src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.net.*;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class IdentifyFile
  30 {
  31   /**
  32    * Identify a datasource's file content.
  33    *
  34    * @note Do not use this method for stream sources - create a FileParse object
  35    *       instead.
  36    *
  37    * @param file
  38    *          DOCUMENT ME!
  39    * @param protocol
  40    *          DOCUMENT ME!
  41    * @return ID String
  42    */
  43   public String Identify(String file, String protocol)
  44   {
  45     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  46     FileParse parser = null;
  47     try
  48     {
  49       parser = new FileParse(file, protocol);
  50       if (parser.isValid())
  51       {
  52         return Identify(parser);
  53       }
  54     } catch (Exception e)
  55     {
  56       System.err.println("Error whilst identifying");
  57       e.printStackTrace(System.err);
  58       emessage = e.getMessage();
  59     }
  60     if (parser != null)
  61       return parser.errormessage;
  62     return emessage;
  63   }
  64
  65   public String Identify(FileParse source)
  66   {
  67     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to
  68     // version 2.3
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start
  73    * afterwards.
  74    *
  75    * @param source
  76    * @param closeSource
  77    * @return filetype string
  78    */
  79   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource)
  80   {
  81     String reply = "PFAM";
  82     String data;
  83     int length = 0;
  84     boolean lineswereskipped = false;
  85     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable
  86     // characters are encountered
  87     try
  88     {
  89       if (!closeSource)
  90       {
  91         source.mark();
  92       }
  93       while ((data = source.nextLine()) != null)
  94       {
  95         length += data.length();
  96         if (!lineswereskipped)
  97         {
  98           for (int i = 0; !isBinary && i < data.length(); i++)
  99           {
 100             char c = data.charAt(i);
 101             isBinary = (c < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r'
 102                     && c != 5 && c != 27); // nominal binary character filter
 103             // excluding CR, LF, tab,DEL and ^E
 104             // for certain blast ids
 105           }
 106         }
 107         if (isBinary)
 108         {
 109           // jar files are special - since they contain all sorts of random
 110           // characters.
 111           if (source.inFile != null)
 112           {
 113             String fileStr = source.inFile.getName();
 114             // possibly a Jalview archive.
 115             if (fileStr.lastIndexOf(".jar") > -1
 116                     || fileStr.lastIndexOf(".zip") > -1)
 117             {
 118               reply = "Jalview";
 119             }
 120           }
 121           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK"))
 122           {
 123             reply = "Jalview"; // archive.
 124             break;
 125           }
 126         }
 127         data = data.toUpperCase();
 128
 129         if ((data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1))
 130         {
 131           reply = "STH";
 132
 133           break;
 134         }
 135
 136         if ((data.indexOf(">") > -1))
 137         {
 138           reply = "RNAML";
 139           System.out.println("This is a RNAML format");
 140           break;
 141         }
 142
 143         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 144         {
 145           lineswereskipped = true;
 146           continue;
 147         }
 148
 149         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 150         {
 151           reply = "PileUp";
 152
 153           break;
 154         }
 155
 156         if ((data.indexOf("//") == 0)
 157                 || ((data.indexOf("!!") > -1) && (data.indexOf("!!") < data
 158                         .indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 159         {
 160           reply = "MSF";
 161
 162           break;
 163         }
 164         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 165         {
 166           reply = "CLUSTAL";
 167
 168           break;
 169         }
 170
 171
 172         else if (data.indexOf(">") > -1)
 173         {
 174           // FASTA, PIR file or BLC file
 175           boolean checkPIR = false,starterm=false;
 176           if ((data.indexOf(">P1;") > -1) || (data.indexOf(">DL;") > -1))
 177           {
 178             // watch for PIR file attributes
 179             checkPIR = true;
 180             reply = "PIR";
 181           }
 182           // could also be BLC file, read next line to confirm
 183           data = source.nextLine();
 184
 185           if (data.indexOf(">") > -1)
 186           {
 187             reply = "BLC";
 188           }
 189           else
 190           {
 191             // Is this a single line BLC file?
 192             String data1 = source.nextLine();
 193             String data2 = source.nextLine();
 194             if (checkPIR)
 195             {
 196               starterm = (data1!=null && data1.indexOf("*")>-1) || (data2!=null && data2.indexOf("*")>-1);
 197             }
 198             if (data2 != null && data.indexOf("*") > -1)
 199             {
 200               if (data.indexOf("*") == data2.indexOf("*"))
 201               {
 202                 reply = "BLC";
 203               }
 204               // otherwise can still possibly be a PIR file
 205             }
 206             else
 207             {
 208               reply = "FASTA";
 209               // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the
 210               // FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the
 211               // mo.
 212               if (!checkPIR) {
 213                 break;
 214               }
 215             }
 216           }
 217           // final check for PIR content. require
 218           // >P1;title\n<blah>\nterminated sequence to occur at least once.
 219
 220           // TODO the PIR/fasta ambiguity may be the use case that is needed to have
 221           // a 'Parse as type XXX' parameter for the applet/application.
 222           if (checkPIR)
 223           {
 224             String dta=null;
 225             if (!starterm)
 226             {
 227               do {
 228                 try {
 229                   dta = source.nextLine();
 230                 } catch(IOException ex) {};
 231                 if (dta!=null && dta.indexOf("*")>-1)
 232                 {
 233                   starterm = true;
 234                 }
 235               } while (dta!=null && !starterm);
 236             }
 237             if (starterm)
 238             {
 239               reply="PIR";
 240               break;
 241             } else {
 242               reply="FASTA"; // probably a bad choice!
 243             }
 244           }
 245           // read as a FASTA (probably)
 246           break;
 247         }
 248         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 || data.indexOf("ATOM") == 0)
 249         {
 250           reply = "PDB";
 251           break;
 252         }
 253         /*
 254          * // TODO comment out SimpleBLAST identification for Jalview 2.4.1 else
 255          * if (!lineswereskipped && data.indexOf("BLAST")<4) { reply =
 256          * "SimpleBLAST"; break;
 257          *
 258          * } // end comments for Jalview 2.4.1
 259          */
 260         else if (!lineswereskipped && data.charAt(0) != '*'
 261                 && data.charAt(0) != ' '
 262                 && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) // &&
 263         // data.indexOf(",")<data.indexOf(",",
 264         // data.indexOf(",")))
 265         {
 266           // file looks like a concise JNet file
 267           reply = "JnetFile";
 268           break;
 269         }
 270
 271         lineswereskipped = true; // this means there was some junk before any
 272         // key file signature
 273       }
 274       if (closeSource)
 275       {
 276         source.close();
 277       }
 278       else
 279       {
 280         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 281       }
 282     } catch (Exception ex)
 283     {
 284       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 285       return source.errormessage;
 286     }
 287     if (length == 0)
 288     {
 289       System.err
 290               .println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 291       return "EMPTY DATA FILE";
 292     }
 293     return reply;
 294   }
 295
 296   public static void main(String[] args)
 297   {
 298
 299     for (int i = 0; args != null && i < args.length; i++)
 300     {
 301       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 302       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 303       System.out.println("Type of " + args[i] + " is " + type);
 304     }
 305     if (args == null || args.length == 0)
 306     {
 307       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 308     }
 309   }
 310 }