src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class ClustalFile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   Vector ids;\r
  12 \r
  13   public ClustalFile()\r
  14   {}\r
  15 \r
  16   public ClustalFile(String inStr) {\r
  17     super(inStr);\r
  18   }\r
  19 \r
  20 \r
  21   public void initData() {\r
  22     super.initData();\r
  23     ids = new Vector();\r
  24   }\r
  25 \r
  26   public ClustalFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  27     super(inFile,type);\r
  28   }\r
  29 \r
  30   public void parse() {\r
  31     int     i    = 0;\r
  32     boolean flag = false;\r
  33 \r
  34     Vector    headers = new Vector();\r
  35     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  36 \r
  37     String line;\r
  38 \r
  39     try {\r
  40       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  41         if (line.indexOf(" ") != 0) {\r
  42           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  43           String id = "";\r
  44 \r
  45           if (str.hasMoreTokens()) {\r
  46             id = str.nextToken();\r
  47             if (id.equals("CLUSTAL")) {\r
  48               flag = true;\r
  49             } else {\r
  50               if (flag) {\r
  51                 StringBuffer tempseq;\r
  52                 if (seqhash.containsKey(id)) {\r
  53                   tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(id);\r
  54                 } else {\r
  55                   tempseq = new StringBuffer();\r
  56                   seqhash.put(id,tempseq);\r
  57                 }\r
  58 \r
  59                 if (!(headers.contains(id))) {\r
  60                   headers.addElement(id);\r
  61                 }\r
  62 \r
  63                 tempseq.append(str.nextToken());\r
  64               }\r
  65             }\r
  66           }\r
  67         }\r
  68       }\r
  69     } catch (IOException e) {\r
  70       System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);\r
  71       e.stacktrace();\r
  72     }\r
  73 \r
  74     if (flag) {\r
  75       this.noSeqs = headers.size();\r
  76 \r
  77       //Add sequences to the hash\r
  78       for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  79         int start = -1;\r
  80         int end   = -1;\r
  81 \r
  82         if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  83           if (maxLength <  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length() ) {\r
  84             maxLength =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  85           }\r
  86           String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
  87           start = 1;\r
  88           end   =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  89 \r
  90           if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
  91             StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
  92             if (st.countTokens() == 2) {\r
  93 \r
  94               ids.addElement(st.nextToken());\r
  95 \r
  96               String tmp = st.nextToken();\r
  97               st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  98               if (st.countTokens() == 2) {\r
  99                 start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 100                 end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 101               }\r
 102             } else {\r
 103               ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 104             }\r
 105           }  else {\r
 106             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 107 \r
 108           }\r
 109           Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 110                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),start,end);\r
 111 \r
 112           seqs.addElement(newSeq);\r
 113 \r
 114         } else {\r
 115           System.err.println("Clustal File Reader: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 116         }\r
 117       }\r
 118     }\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   public String print() {\r
 123     return print(getSeqsAsArray());\r
 124   }\r
 125   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 126     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");\r
 127 \r
 128     int max = 0;\r
 129     int maxid = 0;\r
 130 \r
 131     int i = 0;\r
 132 \r
 133     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 134       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();\r
 135 \r
 136       if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 137         max = s[i].getSequence().length();\r
 138       }\r
 139       if (tmp.length() > maxid) {\r
 140         maxid = tmp.length();\r
 141       }\r
 142       i++;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     if (maxid < 15) {\r
 146       maxid = 15;\r
 147     }\r
 148     maxid++;\r
 149     int len = 60;\r
 150     int nochunks =  max / len + 1;\r
 151 \r
 152     for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 153       int j = 0;\r
 154       while ( j < s.length && s[j] != null) {\r
 155         out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 156         int start = i*len;\r
 157         int end = start + len;\r
 158 \r
 159         if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() ) {\r
 160           out.append(s[j].getSequence().substring(start,end) + "\n");\r
 161         } else {\r
 162           if (start < s[j].getSequence().length()) {\r
 163             out.append(s[j].getSequence().substring(start) + "\n");\r
 164           }\r
 165         }\r
 166         j++;\r
 167       }\r
 168       out.append("\n");\r
 169 \r
 170     }\r
 171     return out.toString();\r
 172   }\r
 173 \r
 174 \r
 175 }\r