src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Graphics2D;
  34 import java.awt.RenderingHints;
  35 import java.awt.Shape;
  36 import java.awt.image.BufferedImage;
  37 import java.util.List;
  38
  39 import javax.swing.JComponent;
  40
  41 /**
  42  * DOCUMENT ME!
  43  *
  44  * @author $author$
  45  * @version $Revision$
  46  */
  47 public class SeqCanvas extends JComponent
  48 {
  49   final FeatureRenderer fr;
  50
  51   final SequenceRenderer sr;
  52
  53   BufferedImage img;
  54
  55   Graphics2D gg;
  56
  57   int imgWidth;
  58
  59   int imgHeight;
  60
  61   AlignViewport av;
  62
  63   SearchResults searchResults = null;
  64
  65   boolean fastPaint = false;
  66
  67   int LABEL_WEST;
  68
  69   int LABEL_EAST;
  70
  71   int cursorX = 0;
  72
  73   int cursorY = 0;
  74
  75   /**
  76    * Creates a new SeqCanvas object.
  77    *
  78    * @param av
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     updateViewport();
  85     fr = new FeatureRenderer(ap);
  86     sr = new SequenceRenderer(av);
  87     setLayout(new BorderLayout());
  88     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  89     setBackground(Color.white);
  90   }
  91
  92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  93   {
  94     return sr;
  95   }
  96
  97   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  98   {
  99     return fr;
 100   }
 101
 102   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 103
 104   private void updateViewport()
 105   {
 106     charHeight = av.getCharHeight();
 107     charWidth = av.getCharWidth();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param g
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param startx
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param endx
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param ypos
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 123   {
 124     updateViewport();
 125     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 126
 127     g.setColor(Color.black);
 128     // NORTH SCALE
 129     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 130     {
 131       int value = i;
 132       if (av.hasHiddenColumns())
 133       {
 134         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 135       }
 136
 137       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * charWidth,
 138               ypos - (charHeight / 2));
 139
 140       g.drawLine(((i - startx - 1) * charWidth) + (charWidth / 2),
 141               (ypos + 2) - (charHeight / 2), ((i - startx - 1) * charWidth)
 142                       + (charWidth / 2), ypos - 2);
 143     }
 144   }
 145
 146   /**
 147    * DOCUMENT ME!
 148    *
 149    * @param g
 150    *          DOCUMENT ME!
 151    * @param startx
 152    *          DOCUMENT ME!
 153    * @param endx
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param ypos
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 159   {
 160     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 161     ypos += charHeight;
 162
 163     if (av.hasHiddenColumns())
 164     {
 165       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 166       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 167     }
 168
 169     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 170     if (av.hasHiddenColumns())
 171     {
 172       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 173     }
 174
 175     // WEST SCALE
 176     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 177     {
 178       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 179       int index = startx;
 180       int value = -1;
 181
 182       while (index < endx)
 183       {
 184         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 185         {
 186           index++;
 187
 188           continue;
 189         }
 190
 191         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 192
 193         break;
 194       }
 195
 196       if (value != -1)
 197       {
 198         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 199                 - charWidth / 2;
 200         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 201                 - (charHeight / 5));
 202       }
 203     }
 204   }
 205
 206   /**
 207    * DOCUMENT ME!
 208    *
 209    * @param g
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    * @param startx
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param endx
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param ypos
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    */
 218   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 219   {
 220     ypos += charHeight;
 221
 222     if (av.hasHiddenColumns())
 223     {
 224       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 225     }
 226
 227     SequenceI seq;
 228     // EAST SCALE
 229     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 230     {
 231       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 232       int index = endx;
 233       int value = -1;
 234
 235       while (index > startx)
 236       {
 237         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 238         {
 239           index--;
 240
 241           continue;
 242         }
 243
 244         value = seq.findPosition(index);
 245
 246         break;
 247       }
 248
 249       if (value != -1)
 250       {
 251         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 252                 - (charHeight / 5));
 253       }
 254     }
 255   }
 256
 257   boolean fastpainting = false;
 258
 259   /**
 260    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 261    * slider adjustment
 262    *
 263    * @param horizontal
 264    *          shift along
 265    * @param vertical
 266    *          shift up or down in repaint
 267    */
 268   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 269   {
 270     if (fastpainting || gg == null)
 271     {
 272       return;
 273     }
 274     fastpainting = true;
 275     fastPaint = true;
 276     updateViewport();
 277     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 278             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 279
 280     int sr = av.startRes;
 281     int er = av.endRes;
 282     int ss = av.startSeq;
 283     int es = av.endSeq;
 284     int transX = 0;
 285     int transY = 0;
 286
 287     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 288     {
 289       er++;
 290       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 291       sr = er - horizontal;
 292     }
 293     else if (horizontal < 0)
 294     {
 295       er = sr - horizontal - 1;
 296     }
 297     else if (vertical > 0) // scroll down
 298     {
 299       ss = es - vertical;
 300
 301       if (ss < av.startSeq)
 302       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 303         ss = av.startSeq;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 308       }
 309     }
 310     else if (vertical < 0)
 311     {
 312       es = ss - vertical;
 313
 314       if (es > av.endSeq)
 315       {
 316         es = av.endSeq;
 317       }
 318     }
 319
 320     gg.translate(transX, transY);
 321     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 322     gg.translate(-transX, -transY);
 323
 324     repaint();
 325     fastpainting = false;
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 330    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 331    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 332    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 333    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 334    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 335    */
 336
 337   // Set this to false to force a full panel paint
 338   public void paintComponent(Graphics g)
 339   {
 340     updateViewport();
 341     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 342     // img and call later.
 343     super.paintComponent(g);
 344
 345     if (lcimg != null
 346             && (fastPaint
 347                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 348                     .getClipBounds().height)))
 349     {
 350       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 351       fastPaint = false;
 352       return;
 353     }
 354
 355     // this draws the whole of the alignment
 356     imgWidth = getWidth();
 357     imgHeight = getHeight();
 358
 359     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 360     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 361
 362     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 363     {
 364       return;
 365     }
 366
 367     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 368             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 369     {
 370       try
 371       {
 372         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 373                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 374         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 375         gg.setFont(av.getFont());
 376       } catch (OutOfMemoryError er)
 377       {
 378         System.gc();
 379         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 380         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 381
 382         return;
 383       }
 384     }
 385
 386     if (av.antiAlias)
 387     {
 388       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 389               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 390     }
 391
 392     gg.setColor(Color.white);
 393     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 394
 395     if (av.getWrapAlignment())
 396     {
 397       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 398     }
 399     else
 400     {
 401       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 402     }
 403
 404     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 405
 406   }
 407
 408   /**
 409    * DOCUMENT ME!
 410    *
 411    * @param cwidth
 412    *          DOCUMENT ME!
 413    *
 414    * @return DOCUMENT ME!
 415    */
 416   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 417   {
 418     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 419
 420     LABEL_EAST = 0;
 421     LABEL_WEST = 0;
 422
 423     if (av.getScaleRightWrapped())
 424     {
 425       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 426     }
 427
 428     if (av.getScaleLeftWrapped())
 429     {
 430       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 431     }
 432
 433     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Generates a string of zeroes.
 438    *
 439    * @return String
 440    */
 441   String getMask()
 442   {
 443     String mask = "00";
 444     int maxWidth = 0;
 445     int tmp;
 446     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 447     {
 448       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 449       if (tmp > maxWidth)
 450       {
 451         maxWidth = tmp;
 452       }
 453     }
 454
 455     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 456     {
 457       mask += "0";
 458     }
 459     return mask;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * DOCUMENT ME!
 464    *
 465    * @param g
 466    *          DOCUMENT ME!
 467    * @param canvasWidth
 468    *          DOCUMENT ME!
 469    * @param canvasHeight
 470    *          DOCUMENT ME!
 471    * @param startRes
 472    *          DOCUMENT ME!
 473    */
 474   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 475           int canvasHeight, int startRes)
 476   {
 477     updateViewport();
 478     AlignmentI al = av.getAlignment();
 479
 480     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 481
 482     if (av.getScaleRightWrapped())
 483     {
 484       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 485     }
 486
 487     if (av.getScaleLeftWrapped())
 488     {
 489       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 490     }
 491
 492     int hgap = charHeight;
 493     if (av.getScaleAboveWrapped())
 494     {
 495       hgap += charHeight;
 496     }
 497
 498     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 499     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 500
 501     av.setWrappedWidth(cWidth);
 502
 503     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 504
 505     int endx;
 506     int ypos = hgap;
 507     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 508
 509     if (av.hasHiddenColumns())
 510     {
 511       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 512     }
 513
 514     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 515     {
 516       endx = startRes + cWidth - 1;
 517
 518       if (endx > maxwidth)
 519       {
 520         endx = maxwidth;
 521       }
 522
 523       g.setFont(av.getFont());
 524       g.setColor(Color.black);
 525
 526       if (av.getScaleLeftWrapped())
 527       {
 528         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 529       }
 530
 531       if (av.getScaleRightWrapped())
 532       {
 533         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 534         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 535         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 536       }
 537
 538       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 539
 540       if (av.getScaleAboveWrapped())
 541       {
 542         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 543       }
 544
 545       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 546       {
 547         g.setColor(Color.blue);
 548         int res;
 549         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 550                 .size(); i++)
 551         {
 552           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 553                   - startRes;
 554
 555           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 556           {
 557             continue;
 558           }
 559
 560           gg.fillPolygon(
 561                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 562                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 563                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 564                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 565                   3);
 566
 567         }
 568       }
 569
 570       // When printing we have an extra clipped region,
 571       // the Printable page which we need to account for here
 572       Shape clip = g.getClip();
 573
 574       if (clip == null)
 575       {
 576         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 577       }
 578       else
 579       {
 580         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 581                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 582       }
 583
 584       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 585
 586       if (av.isShowAnnotation())
 587       {
 588         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 589         if (annotations == null)
 590         {
 591           annotations = new AnnotationPanel(av);
 592         }
 593
 594         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 595                 startRes, endx + 1);
 596         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 597       }
 598       g.setClip(clip);
 599       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 600
 601       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 602
 603       startRes += cWidth;
 604     }
 605   }
 606
 607   AnnotationPanel annotations;
 608
 609   int getAnnotationHeight()
 610   {
 611     if (!av.isShowAnnotation())
 612     {
 613       return 0;
 614     }
 615
 616     if (annotations == null)
 617     {
 618       annotations = new AnnotationPanel(av);
 619     }
 620
 621     return annotations.adjustPanelHeight();
 622   }
 623
 624   /**
 625    * DOCUMENT ME!
 626    *
 627    * @param g1
 628    *          DOCUMENT ME!
 629    * @param startRes
 630    *          DOCUMENT ME!
 631    * @param endRes
 632    *          DOCUMENT ME!
 633    * @param startSeq
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    * @param endSeq
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    * @param offset
 638    *          DOCUMENT ME!
 639    */
 640   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 641           int startSeq, int endSeq, int offset)
 642   {
 643     updateViewport();
 644     if (!av.hasHiddenColumns())
 645     {
 646       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 647     }
 648     else
 649     {
 650       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 651
 652       int screenY = 0;
 653       int blockStart = startRes;
 654       int blockEnd = endRes;
 655
 656       for (int[] region : regions)
 657       {
 658         int hideStart = region[0];
 659         int hideEnd = region[1];
 660
 661         if (hideStart <= blockStart)
 662         {
 663           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 664           continue;
 665         }
 666
 667         blockEnd = hideStart - 1;
 668
 669         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 670
 671         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 672
 673         if (av.getShowHiddenMarkers())
 674         {
 675           g1.setColor(Color.blue);
 676
 677           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 678                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 679                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 680         }
 681
 682         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 683         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 684         blockStart = hideEnd + 1;
 685       }
 686
 687       if (screenY <= (endRes - startRes))
 688       {
 689         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 690         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 691         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 692
 693         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 694       }
 695     }
 696
 697   }
 698
 699   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 700   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 701   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 702           int endSeq, int offset)
 703   {
 704     g.setFont(av.getFont());
 705     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 706
 707     SequenceI nextSeq;
 708
 709     // / First draw the sequences
 710     // ///////////////////////////
 711     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 712     {
 713       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 714       if (nextSeq == null)
 715       {
 716         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 717         // empty
 718         continue;
 719       }
 720       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 721               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 722
 723       if (av.isShowSequenceFeatures())
 724       {
 725         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 726                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 727       }
 728
 729       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 730       // ////////////////////////////////////////////////////////
 731       if (searchResults != null)
 732       {
 733         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 734                 endRes);
 735         if (visibleResults != null)
 736         {
 737           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 738           {
 739             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 740                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 741                             * charWidth, offset
 742                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 743           }
 744         }
 745       }
 746
 747       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 748               && cursorX <= endRes)
 749       {
 750         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 751                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 752       }
 753     }
 754
 755     if (av.getSelectionGroup() != null
 756             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 757     {
 758       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 759     }
 760
 761   }
 762
 763   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 764           int startSeq, int endSeq, int offset)
 765   {
 766     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 767     //
 768     // ///////////////////////////////////
 769     // Now outline any areas if necessary
 770     // ///////////////////////////////////
 771     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 772
 773     int sx = -1;
 774     int sy = -1;
 775     int ex = -1;
 776     int groupIndex = -1;
 777     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 778
 779     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 780     {
 781       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 782       groupIndex = 0;
 783     }
 784
 785     if (group != null)
 786     {
 787       do
 788       {
 789         int oldY = -1;
 790         int i = 0;
 791         boolean inGroup = false;
 792         int top = -1;
 793         int bottom = -1;
 794
 795         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 796         {
 797           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 798           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 799           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 800
 801           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 802           {
 803             continue;
 804           }
 805
 806           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 807                   && group.getSequences(null).contains(
 808                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 809           {
 810             if ((bottom == -1)
 811                     && !group.getSequences(null).contains(
 812                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 813             {
 814               bottom = sy + charHeight;
 815             }
 816
 817             if (!inGroup)
 818             {
 819               if (((top == -1) && (i == 0))
 820                       || !group.getSequences(null).contains(
 821                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 822               {
 823                 top = sy;
 824               }
 825
 826               oldY = sy;
 827               inGroup = true;
 828
 829               if (group == av.getSelectionGroup())
 830               {
 831                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 832                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 833                         0f));
 834                 g.setColor(Color.RED);
 835               }
 836               else
 837               {
 838                 g.setStroke(new BasicStroke());
 839                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 840               }
 841             }
 842           }
 843           else
 844           {
 845             if (inGroup)
 846             {
 847               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 848               {
 849                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 850               }
 851
 852               if (sx + ex < visWidth)
 853               {
 854                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 855               }
 856
 857               if (sx < 0)
 858               {
 859                 ex += sx;
 860                 sx = 0;
 861               }
 862
 863               if (sx + ex > visWidth)
 864               {
 865                 ex = visWidth;
 866               }
 867
 868               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 869               {
 870                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 871               }
 872
 873               if (top != -1)
 874               {
 875                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 876                 top = -1;
 877               }
 878
 879               if (bottom != -1)
 880               {
 881                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 882                 bottom = -1;
 883               }
 884
 885               inGroup = false;
 886             }
 887           }
 888         }
 889
 890         if (inGroup)
 891         {
 892           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 893           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 894           {
 895             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 896           }
 897
 898           if (sx + ex < visWidth)
 899           {
 900             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 901           }
 902
 903           if (sx < 0)
 904           {
 905             ex += sx;
 906             sx = 0;
 907           }
 908
 909           if (sx + ex > visWidth)
 910           {
 911             ex = visWidth;
 912           }
 913           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 914           {
 915             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 916           }
 917
 918           if (top != -1)
 919           {
 920             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 921             top = -1;
 922           }
 923
 924           if (bottom != -1)
 925           {
 926             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 927             bottom = -1;
 928           }
 929
 930           inGroup = false;
 931         }
 932
 933         groupIndex++;
 934
 935         g.setStroke(new BasicStroke());
 936
 937         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 938         {
 939           break;
 940         }
 941
 942         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 943
 944       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 945
 946     }
 947
 948   }
 949
 950   /**
 951    * DOCUMENT ME!
 952    *
 953    * @param results
 954    *          DOCUMENT ME!
 955    */
 956   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 957   {
 958     img = null;
 959
 960     searchResults = results;
 961
 962     repaint();
 963   }
 964 }