential build information
 415       jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 416               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 417               + "Jalview Installation: "
 418               + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 419               + "\n" + "Build Date: "
 420               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 421               + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 422               + System.getProperty("os.arch") + " "
 423               + System.getProperty("os.name") + " "
 424               + System.getProperty("os.version"));
 425
 426       showConsole(showjconsole);
 427
 428       showNews.setVisible(false);
 429
 430       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 431
 432       getIdentifiersOrgData();
 433
 434       checkURLLinks();
 435
 436       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 437
 438       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 439       {
 440         @Override
 441         public void run()
 442         {
 443           new SplashScreen();
 444         }
 445       });
 446
 447       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 448       // takes to open it later on.
 449       new Thread(new Runnable()
 450       {
 451         @Override
 452         public void run()
 453         {
 454           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 455           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 456           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 457                   fileFormat);
 458           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 459         }
 460       }).start();
 461       // Add the service change listener
 462       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 463               new PropertyChangeListener()
 464               {
 465
 466                 @Override
 467                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 468                 {
 469                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 470                           + evt.getNewValue());
 471                   JalviewServicesChanged(evt);
 472                 }
 473
 474               });
 475
 476     }
 477
 478     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 479
 480     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 481     {
 482       @Override
 483       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 484       {
 485         quit();
 486       }
 487     });
 488
 489     MouseAdapter ma;
 490     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 491     {
 492       @Override
 493       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 494       {
 495         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 496         {
 497           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 498         }
 499       }
 500
 501       @Override
 502       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 503       {
 504         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 505         {
 506           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 507         }
 508       }
 509     });
 510     desktop.addMouseListener(ma);
 511
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 516    * (on), else false
 517    *
 518    * @return
 519    */
 520   public boolean showExperimental()
 521   {
 522     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 523             Boolean.FALSE.toString());
 524     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 525   }
 526
 527   public void doConfigureStructurePrefs()
 528   {
 529     // configure services
 530     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 531             .getStructureSelectionManager(this);
 532     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 533     {
 534       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 535               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 536       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 537               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 538       ssm.setSecStructServices(
 539               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 540     }
 541     else
 542     {
 543       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 544       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 545       ssm.setSecStructServices(false);
 546     }
 547   }
 548
 549   public void checkForNews()
 550   {
 551     final Desktop me = this;
 552     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 553     new Thread(new Runnable()
 554     {
 555       @Override
 556       public void run()
 557       {
 558         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 559         jvnews = new BlogReader(me);
 560         showNews.setVisible(true);
 561         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 562       }
 563     }).start();
 564   }
 565
 566   public void getIdentifiersOrgData()
 567   {
 568     // Thread off the identifiers fetcher
 569     new Thread(new Runnable()
 570     {
 571       @Override
 572       public void run()
 573       {
 574         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 575         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 576         try
 577         {
 578           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 579                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 580         } catch (IOException e)
 581         {
 582           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 583                   + e.getMessage());
 584         }
 585       }
 586     }).start();
 587     ;
 588   }
 589
 590   @Override
 591   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 592   {
 593     showNews(showNews.isSelected());
 594   }
 595
 596   void showNews(boolean visible)
 597   {
 598     Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 599     showNews.setSelected(visible);
 600     if (visible && !jvnews.isVisible())
 601     {
 602       new Thread(new Runnable()
 603       {
 604         @Override
 605         public void run()
 606         {
 607           long now = System.currentTimeMillis();
 608           Desktop.instance.setProgressBar(
 609                   MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 610           jvnews.refreshNews();
 611           Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 612           jvnews.showNews();
 613         }
 614       }).start();
 615     }
 616   }
 617
 618   /**
 619    * recover the last known dimensions for a jalview window
 620    *
 621    * @param windowName
 622    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 623    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 624    *         window geom was known)
 625    */
 626   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 627   {
 628     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 629     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 630     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 631     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 632     String width = jalview.bin.Cache
 633             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 634     String height = jalview.bin.Cache
 635             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 636     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 637     {
 638       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 639               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 640       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 641       {
 642         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 643         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 644         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 645         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 646                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 647         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 648                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 649         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 650         ix = (int) (ix * sw);
 651         iw = (int) (iw * sw);
 652         iy = (int) (iy * sh);
 653         ih = (int) (ih * sh);
 654         while (ix >= screenSize.width)
 655         {
 656           jalview.bin.Cache.log.debug(
 657                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 658           ix -= screenSize.width;
 659         }
 660         while (iy >= screenSize.height)
 661         {
 662           jalview.bin.Cache.log.debug(
 663                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 664           iy -= screenSize.height;
 665         }
 666         jalview.bin.Cache.log.debug(
 667                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 668                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 669       }
 670       // return dimensions for new instance
 671       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 672     }
 673     return null;
 674   }
 675
 676   private void doVamsasClientCheck()
 677   {
 678     if (Cache.vamsasJarsPresent())
 679     {
 680       setupVamsasDisconnectedGui();
 681       VamsasMenu.setVisible(true);
 682       final Desktop us = this;
 683       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 684       {
 685         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 686         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 687         // reselected again.
 688         boolean refresh = true;
 689
 690         @Override
 691         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 692         {
 693           refresh = true;
 694         }
 695
 696         @Override
 697         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 698         {
 699           refresh = true;
 700         }
 701
 702         @Override
 703         public void menuSelected(MenuEvent e)
 704         {
 705           if (refresh)
 706           {
 707             us.buildVamsasStMenu();
 708             refresh = false;
 709           }
 710         }
 711       });
 712       vamsasStart.setVisible(true);
 713     }
 714   }
 715
 716   void showPasteMenu(int x, int y)
 717   {
 718     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 719     JMenuItem item = new JMenuItem(
 720             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 721     item.addActionListener(new ActionListener()
 722     {
 723       @Override
 724       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 725       {
 726         paste();
 727       }
 728     });
 729
 730     popup.add(item);
 731     popup.show(this, x, y);
 732   }
 733
 734   public void paste()
 735   {
 736     try
 737     {
 738       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 739       Transferable contents = c.getContents(this);
 740
 741       if (contents != null)
 742       {
 743         String file = (String) contents
 744                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 745
 746         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 747                 DataSourceType.PASTE);
 748
 749         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 750
 751       }
 752     } catch (Exception ex)
 753     {
 754       System.out.println(
 755               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 756     }
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Adds and opens the given frame to the desktop
 761    *
 762    * @param frame
 763    *          Frame to show
 764    * @param title
 765    *          Visible Title
 766    * @param w
 767    *          width
 768    * @param h
 769    *          height
 770    */
 771   public static synchronized void addInternalFrame(
 772           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 773   {
 774     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 775   }
 776
 777   /**
 778    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 779    *
 780    * @param frame
 781    *          Frame to show
 782    * @param title
 783    *          Visible Title
 784    * @param makeVisible
 785    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 786    *          setVisible themselves.
 787    * @param w
 788    *          width
 789    * @param h
 790    *          height
 791    */
 792   public static synchronized void addInternalFrame(
 793           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 794           int w, int h)
 795   {
 796     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 801    *
 802    * @param frame
 803    *          Frame to show
 804    * @param title
 805    *          Visible Title
 806    * @param w
 807    *          width
 808    * @param h
 809    *          height
 810    * @param resizable
 811    *          Allow resize
 812    */
 813   public static synchronized void addInternalFrame(
 814           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 815           boolean resizable)
 816   {
 817     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 822    *
 823    * @param frame
 824    *          Frame to show
 825    * @param title
 826    *          Visible Title
 827    * @param makeVisible
 828    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 829    *          setVisible themselves.
 830    * @param w
 831    *          width
 832    * @param h
 833    *          height
 834    * @param resizable
 835    *          Allow resize
 836    * @param ignoreMinSize
 837    *          Do not set the default minimum size for frame
 838    */
 839   public static synchronized void addInternalFrame(
 840           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 841           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 842   {
 843
 844     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 845     // bounds object).
 846     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 847     // the current window title
 848
 849     frame.setTitle(title);
 850     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 851     {
 852       frame.setSize(w, h);
 853     }
 854     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 855     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 856     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 857     // ///////////////////////////////////////////////
 858     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 859             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 860     {
 861       return;
 862     }
 863
 864     openFrameCount++;
 865
 866     if (!ignoreMinSize)
 867     {
 868       frame.setMinimumSize(
 869               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 870
 871       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 872       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 873       // hence,
 874       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 875       if (frame instanceof AlignFrame)
 876       {
 877         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 878                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 879       }
 880     }
 881
 882     frame.setVisible(makeVisible);
 883     frame.setClosable(true);
 884     frame.setResizable(resizable);
 885     frame.setMaximizable(resizable);
 886     frame.setIconifiable(resizable);
 887     frame.setOpaque(/** @j2sNative true || */
 888             false);
 889
 890     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 891     {
 892       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 893               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 894     }
 895
 896     /*
 897      * add an entry for the new frame in the Window menu
 898      * (and remove it when the frame is closed)
 899      */
 900     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 901     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 902     {
 903       @Override
 904       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 905       {
 906         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 907         if (itf != null)
 908         {
 909           if (itf instanceof AlignFrame)
 910           {
 911             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 912           }
 913           itf.requestFocus();
 914         }
 915       }
 916
 917       @Override
 918       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 919       {
 920         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 921
 922         /*
 923          * defensive check to prevent frames being
 924          * added half off the window
 925          */
 926         if (openFrameCount > 0)
 927         {
 928           openFrameCount--;
 929         }
 930
 931         /*
 932          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 933          */
 934         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 935         {
 936           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 937         }
 938         windowMenu.remove(menuItem);
 939       };
 940     });
 941
 942     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 943     {
 944       @Override
 945       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 946       {
 947         try
 948         {
 949           frame.setSelected(true);
 950           frame.setIcon(false);
 951         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 952         {
 953           // System.err.println(ex.toString());
 954         }
 955       }
 956     });
 957
 958     setKeyBindings(frame);
 959
 960     desktop.add(frame);
 961
 962     windowMenu.add(menuItem);
 963
 964     frame.toFront();
 965     try
 966     {
 967       frame.setSelected(true);
 968       frame.requestFocus();
 969     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 970     {
 971     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 972     {
 973       Cache.log.warn(
 974               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 975               cex);
 976     }
 977   }
 978
 979   /**
 980    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close the
 981    * window
 982    *
 983    * @param frame
 984    */
 985   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 986   {
 987     @SuppressWarnings("serial")
 988     final Action closeAction = new AbstractAction()
 989     {
 990       @Override
 991       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 992       {
 993         frame.dispose();
 994       }
 995     };
 996
 997     /*
 998      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
 999      */
1000     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1001             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1002     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1003             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
1004
1005     InputMap inputMap = frame
1006             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1007     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1008     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1009     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1010
1011     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1012     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1013   }
1014
1015   @Override
1016   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1017   {
1018     if (!internalCopy)
1019     {
1020       Desktop.jalviewClipboard = null;
1021     }
1022
1023     internalCopy = false;
1024   }
1025
1026   @Override
1027   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1028   {
1029   }
1030
1031   @Override
1032   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1033   {
1034   }
1035
1036   @Override
1037   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1038   {
1039   }
1040
1041   @Override
1042   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1043   {
1044   }
1045
1046   /**
1047    * DOCUMENT ME!
1048    *
1049    * @param evt
1050    *          DOCUMENT ME!
1051    */
1052   @Override
1053   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1054   {
1055     boolean success = true;
1056     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1057     // Java's Transferable for native dnd
1058     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1059     Transferable t = evt.getTransferable();
1060     List<Object> files = new ArrayList<>();
1061     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1062
1063     try
1064     {
1065       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1066     } catch (Exception e)
1067     {
1068       e.printStackTrace();
1069       success = false;
1070     }
1071
1072     if (files != null)
1073     {
1074       try
1075       {
1076         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1077         {
1078           // BH 2018 File or String
1079           Object file = files.get(i);
1080           String fileName = file.toString();
1081           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1082                   ? DataSourceType.FILE
1083                   : protocols.get(i);
1084           FileFormatI format = null;
1085
1086           if (fileName.endsWith(".jar"))
1087           {
1088             format = FileFormat.Jalview;
1089
1090           }
1091           else
1092           {
1093             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1094           }
1095
1096           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1097
1098         }
1099       } catch (Exception ex)
1100       {
1101         success = false;
1102       }
1103     }
1104     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1105                                // transfered to any new windows created
1106   }
1107
1108   /**
1109    * DOCUMENT ME!
1110    *
1111    * @param e
1112    *          DOCUMENT ME!
1113    */
1114   @Override
1115   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1116   {
1117     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1118     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1119             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat, true);
1120
1121     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1122     chooser.setDialogTitle(
1123             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1124     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1125
1126     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1127     {
1128       @Override
1129       public void run()
1130       {
1131         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1132         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1133
1134         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1135
1136         /*
1137          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1138          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1139          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1140          */
1141         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1142         {
1143           try
1144           {
1145             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1146                     DataSourceType.FILE);
1147           } catch (FileFormatException e)
1148           {
1149             // format = null; //??
1150           }
1151         }
1152
1153         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1154                 DataSourceType.FILE, format);
1155       }
1156     });
1157     chooser.showOpenDialog(this);
1158   }
1159
1160   /**
1161    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1162    *
1163    * @param viewport
1164    */
1165   @Override
1166   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1167   {
1168     // This construct allows us to have a wider textfield
1169     // for viewing
1170     JLabel label = new JLabel(
1171             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1172
1173     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1174     panel.add(label);
1175
1176     /*
1177      * the URL to fetch is
1178      * Java: an editable combobox with history
1179      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
1180      */
1181     JComponent history;
1182     String urlBase = "http://www.";
1183     if (Platform.isJS())
1184     {
1185       history = new JTextField(urlBase, 35);
1186     }
1187     else
1188     {
1189       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1190       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1191       asCombo.setEditable(true);
1192       asCombo.addItem(urlBase);
1193       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1194       if (historyItems != null)
1195       {
1196         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1197         {
1198           asCombo.addItem(token);
1199         }
1200       }
1201       history = asCombo;
1202     }
1203     panel.add(history);
1204
1205     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1206         MessageManager.getString("action.cancel") };
1207     Runnable action = new Runnable() {
1208       @Override
1209       public void run()
1210       {
1211         String url = Platform.isJS() ? ((JTextField) history).getText()
1212                 : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
1213                         .toString();
1214
1215         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1216         {
1217           if (viewport != null)
1218           {
1219             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1220                     FileFormat.Jalview);
1221           }
1222           else
1223           {
1224             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1225                     FileFormat.Jalview);
1226           }
1227         }
1228         else
1229         {
1230           FileFormatI format = null;
1231           try
1232           {
1233             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1234           } catch (FileFormatException e)
1235           {
1236             // TODO revise error handling, distinguish between
1237             // URL not found and response not valid
1238           }
1239
1240           if (format == null)
1241           {
1242             String msg = MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate", url);
1243             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, msg,
1244                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1245                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1246
1247             return;
1248           }
1249
1250           if (viewport != null)
1251           {
1252             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1253                     format);
1254           }
1255           else
1256           {
1257             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1258           }
1259         }
1260       }};
1261     String dialogOption = MessageManager
1262             .getString("label.input_alignment_from_url");
1263     JvOptionPane.newOptionDialog(desktop).setResponseHandler(0, action)
1264             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1265                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1266                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1267                     MessageManager.getString("action.ok"));
1268   }
1269
1270   /**
1271    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1272    *
1273    * @param viewPanel
1274    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1275    *          alignment; if null, to a new alignment window
1276    */
1277   @Override
1278   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1279           AlignmentViewPanel viewPanel)
1280   {
1281     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1282     cap.setForInput(viewPanel);
1283     Desktop.addInternalFrame(cap,
1284             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1285             600, 500);
1286   }
1287
1288   /*
1289    * Exit the program
1290    */
1291   @Override
1292   public void quit()
1293   {
1294     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1295     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1296             screen.width + "");
1297     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1298             screen.height + "");
1299     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1300             getWidth(), getHeight()));
1301
1302     if (jconsole != null)
1303     {
1304       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1305       jconsole.stopConsole();
1306     }
1307     if (jvnews != null)
1308     {
1309       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1310
1311     }
1312     if (dialogExecutor != null)
1313     {
1314       dialogExecutor.shutdownNow();
1315     }
1316     closeAll_actionPerformed(null);
1317
1318     if (groovyConsole != null)
1319     {
1320       // suppress a possible repeat prompt to save script
1321       groovyConsole.setDirty(false);
1322       groovyConsole.exit();
1323     }
1324     System.exit(0);
1325   }
1326
1327   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1328   {
1329     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1330             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1331             + " height:" + jc.height);
1332
1333     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1334     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1335     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1336     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1337   }
1338
1339   /**
1340    * DOCUMENT ME!
1341    *
1342    * @param e
1343    *          DOCUMENT ME!
1344    */
1345   @Override
1346   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1347   {
1348     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1349     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1350     //
1351     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1352     new Thread(new Runnable()
1353     {
1354       @Override
1355       public void run()
1356       {
1357         new SplashScreen(true);
1358       }
1359     }).start();
1360   }
1361
1362   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1363   {
1364     StringBuffer message = new StringBuffer();
1365     message.append("<html>");
1366     if (shortv)
1367     {
1368       message.append("<h1><strong>Version: "
1369               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1370               + "</strong></h1>");
1371       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1372               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1373               + "</em></strong>");
1374
1375     }
1376     else
1377     {
1378
1379       message.append("<strong>Version "
1380               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1381               + "; last updated: "
1382               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1383     }
1384
1385     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1386             .equals("Checking"))
1387     {
1388       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1389     }
1390     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1391             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1392     {
1393       boolean red = false;
1394       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1395               .indexOf("automated build") == -1)
1396       {
1397         red = true;
1398         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1399         // version is not a development build
1400         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1401       }
1402
1403       message.append("<br>!! Version "
1404               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1405                       "..Checking..")
1406               + " is available for download from "
1407               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1408                       "http://www.jalview.org")
1409               + " !!");
1410       if (red)
1411       {
1412         message.append("</div>");
1413       }
1414     }
1415     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1416             "AUTHORFNAMES",
1417             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1418             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1419             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1420             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1421             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1422             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1423             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1424             + "</html>");
1425     return message;
1426   }
1427
1428   /**
1429    * Action on requesting Help documentation
1430    */
1431   @Override
1432   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1433   {
1434     try
1435     {
1436       if (Platform.isJS())
1437       {
1438         BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
1439       }
1440       else
1441       {
1442         Help.showHelpWindow();
1443       }
1444     } catch (Exception ex)
1445     {
1446       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1447     }
1448   }
1449
1450   @Override
1451   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1452   {
1453     // TODO show a progress bar while closing?
1454     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1455     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1456     {
1457       try
1458       {
1459         frames[i].setClosed(true);
1460       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1461       {
1462       }
1463     }
1464     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1465     System.out.println("ALL CLOSED");
1466     if (v_client != null)
1467     {
1468       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1469     }
1470
1471     /*
1472      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1473      * when all windows are closed)
1474      */
1475     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1476             .getStructureSelectionManager(this);
1477     if (ssm != null)
1478     {
1479       ssm.resetAll();
1480     }
1481   }
1482
1483   @Override
1484   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1485   {
1486     reorderAssociatedWindows(false, false);
1487   }
1488
1489   @Override
1490   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1491   {
1492     reorderAssociatedWindows(true, false);
1493   }
1494
1495   void closeAssociatedWindows()
1496   {
1497     reorderAssociatedWindows(false, true);
1498   }
1499
1500   /*
1501    * (non-Javadoc)
1502    *
1503    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1504    * ActionEvent)
1505    */
1506   @Override
1507   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1508   {
1509     // We simply collect the garbage
1510     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1511     System.gc();
1512     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1513   }
1514
1515   /*
1516    * (non-Javadoc)
1517    *
1518    * @see
1519    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1520    * )
1521    */
1522   @Override
1523   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1524   {
1525     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1526   }
1527
1528   /*
1529    * (non-Javadoc)
1530    *
1531    * @see
1532    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1533    * )
1534    */
1535   @Override
1536   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1537   {
1538     showConsole(showConsole.isSelected());
1539   }
1540
1541   Console jconsole = null;
1542
1543   /**
1544    * control whether the java console is visible or not
1545    *
1546    * @param selected
1547    */
1548   void showConsole(boolean selected)
1549   {
1550     // TODO: decide if we should update properties file
1551     if (jconsole != null) // BH 2018
1552     {
1553       showConsole.setSelected(selected);
1554       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1555               Boolean.valueOf(selected).toString());
1556       jconsole.setVisible(selected);
1557     }
1558   }
1559
1560   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1561   {
1562     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1563     if (frames == null || frames.length < 1)
1564     {
1565       return;
1566     }
1567
1568     AlignmentViewport source = null, target = null;
1569     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1570     {
1571       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1572     }
1573     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1574     {
1575       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1576     }
1577     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1578     {
1579       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1580     }
1581     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1582     {
1583       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1584     }
1585
1586     if (source != null)
1587     {
1588       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1589       {
1590         target = null;
1591         if (frames[i] == null)
1592         {
1593           continue;
1594         }
1595         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1596         {
1597           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1598         }
1599         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1600         {
1601           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1602         }
1603         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1604         {
1605           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1606         }
1607         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1608         {
1609           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1610         }
1611
1612         if (source == target)
1613         {
1614           try
1615           {
1616             if (close)
1617             {
1618               frames[i].setClosed(true);
1619             }
1620             else
1621             {
1622               frames[i].setIcon(minimize);
1623               if (!minimize)
1624               {
1625                 frames[i].toFront();
1626               }
1627             }
1628
1629           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1630           {
1631           }
1632         }
1633       }
1634     }
1635   }
1636
1637   /**
1638    * DOCUMENT ME!
1639    *
1640    * @param e
1641    *          DOCUMENT ME!
1642    */
1643   @Override
1644   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1645   {
1646     new Preferences();
1647   }
1648
1649   /**
1650    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1651    * Jalview project file
1652    */
1653   @Override
1654   public void saveState_actionPerformed()
1655   {
1656     saveState_actionPerformed(false);
1657   }
1658
1659   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1660   {
1661     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1662     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1663     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1664             && BackupFiles.getEnabled();
1665
1666     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1667     // saveAs="+saveAs+", Backups
1668     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1669
1670     boolean approveSave = false;
1671     if (!autoSave)
1672     {
1673       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1674               "Jalview Project");
1675
1676       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1677       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1678
1679       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1680
1681       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1682       {
1683         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1684         setProjectFile(projectFile);
1685         approveSave = true;
1686       }
1687     }
1688
1689     if (approveSave || autoSave)
1690     {
1691       final Desktop me = this;
1692       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1693       new Thread(new Runnable()
1694       {
1695         @Override
1696         public void run()
1697         {
1698           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1699           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1700                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1701                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1702           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1703                   chosenFile.getParent());
1704           // TODO catch and handle errors for savestate
1705           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1706           try
1707           {
1708             BackupFiles backupfiles = new BackupFiles(chosenFile);
1709
1710             new Jalview2XML().saveState(backupfiles.getTempFile());
1711
1712             backupfiles.setWriteSuccess(true);
1713             backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1714           } catch (OutOfMemoryError oom)
1715           {
1716             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1717                     + chosenFile.getName(), oom);
1718           } catch (Exception ex)
1719           {
1720             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1721                     + chosenFile.getName(), ex);
1722             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1723                     MessageManager.formatMessage(
1724                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1725                             new Object[]
1726                             { chosenFile.getName() }),
1727                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1728                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1729           }
1730           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1731         }
1732       }).start();
1733       }
1734   }
1735
1736   @Override
1737   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1738   {
1739     saveState_actionPerformed(true);
1740   }
1741
1742   private void setProjectFile(File choice)
1743   {
1744     this.projectFile = choice;
1745   }
1746
1747   public File getProjectFile()
1748   {
1749     return this.projectFile;
1750   }
1751
1752   /**
1753    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1754    * Jalview project
1755    */
1756   @Override
1757   public void loadState_actionPerformed()
1758   {
1759     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1760     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1761         "Jalview Project (old)" };
1762     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1763             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1764             "Jalview Project", true, true); // last two booleans: allFiles,
1765                                             // allowBackupFiles
1766     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1767     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1768     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1769     {
1770       @Override
1771       public void run()
1772       {
1773         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1774         setProjectFile(selectedFile);
1775         String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1776         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1777         new Thread(new Runnable()
1778         {
1779           @Override
1780           public void run()
1781           {
1782                 try
1783             {
1784               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1785             } catch (OutOfMemoryError oom)
1786                 {
1787                   new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1788                 } catch (Exception ex)
1789                 {
1790                   Cache.log.error(
1791                           "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1792                   JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1793                           MessageManager.formatMessage(
1794                                   "label.error_whilst_loading_project_from",
1795                                 new Object[]
1796                                     { choice }),
1797                           MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1798                           JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1799                 }
1800           }
1801         }).start();
1802       }
1803     });
1804
1805     chooser.showOpenDialog(this);
1806   }
1807
1808   @Override
1809   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1810   {
1811     new SequenceFetcher(this);
1812   }
1813
1814   JPanel progressPanel;
1815
1816   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1817
1818   public void startLoading(final Object fileName)
1819   {
1820     if (fileLoadingCount == 0)
1821     {
1822       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1823               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1824               { fileName })));
1825     }
1826     fileLoadingCount++;
1827   }
1828
1829   private JPanel addProgressPanel(String string)
1830   {
1831     if (progressPanel == null)
1832     {
1833       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1834       totalProgressCount = 0;
1835       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1836     }
1837     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1838     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1839     progressBar.setIndeterminate(true);
1840
1841     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1842
1843     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1844     progressPanel.add(thisprogress);
1845     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1846             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1847     ++totalProgressCount;
1848     instance.validate();
1849     return thisprogress;
1850   }
1851
1852   int totalProgressCount = 0;
1853
1854   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1855   {
1856     if (progressPanel != null)
1857     {
1858       synchronized (progressPanel)
1859       {
1860         progressPanel.remove(progbar);
1861         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1862         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1863         if (--totalProgressCount < 1)
1864         {
1865           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1866           progressPanel = null;
1867         }
1868       }
1869     }
1870     validate();
1871   }
1872
1873   public void stopLoading()
1874   {
1875     fileLoadingCount--;
1876     if (fileLoadingCount < 1)
1877     {
1878       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1879       {
1880         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1881       }
1882       fileLoadingPanels.clear();
1883       fileLoadingCount = 0;
1884     }
1885     validate();
1886   }
1887
1888   public static int getViewCount(String alignmentId)
1889   {
1890     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1891     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1892   }
1893
1894   /**
1895    *
1896    * @param alignmentId
1897    *          - if null, all sets are returned
1898    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1899    */
1900   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1901   {
1902     if (Desktop.desktop == null)
1903     {
1904       // no frames created and in headless mode
1905       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1906       return null;
1907     }
1908     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1909     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1910     if (frames == null)
1911     {
1912       return null;
1913     }
1914     for (AlignFrame af : frames)
1915     {
1916       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1917       {
1918         if (alignmentId == null
1919                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1920         {
1921           aps.add(ap);
1922         }
1923       }
1924     }
1925     if (aps.size() == 0)
1926     {
1927       return null;
1928     }
1929     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1930     return vap;
1931   }
1932
1933   /**
1934    * get all the viewports on an alignment.
1935    *
1936    * @param sequenceSetId
1937    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1938    *          case)
1939    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1940    */
1941   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1942   {
1943     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1944     if (desktop != null)
1945     {
1946       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1947
1948       for (AlignFrame afr : frames)
1949       {
1950         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1951                 .equals(sequenceSetId))
1952         {
1953           if (afr.alignPanels != null)
1954           {
1955             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1956             {
1957               if (sequenceSetId == null
1958                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1959               {
1960                 viewp.add(ap.av);
1961               }
1962             }
1963           }
1964           else
1965           {
1966             viewp.add(afr.getViewport());
1967           }
1968         }
1969       }
1970       if (viewp.size() > 0)
1971       {
1972         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1973       }
1974     }
1975     return null;
1976   }
1977
1978   /**
1979    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1980    *
1981    * @param af
1982    */
1983   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1984   {
1985     int size = af.alignPanels.size();
1986     if (size < 2)
1987     {
1988       return;
1989     }
1990
1991     for (int i = 0; i < size; i++)
1992     {
1993       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1994       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1995
1996       /*
1997        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1998        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1999        * position and size.
2000        */
2001       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2002       if (geometry != null)
2003       {
2004         newaf.setBounds(geometry);
2005       }
2006
2007       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2008
2009       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2010               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2011     }
2012
2013     af.alignPanels.clear();
2014     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2015
2016   }
2017
2018   /**
2019    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2020    * identifier back in to this frame as additional views, and close the expanded
2021    * views. Note the expanded frames may themselves have multiple views. We take
2022    * the lot.
2023    *
2024    * @param source
2025    */
2026   public void gatherViews(AlignFrame source)
2027   {
2028     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2029     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2030     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2031     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2032
2033     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2034     {
2035       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2036       {
2037         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2038         boolean gatherThis = false;
2039         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2040         {
2041           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2042           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2043           {
2044             gatherThis = true;
2045             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2046             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2047             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2048           }
2049         }
2050
2051         if (gatherThis)
2052         {
2053           af.alignPanels.clear();
2054           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2055         }
2056       }
2057     }
2058
2059   }
2060
2061   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
2062
2063   @Override
2064   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
2065   {
2066     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2067
2068     if (v_client == null)
2069     {
2070       // Load and try to start a session.
2071       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2072               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2073
2074       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2075       chooser.setDialogTitle(
2076               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2077       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2078               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2079
2080       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2081
2082       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2083       {
2084         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2085         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2086         {
2087           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2088                   MessageManager.formatMessage(
2089                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2090                           new Object[]
2091                           { fle }),
2092                   MessageManager
2093                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2094                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2095         }
2096       }
2097     }
2098     else
2099     {
2100       jalview.bin.Cache.log.error(
2101               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2102     }
2103   }
2104
2105   /**
2106    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2107    *
2108    * @param file
2109    * @return true if import was a success and a session was started.
2110    */
2111   public boolean vamsasImport(URL url)
2112   {
2113     // TODO: create progress bar
2114     if (v_client != null)
2115     {
2116
2117       jalview.bin.Cache.log.error(
2118               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2119       return false;
2120     }
2121
2122     try
2123     {
2124       // copy the URL content to a temporary local file
2125       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2126       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2127       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2128       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2129       byte[] buffer = new byte[2048];
2130       int ln;
2131       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2132       {
2133         fos.write(buffer, 0, ln);
2134       }
2135       bis.close();
2136       fos.close();
2137       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2138               url.toExternalForm());
2139     } catch (Exception ex)
2140     {
2141       jalview.bin.Cache.log.error(
2142               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2143                       + url,
2144               ex);
2145       return false;
2146     }
2147     setupVamsasConnectedGui();
2148     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2149     return v_client.inSession();
2150   }
2151
2152   /**
2153    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2154    *
2155    * @param file
2156    * @return true if import was a success and a session was started.
2157    */
2158   public boolean vamsasImport(File file)
2159   {
2160     if (v_client != null)
2161     {
2162
2163       jalview.bin.Cache.log.error(
2164               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2165       return false;
2166     }
2167
2168     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2169             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2170             { file.getName() }), file.hashCode());
2171     try
2172     {
2173       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2174     } catch (Exception ex)
2175     {
2176       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2177               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2178               { file.getName() }), file.hashCode());
2179       jalview.bin.Cache.log.error(
2180               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2181       return false;
2182     }
2183     setupVamsasConnectedGui();
2184     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2185     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2186             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2187             { file.getName() }), file.hashCode());
2188     return v_client.inSession();
2189   }
2190
2191   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2192   {
2193     if (v_client != null)
2194     {
2195       throw new Error(MessageManager
2196               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2197     }
2198     if (mysesid == null)
2199     {
2200       throw new Error(
2201               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2202     }
2203     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2204     setupVamsasConnectedGui();
2205     v_client.initial_update();
2206     return (v_client.inSession());
2207   }
2208
2209   @Override
2210   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2211   {
2212     if (v_client == null)
2213     {
2214       // Start a session.
2215       // we just start a default session for moment.
2216       /*
2217        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2218        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2219        *
2220        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2221        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2222        * chooser.setToolTipText("Import");
2223        *
2224        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2225        *
2226        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2227        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2228        */
2229       v_client = new VamsasApplication(this);
2230       setupVamsasConnectedGui();
2231       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2232     }
2233     else
2234     {
2235       // store current data in session.
2236       v_client.push_update(); // TODO: thread
2237     }
2238   }
2239
2240   protected void setupVamsasConnectedGui()
2241   {
2242     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2243     vamsasSave.setVisible(true);
2244     vamsasStop.setVisible(true);
2245     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2246     // not possible for vamsas-client-1.0.
2247   }
2248
2249   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2250   {
2251     vamsasSave.setVisible(false);
2252     vamsasStop.setVisible(false);
2253     vamsasImport.setVisible(true);
2254     vamsasStart
2255             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2256   }
2257
2258   @Override
2259   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2260   {
2261     if (v_client != null)
2262     {
2263       v_client.end_session();
2264       v_client = null;
2265       setupVamsasDisconnectedGui();
2266     }
2267   }
2268
2269   protected void buildVamsasStMenu()
2270   {
2271     if (v_client == null)
2272     {
2273       String[] sess = null;
2274       try
2275       {
2276         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2277       } catch (Exception e)
2278       {
2279         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2280                 e);
2281         sess = null;
2282       }
2283       if (sess != null)
2284       {
2285         jalview.bin.Cache.log.debug(
2286                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2287         VamsasStMenu.removeAll();
2288         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2289         {
2290           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2291           sessit.setText(sess[i]);
2292           sessit.setToolTipText(MessageManager
2293                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2294                   { sess[i] }));
2295           final Desktop dsktp = this;
2296           final String mysesid = sess[i];
2297           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2298           {
2299
2300             @Override
2301             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2302             {
2303               if (dsktp.v_client == null)
2304               {
2305                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2306                 {
2307
2308                   @Override
2309                   public void run()
2310                   {
2311                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2312                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2313                     dsktp.v_client.initial_update();
2314                   }
2315
2316                 });
2317                 rthr.start();
2318               }
2319             };
2320           });
2321           VamsasStMenu.add(sessit);
2322         }
2323         // don't show an empty menu.
2324         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2325
2326       }
2327       else
2328       {
2329         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2330         VamsasStMenu.removeAll();
2331         VamsasStMenu.setVisible(false);
2332       }
2333     }
2334     else
2335     {
2336       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2337       VamsasStMenu.setVisible(false);
2338     }
2339   }
2340
2341   @Override
2342   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2343   {
2344     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2345
2346     if (v_client != null)
2347     {
2348       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2349       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2350               "Vamsas Document");
2351
2352       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2353       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2354               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2355
2356       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2357
2358       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2359       {
2360         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2361         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2362                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2363                 { choice.getName() }));
2364         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2365         String warnmsg = null;
2366         String warnttl = null;
2367         try
2368         {
2369           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2370         } catch (Error ex)
2371         {
2372           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2373           warnmsg = ex.toString();
2374           jalview.bin.Cache.log
2375                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2376
2377         } catch (Exception ex)
2378         {
2379           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2380           warnmsg = ex.toString();
2381           jalview.bin.Cache.log.warn(
2382                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2383
2384         }
2385         removeProgressPanel(progpanel);
2386         if (warnmsg != null)
2387         {
2388           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2389
2390                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2391         }
2392       }
2393     }
2394   }
2395
2396   JPanel vamUpdate = null;
2397
2398   /**
2399    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2400    *
2401    * @param b
2402    *          true to hide gui, false to reveal gui
2403    */
2404   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2405   {
2406     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2407             + (b ? "in progress" : "finished"));
2408
2409     if (vamUpdate != null)
2410     {
2411       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2412     }
2413     if (b)
2414     {
2415       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2416               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2417     }
2418     vamsasStart.setVisible(!b);
2419     vamsasStop.setVisible(!b);
2420     vamsasSave.setVisible(!b);
2421   }
2422
2423   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2424   {
2425     return desktop.getAllFrames();
2426   }
2427
2428   /**
2429    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2430    * should be informed of a new questionnaire.
2431    *
2432    * @param url
2433    */
2434   public void checkForQuestionnaire(String url)
2435   {
2436     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2437     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2438     new Thread(jvq).start();
2439   }
2440
2441   public void checkURLLinks()
2442   {
2443     // Thread off the URL link checker
2444     addDialogThread(new Runnable()
2445     {
2446       @Override
2447       public void run()
2448       {
2449         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2450         {
2451           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2452           // bother with the warning
2453           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2454                   .getLinksForMenu();
2455
2456           // only need to check links if there is one with a
2457           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2458           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2459           boolean check = false;
2460           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2461           while (li.hasNext())
2462           {
2463             String link = li.next();
2464             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2465                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2466             {
2467               check = true;
2468               int barPos = link.indexOf("|");
2469               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2470                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2471                               + link.substring(barPos + 1);
2472               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2473             }
2474           }
2475           if (!check)
2476           {
2477             return;
2478           }
2479
2480           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2481           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2482           JPanel msgPanel = new JPanel();
2483           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2484           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2485           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2486                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2487           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2488                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2489           msgPanel.add(msg);
2490           for (JLabel url : urls)
2491           {
2492             msgPanel.add(url);
2493           }
2494           msgPanel.add(msg2);
2495
2496           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2497                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2498           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2499           {
2500             @Override
2501             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2502             {
2503               // update Cache settings for "don't show this again"
2504               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2505               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2506                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2507             }
2508           });
2509           msgPanel.add(jcb);
2510
2511           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2512                   MessageManager
2513                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2514                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2515         }
2516       }
2517     });
2518   }
2519
2520   /**
2521    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2522    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs low.
2523    *
2524    * @author AMW
2525    */
2526   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
2527           implements Runnable
2528   {
2529     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2530
2531     boolean showMemoryUsage = false;
2532
2533     Runtime runtime;
2534
2535     java.text.NumberFormat df;
2536
2537     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2538             percentUsage;
2539
2540     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2541     {
2542       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2543     }
2544
2545     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2546     {
2547       this.showMemoryUsage = showMemory;
2548       if (showMemory)
2549       {
2550         Thread worker = new Thread(this);
2551         worker.start();
2552       }
2553       repaint();
2554     }
2555
2556     public boolean isShowMemoryUsage()
2557     {
2558       return showMemoryUsage;
2559     }
2560
2561     @Override
2562     public void run()
2563     {
2564       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2565       df.setMaximumFractionDigits(2);
2566       runtime = Runtime.getRuntime();
2567
2568       while (showMemoryUsage)
2569       {
2570         try
2571         {
2572           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2573           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2574           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2575           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2576
2577           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2578
2579           // if (percentUsage < 20)
2580           {
2581             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2582             // Color.red);
2583             // instance.set.setBorder(border1);
2584           }
2585           repaint();
2586           // sleep after showing usage
2587           Thread.sleep(3000);
2588         } catch (Exception ex)
2589         {
2590           ex.printStackTrace();
2591         }
2592       }
2593     }
2594
2595     @Override
2596     public void paintComponent(Graphics g)
2597     {
2598       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2599       {
2600         if (percentUsage < 20)
2601         {
2602           g.setColor(Color.red);
2603         }
2604         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2605         if (fm != null)
2606         {
2607           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2608                   new Object[]
2609                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2610                       df.format(percentUsage) }),
2611                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2612         }
2613       }
2614     }
2615   }
2616
2617   /**
2618    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2619    *
2620    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2621    */
2622   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2623   {
2624     if (Jalview.isHeadlessMode())
2625     {
2626       // Desktop.desktop is null in headless mode
2627       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2628     }
2629
2630     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2631
2632     if (frames == null)
2633     {
2634       return null;
2635     }
2636     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2637     // REVERSE ORDER
2638     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2639     {
2640       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2641       {
2642         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2643       }
2644       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2645       {
2646         /*
2647          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2648          */
2649         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2650         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2651         {
2652           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2653         }
2654         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2655         {
2656           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2657         }
2658       }
2659     }
2660     if (avp.size() == 0)
2661     {
2662       return null;
2663     }
2664     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2665     return afs;
2666   }
2667
2668   /**
2669    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2670    *
2671    * @return
2672    */
2673   public GStructureViewer[] getJmols()
2674   {
2675     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2676
2677     if (frames == null)
2678     {
2679       return null;
2680     }
2681     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2682     // REVERSE ORDER
2683     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2684     {
2685       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2686       {
2687         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2688         avp.add(af);
2689       }
2690     }
2691     if (avp.size() == 0)
2692     {
2693       return null;
2694     }
2695     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2696     return afs;
2697   }
2698
2699   /**
2700    * Add Groovy Support to Jalview
2701    */
2702   @Override
2703   public void groovyShell_actionPerformed()
2704   {
2705     try
2706     {
2707       openGroovyConsole();
2708     } catch (Exception ex)
2709     {
2710       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2711       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2712
2713               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2714               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2715               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2716     }
2717   }
2718
2719   /**
2720    * Open the Groovy console
2721    */
2722   void openGroovyConsole()
2723   {
2724     if (groovyConsole == null)
2725     {
2726       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2727       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2728       groovyConsole.run();
2729
2730       /*
2731        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2732        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2733        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2734        * opened, and the reverse when it is closed
2735        */
2736       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2737       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2738       {
2739         @Override
2740         public void windowClosed(WindowEvent e)
2741         {
2742           /*
2743            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2744            */
2745           addQuitHandler();
2746           enableExecuteGroovy(false);
2747         }
2748       });
2749     }
2750
2751     /*
2752      * show Groovy console window (after close and reopen)
2753      */
2754     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2755
2756     /*
2757      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2758      * and disable opening a second console
2759      */
2760     enableExecuteGroovy(true);
2761   }
2762
2763   /**
2764    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this binding
2765    * when opened
2766    */
2767   protected void addQuitHandler()
2768   {
2769     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2770             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2771                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2772                     "Quit");
2773     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2774     {
2775       @Override
2776       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2777       {
2778         quit();
2779       }
2780     });
2781   }
2782
2783   /**
2784    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2785    *
2786    * @param enabled
2787    *          true if Groovy console is open
2788    */
2789   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2790   {
2791     /*
2792      * disable opening a second Groovy console
2793      * (or re-enable when the console is closed)
2794      */
2795     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2796
2797     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2798     if (alignFrames != null)
2799     {
2800       for (AlignFrame af : alignFrames)
2801       {
2802         af.setGroovyEnabled(enabled);
2803       }
2804     }
2805   }
2806
2807   /**
2808    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2809    */
2810   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2811
2812   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2813
2814   /*
2815    * (non-Javadoc)
2816    *
2817    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2818    */
2819   @Override
2820   public void setProgressBar(String message, long id)
2821   {
2822             Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);
2823
2824     if (progressBars == null)
2825     {
2826       progressBars = new Hashtable<>();
2827       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2828     }
2829
2830     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2831     {
2832       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2833       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2834       {
2835         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2836       }
2837       removeProgressPanel(panel);
2838     }
2839     else
2840     {
2841       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2842     }
2843   }
2844
2845   /*
2846    * (non-Javadoc)
2847    *
2848    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2849    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2850    */
2851   @Override
2852   public void registerHandler(final long id,
2853           final IProgressIndicatorHandler handler)
2854   {
2855     if (progressBarHandlers == null
2856             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2857     {
2858       throw new Error(MessageManager.getString(
2859               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2860     }
2861     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2862     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2863     if (handler.canCancel())
2864     {
2865       JButton cancel = new JButton(
2866               MessageManager.getString("action.cancel"));
2867       final IProgressIndicator us = this;
2868       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2869       {
2870
2871         @Override
2872         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2873         {
2874           handler.cancelActivity(id);
2875           us.setProgressBar(MessageManager
2876                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2877                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2878                   id);
2879         }
2880       });
2881       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2882     }
2883   }
2884
2885   /**
2886    *
2887    * @return true if any progress bars are still active
2888    */
2889   @Override
2890   public boolean operationInProgress()
2891   {
2892     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2893     {
2894       return true;
2895     }
2896     return false;
2897   }
2898
2899   /**
2900    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
2901    * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
2902    *
2903    * @param viewport
2904    * @return alignFrame for viewport
2905    */
2906   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2907   {
2908     if (desktop != null)
2909     {
2910       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2911               viewport.getSequenceSetId());
2912       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2913       {
2914         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2915         {
2916           return aps[panel].alignFrame;
2917         }
2918       }
2919     }
2920     return null;
2921   }
2922
2923   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2924   {
2925     return v_client;
2926
2927   }
2928
2929   /**
2930    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2931    */
2932   private boolean inBatchMode = false;
2933
2934   /**
2935    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2936    *
2937    * @return inBatchMode
2938    */
2939   public boolean isInBatchMode()
2940   {
2941     return inBatchMode;
2942   }
2943
2944   /**
2945    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2946    *
2947    * @param inBatchMode
2948    */
2949   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2950   {
2951     this.inBatchMode = inBatchMode;
2952   }
2953
2954   public void startServiceDiscovery()
2955   {
2956     startServiceDiscovery(false);
2957   }
2958
2959   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2960   {
2961     boolean alive = true;
2962     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2963     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2964     if (true)
2965     {
2966       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2967       if (discoverer == null)
2968       {
2969         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2970         // register PCS handler for desktop.
2971         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2972       }
2973       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2974       // until we phase out completely
2975       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2976     }
2977
2978     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2979     {
2980       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2981               .startDiscoverer(changeSupport);
2982     }
2983     Thread t3 = null;
2984     {
2985       // TODO: do rest service discovery
2986     }
2987     if (blocking)
2988     {
2989       while (alive)
2990       {
2991         try
2992         {
2993           Thread.sleep(15);
2994         } catch (Exception e)
2995         {
2996         }
2997         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2998                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2999                 || (t0 != null && t0.isAlive());
3000       }
3001     }
3002   }
3003
3004   /**
3005    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3006    *
3007    * @param evt
3008    */
3009   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3010   {
3011     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3012     {
3013       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3014               .getErrorMessages();
3015       if (ermsg != null)
3016       {
3017         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3018         {
3019           if (serviceChangedDialog == null)
3020           {
3021             // only run if we aren't already displaying one of these.
3022             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3023             {
3024               @Override
3025               public void run()
3026               {
3027
3028                 /*
3029                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3030                  *
3031                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3032                  * Auto-generated method stub
3033                  *
3034                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3035                  * Auto-generated method stub
3036                  *
3037                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3038                  * Auto-generated method stub
3039                  *
3040                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3041                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3042                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3043                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3044                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3045                  * +
3046                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3047                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3048                  * 400);
3049                  *
3050                  * jd.waitForInput();
3051                  */
3052                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
3053                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3054                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3055                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3056                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3057                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3058                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3059                         "Web Service Configuration Problem",
3060                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3061                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3062                 serviceChangedDialog = null;
3063
3064               }
3065             });
3066           }
3067         }
3068         else
3069         {
3070           Cache.log.error(
3071                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3072                           + ermsg);
3073         }
3074       }
3075     }
3076   }
3077
3078   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3079
3080   /**
3081    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3082    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3083    * to open the URL.
3084    *
3085    * @param url
3086    */
3087   public static void showUrl(final String url)
3088   {
3089     showUrl(url, Desktop.instance);
3090   }
3091
3092   /**
3093    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3094    *
3095    * @param url
3096    * @param progress
3097    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3098    */
3099   public static void showUrl(final String url,
3100           final IProgressIndicator progress)
3101   {
3102     new Thread(new Runnable()
3103     {
3104       @Override
3105       public void run()
3106       {
3107         try
3108         {
3109           if (progress != null)
3110           {
3111             progress.setProgressBar(MessageManager
3112                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3113                     { url }), this.hashCode());
3114           }
3115           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3116         } catch (Exception ex)
3117         {
3118           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3119                   MessageManager
3120                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3121                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3122                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3123
3124           ex.printStackTrace();
3125         }
3126         if (progress != null)
3127         {
3128           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3129         }
3130       }
3131     }).start();
3132   }
3133
3134   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3135
3136   public static ParamManager getUserParameterStore()
3137   {
3138     if (wsparamManager == null)
3139     {
3140       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3141     }
3142     return wsparamManager;
3143   }
3144
3145   /**
3146    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3147    *
3148    * @param e
3149    */
3150   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3151   {
3152     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3153     {
3154       String url = null;
3155       try
3156       {
3157         url = e.getURL().toString();
3158         Desktop.showUrl(url);
3159       } catch (Exception x)
3160       {
3161         if (url != null)
3162         {
3163           if (Cache.log != null)
3164           {
3165             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3166           }
3167           else
3168           {
3169             System.err.println(
3170                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3171           }
3172         }
3173         // ignore any exceptions due to dud links.
3174       }
3175
3176     }
3177   }
3178
3179   /**
3180    * single thread that handles display of dialogs to user.
3181    */
3182   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3183
3184   /**
3185    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3186    */
3187   private volatile boolean dialogPause = true;
3188
3189   /**
3190    * pause the queue
3191    */
3192   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3193
3194   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3195
3196   /**
3197    * add another dialog thread to the queue
3198    *
3199    * @param prompter
3200    */
3201   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3202   {
3203     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3204     {
3205       @Override
3206       public void run()
3207       {
3208         if (dialogPause)
3209         {
3210           try
3211           {
3212             block.acquire();
3213           } catch (InterruptedException x)
3214           {
3215           }
3216           ;
3217         }
3218         if (instance == null)
3219         {
3220           return;
3221         }
3222         try
3223         {
3224           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3225         } catch (Exception q)
3226         {
3227           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3228         }
3229       }
3230     });
3231   }
3232
3233   public void startDialogQueue()
3234   {
3235     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3236     // the current task to begin
3237     dialogPause = false;
3238     block.release();
3239   }
3240
3241   /**
3242    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
3243    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
3244    * has been set). The file name is generated as
3245    *
3246    * <pre>
3247    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
3248    * </pre>
3249    */
3250   @Override
3251   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3252   {
3253     // currently the menu option to do this is not shown
3254     invalidate();
3255
3256     int width = getWidth();
3257     int height = getHeight();
3258     File of = new File(
3259             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
3260     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
3261     {
3262       @Override
3263       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
3264       {
3265         paintAll(g);
3266         Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3267                 + of.getAbsolutePath());
3268       }
3269     };
3270     String title = "View of desktop";
3271     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
3272             title);
3273     exporter.doExport(of, this, width, height, title);
3274   }
3275
3276   /**
3277    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3278    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size and
3279    * location last time the view was expanded (if any). However it does not
3280    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3281    * 'exploding' frame.
3282    *
3283    * @param sf
3284    */
3285   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3286   {
3287     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3288     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3289     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3290             .getAlignPanels();
3291     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3292             .getAlignPanels();
3293     int viewCount = topPanels.size();
3294     if (viewCount < 2)
3295     {
3296       return;
3297     }
3298
3299     /*
3300      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3301      * not visible. I don't know why!
3302      */
3303     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3304     {
3305       /*
3306        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3307        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3308        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3309        * new split frames.
3310        *
3311        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3312        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3313        */
3314       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3315       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3316       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3317       newTopFrame.setVisible(true);
3318       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3319               .getExplodedGeometry();
3320       if (geometry != null)
3321       {
3322         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3323       }
3324
3325       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3326       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3327       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3328       newBottomFrame.setVisible(true);
3329       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3330               .getExplodedGeometry();
3331       if (geometry != null)
3332       {
3333         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3334       }
3335
3336       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3337       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3338       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3339               newBottomFrame);
3340       if (geometry != null)
3341       {
3342         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3343       }
3344       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3345     }
3346
3347     /*
3348      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3349      * before closing the old SplitFrame.
3350      */
3351     topPanels.clear();
3352     bottomPanels.clear();
3353     sf.close();
3354   }
3355
3356   /**
3357    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3358    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3359    * frames may themselves have multiple views.
3360    *
3361    * @param source
3362    */
3363   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3364   {
3365     /*
3366      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3367      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3368      * height) of the AlignFrame component
3369      */
3370     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3371     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3372     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3373             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3374     myBottomFrame.viewport
3375             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3376                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3377     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3378     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3379     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3380     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3381
3382     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3383     for (JInternalFrame frame : frames)
3384     {
3385       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3386       {
3387         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3388         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3389         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3390         boolean gatherThis = false;
3391         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3392         {
3393           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3394           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3395           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3396                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3397           {
3398             gatherThis = true;
3399             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3400             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3401             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3402                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3403             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3404                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3405             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3406             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3407           }
3408         }
3409
3410         if (gatherThis)
3411         {
3412           topFrame.getAlignPanels().clear();
3413           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3414           sf.close();
3415         }
3416       }
3417     }
3418
3419     /*
3420      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3421      */
3422     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3423   }
3424
3425   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3426   {
3427     return groovyConsole;
3428   }
3429
3430   /**
3431    * handles the payload of a drag and drop event.
3432    *
3433    * TODO refactor to desktop utilities class
3434    *
3435    * @param files
3436    *          - Data source strings extracted from the drop event
3437    * @param protocols
3438    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3439    * @param evt
3440    *          - the drop event
3441    * @param t
3442    *          - the payload from the drop event
3443    * @throws Exception
3444    */
3445   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3446           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3447           Transferable t) throws Exception
3448   {
3449
3450     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
3451
3452     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3453     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3454     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3455     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3456     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3457     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3458     // File file = (File) list.get(j);
3459     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3460     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3461     // evt.getLocation());
3462     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
3463     // target.setText(new String(data));
3464     // }
3465     // dtde.dropComplete(true);
3466     // return;
3467     // }
3468     //
3469
3470     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3471             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3472     try
3473     {
3474       urlFlavour = new DataFlavor(
3475               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3476     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3477     {
3478       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3479     }
3480
3481     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3482     {
3483
3484       try
3485       {
3486         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3487         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3488         // means url may be null.
3489         if (url != null)
3490         {
3491           protocols.add(DataSourceType.URL);
3492           files.add(url.toString());
3493           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3494                   + files.get(files.size() - 1));
3495           return;
3496         }
3497         else
3498         {
3499           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3500           {
3501             System.err.println(
3502                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3503           }
3504           ;
3505         }
3506       } catch (Throwable ex)
3507       {
3508         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3509       }
3510     }
3511     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3512     {
3513       // Works on Windows and MacOSX
3514       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3515       for (Object file : (List) t
3516               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3517       {
3518         files.add(file);
3519         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3520       }
3521     }
3522     else
3523     {
3524       // Unix like behaviour
3525       boolean added = false;
3526       String data = null;
3527       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3528       {
3529         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3530         // This is used by Unix drag system
3531         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3532       }
3533       if (data == null)
3534       {
3535         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3536         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3537         // try text fallback
3538         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3539                 "text/plain;class=java.lang.String");
3540         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3541         {
3542           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3543         }
3544
3545         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3546                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3547
3548       }
3549       if (data != null)
3550       {
3551         while (protocols.size() < files.size())
3552         {
3553           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3554                   + files.get(protocols.size()));
3555           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3556         }
3557         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3558                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3559         {
3560           added = true;
3561           String s = st.nextToken();
3562           if (s.startsWith("#"))
3563           {
3564             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3565             continue;
3566           }
3567           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3568           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3569           {
3570             protocols.add(DataSourceType.URL);
3571             files.add(uri.toString());
3572           }
3573           else
3574           {
3575             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3576             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3577             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3578             files.add(file.toString());
3579           }
3580         }
3581       }
3582
3583       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3584       {
3585         if (data == null || !added)
3586         {
3587
3588           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3589                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3590           {
3591             Cache.log.debug(
3592                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3593             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3594             {
3595               Cache.log.debug(
3596                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3597               Object df = t.getTransferData(fl);
3598               if (df != null)
3599               {
3600                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3601               }
3602               else
3603               {
3604                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3605               }
3606             }
3607           }
3608           else
3609           {
3610             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3611                     + t.toString());
3612           }
3613         }
3614       }
3615     }
3616     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3617     {
3618       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3619
3620       // resolve any .lnk files in the file drop
3621       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3622       {
3623         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3624         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3625                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3626                         || source.endsWith(".site")))
3627         {
3628           try
3629           {
3630             Object obj = files.get(f);
3631             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3632                     : new File((String) obj));
3633             // process link file to get a URL
3634             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3635             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3636             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3637             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3638             files.set(f, fullname);
3639             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3640                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3641           } catch (Exception ex)
3642           {
3643             Cache.log.error(
3644                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3645                     ex);
3646           }
3647         }
3648       }
3649     }
3650   }
3651
3652   /**
3653    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3654    * depending on the state of the controlling menu item
3655    */
3656   @Override
3657   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3658   {
3659     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3660   }
3661
3662   /**
3663    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently for
3664    * either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally be
3665    * restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a specified
3666    * alignment panel.
3667    *
3668    * @param apanel
3669    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3670    * @param structureViewerClass
3671    *          if not null, only return viewers of this class
3672    * @return
3673    */
3674   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3675           AlignmentPanel apanel,
3676           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3677   {
3678     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3679     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3680
3681     for (JInternalFrame frame : frames)
3682     {
3683       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3684       {
3685         if (structureViewerClass == null
3686                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3687         {
3688           if (apanel == null
3689                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3690           {
3691             result.add((StructureViewerBase) frame);
3692           }
3693         }
3694       }
3695     }
3696     return result;
3697   }
3698 }