src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Graphics2D;
  34 import java.awt.RenderingHints;
  35 import java.awt.Shape;
  36 import java.awt.image.BufferedImage;
  37
  38 import javax.swing.JComponent;
  39
  40 /**
  41  * DOCUMENT ME!
  42  *
  43  * @author $author$
  44  * @version $Revision$
  45  */
  46 public class SeqCanvas extends JComponent
  47 {
  48   final FeatureRenderer fr;
  49
  50   final SequenceRenderer sr;
  51
  52   BufferedImage img;
  53
  54   Graphics2D gg;
  55
  56   int imgWidth;
  57
  58   int imgHeight;
  59
  60   AlignViewport av;
  61
  62   SearchResults searchResults = null;
  63
  64   boolean fastPaint = false;
  65
  66   int LABEL_WEST;
  67
  68   int LABEL_EAST;
  69
  70   int cursorX = 0;
  71
  72   int cursorY = 0;
  73
  74   /**
  75    * Creates a new SeqCanvas object.
  76    *
  77    * @param av
  78    *          DOCUMENT ME!
  79    */
  80   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  81   {
  82     this.av = ap.av;
  83     fr = new FeatureRenderer(ap);
  84     sr = new SequenceRenderer(av);
  85     setLayout(new BorderLayout());
  86     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  87     setBackground(Color.white);
  88   }
  89
  90   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  91   {
  92     return sr;
  93   }
  94
  95   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  96   {
  97     return fr;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * DOCUMENT ME!
 102    *
 103    * @param g
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    * @param startx
 106    *          DOCUMENT ME!
 107    * @param endx
 108    *          DOCUMENT ME!
 109    * @param ypos
 110    *          DOCUMENT ME!
 111    */
 112   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 113   {
 114     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 115
 116     g.setColor(Color.black);
 117
 118     // NORTH SCALE
 119     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 120     {
 121       int value = i;
 122       if (av.hasHiddenColumns())
 123       {
 124         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 125       }
 126
 127       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,
 128               ypos - (av.charHeight / 2));
 129
 130       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 131               (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),
 132               ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 133               ypos - 2);
 134     }
 135   }
 136
 137   /**
 138    * DOCUMENT ME!
 139    *
 140    * @param g
 141    *          DOCUMENT ME!
 142    * @param startx
 143    *          DOCUMENT ME!
 144    * @param endx
 145    *          DOCUMENT ME!
 146    * @param ypos
 147    *          DOCUMENT ME!
 148    */
 149   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 150   {
 151     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 152     ypos += av.charHeight;
 153
 154     if (av.hasHiddenColumns())
 155     {
 156       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 157       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 158     }
 159
 160     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 161     if (av.hasHiddenColumns())
 162     {
 163       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 164     }
 165
 166     // WEST SCALE
 167     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 168     {
 169       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 170       int index = startx;
 171       int value = -1;
 172
 173       while (index < endx)
 174       {
 175         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 176         {
 177           index++;
 178
 179           continue;
 180         }
 181
 182         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 183
 184         break;
 185       }
 186
 187       if (value != -1)
 188       {
 189         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 190                 - av.charWidth / 2;
 191         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * av.charHeight))
 192                 - (av.charHeight / 5));
 193       }
 194     }
 195   }
 196
 197   /**
 198    * DOCUMENT ME!
 199    *
 200    * @param g
 201    *          DOCUMENT ME!
 202    * @param startx
 203    *          DOCUMENT ME!
 204    * @param endx
 205    *          DOCUMENT ME!
 206    * @param ypos
 207    *          DOCUMENT ME!
 208    */
 209   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 210   {
 211     ypos += av.charHeight;
 212
 213     if (av.hasHiddenColumns())
 214     {
 215       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 216     }
 217
 218     SequenceI seq;
 219     // EAST SCALE
 220     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 221     {
 222       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 223       int index = endx;
 224       int value = -1;
 225
 226       while (index > startx)
 227       {
 228         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 229         {
 230           index--;
 231
 232           continue;
 233         }
 234
 235         value = seq.findPosition(index);
 236
 237         break;
 238       }
 239
 240       if (value != -1)
 241       {
 242         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * av.charHeight))
 243                 - (av.charHeight / 5));
 244       }
 245     }
 246   }
 247
 248   boolean fastpainting = false;
 249
 250   /**
 251    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 252    * slider adjustment
 253    *
 254    * @param horizontal
 255    *          shift along
 256    * @param vertical
 257    *          shift up or down in repaint
 258    */
 259   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 260   {
 261     if (fastpainting || gg == null)
 262     {
 263       return;
 264     }
 265     fastpainting = true;
 266     fastPaint = true;
 267
 268     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth, vertical * av.charHeight,
 269             imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth, -vertical
 270                     * av.charHeight);
 271
 272     int sr = av.startRes;
 273     int er = av.endRes;
 274     int ss = av.startSeq;
 275     int es = av.endSeq;
 276     int transX = 0;
 277     int transY = 0;
 278
 279     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 280     {
 281       er++;
 282       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 283       sr = er - horizontal;
 284     }
 285     else if (horizontal < 0)
 286     {
 287       er = sr - horizontal - 1;
 288     }
 289     else if (vertical > 0) // scroll down
 290     {
 291       ss = es - vertical;
 292
 293       if (ss < av.startSeq)
 294       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 295         ss = av.startSeq;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);
 300       }
 301     }
 302     else if (vertical < 0)
 303     {
 304       es = ss - vertical;
 305
 306       if (es > av.endSeq)
 307       {
 308         es = av.endSeq;
 309       }
 310     }
 311
 312     gg.translate(transX, transY);
 313     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 314     gg.translate(-transX, -transY);
 315
 316     repaint();
 317     fastpainting = false;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 322    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 323    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 324    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 325    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 326    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 327    */
 328
 329   // Set this to false to force a full panel paint
 330   public void paintComponent(Graphics g)
 331   {
 332     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 333     // img and call later.
 334     super.paintComponent(g);
 335
 336     if (lcimg != null
 337             && (fastPaint
 338                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 339                     .getClipBounds().height)))
 340     {
 341       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 342       fastPaint = false;
 343       return;
 344     }
 345
 346     // this draws the whole of the alignment
 347     imgWidth = getWidth();
 348     imgHeight = getHeight();
 349
 350     imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);
 351     imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);
 352
 353     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 354     {
 355       return;
 356     }
 357
 358     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 359             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 360     {
 361       try
 362       {
 363         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 364                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 365         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 366         gg.setFont(av.getFont());
 367       } catch (OutOfMemoryError er)
 368       {
 369         System.gc();
 370         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 371         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 372
 373         return;
 374       }
 375     }
 376
 377     if (av.antiAlias)
 378     {
 379       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 380               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 381     }
 382
 383     gg.setColor(Color.white);
 384     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 385
 386     if (av.getWrapAlignment())
 387     {
 388       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 389     }
 390     else
 391     {
 392       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 393     }
 394
 395     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 396
 397   }
 398
 399   /**
 400    * DOCUMENT ME!
 401    *
 402    * @param cwidth
 403    *          DOCUMENT ME!
 404    *
 405    * @return DOCUMENT ME!
 406    */
 407   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 408   {
 409     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 410
 411     LABEL_EAST = 0;
 412     LABEL_WEST = 0;
 413
 414     if (av.scaleRightWrapped)
 415     {
 416       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 417     }
 418
 419     if (av.scaleLeftWrapped)
 420     {
 421       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 422     }
 423
 424     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Generates a string of zeroes.
 429    *
 430    * @return String
 431    */
 432   String getMask()
 433   {
 434     String mask = "00";
 435     int maxWidth = 0;
 436     int tmp;
 437     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 438     {
 439       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 440       if (tmp > maxWidth)
 441       {
 442         maxWidth = tmp;
 443       }
 444     }
 445
 446     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 447     {
 448       mask += "0";
 449     }
 450     return mask;
 451   }
 452
 453   /**
 454    * DOCUMENT ME!
 455    *
 456    * @param g
 457    *          DOCUMENT ME!
 458    * @param canvasWidth
 459    *          DOCUMENT ME!
 460    * @param canvasHeight
 461    *          DOCUMENT ME!
 462    * @param startRes
 463    *          DOCUMENT ME!
 464    */
 465   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 466           int canvasHeight, int startRes)
 467   {
 468     AlignmentI al = av.getAlignment();
 469
 470     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 471
 472     if (av.scaleRightWrapped)
 473     {
 474       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 475     }
 476
 477     if (av.scaleLeftWrapped)
 478     {
 479       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 480     }
 481
 482     int hgap = av.charHeight;
 483     if (av.scaleAboveWrapped)
 484     {
 485       hgap += av.charHeight;
 486     }
 487
 488     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 489     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;
 490
 491     av.setWrappedWidth(cWidth);
 492
 493     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 494
 495     int endx;
 496     int ypos = hgap;
 497     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 498
 499     if (av.hasHiddenColumns())
 500     {
 501       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 502     }
 503
 504     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 505     {
 506       endx = startRes + cWidth - 1;
 507
 508       if (endx > maxwidth)
 509       {
 510         endx = maxwidth;
 511       }
 512
 513       g.setFont(av.getFont());
 514       g.setColor(Color.black);
 515
 516       if (av.scaleLeftWrapped)
 517       {
 518         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 519       }
 520
 521       if (av.scaleRightWrapped)
 522       {
 523         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 524         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 525         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 526       }
 527
 528       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 529
 530       if (av.scaleAboveWrapped)
 531       {
 532         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 533       }
 534
 535       if (av.hasHiddenColumns() && av.showHiddenMarkers)
 536       {
 537         g.setColor(Color.blue);
 538         int res;
 539         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 540                 .size(); i++)
 541         {
 542           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 543                   - startRes;
 544
 545           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 546           {
 547             continue;
 548           }
 549
 550           gg.fillPolygon(new int[]
 551           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 552               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 553                   new int[]
 554                   { ypos - (av.charHeight / 2), ypos - (av.charHeight / 2),
 555                       ypos - (av.charHeight / 2) + 8 }, 3);
 556
 557         }
 558       }
 559
 560       // When printing we have an extra clipped region,
 561       // the Printable page which we need to account for here
 562       Shape clip = g.getClip();
 563
 564       if (clip == null)
 565       {
 566         g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);
 567       }
 568       else
 569       {
 570         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * av.charWidth,
 571                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 572       }
 573
 574       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 575
 576       if (av.showAnnotation)
 577       {
 578         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 579         if (annotations == null)
 580         {
 581           annotations = new AnnotationPanel(av);
 582         }
 583
 584         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g,
 585                 -1, startRes, endx + 1);
 586         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 587       }
 588       g.setClip(clip);
 589       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 590
 591       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 592
 593       startRes += cWidth;
 594     }
 595   }
 596
 597   AnnotationPanel annotations;
 598
 599   int getAnnotationHeight()
 600   {
 601     if (!av.showAnnotation)
 602     {
 603       return 0;
 604     }
 605
 606     if (annotations == null)
 607     {
 608       annotations = new AnnotationPanel(av);
 609     }
 610
 611     return annotations.adjustPanelHeight();
 612   }
 613
 614   /**
 615    * DOCUMENT ME!
 616    *
 617    * @param g1
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    * @param startRes
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    * @param endRes
 622    *          DOCUMENT ME!
 623    * @param startSeq
 624    *          DOCUMENT ME!
 625    * @param endSeq
 626    *          DOCUMENT ME!
 627    * @param offset
 628    *          DOCUMENT ME!
 629    */
 630   void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
 631           int endSeq, int offset)
 632   {
 633     if (!av.hasHiddenColumns())
 634     {
 635       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 636     }
 637     else
 638     {
 639       java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 640
 641       int screenY = 0;
 642       int blockStart = startRes;
 643       int blockEnd = endRes;
 644
 645       for (int i = 0; regions != null && i < regions.size(); i++)
 646       {
 647         int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);
 648         int hideStart = region[0];
 649         int hideEnd = region[1];
 650
 651         if (hideStart <= blockStart)
 652         {
 653           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 654           continue;
 655         }
 656
 657         blockEnd = hideStart - 1;
 658
 659         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 660
 661         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 662
 663         if (av.getShowHiddenMarkers())
 664         {
 665           g1.setColor(Color.blue);
 666
 667           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
 668                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth
 669                           - 1, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);
 670         }
 671
 672         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 673         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 674         blockStart = hideEnd + 1;
 675       }
 676
 677       if (screenY <= (endRes - startRes))
 678       {
 679         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 680         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 681         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 682
 683         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 684       }
 685     }
 686
 687   }
 688
 689   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 690   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 691   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 692           int offset)
 693   {
 694     g.setFont(av.getFont());
 695     sr.prepare(g, av.renderGaps);
 696
 697     SequenceI nextSeq;
 698
 699     // / First draw the sequences
 700     // ///////////////////////////
 701     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 702     {
 703       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 704       if (nextSeq == null)
 705       {
 706         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 707         // empty
 708         continue;
 709       }
 710       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 711               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 712
 713       if (av.showSequenceFeatures)
 714       {
 715         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 716                 + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 717       }
 718
 719       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 720       // ////////////////////////////////////////////////////////
 721       if (searchResults != null)
 722       {
 723         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 724                 endRes);
 725         if (visibleResults != null)
 726         {
 727           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 728           {
 729             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 730                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 731                             * av.charWidth, offset
 732                             + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 733           }
 734         }
 735       }
 736
 737       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 738               && cursorX <= endRes)
 739       {
 740         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX,
 741                 (cursorX - startRes) * av.charWidth, offset
 742                         + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 743       }
 744     }
 745
 746     if (av.getSelectionGroup() != null
 747             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 748     {
 749       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 750     }
 751
 752   }
 753
 754   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 755           int startSeq, int endSeq, int offset)
 756   {
 757     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 758     //
 759     // ///////////////////////////////////
 760     // Now outline any areas if necessary
 761     // ///////////////////////////////////
 762     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 763
 764     int sx = -1;
 765     int sy = -1;
 766     int ex = -1;
 767     int groupIndex = -1;
 768     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 769
 770     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 771     {
 772       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 773       groupIndex = 0;
 774     }
 775
 776     if (group != null)
 777     {
 778       do
 779       {
 780         int oldY = -1;
 781         int i = 0;
 782         boolean inGroup = false;
 783         int top = -1;
 784         int bottom = -1;
 785
 786         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 787         {
 788           sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;
 789           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 790           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) - 1;
 791
 792           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 793           {
 794             continue;
 795           }
 796
 797           if ((sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth)
 798                   && group.getSequences(null).contains(
 799                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 800           {
 801             if ((bottom == -1)
 802                     && !group.getSequences(null).contains(
 803                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 804             {
 805               bottom = sy + av.charHeight;
 806             }
 807
 808             if (!inGroup)
 809             {
 810               if (((top == -1) && (i == 0))
 811                       || !group.getSequences(null).contains(
 812                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 813               {
 814                 top = sy;
 815               }
 816
 817               oldY = sy;
 818               inGroup = true;
 819
 820               if (group == av.getSelectionGroup())
 821               {
 822                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 823                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 824                         { 5f, 3f }, 0f));
 825                 g.setColor(Color.RED);
 826               }
 827               else
 828               {
 829                 g.setStroke(new BasicStroke());
 830                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 831               }
 832             }
 833           }
 834           else
 835           {
 836             if (inGroup)
 837             {
 838               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 839               {
 840                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 841               }
 842
 843               if (sx + ex < visWidth)
 844               {
 845                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 846               }
 847
 848               if (sx < 0)
 849               {
 850                 ex += sx;
 851                 sx = 0;
 852               }
 853
 854               if (sx + ex > visWidth)
 855               {
 856                 ex = visWidth;
 857               }
 858
 859               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 860               {
 861                 ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 862               }
 863
 864               if (top != -1)
 865               {
 866                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 867                 top = -1;
 868               }
 869
 870               if (bottom != -1)
 871               {
 872                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 873                 bottom = -1;
 874               }
 875
 876               inGroup = false;
 877             }
 878           }
 879         }
 880
 881         if (inGroup)
 882         {
 883           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 884           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 885           {
 886             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 887           }
 888
 889           if (sx + ex < visWidth)
 890           {
 891             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 892           }
 893
 894           if (sx < 0)
 895           {
 896             ex += sx;
 897             sx = 0;
 898           }
 899
 900           if (sx + ex > visWidth)
 901           {
 902             ex = visWidth;
 903           }
 904           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 905           {
 906             ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 907           }
 908
 909           if (top != -1)
 910           {
 911             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 912             top = -1;
 913           }
 914
 915           if (bottom != -1)
 916           {
 917             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 918             bottom = -1;
 919           }
 920
 921           inGroup = false;
 922         }
 923
 924         groupIndex++;
 925
 926         g.setStroke(new BasicStroke());
 927
 928         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 929         {
 930           break;
 931         }
 932
 933         group = av.getAlignment().getGroups()
 934                 .get(groupIndex);
 935
 936       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 937
 938     }
 939
 940   }
 941
 942   /**
 943    * DOCUMENT ME!
 944    *
 945    * @param results
 946    *          DOCUMENT ME!
 947    */
 948   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 949   {
 950     img = null;
 951
 952     searchResults = results;
 953
 954     repaint();
 955   }
 956 }