src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  34 import jalview.structure.SelectionSource;
  35 import jalview.util.Format;
  36 import jalview.util.MappingUtils;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Dimension;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Point;
  46 import java.awt.Rectangle;
  47 import java.awt.RenderingHints;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.awt.print.PageFormat;
  52 import java.awt.print.Printable;
  53 import java.awt.print.PrinterException;
  54 import java.awt.print.PrinterJob;
  55 import java.util.Enumeration;
  56 import java.util.Hashtable;
  57 import java.util.Vector;
  58
  59 import javax.swing.JColorChooser;
  60 import javax.swing.JPanel;
  61 import javax.swing.JScrollPane;
  62 import javax.swing.SwingUtilities;
  63 import javax.swing.ToolTipManager;
  64
  65 /**
  66  * DOCUMENT ME!
  67  *
  68  * @author $author$
  69  * @version $Revision$
  70  */
  71 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
  72         Printable, MouseMotionListener, SelectionSource
  73 {
  74   /** DOCUMENT ME!! */
  75   public static final String PLACEHOLDER = " * ";
  76
  77   NJTree tree;
  78
  79   JScrollPane scrollPane;
  80
  81   TreePanel tp;
  82
  83   AlignViewport av;
  84
  85   AlignmentPanel ap;
  86
  87   Font font;
  88
  89   FontMetrics fm;
  90
  91   boolean fitToWindow = true;
  92
  93   boolean showDistances = false;
  94
  95   boolean showBootstrap = false;
  96
  97   boolean markPlaceholders = false;
  98
  99   int offx = 20;
 100
 101   int offy;
 102
 103   float threshold;
 104
 105   String longestName;
 106
 107   int labelLength = -1;
 108
 109   Hashtable nameHash = new Hashtable();
 110
 111   Hashtable nodeHash = new Hashtable();
 112
 113   SequenceNode highlightNode;
 114
 115   boolean applyToAllViews = false;
 116
 117   /**
 118    * Creates a new TreeCanvas object.
 119    *
 120    * @param av
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    * @param tree
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param scroller
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param label
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    */
 129   public TreeCanvas(TreePanel tp, AlignmentPanel ap, JScrollPane scroller)
 130   {
 131     this.tp = tp;
 132     this.av = ap.av;
 133     this.ap = ap;
 134     font = av.getFont();
 135     scrollPane = scroller;
 136     addMouseListener(this);
 137     addMouseMotionListener(this);
 138     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 139   }
 140
 141   /**
 142    * DOCUMENT ME!
 143    *
 144    * @param sequence
 145    *          DOCUMENT ME!
 146    */
 147   public void treeSelectionChanged(SequenceI sequence)
 148   {
 149     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 150
 151     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 152     {
 153       SequenceGroup selected = aps[a].av.getSelectionGroup();
 154
 155       if (selected == null)
 156       {
 157         selected = new SequenceGroup();
 158         aps[a].av.setSelectionGroup(selected);
 159       }
 160
 161       selected.setEndRes(aps[a].av.getAlignment().getWidth() - 1);
 162       selected.addOrRemove(sequence, true);
 163     }
 164   }
 165
 166   /**
 167    * DOCUMENT ME!
 168    *
 169    * @param tree
 170    *          DOCUMENT ME!
 171    */
 172   public void setTree(NJTree tree)
 173   {
 174     this.tree = tree;
 175     tree.findHeight(tree.getTopNode());
 176
 177     // Now have to calculate longest name based on the leaves
 178     Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());
 179     boolean has_placeholders = false;
 180     longestName = "";
 181
 182     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 183     {
 184       SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);
 185
 186       if (lf.isPlaceholder())
 187       {
 188         has_placeholders = true;
 189       }
 190
 191       if (longestName.length() < ((Sequence) lf.element()).getName()
 192               .length())
 193       {
 194         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER
 195                 + ((Sequence) lf.element()).getName();
 196       }
 197     }
 198
 199     setMarkPlaceholders(has_placeholders);
 200   }
 201
 202   /**
 203    * DOCUMENT ME!
 204    *
 205    * @param g
 206    *          DOCUMENT ME!
 207    * @param node
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    * @param chunk
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    * @param scale
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param width
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param offx
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    * @param offy
 218    *          DOCUMENT ME!
 219    */
 220   public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,
 221           float scale, int width, int offx, int offy)
 222   {
 223     if (node == null)
 224     {
 225       return;
 226     }
 227
 228     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 229     {
 230       // Drawing leaf node
 231       float height = node.height;
 232       float dist = node.dist;
 233
 234       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 235       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 236
 237       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 238
 239       if (node.element() instanceof SequenceI)
 240       {
 241         SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 242
 243         if (av.getSequenceColour(seq) == Color.white)
 244         {
 245           g.setColor(Color.black);
 246         }
 247         else
 248         {
 249           g.setColor(av.getSequenceColour(seq).darker());
 250         }
 251       }
 252       else
 253       {
 254         g.setColor(Color.black);
 255       }
 256
 257       // Draw horizontal line
 258       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 259
 260       String nodeLabel = "";
 261
 262       if (showDistances && (node.dist > 0))
 263       {
 264         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 265       }
 266
 267       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 268       {
 269         if (showDistances)
 270         {
 271           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 272         }
 273
 274         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 275       }
 276
 277       if (!nodeLabel.equals(""))
 278       {
 279         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 280       }
 281
 282       String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder()) ? (PLACEHOLDER + node
 283               .getName()) : node.getName();
 284
 285       int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;
 286       int charHeight = font.getSize();
 287
 288       Rectangle rect = new Rectangle(xend + 10, ypos - charHeight / 2,
 289               charWidth, charHeight);
 290
 291       nameHash.put(node.element(), rect);
 292
 293       // Colour selected leaves differently
 294       SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();
 295
 296       if ((selected != null)
 297               && selected.getSequences(null).contains(node.element()))
 298       {
 299         g.setColor(Color.gray);
 300
 301         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight / 2, charWidth, charHeight);
 302         g.setColor(Color.white);
 303       }
 304
 305       g.drawString(name, xend + 10, ypos + fm.getDescent());
 306       g.setColor(Color.black);
 307     }
 308     else
 309     {
 310       drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,
 311               offy);
 312       drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,
 313               offy);
 314
 315       float height = node.height;
 316       float dist = node.dist;
 317
 318       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 319       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 320       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 321
 322       g.setColor(node.color.darker());
 323
 324       // Draw horizontal line
 325       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 326       if (node == highlightNode)
 327       {
 328         g.fillRect(xend - 3, ypos - 3, 6, 6);
 329       }
 330       else
 331       {
 332         g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);
 333       }
 334
 335       int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk)
 336               + offy;
 337       int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk)
 338               + offy;
 339
 340       Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);
 341       nodeHash.put(node, pos);
 342
 343       g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,
 344               (int) (height * scale) + offx, yend);
 345
 346       String nodeLabel = "";
 347
 348       if (showDistances && (node.dist > 0))
 349       {
 350         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 351       }
 352
 353       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 354       {
 355         if (showDistances)
 356         {
 357           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 358         }
 359
 360         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 361       }
 362
 363       if (!nodeLabel.equals(""))
 364       {
 365         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 366       }
 367     }
 368   }
 369
 370   /**
 371    * DOCUMENT ME!
 372    *
 373    * @param x
 374    *          DOCUMENT ME!
 375    * @param y
 376    *          DOCUMENT ME!
 377    *
 378    * @return DOCUMENT ME!
 379    */
 380   public Object findElement(int x, int y)
 381   {
 382     Enumeration keys = nameHash.keys();
 383
 384     while (keys.hasMoreElements())
 385     {
 386       Object ob = keys.nextElement();
 387       Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);
 388
 389       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 390               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 391       {
 392         return ob;
 393       }
 394     }
 395
 396     keys = nodeHash.keys();
 397
 398     while (keys.hasMoreElements())
 399     {
 400       Object ob = keys.nextElement();
 401       Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);
 402
 403       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 404               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 405       {
 406         return ob;
 407       }
 408     }
 409
 410     return null;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * DOCUMENT ME!
 415    *
 416    * @param pickBox
 417    *          DOCUMENT ME!
 418    */
 419   public void pickNodes(Rectangle pickBox)
 420   {
 421     int width = getWidth();
 422     int height = getHeight();
 423
 424     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 425
 426     float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2))
 427             / tree.getMaxHeight();
 428
 429     if (top.count == 0)
 430     {
 431       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 432               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 433     }
 434
 435     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 436
 437     pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);
 438   }
 439
 440   /**
 441    * DOCUMENT ME!
 442    *
 443    * @param pickBox
 444    *          DOCUMENT ME!
 445    * @param node
 446    *          DOCUMENT ME!
 447    * @param chunk
 448    *          DOCUMENT ME!
 449    * @param scale
 450    *          DOCUMENT ME!
 451    * @param width
 452    *          DOCUMENT ME!
 453    * @param offx
 454    *          DOCUMENT ME!
 455    * @param offy
 456    *          DOCUMENT ME!
 457    */
 458   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,
 459           float scale, int width, int offx, int offy)
 460   {
 461     if (node == null)
 462     {
 463       return;
 464     }
 465
 466     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 467     {
 468       float height = node.height;
 469       float dist = node.dist;
 470
 471       int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;
 472       int xend = (int) (height * scale) + offx;
 473
 474       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 475
 476       if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))
 477       {
 478         if (node.element() instanceof SequenceI)
 479         {
 480           SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 481           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 482
 483           if (sg != null)
 484           {
 485             sg.addOrRemove(seq, true);
 486           }
 487         }
 488       }
 489     }
 490     else
 491     {
 492       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,
 493               offx, offy);
 494       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,
 495               offx, offy);
 496     }
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @param node
 503    *          DOCUMENT ME!
 504    * @param c
 505    *          DOCUMENT ME!
 506    */
 507   public void setColor(SequenceNode node, Color c)
 508   {
 509     if (node == null)
 510     {
 511       return;
 512     }
 513
 514     if ((node.left() == null) && (node.right() == null)) // TODO: internal node
 515     {
 516       node.color = c;
 517
 518       if (node.element() instanceof SequenceI)
 519       {
 520         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 521         if (aps != null)
 522         {
 523           for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 524           {
 525             final SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 526             aps[a].av.setSequenceColour(seq, c);
 527           }
 528         }
 529       }
 530     }
 531     else
 532     {
 533       node.color = c;
 534       setColor((SequenceNode) node.left(), c);
 535       setColor((SequenceNode) node.right(), c);
 536     }
 537   }
 538
 539   /**
 540    * DOCUMENT ME!
 541    */
 542   void startPrinting()
 543   {
 544     Thread thread = new Thread(this);
 545     thread.start();
 546   }
 547
 548   // put printing in a thread to avoid painting problems
 549   public void run()
 550   {
 551     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 552     PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 553
 554     printJob.setPrintable(this, pf);
 555
 556     if (printJob.printDialog())
 557     {
 558       try
 559       {
 560         printJob.print();
 561       } catch (Exception PrintException)
 562       {
 563         PrintException.printStackTrace();
 564       }
 565     }
 566   }
 567
 568   /**
 569    * DOCUMENT ME!
 570    *
 571    * @param pg
 572    *          DOCUMENT ME!
 573    * @param pf
 574    *          DOCUMENT ME!
 575    * @param pi
 576    *          DOCUMENT ME!
 577    *
 578    * @return DOCUMENT ME!
 579    *
 580    * @throws PrinterException
 581    *           DOCUMENT ME!
 582    */
 583   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 584           throws PrinterException
 585   {
 586     pg.setFont(font);
 587     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 588
 589     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 590     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 591
 592     int noPages = getHeight() / pheight;
 593
 594     if (pi > noPages)
 595     {
 596       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 597     }
 598
 599     if (pwidth > getWidth())
 600     {
 601       pwidth = getWidth();
 602     }
 603
 604     if (fitToWindow)
 605     {
 606       if (pheight > getHeight())
 607       {
 608         pheight = getHeight();
 609       }
 610
 611       noPages = 0;
 612     }
 613     else
 614     {
 615       FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);
 616       int height = fm.getHeight() * nameHash.size();
 617       pg.translate(0, -pi * pheight);
 618       pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);
 619
 620       // translate number of pages,
 621       // height is screen size as this is the
 622       // non overlapping text size
 623       pheight = height;
 624     }
 625
 626     draw(pg, pwidth, pheight);
 627
 628     return Printable.PAGE_EXISTS;
 629   }
 630
 631   /**
 632    * DOCUMENT ME!
 633    *
 634    * @param g
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    */
 637   public void paintComponent(Graphics g)
 638   {
 639     super.paintComponent(g);
 640     g.setFont(font);
 641
 642     if (tree == null)
 643     {
 644       g.drawString(MessageManager.getString("label.calculating_tree")
 645               + "....", 20, getHeight() / 2);
 646     }
 647     else
 648     {
 649       fm = g.getFontMetrics(font);
 650
 651       if (nameHash.size() == 0)
 652       {
 653         repaint();
 654       }
 655
 656       if (fitToWindow
 657               || (!fitToWindow && (scrollPane.getHeight() > ((fm
 658                       .getHeight() * nameHash.size()) + offy))))
 659       {
 660         draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());
 661         setPreferredSize(null);
 662       }
 663       else
 664       {
 665         setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),
 666                 fm.getHeight() * nameHash.size()));
 667         draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());
 668       }
 669
 670       scrollPane.revalidate();
 671     }
 672   }
 673
 674   /**
 675    * DOCUMENT ME!
 676    *
 677    * @param fontSize
 678    *          DOCUMENT ME!
 679    */
 680   public void setFont(Font font)
 681   {
 682     this.font = font;
 683     repaint();
 684   }
 685
 686   /**
 687    * DOCUMENT ME!
 688    *
 689    * @param g1
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    * @param width
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    * @param height
 694    *          DOCUMENT ME!
 695    */
 696   public void draw(Graphics g1, int width, int height)
 697   {
 698     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;
 699     g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 700             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 701     g2.setColor(Color.white);
 702     g2.fillRect(0, 0, width, height);
 703     g2.setFont(font);
 704
 705     if (longestName == null || tree == null)
 706     {
 707       g2.drawString("Calculating tree.", 20, 20);
 708     }
 709     offy = font.getSize() + 10;
 710
 711     fm = g2.getFontMetrics(font);
 712
 713     labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; // 20 allows for scrollbar
 714
 715     float wscale = (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();
 716
 717     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 718
 719     if (top.count == 0)
 720     {
 721       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 722               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 723     }
 724
 725     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 726
 727     drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);
 728
 729     if (threshold != 0)
 730     {
 731       if (av.getCurrentTree() == tree)
 732       {
 733         g2.setColor(Color.red);
 734       }
 735       else
 736       {
 737         g2.setColor(Color.gray);
 738       }
 739
 740       int x = (int) ((threshold * (getWidth() - labelLength - (2 * offx))) + offx);
 741
 742       g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());
 743     }
 744   }
 745
 746   /**
 747    * DOCUMENT ME!
 748    *
 749    * @param e
 750    *          DOCUMENT ME!
 751    */
 752   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 753   {
 754   }
 755
 756   /**
 757    * DOCUMENT ME!
 758    *
 759    * @param e
 760    *          DOCUMENT ME!
 761    */
 762   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 763   {
 764   }
 765
 766   /**
 767    * DOCUMENT ME!
 768    *
 769    * @param e
 770    *          DOCUMENT ME!
 771    */
 772   public void mouseExited(MouseEvent e)
 773   {
 774   }
 775
 776   /**
 777    * DOCUMENT ME!
 778    *
 779    * @param e
 780    *          DOCUMENT ME!
 781    */
 782   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 783   {
 784     if (highlightNode != null)
 785     {
 786       if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 787       {
 788         Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 789                 MessageManager.getString("label.select_subtree_colour"),
 790                 highlightNode.color);
 791         if (col != null)
 792         {
 793           setColor(highlightNode, col);
 794         }
 795       }
 796       else if (evt.getClickCount() > 1)
 797       {
 798         tree.swapNodes(highlightNode);
 799         tree.reCount(tree.getTopNode());
 800         tree.findHeight(tree.getTopNode());
 801       }
 802       else
 803       {
 804         Vector leaves = new Vector();
 805         tree.findLeaves(highlightNode, leaves);
 806
 807         for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 808         {
 809           SequenceI seq = (SequenceI) ((SequenceNode) leaves.elementAt(i))
 810                   .element();
 811           treeSelectionChanged(seq);
 812         }
 813         av.sendSelection();
 814       }
 815
 816       PaintRefresher.Refresh(tp, av.getSequenceSetId());
 817       repaint();
 818     }
 819   }
 820
 821   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 822   {
 823     av.setCurrentTree(tree);
 824
 825     Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());
 826
 827     if (ob instanceof SequenceNode)
 828     {
 829       highlightNode = (SequenceNode) ob;
 830       this.setToolTipText("<html>"
 831               + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
 832       repaint();
 833
 834     }
 835     else
 836     {
 837       if (highlightNode != null)
 838       {
 839         highlightNode = null;
 840         setToolTipText(null);
 841         repaint();
 842       }
 843     }
 844   }
 845
 846   public void mouseDragged(MouseEvent ect)
 847   {
 848   }
 849
 850   /**
 851    * DOCUMENT ME!
 852    *
 853    * @param e
 854    *          DOCUMENT ME!
 855    */
 856   public void mousePressed(MouseEvent e)
 857   {
 858     av.setCurrentTree(tree);
 859
 860     int x = e.getX();
 861     int y = e.getY();
 862
 863     Object ob = findElement(x, y);
 864
 865     if (ob instanceof SequenceI)
 866     {
 867       treeSelectionChanged((Sequence) ob);
 868       PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 869       repaint();
 870       av.sendSelection();
 871       return;
 872     }
 873     else if (!(ob instanceof SequenceNode))
 874     {
 875       // Find threshold
 876       if (tree.getMaxHeight() != 0)
 877       {
 878         threshold = (float) (x - offx)
 879                 / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
 880
 881         tree.getGroups().removeAllElements();
 882         tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);
 883         setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
 884
 885         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 886
 887         // TODO push calls below into a single AlignViewportI method?
 888         // see also AlignViewController.deleteGroups
 889         for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 890         {
 891           aps[a].av.setSelectionGroup(null);
 892           aps[a].av.getAlignment().deleteAllGroups();
 893           aps[a].av.clearSequenceColours();
 894         }
 895         if (av.getCodingComplement() != null)
 896         {
 897           av.getCodingComplement().setSelectionGroup(null);
 898           av.getCodingComplement().getAlignment().deleteAllGroups();
 899           av.getCodingComplement().clearSequenceColours();
 900         }
 901         colourGroups();
 902       }
 903
 904       PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 905       repaint();
 906     }
 907
 908   }
 909
 910   void colourGroups()
 911   {
 912     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 913     for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)
 914     {
 915       Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 916               (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 917       setColor((SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i), col.brighter());
 918
 919       Vector l = tree.findLeaves(
 920               (SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i), new Vector());
 921
 922       Vector sequences = new Vector();
 923
 924       for (int j = 0; j < l.size(); j++)
 925       {
 926         SequenceI s1 = (SequenceI) ((SequenceNode) l.elementAt(j))
 927                 .element();
 928
 929         if (!sequences.contains(s1))
 930         {
 931           sequences.addElement(s1);
 932         }
 933       }
 934
 935       ColourSchemeI cs = null;
 936       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences, null, cs, true, true,
 937               false, 0, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 938
 939       if (av.getGlobalColourScheme() != null)
 940       {
 941         if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)
 942         {
 943           cs = new UserColourScheme(
 944                   ((UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme())
 945                           .getColours());
 946
 947         }
 948         else
 949         {
 950           cs = ColourSchemeProperty.getColour(sg, ColourSchemeProperty
 951                   .getColourName(av.getGlobalColourScheme()));
 952         }
 953         // cs is null if shading is an annotationColourGradient
 954         if (cs != null)
 955         {
 956           cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),
 957                   av.isIgnoreGapsConsensus());
 958         }
 959       }
 960       sg.cs = cs;
 961       // sg.recalcConservation();
 962       sg.setName("JTreeGroup:" + sg.hashCode());
 963       sg.setIdColour(col);
 964
 965       for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 966       {
 967         if (aps[a].av.getGlobalColourScheme() != null
 968                 && aps[a].av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())
 969         {
 970           Conservation c = new Conservation("Group",
 971                   ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(null),
 972                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes());
 973
 974           c.calculate();
 975           c.verdict(false, aps[a].av.getConsPercGaps());
 976           sg.cs.setConservation(c);
 977         }
 978
 979         aps[a].av.getAlignment().addGroup(new SequenceGroup(sg));
 980       }
 981
 982       // TODO can we push all of the below into AlignViewportI?
 983       av.getAlignment().addGroup(sg);
 984       final AlignViewportI codingComplement = av.getCodingComplement();
 985       if (codingComplement != null)
 986       {
 987         SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, av,
 988                 codingComplement);
 989         if (mappedGroup.getSequences().size() > 0)
 990         {
 991           codingComplement.getAlignment().addGroup(mappedGroup);
 992           for (SequenceI seq : mappedGroup.getSequences())
 993           {
 994             codingComplement.setSequenceColour(seq, col.brighter());
 995           }
 996         }
 997       }
 998     }
 999
1000     // notify the panel to redo any group specific stuff.
1001     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
1002     {
1003       aps[a].updateAnnotation();
1004       // TODO: JAL-868 - need to ensure view colour change message is broadcast
1005       // to any Jmols listening in
1006     }
1007
1008     if (av.getCodingComplement() != null)
1009     {
1010       ((AlignViewport) av.getCodingComplement()).getAlignPanel()
1011               .updateAnnotation();
1012       /*
1013        * idPanel. repaint ()
1014        */
1015     }
1016   }
1017
1018   /**
1019    * DOCUMENT ME!
1020    *
1021    * @param state
1022    *          DOCUMENT ME!
1023    */
1024   public void setShowDistances(boolean state)
1025   {
1026     this.showDistances = state;
1027     repaint();
1028   }
1029
1030   /**
1031    * DOCUMENT ME!
1032    *
1033    * @param state
1034    *          DOCUMENT ME!
1035    */
1036   public void setShowBootstrap(boolean state)
1037   {
1038     this.showBootstrap = state;
1039     repaint();
1040   }
1041
1042   /**
1043    * DOCUMENT ME!
1044    *
1045    * @param state
1046    *          DOCUMENT ME!
1047    */
1048   public void setMarkPlaceholders(boolean state)
1049   {
1050     this.markPlaceholders = state;
1051     repaint();
1052   }
1053
1054   AlignmentPanel[] getAssociatedPanels()
1055   {
1056     if (applyToAllViews)
1057     {
1058       return PaintRefresher.getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
1059     }
1060     else
1061     {
1062       return new AlignmentPanel[] { ap };
1063     }
1064   }
1065 }