src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.image.*;
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class SeqCanvas extends JComponent
  34 {
  35   final FeatureRenderer fr;
  36
  37   final SequenceRenderer sr;
  38
  39   BufferedImage img;
  40
  41   Graphics2D gg;
  42
  43   int imgWidth;
  44
  45   int imgHeight;
  46
  47   AlignViewport av;
  48
  49   SearchResults searchResults = null;
  50
  51   boolean fastPaint = false;
  52
  53   int LABEL_WEST;
  54
  55   int LABEL_EAST;
  56
  57   int cursorX = 0;
  58
  59   int cursorY = 0;
  60
  61   /**
  62    * Creates a new SeqCanvas object.
  63    *
  64    * @param av
  65    *          DOCUMENT ME!
  66    */
  67   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  68   {
  69     this.av = ap.av;
  70     fr = new FeatureRenderer(ap);
  71     sr = new SequenceRenderer(av);
  72     setLayout(new BorderLayout());
  73     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  74     setBackground(Color.white);
  75   }
  76
  77   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  78   {
  79     return sr;
  80   }
  81
  82   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  83   {
  84     return fr;
  85   }
  86
  87   /**
  88    * DOCUMENT ME!
  89    *
  90    * @param g
  91    *          DOCUMENT ME!
  92    * @param startx
  93    *          DOCUMENT ME!
  94    * @param endx
  95    *          DOCUMENT ME!
  96    * @param ypos
  97    *          DOCUMENT ME!
  98    */
  99   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 100   {
 101     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 102
 103     g.setColor(Color.black);
 104
 105     // NORTH SCALE
 106     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 107     {
 108       int value = i;
 109       if (av.hasHiddenColumns())
 110       {
 111         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 112       }
 113
 114       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,
 115               ypos - (av.charHeight / 2));
 116
 117       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 118               (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),
 119               ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 120               ypos - 2);
 121     }
 122   }
 123
 124   /**
 125    * DOCUMENT ME!
 126    *
 127    * @param g
 128    *          DOCUMENT ME!
 129    * @param startx
 130    *          DOCUMENT ME!
 131    * @param endx
 132    *          DOCUMENT ME!
 133    * @param ypos
 134    *          DOCUMENT ME!
 135    */
 136   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 137   {
 138     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 139     ypos += av.charHeight;
 140
 141     if (av.hasHiddenColumns())
 142     {
 143       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 144       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 145     }
 146
 147     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 148     if (av.hasHiddenColumns())
 149     {
 150       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 151     }
 152
 153     // WEST SCALE
 154     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 155     {
 156       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 157       int index = startx;
 158       int value = -1;
 159
 160       while (index < endx)
 161       {
 162         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 163         {
 164           index++;
 165
 166           continue;
 167         }
 168
 169         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 170
 171         break;
 172       }
 173
 174       if (value != -1)
 175       {
 176         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 177                 - av.charWidth / 2;
 178         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * av.charHeight))
 179                 - (av.charHeight / 5));
 180       }
 181     }
 182   }
 183
 184   /**
 185    * DOCUMENT ME!
 186    *
 187    * @param g
 188    *          DOCUMENT ME!
 189    * @param startx
 190    *          DOCUMENT ME!
 191    * @param endx
 192    *          DOCUMENT ME!
 193    * @param ypos
 194    *          DOCUMENT ME!
 195    */
 196   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 197   {
 198     ypos += av.charHeight;
 199
 200     if (av.hasHiddenColumns())
 201     {
 202       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 203     }
 204
 205     SequenceI seq;
 206     // EAST SCALE
 207     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 208     {
 209       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 210       int index = endx;
 211       int value = -1;
 212
 213       while (index > startx)
 214       {
 215         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 216         {
 217           index--;
 218
 219           continue;
 220         }
 221
 222         value = seq.findPosition(index);
 223
 224         break;
 225       }
 226
 227       if (value != -1)
 228       {
 229         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * av.charHeight))
 230                 - (av.charHeight / 5));
 231       }
 232     }
 233   }
 234
 235   boolean fastpainting = false;
 236
 237   /**
 238    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 239    * slider adjustment
 240    *
 241    * @param horizontal
 242    *          shift along
 243    * @param vertical
 244    *          shift up or down in repaint
 245    */
 246   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 247   {
 248     if (fastpainting)
 249     {
 250       return;
 251     }
 252     fastpainting = true;
 253     if (gg == null)
 254     {
 255       return;
 256     }
 257
 258     fastPaint = true;
 259
 260     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth, vertical * av.charHeight,
 261             imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth, -vertical
 262                     * av.charHeight);
 263
 264     int sr = av.startRes;
 265     int er = av.endRes;
 266     int ss = av.startSeq;
 267     int es = av.endSeq;
 268     int transX = 0;
 269     int transY = 0;
 270
 271     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 272     {
 273       er++;
 274       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 275       sr = er - horizontal;
 276     }
 277     else if (horizontal < 0)
 278     {
 279       er = sr - horizontal - 1;
 280     }
 281     else if (vertical > 0) // scroll down
 282     {
 283       ss = es - vertical;
 284
 285       if (ss < av.startSeq)
 286       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 287         ss = av.startSeq;
 288       }
 289       else
 290       {
 291         transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);
 292       }
 293     }
 294     else if (vertical < 0)
 295     {
 296       es = ss - vertical;
 297
 298       if (es > av.endSeq)
 299       {
 300         es = av.endSeq;
 301       }
 302     }
 303
 304     gg.translate(transX, transY);
 305     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 306     gg.translate(-transX, -transY);
 307
 308     repaint();
 309     fastpainting = false;
 310   }
 311
 312   /**
 313    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 314    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 315    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 316    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 317    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 318    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 319    */
 320
 321   // Set this to false to force a full panel paint
 322   public void paintComponent(Graphics g)
 323   {
 324     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 325     // img and call later.
 326     super.paintComponent(g);
 327
 328     if (lcimg != null
 329             && (fastPaint
 330                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 331                     .getClipBounds().height)))
 332     {
 333       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 334       fastPaint = false;
 335       return;
 336     }
 337
 338     // this draws the whole of the alignment
 339     imgWidth = getWidth();
 340     imgHeight = getHeight();
 341
 342     imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);
 343     imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);
 344
 345     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 346     {
 347       return;
 348     }
 349
 350     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 351             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 352     {
 353       try
 354       {
 355         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 356                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 357         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 358         gg.setFont(av.getFont());
 359       } catch (OutOfMemoryError er)
 360       {
 361         System.gc();
 362         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 363         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 364
 365         return;
 366       }
 367     }
 368
 369     if (av.antiAlias)
 370     {
 371       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 372               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 373     }
 374
 375     gg.setColor(Color.white);
 376     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 377
 378     if (av.getWrapAlignment())
 379     {
 380       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 381     }
 382     else
 383     {
 384       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 385     }
 386
 387     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 388
 389   }
 390
 391   /**
 392    * DOCUMENT ME!
 393    *
 394    * @param cwidth
 395    *          DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @return DOCUMENT ME!
 398    */
 399   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 400   {
 401     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 402
 403     LABEL_EAST = 0;
 404     LABEL_WEST = 0;
 405
 406     if (av.scaleRightWrapped)
 407     {
 408       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 409     }
 410
 411     if (av.scaleLeftWrapped)
 412     {
 413       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 414     }
 415
 416     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Generates a string of zeroes.
 421    *
 422    * @return String
 423    */
 424   String getMask()
 425   {
 426     String mask = "00";
 427     int maxWidth = 0;
 428     int tmp;
 429     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 430     {
 431       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 432       if (tmp > maxWidth)
 433       {
 434         maxWidth = tmp;
 435       }
 436     }
 437
 438     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 439     {
 440       mask += "0";
 441     }
 442     return mask;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * DOCUMENT ME!
 447    *
 448    * @param g
 449    *          DOCUMENT ME!
 450    * @param canvasWidth
 451    *          DOCUMENT ME!
 452    * @param canvasHeight
 453    *          DOCUMENT ME!
 454    * @param startRes
 455    *          DOCUMENT ME!
 456    */
 457   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 458           int canvasHeight, int startRes)
 459   {
 460     AlignmentI al = av.getAlignment();
 461
 462     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 463
 464     if (av.scaleRightWrapped)
 465     {
 466       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 467     }
 468
 469     if (av.scaleLeftWrapped)
 470     {
 471       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 472     }
 473
 474     int hgap = av.charHeight;
 475     if (av.scaleAboveWrapped)
 476     {
 477       hgap += av.charHeight;
 478     }
 479
 480     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 481     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;
 482
 483     av.setWrappedWidth(cWidth);
 484
 485     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 486
 487     int endx;
 488     int ypos = hgap;
 489     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 490
 491     if (av.hasHiddenColumns())
 492     {
 493       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 494     }
 495
 496     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 497     {
 498       endx = startRes + cWidth - 1;
 499
 500       if (endx > maxwidth)
 501       {
 502         endx = maxwidth;
 503       }
 504
 505       g.setFont(av.getFont());
 506       g.setColor(Color.black);
 507
 508       if (av.scaleLeftWrapped)
 509       {
 510         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 511       }
 512
 513       if (av.scaleRightWrapped)
 514       {
 515         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 516         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 517         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 518       }
 519
 520       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 521
 522       if (av.scaleAboveWrapped)
 523       {
 524         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 525       }
 526
 527       if (av.hasHiddenColumns() && av.showHiddenMarkers)
 528       {
 529         g.setColor(Color.blue);
 530         int res;
 531         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 532                 .size(); i++)
 533         {
 534           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 535                   - startRes;
 536
 537           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 538           {
 539             continue;
 540           }
 541
 542           gg.fillPolygon(new int[]
 543           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 544               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 545                   new int[]
 546                   { ypos - (av.charHeight / 2), ypos - (av.charHeight / 2),
 547                       ypos - (av.charHeight / 2) + 8 }, 3);
 548
 549         }
 550       }
 551
 552       // When printing we have an extra clipped region,
 553       // the Printable page which we need to account for here
 554       Shape clip = g.getClip();
 555
 556       if (clip == null)
 557       {
 558         g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);
 559       }
 560       else
 561       {
 562         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * av.charWidth,
 563                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 564       }
 565
 566       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 567
 568       if (av.showAnnotation)
 569       {
 570         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 571         if (annotations == null)
 572         {
 573           annotations = new AnnotationPanel(av);
 574         }
 575
 576         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, (Graphics2D) g,
 577                 -1, startRes, endx + 1);
 578         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 579       }
 580       g.setClip(clip);
 581       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 582
 583       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 584
 585       startRes += cWidth;
 586     }
 587   }
 588
 589   AnnotationPanel annotations;
 590
 591   int getAnnotationHeight()
 592   {
 593     if (!av.showAnnotation)
 594     {
 595       return 0;
 596     }
 597
 598     if (annotations == null)
 599     {
 600       annotations = new AnnotationPanel(av);
 601     }
 602
 603     return annotations.adjustPanelHeight();
 604   }
 605
 606   /**
 607    * DOCUMENT ME!
 608    *
 609    * @param g1
 610    *          DOCUMENT ME!
 611    * @param startRes
 612    *          DOCUMENT ME!
 613    * @param endRes
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param startSeq
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    * @param endSeq
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    * @param offset
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    */
 622   void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
 623           int endSeq, int offset)
 624   {
 625     if (!av.hasHiddenColumns())
 626     {
 627       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 628     }
 629     else
 630     {
 631       java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 632
 633       int screenY = 0;
 634       int blockStart = startRes;
 635       int blockEnd = endRes;
 636
 637       for (int i = 0; regions != null && i < regions.size(); i++)
 638       {
 639         int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);
 640         int hideStart = region[0];
 641         int hideEnd = region[1];
 642
 643         if (hideStart <= blockStart)
 644         {
 645           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 646           continue;
 647         }
 648
 649         blockEnd = hideStart - 1;
 650
 651         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 652
 653         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 654
 655         if (av.getShowHiddenMarkers())
 656         {
 657           g1.setColor(Color.blue);
 658
 659           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
 660                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth
 661                           - 1, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);
 662         }
 663
 664         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 665         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 666         blockStart = hideEnd + 1;
 667       }
 668
 669       if (screenY <= (endRes - startRes))
 670       {
 671         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 672         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 673         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 674
 675         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 676       }
 677     }
 678
 679   }
 680
 681   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 682   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 683   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 684           int offset)
 685   {
 686     g.setFont(av.getFont());
 687     sr.prepare(g, av.renderGaps);
 688
 689     SequenceI nextSeq;
 690
 691     // / First draw the sequences
 692     // ///////////////////////////
 693     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 694     {
 695       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 696       if (nextSeq == null)
 697       {
 698         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 699         // empty
 700         continue;
 701       }
 702       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 703               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 704
 705       if (av.showSequenceFeatures)
 706       {
 707         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 708                 + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 709       }
 710
 711       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 712       // ////////////////////////////////////////////////////////
 713       if (searchResults != null)
 714       {
 715         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 716                 endRes);
 717         if (visibleResults != null)
 718         {
 719           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 720           {
 721             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 722                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 723                             * av.charWidth, offset
 724                             + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 725           }
 726         }
 727       }
 728
 729       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 730               && cursorX <= endRes)
 731       {
 732         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX,
 733                 (cursorX - startRes) * av.charWidth, offset
 734                         + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 735       }
 736     }
 737
 738     if (av.getSelectionGroup() != null
 739             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 740     {
 741       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 742     }
 743
 744   }
 745
 746   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 747           int startSeq, int endSeq, int offset)
 748   {
 749     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 750     //
 751     // ///////////////////////////////////
 752     // Now outline any areas if necessary
 753     // ///////////////////////////////////
 754     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 755
 756     int sx = -1;
 757     int sy = -1;
 758     int ex = -1;
 759     int groupIndex = -1;
 760     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 761
 762     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 763     {
 764       group = (SequenceGroup) av.getAlignment().getGroups().get(0);
 765       groupIndex = 0;
 766     }
 767
 768     if (group != null)
 769     {
 770       do
 771       {
 772         int oldY = -1;
 773         int i = 0;
 774         boolean inGroup = false;
 775         int top = -1;
 776         int bottom = -1;
 777
 778         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 779         {
 780           sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;
 781           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 782           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) - 1;
 783
 784           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 785           {
 786             continue;
 787           }
 788
 789           if ((sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth)
 790                   && group.getSequences(null).contains(
 791                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 792           {
 793             if ((bottom == -1)
 794                     && !group.getSequences(null).contains(
 795                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 796             {
 797               bottom = sy + av.charHeight;
 798             }
 799
 800             if (!inGroup)
 801             {
 802               if (((top == -1) && (i == 0))
 803                       || !group.getSequences(null).contains(
 804                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 805               {
 806                 top = sy;
 807               }
 808
 809               oldY = sy;
 810               inGroup = true;
 811
 812               if (group == av.getSelectionGroup())
 813               {
 814                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 815                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 816                         { 5f, 3f }, 0f));
 817                 g.setColor(Color.RED);
 818               }
 819               else
 820               {
 821                 g.setStroke(new BasicStroke());
 822                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 823               }
 824             }
 825           }
 826           else
 827           {
 828             if (inGroup)
 829             {
 830               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 831               {
 832                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 833               }
 834
 835               if (sx + ex < visWidth)
 836               {
 837                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 838               }
 839
 840               if (sx < 0)
 841               {
 842                 ex += sx;
 843                 sx = 0;
 844               }
 845
 846               if (sx + ex > visWidth)
 847               {
 848                 ex = visWidth;
 849               }
 850
 851               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 852               {
 853                 ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 854               }
 855
 856               if (top != -1)
 857               {
 858                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 859                 top = -1;
 860               }
 861
 862               if (bottom != -1)
 863               {
 864                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 865                 bottom = -1;
 866               }
 867
 868               inGroup = false;
 869             }
 870           }
 871         }
 872
 873         if (inGroup)
 874         {
 875           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 876           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 877           {
 878             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 879           }
 880
 881           if (sx + ex < visWidth)
 882           {
 883             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 884           }
 885
 886           if (sx < 0)
 887           {
 888             ex += sx;
 889             sx = 0;
 890           }
 891
 892           if (sx + ex > visWidth)
 893           {
 894             ex = visWidth;
 895           }
 896           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 897           {
 898             ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 899           }
 900
 901           if (top != -1)
 902           {
 903             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 904             top = -1;
 905           }
 906
 907           if (bottom != -1)
 908           {
 909             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 910             bottom = -1;
 911           }
 912
 913           inGroup = false;
 914         }
 915
 916         groupIndex++;
 917
 918         g.setStroke(new BasicStroke());
 919
 920         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 921         {
 922           break;
 923         }
 924
 925         group = (SequenceGroup) av.getAlignment().getGroups()
 926                 .get(groupIndex);
 927
 928       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 929
 930     }
 931
 932   }
 933
 934   /**
 935    * DOCUMENT ME!
 936    *
 937    * @param results
 938    *          DOCUMENT ME!
 939    */
 940   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 941   {
 942     img = null;
 943
 944     searchResults = results;
 945
 946     repaint();
 947   }
 948 }