src/jalview/io/JalviewFileView.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.filechooser.*;
  26
  27 public class JalviewFileView extends FileView
  28 {
  29   static Hashtable alignSuffix = new Hashtable();
  30
  31   static
  32   {
  33     // TODO: these names should come from the FormatAdapter lists for readable/writable extensions
  34     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  35     alignSuffix.put("fasta", "Fasta file");
  36     alignSuffix.put("fa", "Fasta file");
  37     alignSuffix.put("fastq", "Fasta file");
  38     alignSuffix.put("mfa", "Fasta file");
  39     alignSuffix.put("blc", "BLC file");
  40     alignSuffix.put("msf", "MSF file");
  41     alignSuffix.put("pfam", "PFAM file");
  42     alignSuffix.put("aln", "Clustal file");
  43     alignSuffix.put("pir", "PIR file");
  44     alignSuffix.put("jar", "Jalview Project file (old)");
  45     alignSuffix.put("jvp", "Jalview Project file");
  46     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  47     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  48     alignSuffix.put("stk", "Stockholm File");
  49     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  50   }
  51
  52   public String getTypeDescription(File f)
  53   {
  54     String extension = getExtension(f);
  55     String type = null;
  56
  57     if (extension != null)
  58     {
  59       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  60       {
  61         type = alignSuffix.get(extension).toString();
  62       }
  63     }
  64
  65     return type;
  66   }
  67
  68   public Icon getIcon(File f)
  69   {
  70     String extension = getExtension(f);
  71     Icon icon = null;
  72
  73     if (extension != null)
  74     {
  75       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  76       {
  77         icon = createImageIcon("/images/file.png");
  78       }
  79     }
  80
  81     return icon;
  82   }
  83
  84   /*
  85    * Get the extension of a file.
  86    */
  87   public static String getExtension(File f)
  88   {
  89     String ext = null;
  90     String s = f.getName();
  91     int i = s.lastIndexOf('.');
  92
  93     if ((i > 0) && (i < (s.length() - 1)))
  94     {
  95       ext = s.substring(i + 1).toLowerCase();
  96     }
  97
  98     return ext;
  99   }
 100
 101   /** Returns an ImageIcon, or null if the path was invalid. */
 102   protected static ImageIcon createImageIcon(String path)
 103   {
 104     java.net.URL imgURL = JalviewFileView.class.getResource(path);
 105
 106     if (imgURL != null)
 107     {
 108       return new ImageIcon(imgURL);
 109     }
 110     else
 111     {
 112       System.err
 113               .println("JalviewFileView.createImageIcon: Couldn't find file: "
 114                       + path);
 115
 116       return null;
 117     }
 118   }
 119 }