src/jalview/gui/StructureViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import java.awt.Rectangle;
  30
  31 /**
  32  * proxy for handling structure viewers.
  33  *
  34  * this allows new views to be created with the currently configured viewer, the
  35  * preferred viewer to be set/read and existing views created previously with a
  36  * particular viewer to be recovered
  37  *
  38  * @author jprocter
  39  */
  40 public class StructureViewer
  41 {
  42   StructureSelectionManager ssm;
  43
  44   public enum Viewer
  45   {
  46     JMOL, CHIMERA
  47   };
  48
  49   public Viewer getViewerType()
  50   {
  51     String viewType = Cache.getDefault(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
  52             Viewer.JMOL.name());
  53     return Viewer.valueOf(viewType);
  54   }
  55
  56   public void setViewerType(Viewer type)
  57   {
  58     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY, type.name());
  59   }
  60
  61   public StructureViewer(StructureSelectionManager structureSelectionManager)
  62   {
  63     ssm = structureSelectionManager;
  64   }
  65
  66   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(AlignmentPanel ap,
  67           PDBEntry[] pr, SequenceI[][] collateForPDB)
  68   {
  69     return viewStructures(getViewerType(), ap, pr, collateForPDB);
  70   }
  71
  72   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(Viewer viewerType,
  73           AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pr, SequenceI[][] collateForPDB)
  74   {
  75     JalviewStructureDisplayI sview = null;
  76     if (viewerType.equals(Viewer.JMOL))
  77     {
  78       sview = new AppJmol(ap, pr, ap.av.collateForPDB(pr));
  79     }
  80     else if (viewerType.equals(Viewer.CHIMERA))
  81     {
  82       sview = new ChimeraViewFrame(ap, pr, ap.av.collateForPDB(pr));
  83     }
  84     else
  85     {
  86       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
  87               + getViewerType().toString());
  88     }
  89     return sview;
  90   }
  91
  92   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(Viewer viewerType,
  93           AlignmentPanel ap, PDBEntry pr, SequenceI[] collateForPDB)
  94   {
  95     JalviewStructureDisplayI sview = null;
  96     if (viewerType.equals(Viewer.JMOL))
  97     {
  98       sview = new AppJmol(pr, collateForPDB, null, ap);
  99     }
 100     else if (viewerType.equals(Viewer.CHIMERA))
 101     {
 102       sview = new ChimeraViewFrame(pr, collateForPDB, null, ap);
 103     }
 104     else
 105     {
 106       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
 107               + getViewerType().toString());
 108     }
 109     return sview;
 110   }
 111
 112   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry pdb,
 113           SequenceI[] sequenceIs, Object object, AlignmentPanel ap)
 114   {
 115     return viewStructures(getViewerType(), ap, pdb, sequenceIs);
 116   }
 117
 118   public JalviewStructureDisplayI createView(Viewer viewer, String[] pdbf,
 119           String[] id, SequenceI[][] sq, AlignmentPanel alignPanel,
 120           boolean useinJmolsuperpos, boolean usetoColourbyseq,
 121           boolean jmolColouring, String fileloc, Rectangle rect, String vid)
 122   {
 123     JalviewStructureDisplayI sview = null;
 124     switch (viewer)
 125     {
 126     case JMOL:
 127       sview = new AppJmol(pdbf, id, sq, alignPanel, useinJmolsuperpos,
 128               usetoColourbyseq, jmolColouring, fileloc, rect, vid);
 129       break;
 130     case CHIMERA:
 131       Cache.log.error("Unsupported structure viewer type "
 132               + viewer.toString());
 133       break;
 134     default:
 135       Cache.log.error("Unknown structure viewer type " + viewer.toString());
 136     }
 137     return sview;
 138   }
 139
 140 }