src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.event.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.jbgui.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  41 {
  42   static JInternalFrame conservationSlider;
  43
  44   static JInternalFrame PIDSlider;
  45
  46   AlignmentPanel ap;
  47
  48   boolean forConservation = true;
  49
  50   ColourSchemeI cs;
  51
  52   /**
  53    * Creates a new SliderPanel object.
  54    *
  55    * @param ap
  56    *          DOCUMENT ME!
  57    * @param value
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    * @param forConserve
  60    *          DOCUMENT ME!
  61    * @param cs
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    */
  64   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  65           boolean forConserve, ColourSchemeI cs)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     this.cs = cs;
  69     forConservation = forConserve;
  70     undoButton.setVisible(false);
  71     applyButton.setVisible(false);
  72
  73     if (forConservation)
  74     {
  75       label.setText(MessageManager
  76               .getString("label.enter_value_increase_conservation_visibility"));
  77       slider.setMinimum(0);
  78       slider.setMaximum(100);
  79     }
  80     else
  81     {
  82       label.setText(MessageManager
  83               .getString("label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues"));
  84       slider.setMinimum(0);
  85       slider.setMaximum(100);
  86     }
  87
  88     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  89     {
  90       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  91       {
  92         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  93         valueChanged(slider.getValue());
  94       }
  95     });
  96
  97     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  98     {
  99       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 100       {
 101         ap.paintAlignment(true);
 102       }
 103     });
 104
 105     slider.setValue(value);
 106     valueField.setText(value + "");
 107   }
 108
 109   /**
 110    * DOCUMENT ME!
 111    *
 112    * @param ap
 113    *          DOCUMENT ME!
 114    * @param cs
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    * @param source
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @return DOCUMENT ME!
 120    */
 121   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 122           ColourSchemeI cs, String source)
 123   {
 124     SliderPanel sp = null;
 125
 126     if (conservationSlider == null)
 127     {
 128       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 129       conservationSlider = new JInternalFrame();
 130       conservationSlider.setContentPane(sp);
 131       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 132     }
 133     else
 134     {
 135       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 136       sp.cs = cs;
 137     }
 138
 139     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.conservation_colour_increment", new String[]{source}));
 140
 141     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 142     {
 143       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 144     }
 145     else
 146     {
 147       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 148     }
 149
 150     return sp.getValue();
 151   }
 152
 153   /**
 154    * DOCUMENT ME!
 155    */
 156   public static void showConservationSlider()
 157   {
 158     try
 159     {
 160       PIDSlider.setClosed(true);
 161       PIDSlider = null;
 162     } catch (Exception ex)
 163     {
 164     }
 165
 166     if (!conservationSlider.isVisible())
 167     {
 168       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 169               conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 170       conservationSlider
 171               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 172               {
 173                 public void internalFrameClosed(
 174                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 175                 {
 176                   conservationSlider = null;
 177                 }
 178               });
 179       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 180     }
 181   }
 182
 183   /**
 184    * DOCUMENT ME!
 185    *
 186    * @param ap
 187    *          DOCUMENT ME!
 188    * @param cs
 189    *          DOCUMENT ME!
 190    * @param source
 191    *          DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @return DOCUMENT ME!
 194    */
 195   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 196           String source)
 197   {
 198     SliderPanel pid = null;
 199
 200     int threshold = cs.getThreshold();
 201
 202     if (PIDSlider == null)
 203     {
 204       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 205       PIDSlider = new JInternalFrame();
 206       PIDSlider.setContentPane(pid);
 207       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 208     }
 209     else
 210     {
 211       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 212       pid.cs = cs;
 213     }
 214
 215     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.percentage_identity_thereshold", new String[]{source}));
 216
 217     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 218     {
 219       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 220     }
 221     else
 222     {
 223       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 224     }
 225
 226     return pid.getValue();
 227   }
 228
 229   /**
 230    * DOCUMENT ME!
 231    */
 232   public static void showPIDSlider()
 233   {
 234     try
 235     {
 236       conservationSlider.setClosed(true);
 237       conservationSlider = null;
 238     } catch (Exception ex)
 239     {
 240     }
 241
 242     if (!PIDSlider.isVisible())
 243     {
 244       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 245               false);
 246       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 247       PIDSlider
 248               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 249               {
 250                 public void internalFrameClosed(
 251                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 252                 {
 253                   PIDSlider = null;
 254                 }
 255               });
 256       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 257     }
 258   }
 259
 260   /**
 261    * DOCUMENT ME!
 262    *
 263    * @param i
 264    *          DOCUMENT ME!
 265    */
 266   public void valueChanged(int i)
 267   {
 268     if (cs == null)
 269     {
 270       return;
 271     }
 272
 273     ColourSchemeI toChange = cs;
 274     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 275
 276     if (allGroupsCheck.isSelected())
 277     {
 278       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 279     }
 280
 281     while (toChange != null)
 282     {
 283       if (forConservation)
 284       {
 285         toChange.setConservationInc(i);
 286       }
 287       else
 288       {
 289         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 290       }
 291       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 292       {
 293         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 294                 && allGroups.hasNext())
 295           ;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         toChange = null;
 300       }
 301     }
 302
 303     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 304   }
 305
 306   /**
 307    * DOCUMENT ME!
 308    *
 309    * @param b
 310    *          DOCUMENT ME!
 311    */
 312   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 313   {
 314     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 315   }
 316
 317   /**
 318    * DOCUMENT ME!
 319    *
 320    * @param e
 321    *          DOCUMENT ME!
 322    */
 323   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 324   {
 325     try
 326     {
 327       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 328       slider.setValue(i);
 329     } catch (NumberFormatException ex)
 330     {
 331       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 332     }
 333   }
 334
 335   /**
 336    * DOCUMENT ME!
 337    *
 338    * @param value
 339    *          DOCUMENT ME!
 340    */
 341   public void setValue(int value)
 342   {
 343     slider.setValue(value);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * DOCUMENT ME!
 348    *
 349    * @return DOCUMENT ME!
 350    */
 351   public int getValue()
 352   {
 353     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 354   }
 355
 356   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 357   {
 358     if (ap.overviewPanel != null)
 359     {
 360       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 361     }
 362   }
 363
 364 }