src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  24
  25 import org.xml.sax.SAXException;
  26
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  28 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  29 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  30
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.util.*;
  33
  34 public class PfamFile extends AlignFile
  35 {
  36
  37   public PfamFile()
  38   {
  39   }
  40
  41   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed
  42   {
  43     super(inFile, type);
  44   }
  45
  46   public PfamFile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed
  47   {
  48     super(source);
  49   }
  50
  51   public void initData()
  52   {
  53     super.initData();
  54   }
  55
  56   public void parse() throws IOException
  57   {
  58     int i = 0;
  59     String line;
  60
  61     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  62     Vector headers = new Vector();
  63
  64     while ((line = nextLine()) != null)
  65     {
  66       if (line.indexOf(" ") != 0)
  67       {
  68         if (line.indexOf("#") != 0)
  69         {
  70           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  71           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  72           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  73           String id = "";
  74
  75           if (str.hasMoreTokens())
  76           {
  77             id = str.nextToken();
  78
  79             StringBuffer tempseq;
  80
  81             if (seqhash.containsKey(id))
  82             {
  83               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  84             }
  85             else
  86             {
  87               tempseq = new StringBuffer();
  88               seqhash.put(id, tempseq);
  89             }
  90
  91             if (!(headers.contains(id)))
  92             {
  93               headers.addElement(id);
  94             }
  95             if (str.hasMoreTokens())
  96             {
  97               tempseq.append(str.nextToken());
  98             }
  99           }
 100         }
 101       }
 102     }
 103
 104     this.noSeqs = headers.size();
 105
 106     if (noSeqs < 1)
 107     {
 108       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 109     }
 110
 111     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 112     {
 113       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 114       {
 115         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 116                 .length())
 117         {
 118           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 119         }
 120
 121         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 122         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 123                 .toString());
 124         seqs.addElement(newSeq);
 125       }
 126       else
 127       {
 128         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 129                 + headers.elementAt(i));
 130       }
 131     }
 132   }
 133
 134   public String print(SequenceI[] s)
 135   {
 136     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 137
 138     int max = 0;
 139     int maxid = 0;
 140
 141     int i = 0;
 142
 143     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 144     {
 145       String tmp = printId(s[i]);
 146
 147       if (s[i].getSequence().length > max)
 148       {
 149         max = s[i].getSequence().length;
 150       }
 151
 152       if (tmp.length() > maxid)
 153       {
 154         maxid = tmp.length();
 155       }
 156
 157       i++;
 158     }
 159
 160     if (maxid < 15)
 161     {
 162       maxid = 15;
 163     }
 164
 165     int j = 0;
 166
 167     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 168     {
 169       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 170
 171       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 172       out.append(newline);
 173       j++;
 174     }
 175
 176     out.append(newline);
 177
 178     return out.toString();
 179   }
 180
 181   public String print()
 182   {
 183     return print(getSeqsAsArray());
 184   }
 185 }