src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 \r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
  10 {\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   AlignViewport av;\r
  13 \r
  14   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i) {\r
  15     Color c = Color.WHITE;\r
  16 \r
  17     try{\r
  18       if (cs != null)\r
  19         c = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  20     }catch(Exception ex)\r
  21     {    }\r
  22 \r
  23     return c;\r
  24   }\r
  25 \r
  26   public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText,Vector freq, int seqnum,AlignViewport av) {\r
  27 \r
  28     this.av = av;\r
  29 \r
  30     if (displayBoxes == true) {\r
  31         drawBoxes(g,cs,seq,start,end,x1,y1,(int)width, height,freq);\r
  32     }\r
  33     if (displayText == true) {\r
  34         fm = g.getFontMetrics();\r
  35         drawText(g,cs,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  36     }\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void drawBoxes(Graphics g,ColourSchemeI cs, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  40     int i      = start;\r
  41     int length = seq.getLength();\r
  42 \r
  43     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  44 \r
  45     int curStart = x1;\r
  46     int curWidth = width;\r
  47 \r
  48   //  int threshold = 80;\r
  49 \r
  50     while (i <= end && i < length) {\r
  51       Color c = getResidueBoxColour(cs,seq,i);\r
  52 \r
  53     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  54     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  55     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  56   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  57    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  58    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  59 \r
  60       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  61     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  62           s.equals("-") ||\r
  63           s.equals(".") ||\r
  64           s.equals(" "))\r
  65       {\r
  66         c = Color.white;\r
  67       } else {\r
  68         if (frac > 0.9) {\r
  69           c = Color.red;\r
  70         } else if (frac > 0.8) {\r
  71           c = Color.orange;\r
  72         } else if (frac > 0.7) {\r
  73           c = Color.pink;\r
  74         } else if (frac > 0.5) {\r
  75           c = Color.yellow;\r
  76         } else if (frac> 0.3) {\r
  77             c = Color.lightGray;\r
  78         }\r
  79       }*/\r
  80 \r
  81       if (c != currentColor || c != null)\r
  82       {\r
  83         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  84 \r
  85         currentColor = c;\r
  86         g.setColor(c);\r
  87 \r
  88         curStart = i;\r
  89         curWidth = width;\r
  90       }\r
  91       else\r
  92         curWidth += width;\r
  93 \r
  94       i++;\r
  95     }\r
  96     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void drawText(Graphics g, ColourSchemeI cs, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 100   {\r
 101     int pady = height/5;\r
 102     int charOffset=0;\r
 103     g.setColor(Color.black);\r
 104     boolean colourText = av.getColourText();\r
 105     Color c;\r
 106     char s;\r
 107     // Need to find the sequence position here.\r
 108     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 109     {\r
 110         if (i < end && i < seq.getLength())\r
 111           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 112         else if(i<seq.getLength())\r
 113           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 114         else\r
 115           s = ' ';\r
 116 \r
 117         if (colourText)\r
 118         {\r
 119             c = getResidueBoxColour(cs, seq, i);\r
 120             g.setColor(c.darker());\r
 121         }\r
 122 \r
 123       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 124 \r
 125 \r
 126       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 \r
 130 }\r