src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.*;\r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 public class PIRFile extends AlignFile {\r
  27 \r
  28   Vector words = new Vector();  //Stores the words in a line after splitting\r
  29 \r
  30   public PIRFile()\r
  31   {}\r
  32 \r
  33   public PIRFile(String inStr) {\r
  34     super(inStr);\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public PIRFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  38     super(inFile,type);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void parse() {\r
  42     try{\r
  43       String id, start, end;\r
  44       StringBuffer sequence;\r
  45       String line = null;\r
  46       while( (line = nextLine())!=null)\r
  47       {\r
  48         try{\r
  49           id = line.substring(line.indexOf(";") + 1, line.indexOf("/"));\r
  50           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  51           start = line.substring(0, line.indexOf("-"));\r
  52           end = line.substring(line.indexOf("-") + 1);\r
  53         }catch(Exception ex)\r
  54         {  id="No id"; start="0"; end="0"; }\r
  55 \r
  56         sequence = new StringBuffer();\r
  57 \r
  58         line = nextLine(); // this is the title line\r
  59 \r
  60         boolean starFound = false;\r
  61         do\r
  62         {\r
  63           line = nextLine();\r
  64           sequence.append( line );\r
  65           if(line.indexOf("*")>-1)\r
  66             starFound = true;\r
  67 \r
  68         }while(!starFound);\r
  69 \r
  70         sequence.setLength( sequence.length()-1);\r
  71 \r
  72        Sequence newSeq = new Sequence(id,\r
  73                                sequence.toString(),\r
  74                                Integer.parseInt(start),\r
  75                                Integer.parseInt(end));\r
  76          seqs.addElement(newSeq);\r
  77       }\r
  78 \r
  79     }\r
  80     catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  81   }\r
  82 \r
  83   public String print() {\r
  84     return print(getSeqsAsArray());\r
  85   }\r
  86   public static String print(SequenceI[] s) {\r
  87     return print(s,72,true);\r
  88   }\r
  89   public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
  90     return print(s,len,true);\r
  91   }\r
  92   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps) {\r
  93     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
  94     int i = 0;\r
  95 \r
  96     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
  97       String seq = "";\r
  98       if (gaps) {\r
  99         seq = s[i].getSequence() + "*";\r
 100       } else {\r
 101         seq = AlignSeq.extractGaps(s[i].getSequence(),"-");\r
 102         seq = AlignSeq.extractGaps(seq,".");\r
 103         seq = AlignSeq.extractGaps(seq," ");\r
 104         seq = seq + "*";\r
 105       }\r
 106 \r
 107       out.append(">P1;" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart()+ "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 108       out.append(" Dummy title\n");\r
 109       int nochunks = seq.length() / len + 1;\r
 110 \r
 111       for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 112         int start = j*len;\r
 113         int end = start + len;\r
 114 \r
 115         if (end < seq.length()) {\r
 116           out.append(seq.substring(start,end) + "\n");\r
 117         } else if (start < seq.length()) {\r
 118           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 119         }\r
 120       }\r
 121       i++;\r
 122     }\r
 123     return out.toString();\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public static void main(String[] args) {\r
 127     String inStr = ">P1;LCAT_MOUSE_90.35\nMGLPGSPWQRVLLLLGLLLPPATPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNRLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDFNLFLPLGVDCWIDNTRIVYNHSSGRVSNAPGVQIRVPGFGKTESVEYVDDNKLAGY\n\n>LCAT_PAPAN_95.78\nMGPPGSPWQWVPLLLGLLLPPAAPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNQLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDLNMFLPLGVDCWIDNTRVVYNRSSGLVSNAPGVQIRVPGFGKTYSVEYLDSSKLAGY\nLHTLVQNLVNNGYVRDETVRAAPYDWRLEPGQQEEYYHKLAGLVEEMHAAYGKPVFLIGHSLGCLHLLYFLL\n";\r
 128     PIRFile fa = new PIRFile(inStr);\r
 129   }\r
 130 }\r
 131 \r
 132 \r
 133 \r