src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.awt.Dimension;
  31 import java.awt.FlowLayout;
  32 import java.awt.GridLayout;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.KeyEvent;
  36 import java.awt.event.KeyListener;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.HashSet;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.JButton;
  44 import javax.swing.JFrame;
  45 import javax.swing.JLabel;
  46 import javax.swing.JPanel;
  47 import javax.swing.JScrollPane;
  48 import javax.swing.JTree;
  49 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  50 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  51 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  52 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  53 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  54 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  55 import javax.swing.tree.TreeNode;
  56 import javax.swing.tree.TreePath;
  57 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  58
  59 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog implements KeyListener
  60 {
  61   boolean allowMultiSelections = false;
  62
  63   JButton getDatabaseSelectorButton()
  64   {
  65     final JButton viewdbs = new JButton(
  66             MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
  67     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  68     {
  69
  70       @Override
  71       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  72       {
  73         showDialog(null);
  74       }
  75     });
  76     return viewdbs;
  77   }
  78
  79   JScrollPane svp;
  80
  81   JTree dbviews;
  82
  83   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  84
  85   private JLabel dbstatus, dbstatex;
  86
  87   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  88   {
  89     initDialogFrame(this, true, false, MessageManager.getString("label.select_database_retrieval_source"),
  90             650, 490);
  91     /*
  92      * Dynamically generated database list will need a translation function from
  93      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
  94      * identical DB sources, and should be collapsed.
  95      */
  96     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
  97     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
  98     sfetcher = sfetch;
  99     String dbs[] = sfetch.getSupportedDb();
 100     Hashtable<String, String> ht = new Hashtable<String, String>();
 101     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 102     {
 103       tn = source.get(dbs[i]);
 104       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
 105       if (tn == null)
 106       {
 107         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
 108       }
 109       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
 110       {
 111         if (ht.get(dbp.getDbName()) == null)
 112         {
 113           tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
 114           ht.put(dbp.getDbName(), dbp.getDbName());
 115         }
 116         else
 117         {
 118           System.err.println("dupe ig for : " + dbs[i] + " \t"
 119                   + dbp.getDbName() + " (" + dbp.getDbSource() + ")");
 120           source.remove(tn);
 121         }
 122       }
 123     }
 124     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 125     {
 126       tn = source.get(dbs[i]);
 127       if (tn == null)
 128       {
 129         continue;
 130       }
 131       if (tn.getChildCount() == 1)
 132       {
 133         DefaultMutableTreeNode ttn = (DefaultMutableTreeNode) tn
 134                 .getChildAt(0);
 135         // remove nodes with only one child
 136         tn.setUserObject(ttn.getUserObject());
 137         tn.removeAllChildren();
 138         source.put(dbs[i], tn);
 139         tn.setAllowsChildren(false);
 140       }
 141       root.add(tn);
 142     }
 143     // and sort the tree
 144     sortTreeNodes(root);
 145     svp = new JScrollPane();
 146     // svp.setAutoscrolls(true);
 147     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
 148     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 149
 150     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(
 151             TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 152     svp.getViewport().setView(dbviews);
 153     // svp.getViewport().setMinimumSize(new Dimension(300,200));
 154     // svp.setSize(300,250);
 155     // JPanel panel=new JPanel();
 156     // panel.setSize(new Dimension(350,220));
 157     // panel.add(svp);
 158     dbviews.addTreeSelectionListener(new TreeSelectionListener()
 159     {
 160
 161       @Override
 162       public void valueChanged(TreeSelectionEvent arg0)
 163       {
 164         _setSelectionState();
 165       }
 166     });
 167     JPanel jc = new JPanel(new BorderLayout()), j = new JPanel(
 168             new FlowLayout());
 169     jc.add(svp, BorderLayout.CENTER);
 170
 171     java.awt.Font f;
 172     // TODO: make the panel stay a fixed size for longest dbname+example set.
 173     JPanel dbstat = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 174     dbstatus = new JLabel(" "); // set the height correctly for layout
 175     dbstatus.setFont(f = JvSwingUtils.getLabelFont(false, true));
 176     dbstatus.setSize(new Dimension(290, 50));
 177     dbstatex = new JLabel(" ");
 178     dbstatex.setFont(f);
 179     dbstatex.setSize(new Dimension(290, 50));
 180     dbstat.add(dbstatus);
 181     dbstat.add(dbstatex);
 182     jc.add(dbstat, BorderLayout.SOUTH);
 183     jc.validate();
 184     // j.setPreferredSize(new Dimension(300,50));
 185     add(jc, BorderLayout.CENTER);
 186     j.add(ok);
 187     j.add(cancel);
 188     add(j, BorderLayout.SOUTH);
 189     dbviews.addKeyListener(this);
 190     validate();
 191   }
 192
 193   private void sortTreeNodes(DefaultMutableTreeNode root)
 194   {
 195     if (root.getChildCount() == 0)
 196     {
 197       return;
 198     }
 199     int count = root.getChildCount();
 200     String[] names = new String[count];
 201     DefaultMutableTreeNode[] nodes = new DefaultMutableTreeNode[count];
 202     for (int i = 0; i < count; i++)
 203     {
 204       TreeNode node = root.getChildAt(i);
 205       if (node instanceof DefaultMutableTreeNode)
 206       {
 207         DefaultMutableTreeNode child = (DefaultMutableTreeNode) node;
 208         nodes[i] = child;
 209         if (child.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 210         {
 211           names[i] = ((DbSourceProxy) child.getUserObject()).getDbName()
 212                   .toLowerCase();
 213         }
 214         else
 215         {
 216           names[i] = ((String) child.getUserObject()).toLowerCase();
 217           sortTreeNodes(child);
 218         }
 219       }
 220       else
 221       {
 222         throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_cant_reorder_tree"));
 223       }
 224     }
 225     jalview.util.QuickSort.sort(names, nodes);
 226     root.removeAllChildren();
 227     for (int i = count - 1; i >= 0; i--)
 228     {
 229       root.add(nodes[i]);
 230     }
 231   }
 232
 233   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements
 234           TreeCellRenderer
 235   {
 236     JDatabaseTree us;
 237
 238     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 239     {
 240       us = me;
 241     }
 242
 243     private Component returnLabel(String txt)
 244     {
 245       JLabel jl = new JLabel(txt);
 246       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 247       return jl;
 248     }
 249
 250     @Override
 251     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 252             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 253             boolean hasFocus)
 254     {
 255       String val = "";
 256       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 257       {
 258         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 259         value = vl.getUserObject();
 260         if (value instanceof DbSourceProxy)
 261         {
 262           val = (((DbSourceProxy) value).getDbName());
 263         }
 264         else
 265         {
 266           if (value instanceof String)
 267           {
 268             val = ((String) value);
 269           }
 270         }
 271       }
 272       if (value == null)
 273       {
 274         val = ("");
 275       }
 276       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected,
 277               expanded, leaf, row, hasFocus);
 278
 279     }
 280   }
 281
 282   List<DbSourceProxy> oldselection, selection = null;
 283
 284   TreePath[] tsel = null, oldtsel = null;
 285
 286   @Override
 287   protected void raiseClosed()
 288   {
 289     for (ActionListener al : lstners)
 290     {
 291       al.actionPerformed(null);
 292     }
 293   }
 294
 295   @Override
 296   protected void okPressed()
 297   {
 298     _setSelectionState();
 299     closeDialog();
 300   }
 301
 302   @Override
 303   protected void cancelPressed()
 304   {
 305     selection = oldselection;
 306     tsel = oldtsel;
 307     _revertSelectionState();
 308     closeDialog();
 309   }
 310
 311   private void showDialog(Container parent)
 312   {
 313     oldselection = selection;
 314     oldtsel = tsel;
 315     validate();
 316     waitForInput();
 317   }
 318
 319   public boolean hasSelection()
 320   {
 321     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 322   }
 323
 324   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 325   {
 326     return selection;
 327   }
 328
 329   /**
 330    * disable or enable selection handler
 331    */
 332   boolean handleSelections = true;
 333
 334   private void _setSelectionState()
 335   {
 336     if (!handleSelections)
 337     {
 338       return;
 339     }
 340     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 341     {
 342       selection = null;
 343     }
 344     tsel = dbviews.getSelectionPaths();
 345     boolean forcedFirstChild = false;
 346     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 347     if (tsel != null)
 348     {
 349       for (TreePath tp : tsel)
 350       {
 351         DefaultMutableTreeNode admt, dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 352                 .getLastPathComponent();
 353         if (dmt.getUserObject() != null)
 354         {
 355           if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 356           {
 357             srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 358           }
 359           else
 360           {
 361             if (allowMultiSelections)
 362             {
 363               srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt
 364                       .getUserObject()));
 365             }
 366             else
 367             {
 368               srcs.add(sfetcher
 369                       .getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()).get(0));
 370               forcedFirstChild = true;
 371             }
 372           }
 373         }
 374       }
 375     }
 376     updateDbStatus(srcs, forcedFirstChild);
 377     selection = srcs;
 378   }
 379
 380   private void _revertSelectionState()
 381   {
 382     handleSelections = false;
 383     if (selection == null || selection.size() == 0)
 384     {
 385       dbviews.clearSelection();
 386     }
 387     else
 388     {
 389       dbviews.setSelectionPaths(tsel);
 390     }
 391     handleSelections = true;
 392   }
 393
 394   private void updateDbStatus(List<DbSourceProxy> srcs,
 395           boolean forcedFirstChild)
 396   {
 397     int x = 0;
 398     String nm = "", qr = "";
 399     for (DbSourceProxy dbs : srcs)
 400     {
 401       String tq = dbs.getTestQuery();
 402       nm = dbs.getDbName();
 403       if (tq != null && tq.trim().length() > 0 && dbs.isValidReference(tq))
 404       {
 405         qr = tq;
 406         x++;
 407       }
 408     }
 409
 410     if (allowMultiSelections)
 411     {
 412       dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 413               "label.selected_database_to_fetch_from", new String[]
 414               {
 415                   Integer.valueOf(srcs.size()).toString(),
 416                   (srcs.size() == 1 ? "" : "s"),
 417                   (srcs.size() > 0 ? " with " + x + " test quer"
 418                           + (x == 1 ? "y" : "ies") : ".") }));
 419       dbstatex.setText(" ");
 420     }
 421     else
 422     {
 423       if (nm.length() > 0)
 424       {
 425         dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 426                 "label.database_param", new String[]
 427                 { nm }));
 428         if (qr.length() > 0)
 429         {
 430           dbstatex.setText(MessageManager.formatMessage(
 431                   "label.example_param", new String[]
 432                   { qr }));
 433         }
 434         else
 435         {
 436           dbstatex.setText(" ");
 437         }
 438       }
 439       else
 440       {
 441         dbstatus.setText(" ");
 442       }
 443     }
 444     dbstatus.invalidate();
 445     dbstatex.invalidate();
 446   }
 447
 448   public String getSelectedItem()
 449   {
 450     if (hasSelection())
 451     {
 452       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 453     }
 454     return null;
 455   }
 456
 457   public String getExampleQueries()
 458   {
 459     if (!hasSelection())
 460     {
 461       return null;
 462     }
 463     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 464     HashSet<String> hs = new HashSet<String>();
 465     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 466     {
 467       String tq = dbs.getTestQuery();
 468       ;
 469       if (hs.add(tq))
 470       {
 471         if (sb.length() > 0)
 472         {
 473           sb.append(";");
 474         }
 475         sb.append(tq);
 476       }
 477     }
 478     return sb.toString();
 479   }
 480
 481   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 482
 483   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 484   {
 485     lstners.add(actionListener);
 486   }
 487
 488   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 489   {
 490     lstners.remove(actionListener);
 491   }
 492
 493   public static void main(String args[])
 494   {
 495     Cache.getDasSourceRegistry();
 496     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 497     JFrame foo = new JFrame();
 498     foo.setLayout(new BorderLayout());
 499     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 500     foo.pack();
 501     foo.setVisible(true);
 502     int nultimes = 5;
 503     final Thread us = Thread.currentThread();
 504     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 505     {
 506
 507       @Override
 508       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 509       {
 510         us.interrupt();
 511       }
 512     });
 513     do
 514     {
 515       try
 516       {
 517         Thread.sleep(50);
 518       } catch (InterruptedException x)
 519       {
 520         nultimes--;
 521         if (!jdt.hasSelection())
 522         {
 523           System.out.println("No Selection");
 524         }
 525         else
 526         {
 527           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 528           int s = 1;
 529           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 530           {
 531             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 532                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 533                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 534           }
 535           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 536         }
 537       }
 538     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 539     foo.setVisible(false);
 540   }
 541
 542   @Override
 543   public void keyPressed(KeyEvent arg0)
 544   {
 545     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 546     {
 547       okPressed();
 548     }
 549     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyChar() == KeyEvent.VK_ESCAPE)
 550     {
 551       cancelPressed();
 552     }
 553   }
 554
 555   @Override
 556   public void keyReleased(KeyEvent arg0)
 557   {
 558     // TODO Auto-generated method stub
 559
 560   }
 561
 562   @Override
 563   public void keyTyped(KeyEvent arg0)
 564   {
 565     // TODO Auto-generated method stub
 566
 567   }
 568 }