src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.FlowLayout;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.Graphics;
  32 import java.awt.GridLayout;
  33 import java.awt.Point;
  34 import java.awt.Rectangle;
  35 import java.awt.event.ActionEvent;
  36 import java.awt.event.ActionListener;
  37 import java.awt.event.ItemEvent;
  38 import java.awt.event.ItemListener;
  39 import java.awt.event.MouseAdapter;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.beans.PropertyChangeListener;
  44 import java.io.File;
  45 import java.io.FileInputStream;
  46 import java.io.FileOutputStream;
  47 import java.io.InputStreamReader;
  48 import java.io.OutputStreamWriter;
  49 import java.io.PrintWriter;
  50 import java.util.Arrays;
  51 import java.util.Comparator;
  52 import java.util.HashMap;
  53 import java.util.HashSet;
  54 import java.util.Hashtable;
  55 import java.util.Iterator;
  56 import java.util.List;
  57 import java.util.Map;
  58 import java.util.Set;
  59
  60 import javax.help.HelpSetException;
  61 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  62 import javax.swing.BorderFactory;
  63 import javax.swing.Icon;
  64 import javax.swing.JButton;
  65 import javax.swing.JCheckBox;
  66 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  67 import javax.swing.JInternalFrame;
  68 import javax.swing.JLabel;
  69 import javax.swing.JLayeredPane;
  70 import javax.swing.JMenuItem;
  71 import javax.swing.JPanel;
  72 import javax.swing.JPopupMenu;
  73 import javax.swing.JScrollPane;
  74 import javax.swing.JSlider;
  75 import javax.swing.JTable;
  76 import javax.swing.ListSelectionModel;
  77 import javax.swing.SwingConstants;
  78 import javax.swing.ToolTipManager;
  79 import javax.swing.border.Border;
  80 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  81 import javax.swing.event.ChangeListener;
  82 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  83 import javax.swing.table.JTableHeader;
  84 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  85 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  86 import javax.swing.table.TableColumn;
  87 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  88 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  89 import javax.xml.bind.Marshaller;
  90 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  91 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  92
  93 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  94 import jalview.api.AlignViewportI;
  95 import jalview.api.FeatureColourI;
  96 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  97 import jalview.api.SplitContainerI;
  98 import jalview.api.ViewStyleI;
  99 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
 100 import jalview.datamodel.AlignmentI;
 101 import jalview.datamodel.SequenceI;
 102 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
 103 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
 104 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
 105 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
 106 import jalview.gui.Help.HelpId;
 107 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
 108 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 109 import jalview.io.JalviewFileView;
 110 import jalview.schemes.FeatureColour;
 111 import jalview.util.MessageManager;
 112 import jalview.util.Platform;
 113 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
 114 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
 115 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
 116 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
 117 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
 118 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
 119
 120 public class FeatureSettings extends JPanel
 121         implements FeatureSettingsControllerI, FeatureSettingsControllerGuiI
 122 {
 123   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 124           .getString("label.sequence_feature_colours");
 125
 126   /*
 127    * column indices of fields in Feature Settings table
 128    */
 129   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 130
 131   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 132
 133   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 134
 135   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 136
 137   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 138
 139   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 140
 141   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 142
 143   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager
 144           .getString("label.click_to_edit");
 145
 146   final FeatureRenderer fr;
 147
 148   public final AlignFrame af;
 149
 150   /*
 151    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 152    */
 153   Object[][] originalData;
 154
 155   private float originalTransparency;
 156
 157   private ViewStyleI originalViewStyle;
 158
 159   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 160
 161   final JInternalFrame frame;
 162
 163   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 164
 165   JTable table;
 166
 167   JPanel groupPanel;
 168
 169   JSlider transparency = new JSlider();
 170
 171   private JCheckBox showComplementOnTop;
 172
 173   private JCheckBox showComplement;
 174
 175   /*
 176    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 177    */
 178   protected volatile boolean inConstruction = true;
 179
 180   int selectedRow = -1;
 181
 182   boolean resettingTable = false;
 183
 184   /*
 185    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 186    */
 187   private boolean handlingUpdate = false;
 188
 189   /*
 190    * a change listener to ensure the dialog is updated if
 191    * FeatureRenderer discovers new features
 192    */
 193   private PropertyChangeListener change;
 194
 195   /*
 196    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 197    */
 198   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 199
 200   private void storeOriginalSettings()
 201   {
 202     // save transparency for restore on Cancel
 203     originalTransparency = fr.getTransparency();
 204
 205     updateTransparencySliderFromFR();
 206
 207     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 208     originalViewStyle = new ViewStyle(af.viewport.getViewStyle());
 209   }
 210
 211   private void updateTransparencySliderFromFR()
 212   {
 213     boolean incon = inConstruction;
 214     inConstruction = true;
 215
 216     int transparencyAsPercent = (int) (fr.getTransparency() * 100);
 217     transparency.setValue(100 - transparencyAsPercent);
 218     inConstruction = incon;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Constructor
 223    *
 224    * @param af
 225    */
 226   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 227   {
 228     this.af = alignFrame;
 229     fr = af.getFeatureRenderer();
 230
 231     storeOriginalSettings();
 232
 233     try
 234     {
 235       jbInit();
 236     } catch (Exception ex)
 237     {
 238       ex.printStackTrace();
 239     }
 240
 241     table = new JTable()
 242     {
 243       @Override
 244       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 245       {
 246         String tip = null;
 247         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 248         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 249
 250         switch (column)
 251         {
 252         case TYPE_COLUMN:
 253           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 254                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 255           break;
 256         case COLOUR_COLUMN:
 257           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 258                   column);
 259           tip = getColorTooltip(colour, true);
 260           break;
 261         case FILTER_COLUMN:
 262           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 263                   column);
 264           tip = o.isEmpty()
 265                   ? MessageManager
 266                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 267                   : o.toString();
 268           break;
 269         default:
 270           break;
 271         }
 272
 273         return tip;
 274       }
 275
 276       /**
 277        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 278        * current cell
 279        */
 280       @Override
 281       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 282       {
 283         Point point = e.getPoint();
 284         int column = table.columnAtPoint(point);
 285         int row = table.rowAtPoint(point);
 286         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 287         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 288         return loc;
 289       }
 290     };
 291     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 292     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 293     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 294     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 295     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 296     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor());
 297     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 298
 299     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor());
 300     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 301
 302     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 303             new ColorRenderer(), new ColorEditor());
 304     table.addColumn(colourColumn);
 305
 306     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 307             new FilterRenderer(), new FilterEditor());
 308     table.addColumn(filterColumn);
 309
 310     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 311
 312     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 313     {
 314       @Override
 315       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 316       {
 317         Point pt = evt.getPoint();
 318         selectedRow = table.rowAtPoint(pt);
 319         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 320         if (evt.isPopupTrigger())
 321         {
 322           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 323           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 324         }
 325         else if (evt.getClickCount() == 2
 326                 && table.columnAtPoint(pt) == TYPE_COLUMN)
 327         {
 328           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 329           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 330           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 331           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 332                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 333           fr.ap.av.sendSelection();
 334         }
 335       }
 336
 337       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 338       @Override
 339       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 340       {
 341         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 342         if (evt.isPopupTrigger())
 343         {
 344           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 345           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 346           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 347         }
 348       }
 349     });
 350
 351     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 352     {
 353       @Override
 354       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 355       {
 356         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 357         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 358         {
 359           /*
 360            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 361            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 362            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 363            */
 364           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 365                   .getData();
 366           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 367           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 368           {
 369             Object[] temp = data[i];
 370             data[i] = data[i + direction];
 371             data[i + direction] = temp;
 372           }
 373           updateFeatureRenderer(data);
 374           table.repaint();
 375           selectedRow = newRow;
 376         }
 377       }
 378     });
 379     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 380     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 381     scrollPane.setViewportView(table);
 382
 383     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 384     {
 385       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 386     }
 387
 388     discoverAllFeatureData();
 389     final FeatureSettings fs = this;
 390     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 391     {
 392       @Override
 393       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 394       {
 395         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 396         {
 397           fs.handlingUpdate = true;
 398           fs.resetTable(null);
 399           // new groups may be added with new sequence feature types only
 400           fs.handlingUpdate = false;
 401         }
 402       }
 403
 404     });
 405
 406     SplitContainerI splitframe = af.getSplitViewContainer();
 407     if (splitframe != null)
 408     {
 409       frame = null; // keeps eclipse happy
 410       splitframe.addFeatureSettingsUI(this);
 411     }
 412     else
 413     {
 414       frame = new JInternalFrame();
 415       frame.setContentPane(this);
 416       Rectangle bounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
 417       String title;
 418       if (af.getAlignPanels().size() > 1 || Desktop.getAlignmentPanels(
 419               af.alignPanel.av.getSequenceSetId()).length > 1)
 420       {
 421         title = MessageManager.formatMessage(
 422                 "label.sequence_feature_settings_for_view",
 423                 af.alignPanel.getViewName());
 424       }
 425       else
 426       {
 427         title = MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings");
 428       }
 429       if (bounds == null)
 430       {
 431         if (Platform.isAMacAndNotJS())
 432         {
 433           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 480);
 434         }
 435         else
 436         {
 437           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 450);
 438         }
 439       }
 440       else
 441       {
 442         Desktop.addInternalFrame(frame, title, false, bounds.width,
 443                 bounds.height);
 444         frame.setBounds(bounds);
 445         frame.setVisible(true);
 446       }
 447       frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 448
 449       frame.addInternalFrameListener(
 450               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 451               {
 452                 @Override
 453                 public void internalFrameClosed(
 454                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 455                 {
 456                   featureSettings_isClosed();
 457                 };
 458               });
 459       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 460     }
 461     inConstruction = false;
 462   }
 463
 464   /**
 465    * Sets the state of buttons to show complement features from viewport
 466    * settings
 467    */
 468   private void updateComplementButtons()
 469   {
 470     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
 471     showComplementOnTop
 472             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
 473   }
 474
 475   @Override
 476   public AlignViewControllerGuiI getAlignframe()
 477   {
 478     return af;
 479   }
 480
 481   @Override
 482   public void featureSettings_isClosed()
 483   {
 484     fr.removePropertyChangeListener(change);
 485     change = null;
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row
 490    * and feature type
 491    *
 492    * @param rowSelected
 493    * @param type
 494    * @param typeCol
 495    * @param pt
 496    */
 497   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 498           final Object typeCol, final Point pt)
 499   {
 500     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 501             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 502             { type }));
 503
 504     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 505             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 506     men.add(scr);
 507     scr.addActionListener(new ActionListener()
 508     {
 509       @Override
 510       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 511       {
 512         sortByScore(Arrays.asList(new String[] { type }));
 513       }
 514     });
 515     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 516             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 517     dens.addActionListener(new ActionListener()
 518     {
 519       @Override
 520       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 521       {
 522         sortByDensity(Arrays.asList(new String[] { type }));
 523       }
 524     });
 525     men.add(dens);
 526
 527     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 528             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 529     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 530     {
 531       @Override
 532       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 533       {
 534         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 535                 false, type);
 536         fr.ap.av.sendSelection();
 537       }
 538     });
 539     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 540             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 541     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 542     {
 543       @Override
 544       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 545       {
 546         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 547                 false, type);
 548         fr.ap.av.sendSelection();
 549       }
 550     });
 551     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 552             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 553     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 554     {
 555       @Override
 556       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 557       {
 558         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 559         fr.ap.av.sendSelection();
 560       }
 561     });
 562     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 563             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 564     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 565     {
 566       @Override
 567       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 568       {
 569         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 570         fr.ap.av.sendSelection();
 571       }
 572     });
 573     men.add(selCols);
 574     men.add(clearCols);
 575     men.add(hideCols);
 576     men.add(hideOtherCols);
 577     men.show(table, pt.x, pt.y);
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Sort the sequences in the alignment by the number of features for the given
 582    * feature types (or all features if null)
 583    *
 584    * @param featureTypes
 585    */
 586   protected void sortByDensity(List<String> featureTypes)
 587   {
 588     af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(featureTypes);
 589   }
 590
 591   /**
 592    * Sort the sequences in the alignment by average score for the given feature
 593    * types (or all features if null)
 594    *
 595    * @param featureTypes
 596    */
 597   protected void sortByScore(List<String> featureTypes)
 598   {
 599     af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(featureTypes);
 600   }
 601
 602   /**
 603    * Returns true if at least one feature type is visible. Else shows a warning
 604    * dialog and returns false.
 605    *
 606    * @param title
 607    * @return
 608    */
 609   private boolean canSortBy(String title)
 610   {
 611     if (fr.getDisplayedFeatureTypes().isEmpty())
 612     {
 613       JvOptionPane.showMessageDialog(this,
 614               MessageManager.getString("label.no_features_to_sort_by"),
 615               title, JvOptionPane.OK_OPTION);
 616       return false;
 617     }
 618     return true;
 619   }
 620
 621   @Override
 622   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 623   {
 624     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 625     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 626
 627     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 628     {
 629       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 630       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 631       {
 632         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 633         {
 634           allGroups.add(group);
 635           checkGroupState(group);
 636         }
 637       }
 638     }
 639
 640     resetTable(null);
 641
 642     validate();
 643   }
 644
 645   /**
 646    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 647    *
 648    * @param group
 649    * @return true if group is visible
 650    */
 651   private boolean checkGroupState(String group)
 652   {
 653     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 654
 655     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 656     {
 657       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 658       {
 659         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 660         return visible;
 661       }
 662     }
 663
 664     final String grp = group;
 665     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 666     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 667     check.setToolTipText(group);
 668     check.addItemListener(new ItemListener()
 669     {
 670       @Override
 671       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 672       {
 673         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 674         resetTable(new String[] { grp });
 675         refreshDisplay();
 676       }
 677     });
 678     groupPanel.add(check);
 679     return visible;
 680   }
 681
 682   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 683   {
 684     if (resettingTable)
 685     {
 686       return;
 687     }
 688     resettingTable = true;
 689     typeWidth = new Hashtable<>();
 690     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 691     // rather than float
 692
 693     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 694     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 695
 696     /*
 697      * determine which feature types may be visible depending on
 698      * which groups are selected, and recompute average width data
 699      */
 700     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 701     {
 702
 703       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 704
 705       /*
 706        * get the sequence's groups for positional features
 707        * and keep track of which groups are visible
 708        */
 709       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 710       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 711       for (String group : groups)
 712       {
 713         if (group == null || checkGroupState(group))
 714         {
 715           visibleGroups.add(group);
 716         }
 717       }
 718       foundGroups.addAll(groups);
 719
 720       /*
 721        * get distinct feature types for visible groups
 722        * record distinct visible types, and their count and total length
 723        */
 724       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 725               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 726       for (String type : types)
 727       {
 728         displayableTypes.add(type);
 729         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 730         if (avWidth == null)
 731         {
 732           avWidth = new float[2];
 733           typeWidth.put(type, avWidth);
 734         }
 735         // todo this could include features with a non-visible group
 736         // - do we greatly care?
 737         // todo should we include non-displayable features here, and only
 738         // update when features are added?
 739         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 740         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 741       }
 742     }
 743
 744     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 745     int dataIndex = 0;
 746
 747     if (fr.hasRenderOrder())
 748     {
 749       if (!handlingUpdate)
 750       {
 751         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 752         // colourschemes. but don't
 753         // affect display
 754         // First add the checks in the previous render order,
 755         // in case the window has been closed and reopened
 756       }
 757       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 758       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 759       {
 760         String type = frl.get(ro);
 761
 762         if (!displayableTypes.contains(type))
 763         {
 764           continue;
 765         }
 766
 767         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 768         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 769         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 770         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 771                 ? new FeatureMatcherSet()
 772                 : featureFilter;
 773         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 774                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 775         dataIndex++;
 776         displayableTypes.remove(type);
 777       }
 778     }
 779
 780     /*
 781      * process any extra features belonging only to
 782      * a group which was just selected
 783      */
 784     while (!displayableTypes.isEmpty())
 785     {
 786       String type = displayableTypes.iterator().next();
 787       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 788
 789       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 790       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 791       {
 792         // "Colour has been updated in another view!!"
 793         fr.clearRenderOrder();
 794         return;
 795       }
 796       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 797       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 798               ? new FeatureMatcherSet()
 799               : featureFilter;
 800       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 801       dataIndex++;
 802       displayableTypes.remove(type);
 803     }
 804
 805     if (originalData == null)
 806     {
 807       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 808       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 809       {
 810         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 811       }
 812     }
 813     else
 814     {
 815       updateOriginalData(data);
 816     }
 817
 818     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 819     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 820
 821     groupPanel.setLayout(
 822             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 823     pruneGroups(foundGroups);
 824     groupPanel.validate();
 825
 826     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 827     resettingTable = false;
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 832    * changes have been made outwith this dialog
 833    * <ul>
 834    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 835    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 836    * </ul>
 837    *
 838    * @param foundData
 839    */
 840   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 841   {
 842     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 843
 844     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 845             .getData();
 846     for (Object[] row : foundData)
 847     {
 848       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 849       boolean found = false;
 850       for (Object[] current : currentData)
 851       {
 852         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 853         {
 854           found = true;
 855           /*
 856            * currently dependent on object equality here;
 857            * really need an equals method on FeatureColour
 858            */
 859           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 860           {
 861             /*
 862              * feature colour has changed externally - update originalData
 863              */
 864             for (Object[] original : originalData)
 865             {
 866               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 867               {
 868                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 869                 break;
 870               }
 871             }
 872           }
 873           break;
 874         }
 875       }
 876       if (!found)
 877       {
 878         /*
 879          * new feature detected - add to original data (on top)
 880          */
 881         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 882                 + 1][COLUMN_COUNT];
 883         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 884         {
 885           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 886                   COLUMN_COUNT);
 887         }
 888         newData[0] = row;
 889         originalData = newData;
 890       }
 891     }
 892   }
 893
 894   /**
 895    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 896    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 897    * last feature in that group is deleted.
 898    *
 899    * @param foundGroups
 900    */
 901   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 902   {
 903     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 904     {
 905       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 906       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 907       {
 908         groupPanel.remove(checkbox);
 909       }
 910     }
 911   }
 912
 913   /**
 914    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 915    *
 916    * @param data
 917    */
 918   private void ensureOrder(Object[][] data)
 919   {
 920     boolean sort = false;
 921     float[] order = new float[data.length];
 922     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 923     {
 924       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 925       if (order[i] < 0)
 926       {
 927         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 928       }
 929       if (i > 1)
 930       {
 931         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 932       }
 933     }
 934     if (sort)
 935     {
 936       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 937     }
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 942    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 943    */
 944   void load()
 945   {
 946     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 947             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 948     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 949     chooser.setDialogTitle(
 950             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 951     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 952     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
 953     {
 954       @Override
 955       public void run()
 956       {
 957         File file = chooser.getSelectedFile();
 958         load(file);
 959       }
 960     });
 961     chooser.showOpenDialog(this);
 962   }
 963
 964   /**
 965    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 966    *
 967    * @param file
 968    */
 969   void load(File file)
 970   {
 971     try
 972     {
 973       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 974               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 975
 976       JAXBContext jc = JAXBContext
 977               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 978       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 979       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 980               .createXMLStreamReader(in);
 981       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 982               JalviewUserColours.class);
 983       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 984
 985       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 986
 987       /*
 988        * load feature colours
 989        */
 990       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 991       {
 992         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 993         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 994                 .parseColour(newcol);
 995         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 996         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 997       }
 998
 999       /*
1000        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
1001        * currently defined, other defined filters are left unchanged
1002        */
1003       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
1004       {
1005         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
1006         String featureType = filterModel.getFeatureType();
1007         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
1008                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
1009         if (!filter.isEmpty())
1010         {
1011           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1012         }
1013       }
1014
1015       /*
1016        * update feature settings table
1017        */
1018       if (table != null)
1019       {
1020         resetTable(null);
1021         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1022         ensureOrder(data);
1023         updateFeatureRenderer(data, false);
1024         table.repaint();
1025       }
1026     } catch (Exception ex)
1027     {
1028       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
1029     }
1030   }
1031
1032   /**
1033    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1034    * and any filters to the selected file in XML format
1035    */
1036   void save()
1037   {
1038     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1039             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1040     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1041     chooser.setDialogTitle(
1042             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1043     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1044     int option = chooser.showSaveDialog(this);
1045     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1046     {
1047       File file = chooser.getSelectedFile();
1048       save(file);
1049     }
1050   }
1051
1052   /**
1053    * Saves feature colours and filters to the given file
1054    *
1055    * @param file
1056    */
1057   void save(File file)
1058   {
1059     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1060     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1061     try
1062     {
1063       PrintWriter out = new PrintWriter(
1064               new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1065
1066       /*
1067        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1068        * to 1 (lowest)
1069        */
1070       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1071       String[] sortedTypes = fr_colours
1072               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1073       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1074       {
1075         @Override
1076         public int compare(String type1, String type2)
1077         {
1078           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1079         }
1080       });
1081
1082       /*
1083        * save feature colours
1084        */
1085       for (String featureType : sortedTypes)
1086       {
1087         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1088         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1089                 fcol);
1090         ucs.getColour().add(col);
1091       }
1092
1093       /*
1094        * save any feature filters
1095        */
1096       for (String featureType : sortedTypes)
1097       {
1098         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1099         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1100         {
1101           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers()
1102                   .iterator();
1103           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1104           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1105                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator, filter.isAnded());
1106           Filter filterModel = new Filter();
1107           filterModel.setFeatureType(featureType);
1108           filterModel.setMatcherSet(ms);
1109           ucs.getFilter().add(filterModel);
1110         }
1111       }
1112       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1113               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1114       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1115       jaxbMarshaller.marshal(
1116               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1117
1118       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1119       // marshaller.marshal(object);
1120       out.flush();
1121
1122       // ucs.marshal(out);
1123       out.close();
1124     } catch (Exception ex)
1125     {
1126       ex.printStackTrace();
1127     }
1128   }
1129
1130   public void invertSelection()
1131   {
1132     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1133     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1134     {
1135       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1136     }
1137     updateFeatureRenderer(data, true);
1138     table.repaint();
1139   }
1140
1141   public void orderByAvWidth()
1142   {
1143     if (table == null || table.getModel() == null)
1144     {
1145       return;
1146     }
1147     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1148     float[] width = new float[data.length];
1149     float[] awidth;
1150     float max = 0;
1151
1152     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1153     {
1154       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1155       if (awidth[0] > 0)
1156       {
1157         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1158         // weight - but have to make per
1159         // sequence, too (awidth[2])
1160         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1161       }
1162       else
1163       {
1164         width[i] = 0;
1165       }
1166       if (max < width[i])
1167       {
1168         max = width[i];
1169       }
1170     }
1171     boolean sort = false;
1172     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1173     {
1174       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1175       if (width[i] == 0)
1176       {
1177         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1178         if (width[i] < 0)
1179         {
1180           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1181                   i / data.length);
1182         }
1183       }
1184       else
1185       {
1186         width[i] /= max; // normalize
1187         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for
1188                                                                 // later
1189       }
1190       if (i > 0)
1191       {
1192         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1193       }
1194     }
1195     if (sort)
1196     {
1197       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1198       // update global priority order
1199     }
1200
1201     updateFeatureRenderer(data, false);
1202     table.repaint();
1203   }
1204
1205   /**
1206    * close ourselves but leave any existing UI handlers (e.g a CDS/Protein
1207    * tabbed feature settings dialog) intact
1208    */
1209   public void closeOldSettings()
1210   {
1211     closeDialog(false);
1212   }
1213
1214   /**
1215    * close the feature settings dialog (and any containing frame)
1216    */
1217   public void close()
1218   {
1219     closeDialog(true);
1220   }
1221
1222   private void closeDialog(boolean closeContainingFrame)
1223   {
1224     try
1225     {
1226       if (frame != null)
1227       {
1228         af.setFeatureSettingsGeometry(frame.getBounds());
1229         frame.setClosed(true);
1230       }
1231       else
1232       {
1233         SplitContainerI sc = af.getSplitViewContainer();
1234         sc.closeFeatureSettings(this, closeContainingFrame);
1235         af.featureSettings = null;
1236       }
1237     } catch (Exception exe)
1238     {
1239     }
1240
1241   }
1242
1243   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1244   {
1245     updateFeatureRenderer(data, true);
1246   }
1247
1248   /**
1249    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1250    * order of visible features
1251    *
1252    * @param data
1253    * @param visibleNew
1254    */
1255   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1256   {
1257     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1258
1259     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1260     {
1261       refreshDisplay();
1262     }
1263   }
1264
1265   /**
1266    * Converts table data into an array of data beans
1267    */
1268   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1269   {
1270     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1271     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1272     {
1273       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1274       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1275       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1276       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1277       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1278               isShown);
1279     }
1280     return rowData;
1281   }
1282
1283   private void jbInit() throws Exception
1284   {
1285     this.setLayout(new BorderLayout());
1286
1287     final boolean hasComplement = af.getViewport()
1288             .getCodingComplement() != null;
1289
1290     JPanel settingsPane = new JPanel();
1291     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1292
1293     JPanel bigPanel = new JPanel();
1294     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1295
1296     groupPanel = new JPanel();
1297     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1298
1299     JButton invert = new JButton(
1300             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1301     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1302     invert.addActionListener(new ActionListener()
1303     {
1304       @Override
1305       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1306       {
1307         invertSelection();
1308       }
1309     });
1310
1311     JButton optimizeOrder = new JButton(
1312             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1313     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1314     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1315     {
1316       @Override
1317       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1318       {
1319         orderByAvWidth();
1320       }
1321     });
1322
1323     final String byScoreLabel = MessageManager
1324             .getString("label.seq_sort_by_score");
1325     JButton sortByScore = new JButton(byScoreLabel);
1326     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1327     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1328     {
1329       @Override
1330       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1331       {
1332         if (canSortBy(byScoreLabel))
1333         {
1334           sortByScore(null);
1335         }
1336       }
1337     });
1338     final String byDensityLabel = MessageManager
1339             .getString("label.sequence_sort_by_density");
1340     JButton sortByDens = new JButton(byDensityLabel);
1341     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1342     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1343     {
1344       @Override
1345       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1346       {
1347         if (canSortBy(byDensityLabel))
1348         {
1349           sortByDensity(null);
1350         }
1351       }
1352     });
1353
1354     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1355     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1356     help.addActionListener(new ActionListener()
1357     {
1358       @Override
1359       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1360       {
1361         try
1362         {
1363           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1364         } catch (HelpSetException e1)
1365         {
1366           e1.printStackTrace();
1367         }
1368       }
1369     });
1370     // Cancel for a SplitFrame should just revert changes to the currently
1371     // displayed
1372     // settings. May want to do this for either or both - so need a splitview
1373     // feature settings cancel/OK.
1374     JButton cancel = new JButton(MessageManager
1375             .getString(hasComplement ? "action.revert" : "action.cancel"));
1376     cancel.setToolTipText(MessageManager.getString(hasComplement
1377             ? "action.undo_changes_to_feature_settings"
1378             : "action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog"));
1379     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1380     // TODO: disable cancel (and apply!) until current settings are different
1381     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1382     {
1383       @Override
1384       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1385       {
1386         revert();
1387         refreshDisplay();
1388         if (!hasComplement)
1389         {
1390           close();
1391         }
1392       }
1393     });
1394     // Cancel for the whole dialog should cancel both CDS and Protein.
1395     // OK for an individual feature settings just applies changes, but dialog
1396     // remains open
1397     JButton ok = new JButton(MessageManager
1398             .getString(hasComplement ? "action.apply" : "action.ok"));
1399     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1400     ok.addActionListener(new ActionListener()
1401     {
1402       @Override
1403       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1404       {
1405         if (!hasComplement)
1406         {
1407           close();
1408         }
1409         else
1410         {
1411           storeOriginalSettings();
1412         }
1413       }
1414     });
1415
1416     JButton loadColours = new JButton(
1417             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1418     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1419     loadColours.setToolTipText(
1420             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1421     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1422     {
1423       @Override
1424       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1425       {
1426         load();
1427       }
1428     });
1429
1430     JButton saveColours = new JButton(
1431             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1432     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1433     saveColours.setToolTipText(
1434             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1435     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1436     {
1437       @Override
1438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1439       {
1440         save();
1441       }
1442     });
1443     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1444     {
1445       @Override
1446       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1447       {
1448         if (!inConstruction)
1449         {
1450           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1451           refreshDisplay();
1452         }
1453       }
1454     });
1455
1456     transparency.setMaximum(70);
1457     transparency.setToolTipText(
1458             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1459
1460     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1461     String text = MessageManager
1462             .formatMessage("label.show_linked_features",
1463                     nucleotide
1464                             ? MessageManager.getString("label.protein")
1465                                     .toLowerCase(Locale.ROOT)
1466                             : "CDS");
1467     showComplement = new JCheckBox(text);
1468     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1469     {
1470       @Override
1471       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1472       {
1473         af.getViewport()
1474                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1475         refreshDisplay();
1476       }
1477     });
1478
1479     showComplementOnTop = new JCheckBox(
1480             MessageManager.getString("label.on_top"));
1481     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1482     {
1483       @Override
1484       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1485       {
1486         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1487                 showComplementOnTop.isSelected());
1488         refreshDisplay();
1489       }
1490     });
1491
1492     updateComplementButtons();
1493
1494     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1495     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1496
1497     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1498     transbuttons.add(optimizeOrder);
1499     transbuttons.add(invert);
1500     transbuttons.add(sortByScore);
1501     transbuttons.add(sortByDens);
1502     transbuttons.add(help);
1503
1504     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1505             new GridLayout(hasComplement ? 4 : 2, 1));
1506     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1507     transPanelLeft.add(transparency);
1508     if (hasComplement)
1509     {
1510       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1511       cp.add(showComplement);
1512       cp.add(showComplementOnTop);
1513       transPanelLeft.add(cp);
1514     }
1515     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1516     lowerPanel.add(transbuttons);
1517
1518     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1519     buttonPanel.add(ok);
1520     buttonPanel.add(cancel);
1521     buttonPanel.add(loadColours);
1522     buttonPanel.add(saveColours);
1523     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1524     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1525     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1526     this.add(settingsPane);
1527   }
1528
1529   /**
1530    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1531    * complementary view which is showing this view's features, then also
1532    * repaints that.
1533    */
1534   void refreshDisplay()
1535   {
1536     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1537     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1538     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1539     {
1540       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1541       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1542     }
1543   }
1544
1545   /**
1546    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1547    *
1548    * @param fcol
1549    * @param withHint
1550    *          if true include 'click to edit' and similar text
1551    * @return
1552    */
1553   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1554           boolean withHint)
1555   {
1556     if (fcol == null)
1557     {
1558       return null;
1559     }
1560     if (fcol.isSimpleColour())
1561     {
1562       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1563     }
1564     String description = fcol.getDescription();
1565     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1566     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1567     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1568     if (withHint)
1569     {
1570       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1571     }
1572     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1573   }
1574
1575   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1576           int w, int h)
1577   {
1578     boolean thr = false;
1579     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1580
1581     if (gcol.isColourByAttribute())
1582     {
1583       tx.append(FeatureMatcher
1584               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1585     }
1586     else if (!gcol.isColourByLabel())
1587     {
1588       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1589     }
1590     tx.append(" ");
1591     if (gcol.isAboveThreshold())
1592     {
1593       thr = true;
1594       tx.append(">");
1595     }
1596     if (gcol.isBelowThreshold())
1597     {
1598       thr = true;
1599       tx.append("<");
1600     }
1601     if (gcol.isColourByLabel())
1602     {
1603       if (thr)
1604       {
1605         tx.append(" ");
1606       }
1607       if (!gcol.isColourByAttribute())
1608       {
1609         tx.append("Label");
1610       }
1611       comp.setIcon(null);
1612     }
1613     else
1614     {
1615       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1616       comp.setBackground(newColor);
1617       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1618       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1619       comp.setIcon(ficon);
1620       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1621       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1622       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1623       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1624     }
1625     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1626     comp.setText(tx.toString());
1627   }
1628
1629   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1630   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1631   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1632   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1633   {
1634     private String[] columnNames = {
1635         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1636         MessageManager.getString("action.colour"),
1637         MessageManager.getString("label.configuration"),
1638         MessageManager.getString("label.show") };
1639
1640     private Object[][] data;
1641
1642     FeatureTableModel(Object[][] data)
1643     {
1644       this.data = data;
1645     }
1646
1647     public Object[][] getData()
1648     {
1649       return data;
1650     }
1651
1652     public void setData(Object[][] data)
1653     {
1654       this.data = data;
1655     }
1656
1657     @Override
1658     public int getColumnCount()
1659     {
1660       return columnNames.length;
1661     }
1662
1663     public Object[] getRow(int row)
1664     {
1665       return data[row];
1666     }
1667
1668     @Override
1669     public int getRowCount()
1670     {
1671       return data.length;
1672     }
1673
1674     @Override
1675     public String getColumnName(int col)
1676     {
1677       return columnNames[col];
1678     }
1679
1680     @Override
1681     public Object getValueAt(int row, int col)
1682     {
1683       return data[row][col];
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Answers the class of column c of the table
1688      */
1689     @Override
1690     public Class<?> getColumnClass(int c)
1691     {
1692       switch (c)
1693       {
1694       case TYPE_COLUMN:
1695         return String.class;
1696       case COLOUR_COLUMN:
1697         return FeatureColour.class;
1698       case FILTER_COLUMN:
1699         return FeatureMatcherSet.class;
1700       default:
1701         return Boolean.class;
1702       }
1703     }
1704
1705     @Override
1706     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1707     {
1708       return col == 0 ? false : true;
1709     }
1710
1711     @Override
1712     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1713     {
1714       data[row][col] = value;
1715       fireTableCellUpdated(row, col);
1716       updateFeatureRenderer(data);
1717     }
1718
1719   }
1720
1721   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1722   {
1723     Border unselectedBorder = null;
1724
1725     Border selectedBorder = null;
1726
1727     public ColorRenderer()
1728     {
1729       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1730       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1731       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1732     }
1733
1734     @Override
1735     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1736             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1737     {
1738       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1739       setOpaque(true);
1740       setBackground(tbl.getBackground());
1741       if (!cellColour.isSimpleColour())
1742       {
1743         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1744         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1745                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1746       }
1747       else
1748       {
1749         this.setText("");
1750         this.setIcon(null);
1751         setBackground(cellColour.getColour());
1752       }
1753       if (isSelected)
1754       {
1755         if (selectedBorder == null)
1756         {
1757           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1758                   tbl.getSelectionBackground());
1759         }
1760         setBorder(selectedBorder);
1761       }
1762       else
1763       {
1764         if (unselectedBorder == null)
1765         {
1766           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1767                   tbl.getBackground());
1768         }
1769         setBorder(unselectedBorder);
1770       }
1771
1772       return this;
1773     }
1774   }
1775
1776   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1777   {
1778     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1779
1780     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1781
1782     public FilterRenderer()
1783     {
1784       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1785       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1786       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1787     }
1788
1789     @Override
1790     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1791             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1792             int column)
1793     {
1794       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1795       setOpaque(true);
1796       String asText = theFilter.toString();
1797       setBackground(tbl.getBackground());
1798       this.setText(asText);
1799       this.setIcon(null);
1800
1801       if (isSelected)
1802       {
1803         if (selectedBorder == null)
1804         {
1805           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1806                   tbl.getSelectionBackground());
1807         }
1808         setBorder(selectedBorder);
1809       }
1810       else
1811       {
1812         if (unselectedBorder == null)
1813         {
1814           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1815                   tbl.getBackground());
1816         }
1817         setBorder(unselectedBorder);
1818       }
1819
1820       return this;
1821     }
1822   }
1823
1824   /**
1825    * update comp using rendering settings from gcol
1826    *
1827    * @param comp
1828    * @param gcol
1829    */
1830   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1831   {
1832     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1833     if (w < 20)
1834     {
1835       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1836       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1837       if (w < 20)
1838       {
1839         w = 80;
1840         h = 12;
1841       }
1842     }
1843     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1844   }
1845
1846   @SuppressWarnings("serial")
1847   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1848           implements TableCellEditor, ActionListener
1849   {
1850     FeatureColourI currentColor;
1851
1852     FeatureTypeSettings chooser;
1853
1854     String type;
1855
1856     JButton button;
1857
1858     protected static final String EDIT = "edit";
1859
1860     int rowSelected = 0;
1861
1862     public ColorEditor()
1863     {
1864       // Set up the editor (from the table's point of view),
1865       // which is a button.
1866       // This button brings up the color chooser dialog,
1867       // which is the editor from the user's point of view.
1868       button = new JButton();
1869       button.setActionCommand(EDIT);
1870       button.addActionListener(this);
1871       button.setBorderPainted(false);
1872     }
1873
1874     /**
1875      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1876      * dialog's OK button
1877      */
1878     @Override
1879     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1880     {
1881       if (button == e.getSource())
1882       {
1883         if (currentColor.isSimpleColour())
1884         {
1885           /*
1886            * simple colour chooser
1887            */
1888           String ttl = MessageManager
1889                   .formatMessage("label.select_colour_for", type);
1890           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1891           {
1892             @Override
1893             public void colourSelected(Color c)
1894             {
1895               currentColor = new FeatureColour(c);
1896               table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1897               fireEditingStopped();
1898             }
1899
1900             @Override
1901             public void cancel()
1902             {
1903               fireEditingStopped();
1904             }
1905           };
1906           JalviewColourChooser.showColourChooser(button, ttl,
1907                   currentColor.getColour(), listener);
1908         }
1909         else
1910         {
1911           /*
1912            * variable colour and filters dialog
1913            */
1914           chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
1915           if (!Platform.isJS())
1916           /**
1917            * Java only
1918            *
1919            * @j2sIgnore
1920            */
1921           {
1922             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1923             chooser.requestFocus();
1924           }
1925           chooser.addActionListener(this);
1926           fireEditingStopped();
1927         }
1928       }
1929       else
1930       {
1931         /*
1932          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1933          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1934          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1935          */
1936         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1937         FeatureMatcherSetI currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
1938         if (currentFilter == null)
1939         {
1940           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1941         }
1942         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1943                 .getData()[rowSelected];
1944         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1945         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1946         fireEditingStopped();
1947         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
1948         // rather than relying upon no validation having
1949         // occurred since the stopEditing call was made.
1950         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
1951         table.validate();
1952         table.repaint();
1953       }
1954     }
1955
1956     /**
1957      * Override allows access to this method from anonymous inner classes
1958      */
1959     @Override
1960     protected void fireEditingStopped()
1961     {
1962       super.fireEditingStopped();
1963     }
1964
1965     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1966     @Override
1967     public Object getCellEditorValue()
1968     {
1969       return currentColor;
1970     }
1971
1972     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1973     @Override
1974     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
1975             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
1976     {
1977       currentColor = (FeatureColourI) value;
1978       this.rowSelected = row;
1979       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1980       button.setOpaque(true);
1981       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
1982       if (!currentColor.isSimpleColour())
1983       {
1984         JLabel btn = new JLabel();
1985         btn.setSize(button.getSize());
1986         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1987         button.setBackground(btn.getBackground());
1988         button.setIcon(btn.getIcon());
1989         button.setText(btn.getText());
1990       }
1991       else
1992       {
1993         button.setText("");
1994         button.setIcon(null);
1995         button.setBackground(currentColor.getColour());
1996       }
1997       return button;
1998     }
1999   }
2000
2001   /**
2002    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2003    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible
2004    * abbreviated as display text). On click in the cell, opens the Feature
2005    * Display Settings dialog at the Filters tab.
2006    */
2007   @SuppressWarnings("serial")
2008   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2009           implements TableCellEditor, ActionListener
2010   {
2011
2012     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2013
2014     Point lastLocation;
2015
2016     String type;
2017
2018     JButton button;
2019
2020     protected static final String EDIT = "edit";
2021
2022     int rowSelected = 0;
2023
2024     public FilterEditor()
2025     {
2026       button = new JButton();
2027       button.setActionCommand(EDIT);
2028       button.addActionListener(this);
2029       button.setBorderPainted(false);
2030     }
2031
2032     /**
2033      * Handles events from the editor button
2034      */
2035     @Override
2036     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2037     {
2038       if (button == e.getSource())
2039       {
2040         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
2041         chooser.addActionListener(this);
2042         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2043         chooser.requestFocus();
2044         if (lastLocation != null)
2045         {
2046           // todo open at its last position on screen
2047           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2048                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2049           chooser.validate();
2050         }
2051         fireEditingStopped();
2052       }
2053       else if (e.getSource() instanceof Component)
2054       {
2055
2056         /*
2057          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2058          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2059          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2060          */
2061         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
2062         currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
2063         if (currentFilter == null)
2064         {
2065           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
2066         }
2067
2068         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
2069                 .getData()[rowSelected];
2070         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2071         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2072         fireEditingStopped();
2073         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
2074         // rather than relying upon no validation having
2075         // occurred since the stopEditing call was made.
2076         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
2077         table.validate();
2078         table.repaint();
2079       }
2080     }
2081
2082     @Override
2083     public Object getCellEditorValue()
2084     {
2085       return currentFilter;
2086     }
2087
2088     @Override
2089     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2090             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2091     {
2092       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2093       this.rowSelected = row;
2094       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2095       button.setOpaque(true);
2096       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2097       button.setText(currentFilter.toString());
2098       button.setIcon(null);
2099       return button;
2100     }
2101   }
2102
2103   public boolean isOpen()
2104   {
2105     if (af.getSplitViewContainer() != null)
2106     {
2107       return af.getSplitViewContainer().isFeatureSettingsOpen();
2108     }
2109     return frame != null && !frame.isClosed();
2110   }
2111
2112   @Override
2113   public void revert()
2114   {
2115     fr.setTransparency(originalTransparency);
2116     fr.setFeatureFilters(originalFilters);
2117     updateFeatureRenderer(originalData);
2118     af.getViewport().setViewStyle(originalViewStyle);
2119     updateTransparencySliderFromFR();
2120     updateComplementButtons();
2121     refreshDisplay();
2122   }
2123 }
2124
2125 class FeatureIcon implements Icon
2126 {
2127   FeatureColourI gcol;
2128
2129   Color backg;
2130
2131   boolean midspace = false;
2132
2133   int width = 50, height = 20;
2134
2135   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2136
2137   Color mpcolour = Color.white;
2138
2139   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2140   {
2141     gcol = gfc;
2142     backg = bg;
2143     width = w;
2144     height = h;
2145     midspace = mspace;
2146     if (midspace)
2147     {
2148       s1 = width / 3;
2149       e1 = s1 * 2;
2150     }
2151     else
2152     {
2153       s1 = width / 2;
2154       e1 = s1;
2155     }
2156   }
2157
2158   @Override
2159   public int getIconWidth()
2160   {
2161     return width;
2162   }
2163
2164   @Override
2165   public int getIconHeight()
2166   {
2167     return height;
2168   }
2169
2170   @Override
2171   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2172   {
2173
2174     if (gcol.isColourByLabel())
2175     {
2176       g.setColor(backg);
2177       g.fillRect(0, 0, width, height);
2178       // need an icon here.
2179       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2180
2181       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2182
2183       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2184       // AffineTransform.getScaleInstance(
2185       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2186       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2187
2188       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2189
2190     }
2191     else
2192     {
2193       Color minCol = gcol.getMinColour();
2194       g.setColor(minCol);
2195       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2196       if (midspace)
2197       {
2198         g.setColor(Color.white);
2199         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2200       }
2201       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2202       // g.fillRect(0, e1, width - e1, height); // BH 2018
2203       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2204     }
2205   }
2206 }