src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class ClustalFile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   Vector ids;\r
  12 \r
  13   public ClustalFile()\r
  14   {}\r
  15 \r
  16   public ClustalFile(String inStr) {\r
  17     super(inStr);\r
  18   }\r
  19 \r
  20 \r
  21   public void initData() {\r
  22     super.initData();\r
  23     ids = new Vector();\r
  24   }\r
  25 \r
  26   public ClustalFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  27     super(inFile,type);\r
  28   }\r
  29 \r
  30   public void parse() {\r
  31     int     i    = 0;\r
  32     boolean flag = false;\r
  33 \r
  34     Vector    headers = new Vector();\r
  35     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  36 \r
  37     String line;\r
  38 \r
  39     try {\r
  40       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  41         if (line.indexOf(" ") != 0) {\r
  42           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  43           String id = "";\r
  44 \r
  45           if (str.hasMoreTokens()) {\r
  46             id = str.nextToken();\r
  47             if (id.equals("CLUSTAL")) {\r
  48               flag = true;\r
  49             } else {\r
  50               if (flag) {\r
  51                 StringBuffer tempseq;\r
  52                 if (seqhash.containsKey(id)) {\r
  53                   tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(id);\r
  54                 } else {\r
  55                   tempseq = new StringBuffer();\r
  56                   seqhash.put(id,tempseq);\r
  57                 }\r
  58 \r
  59                 if (!(headers.contains(id))) {\r
  60                   headers.addElement(id);\r
  61                 }\r
  62 \r
  63                 tempseq.append(str.nextToken());\r
  64               }\r
  65             }\r
  66           }\r
  67         }\r
  68       }\r
  69     } catch (IOException e) {\r
  70       System.out.println("Exception parsing clustal file " + e);\r
  71     }\r
  72 \r
  73     if (flag) {\r
  74       this.noSeqs = headers.size();\r
  75 \r
  76       //Add sequences to the hash\r
  77       for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  78         int start = -1;\r
  79         int end   = -1;\r
  80 \r
  81         if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  82           if (maxLength <  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length() ) {\r
  83             maxLength =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  84           }\r
  85           String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
  86           start = 1;\r
  87           end   =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  88 \r
  89           if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
  90             StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
  91             if (st.countTokens() == 2) {\r
  92 \r
  93               ids.addElement(st.nextToken());\r
  94 \r
  95               String tmp = st.nextToken();\r
  96               st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  97               if (st.countTokens() == 2) {\r
  98                 start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  99                 end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 100               }\r
 101             } else {\r
 102               ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 103             }\r
 104           }  else {\r
 105             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 106 \r
 107           }\r
 108           Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 109                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),start,end);\r
 110 \r
 111           seqs.addElement(newSeq);\r
 112 \r
 113         } else {\r
 114           System.out.println("Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 115         }\r
 116       }\r
 117     }\r
 118 \r
 119   }\r
 120 \r
 121   public String print() {\r
 122     return print(getSeqsAsArray());\r
 123   }\r
 124   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 125     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");\r
 126 \r
 127     int max = 0;\r
 128     int maxid = 0;\r
 129 \r
 130     int i = 0;\r
 131 \r
 132     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 133       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();\r
 134 \r
 135       if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 136         max = s[i].getSequence().length();\r
 137       }\r
 138       if (tmp.length() > maxid) {\r
 139         maxid = tmp.length();\r
 140       }\r
 141       i++;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     if (maxid < 15) {\r
 145       maxid = 15;\r
 146     }\r
 147     maxid++;\r
 148     int len = 60;\r
 149     int nochunks =  max / len + 1;\r
 150 \r
 151     for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 152       int j = 0;\r
 153       while ( j < s.length && s[j] != null) {\r
 154         out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 155         int start = i*len;\r
 156         int end = start + len;\r
 157 \r
 158         if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() ) {\r
 159           out.append(s[j].getSequence().substring(start,end) + "\n");\r
 160         } else {\r
 161           if (start < s[j].getSequence().length()) {\r
 162             out.append(s[j].getSequence().substring(start) + "\n");\r
 163           }\r
 164         }\r
 165         j++;\r
 166       }\r
 167       out.append("\n");\r
 168 \r
 169     }\r
 170     return out.toString();\r
 171   }\r
 172 \r
 173 \r
 174 }\r