src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 import java.awt.*;\r
   9 import java.awt.event.*;\r
  10 import java.util.*;\r
  11 import java.io.*;\r
  12 \r
  13 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener\r
  14 {\r
  15   NJTree tree;\r
  16   JScrollPane scrollPane;\r
  17   AlignViewport av;\r
  18 \r
  19   Font font;\r
  20   int  fontSize = 12;\r
  21 \r
  22   boolean showDistances = false;\r
  23   boolean showBootstrap = false;\r
  24 \r
  25   int offx = 20;\r
  26   int offy = 20;\r
  27 \r
  28   int threshold;\r
  29 \r
  30   String longestName;\r
  31   int labelLength=-1;\r
  32 \r
  33   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  34 \r
  35   Selection selected;\r
  36   Vector    listeners;\r
  37 \r
  38   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  39   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  40 \r
  41   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller, String label)\r
  42   {\r
  43     this.av = av;\r
  44     this.tree     = tree;\r
  45     selected = av.getSelection();\r
  46     scrollPane = scroller;\r
  47     addMouseListener(this);\r
  48     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  49     longestName = label;\r
  50 \r
  51     PaintRefresher.Register(this);\r
  52   }\r
  53   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  54  {\r
  55     selected = av.getSelection();\r
  56 \r
  57     if (selected.contains(sequence))\r
  58         selected.removeElement(sequence);\r
  59     else\r
  60         selected.addElement(sequence);\r
  61 \r
  62     setSelected(selected);\r
  63     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  64     repaint();\r
  65  }\r
  66 \r
  67 \r
  68   public void setSelected(Selection selected)\r
  69   {\r
  70         this.selected = selected;\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public void setTree(NJTree tree) {\r
  74     this.tree = tree;\r
  75     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  76   }\r
  77 \r
  78     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  79     if (node == null) {\r
  80       return;\r
  81     }\r
  82 \r
  83     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  84       // Drawing leaf node\r
  85 \r
  86       float height = node.height;\r
  87       float dist   = node.dist;\r
  88 \r
  89       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  90       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  91 \r
  92       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  93 \r
  94       if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
  95           g.setColor(((SequenceI)((SequenceNode)node).element()).getColor().darker());\r
  96       } else {\r
  97           g.setColor(Color.black);\r
  98       }\r
  99 \r
 100       // Draw horizontal line\r
 101       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 102 \r
 103       String nodeLabel = "";\r
 104       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 105         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 106       }\r
 107       if (showBootstrap) {\r
 108         if (showDistances) {\r
 109           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 110         }\r
 111         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 112       }\r
 113       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 114       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 115       }\r
 116 \r
 117       // Colour selected leaves differently\r
 118       String name    = node.getName();\r
 119       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 120       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
 121       int charHeight = fm.getHeight();\r
 122 \r
 123       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 124                                      charWidth,charHeight);\r
 125 \r
 126       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 127 \r
 128       if (selected.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 129         g.setColor(Color.gray);\r
 130 \r
 131         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 132         g.setColor(Color.white);\r
 133       }\r
 134       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
 135       g.setColor(Color.black);\r
 136     } else {\r
 137       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 138       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 139 \r
 140       float height = node.height;\r
 141       float dist   = node.dist;\r
 142 \r
 143       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 144       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 145       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 146 \r
 147       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 148 \r
 149       // Draw horizontal line\r
 150       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 151       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 152 \r
 153       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 154       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 155 \r
 156       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 157       nodeHash.put(node,pos);\r
 158 \r
 159       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 160                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 161 \r
 162       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 163         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 164       }\r
 165 \r
 166     }\r
 167   }\r
 168   public Object findElement(int x, int y) {\r
 169        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 170 \r
 171     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 172             Object ob = keys.nextElement();\r
 173             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 174 \r
 175             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 176               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 177               return ob;\r
 178             }\r
 179   }\r
 180   keys = nodeHash.keys();\r
 181 \r
 182     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 183             Object ob = keys.nextElement();\r
 184             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 185 \r
 186             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 187               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 188               return ob;\r
 189             }\r
 190     }\r
 191       return null;\r
 192 \r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void pickNodes(Rectangle pickBox, Selection sel) {\r
 196     int width  = getWidth();\r
 197     int height = getHeight();\r
 198 \r
 199     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 200 \r
 201     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 202 ;\r
 203     if (top.count == 0) {\r
 204       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 205     }\r
 206     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 207 \r
 208     pickNode(pickBox,sel,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 209   }\r
 210 \r
 211   public void pickNode(Rectangle pickBox, Selection sel, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 212     if (node == null) {\r
 213       return;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 217       float height = node.height;\r
 218       float dist   = node.dist;\r
 219 \r
 220       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 221       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 222 \r
 223       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 224 \r
 225       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 226         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 227           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 228           if (sel.contains(seq)) {\r
 229             sel.removeElement(seq);\r
 230           } else {\r
 231             sel.addElement(seq);\r
 232           }\r
 233         }\r
 234       }\r
 235     } else {\r
 236       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 237       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 238     }\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void setColor(SequenceNode node, Color c) {\r
 242     if (node == null) {\r
 243       return;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 247       node.color = c;\r
 248 \r
 249       if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 250           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 251       }\r
 252     } else {\r
 253       node.color = c;\r
 254       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 255       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 256     }\r
 257   }\r
 258 \r
 259 \r
 260   public void paintComponent(Graphics g) {\r
 261 \r
 262 \r
 263     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 264     g.setFont(font);\r
 265 \r
 266     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 267 \r
 268     if(nameHash.size()==0)\r
 269       repaint();\r
 270 \r
 271 \r
 272     if( scrollPane.getHeight() > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy)\r
 273      {\r
 274          draw(g,scrollPane.getWidth(),scrollPane.getHeight());\r
 275          setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight()));\r
 276      }\r
 277     else\r
 278      {\r
 279          setPreferredSize(new Dimension(getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 280          draw( g,getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 281      }\r
 282 \r
 283 \r
 284     if (threshold != 0)\r
 285     {\r
 286         g.setColor(Color.red);\r
 287         g.drawLine(threshold,0,threshold,getHeight());\r
 288     }\r
 289 \r
 290     scrollPane.revalidate();\r
 291   }\r
 292     public int getFontSize() {\r
 293         return fontSize;\r
 294     }\r
 295     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 296         this.fontSize = fontSize;\r
 297         repaint();\r
 298     }\r
 299   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 300       g.setColor(Color.white);\r
 301       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 302 \r
 303 \r
 304       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 305 \r
 306       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 307 \r
 308       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 309 \r
 310       if (top.count == 0) {\r
 311           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 312       }\r
 313       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 314 \r
 315       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 316   }\r
 317 \r
 318   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 319   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 320   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 321   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 325       int x = e.getX();\r
 326       int y = e.getY();\r
 327 \r
 328       Object ob = findElement(x,y);\r
 329 \r
 330       if (ob instanceof SequenceI)\r
 331       {\r
 332           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 333           repaint();\r
 334           return;\r
 335 \r
 336       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 337           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 338           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 339           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 340           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 341       } else {\r
 342           // Find threshold\r
 343 \r
 344           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 345               float fthreshold = (float)(x - offx)/(float)(getWidth()-labelLength - 2*offx);\r
 346               this.threshold = x;\r
 347               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 348               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),fthreshold);\r
 349               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 350 \r
 351               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++) {\r
 352 \r
 353                   int tmp = i%(7);\r
 354                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 355                                         (int)(Math.random()*255),\r
 356                                         (int)(Math.random()*255));\r
 357 \r
 358                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 359 \r
 360                   // l is vector of Objects\r
 361                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 362 \r
 363               }\r
 364           }\r
 365       }\r
 366 \r
 367       repaint();\r
 368 \r
 369   }\r
 370 \r
 371     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 372         this.showDistances = state;\r
 373         repaint();\r
 374     }\r
 375 \r
 376     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 377       this.showBootstrap = state;\r
 378       repaint();\r
 379     }\r
 380 \r
 381 }\r
 382 \r