src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.Image;
  40 import java.awt.font.LineMetrics;
  41 import java.awt.geom.AffineTransform;
  42 import java.awt.image.ImageObserver;
  43 import java.util.BitSet;
  44 import java.util.Hashtable;
  45
  46 import com.stevesoft.pat.Regex;
  47
  48 public class AnnotationRenderer
  49 {
  50   /**
  51    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  52    */
  53   private final boolean debugRedraw;
  54
  55   public AnnotationRenderer()
  56   {
  57     this(false);
  58   }
  59
  60   /**
  61    * Create a new annotation Renderer
  62    *
  63    * @param debugRedraw
  64    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  65    *          output
  66    */
  67   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  68   {
  69     this.debugRedraw = debugRedraw;
  70   }
  71
  72   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  73           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  74           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  75   {
  76     g.setColor(STEM_COLOUR);
  77     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  78     int x1 = lastSSX;
  79     int x2 = (x * charWidth);
  80     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  81
  82     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  83             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  84
  85     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  86             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  87     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  88             || row_annotations[column] == null
  89             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  90     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  91     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  92     if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
  93     {
  94
  95       if (diffupstream)
  96       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
  97       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
  98       {
  99         g.fillPolygon(new int[]
 100         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 101         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 102         x1 += 5;
 103       }
 104       if (diffdownstream)
 105       {
 106         x2 -= 1;
 107       }
 108     }
 109     else
 110     {
 111
 112       // display a forward arrow
 113       if (diffdownstream)
 114       {
 115         g.fillPolygon(new int[]
 116         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 117         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 118         x2 -= 5;
 119       }
 120       if (diffupstream)
 121       {
 122         x1 += 1;
 123       }
 124     }
 125     // draw arrow body
 126     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 127   }
 128
 129   private int charWidth, endRes, charHeight;
 130
 131   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 132
 133   private FontMetrics fm;
 134
 135   private final boolean MAC = jalview.util.Platform.isAMac();
 136
 137   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 138           av_normaliseProfile = false;
 139
 140   ColourSchemeI profcolour = null;
 141
 142   private ColumnSelection columnSelection;
 143
 144   private Hashtable[] hconsensus;
 145
 146   private Hashtable[] complementConsensus;
 147
 148   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 149
 150   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 151
 152   /**
 153    * attributes set from AwtRenderPanelI
 154    */
 155   /**
 156    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 157    * rendered
 158    */
 159   private Image fadedImage;
 160
 161   /**
 162    * panel being rendered into
 163    */
 164   private ImageObserver annotationPanel;
 165
 166   /**
 167    * width of image to render in panel
 168    */
 169   private int imgWidth;
 170
 171   /**
 172    * offset to beginning of visible area
 173    */
 174   private int sOffset;
 175
 176   /**
 177    * offset to end of visible area
 178    */
 179   private int visHeight;
 180
 181   /**
 182    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 183    * annotation given the current view settings
 184    */
 185   private boolean useClip = true;
 186
 187   /**
 188    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 189    * jalview 2.8.1
 190    */
 191   private boolean canClip = false;
 192
 193   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 194           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 195           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 196           boolean validEnd)
 197   {
 198     // System.out.println(nonCanColor);
 199
 200     g.setColor(nonCanColor);
 201     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 202     int x1 = lastSSX;
 203     int x2 = (x * charWidth);
 204     Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 205
 206     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 207             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 208
 209     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 210             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 211     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 212             || row_annotations[column] == null
 213             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 214     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 215     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 216     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 217                                             // )
 218     {
 219
 220       if (diffupstream)
 221       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 222       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 223       {
 224         g.fillPolygon(new int[]
 225         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 226         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 227         x1 += 5;
 228       }
 229       if (diffdownstream)
 230       {
 231         x2 -= 1;
 232       }
 233     }
 234     else
 235     {
 236
 237       // display a forward arrow
 238       if (diffdownstream)
 239       {
 240         g.fillPolygon(new int[]
 241         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 242         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 243         x2 -= 5;
 244       }
 245       if (diffupstream)
 246       {
 247         x1 += 1;
 248       }
 249     }
 250     // draw arrow body
 251     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 252   }
 253
 254   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 255   // av)
 256   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 257           AlignViewportI av)
 258   {
 259     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 260     annotationPanel = annotPanel;
 261     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 262     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 263     // visible area for rendering
 264     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 265     if (bounds != null)
 266     {
 267       sOffset = bounds[0];
 268       visHeight = bounds[1];
 269       if (visHeight == 0)
 270       {
 271         useClip = false;
 272       }
 273       else
 274       {
 275         useClip = canClip;
 276       }
 277     }
 278     else
 279     {
 280       useClip = false;
 281     }
 282
 283     updateFromAlignViewport(av);
 284   }
 285
 286   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 287   {
 288     charWidth = av.getCharWidth();
 289     endRes = av.getEndRes();
 290     charHeight = av.getCharHeight();
 291     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 292     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 293     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 294     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 295     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 296     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 297     if (profcolour == null)
 298     {
 299       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 300       // colourscheme set
 301       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 302               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 303     }
 304     columnSelection = av.getColumnSelection();
 305     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 306     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 307     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 308     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 309   }
 310
 311   /**
 312    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 313    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 314    * depend on the profile type.
 315    *
 316    * @param aa
 317    * @param column
 318    * @return
 319    */
 320   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 321   {
 322     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 323     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 324     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 325     //
 326     if (aa.autoCalculated
 327             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 328                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 329     {
 330       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 331       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 332               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 333       {
 334         // TODO? group consensus for cDNA complement
 335         return AAFrequency.extractProfile(
 336                 aa.groupRef.consensusData[column],
 337                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 338       }
 339       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 340       // be stored
 341       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 342       {
 343         if (forComplement)
 344         {
 345           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 346                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 347         }
 348         else
 349         {
 350           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 351                   av_ignoreGapsConsensus);
 352         }
 353       }
 354     }
 355     else
 356     {
 357       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 358       {
 359         // TODO implement group structure consensus
 360         /*
 361          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 362          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 363          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 364          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 365          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 366          */
 367         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 368         // to
 369         // be stored
 370         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 371                 && hStrucConsensus != null
 372                 && hStrucConsensus.length > column)
 373         {
 374           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 375                   av_ignoreGapsConsensus);
 376         }
 377       }
 378     }
 379     return null;
 380   }
 381
 382   boolean rna = false;
 383
 384   /**
 385    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 386    *
 387    * @param annotPanel
 388    *          container frame
 389    * @param av
 390    *          data and view settings to render
 391    * @param g
 392    *          destination for graphics
 393    * @param activeRow
 394    *          row where a mouse event occured (or -1)
 395    * @param startRes
 396    *          first column that will be drawn
 397    * @param endRes
 398    *          last column that will be drawn
 399    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 400    *         currently being calculated
 401    */
 402   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 403           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 404           int endRes)
 405   {
 406     long stime = System.currentTimeMillis();
 407     boolean usedFaded = false;
 408     // NOTES:
 409     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 410     // AlignViewport
 411     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 412     fm = g.getFontMetrics();
 413     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 414     int temp = 0;
 415     if (aa == null)
 416     {
 417       return false;
 418     }
 419     int x = 0, y = 0;
 420     int column = 0;
 421     char lastSS;
 422     int lastSSX;
 423     int iconOffset = 0;
 424     boolean validRes = false;
 425     boolean validEnd = false;
 426     boolean labelAllCols = false;
 427     boolean centreColLabels;
 428     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 429     boolean scaleColLabel = false;
 430     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 431             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 432     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 433             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 434     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 435             .getComplementConsensusAnnotation();
 436     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 437
 438     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 439     int charOffset = 0; // offset for a label
 440     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 441     // column.
 442     Font ofont = g.getFont();
 443     // \u03B2 \u03B1
 444     // debug ints
 445     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 446     boolean clipst = false, clipend = false;
 447     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 448     {
 449       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 450       isRNA = row.isRNA();
 451       {
 452         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 453         // settings appropriately
 454         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 455         // data
 456         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 457         {
 458           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 459           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 460           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 461         }
 462         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 463                 || row == complementConsensusAnnot)
 464         {
 465           renderHistogram = av_renderHistogram;
 466           renderProfile = av_renderProfile;
 467           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 468         }
 469         else
 470         {
 471           renderHistogram = true;
 472           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 473           // currently used in any other annotation track renderer
 474         }
 475       }
 476       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 477       if (!row.visible)
 478       {
 479         continue;
 480       }
 481       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 482       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 483       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 484       lastSS = ' ';
 485       lastSSX = 0;
 486
 487       if (!useClip
 488               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 489       {// if_in_visible_region
 490         if (!clipst)
 491         {
 492           clipst = true;
 493           yfrom = y;
 494           f_i = i;
 495         }
 496         yto = y;
 497         f_to = i;
 498         if (row.graph > 0)
 499         {
 500           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 501           {
 502             continue;
 503           }
 504
 505           // this is so that we draw the characters below the graph
 506           y += row.height;
 507
 508           if (row.hasText)
 509           {
 510             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 511             y -= charHeight;
 512           }
 513         }
 514         else if (row.hasText)
 515         {
 516           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 517
 518         }
 519         else
 520         {
 521           iconOffset = 0;
 522         }
 523
 524         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 525         {
 526           y += charHeight;
 527           usedFaded = true;
 528           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 529                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 530           g.setColor(Color.black);
 531           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 532
 533           continue;
 534         }
 535
 536         /*
 537          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 538          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 539          *
 540          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 541          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 542          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 543          *
 544          * g.setColor(Color.black); //
 545          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 546          *
 547          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 548          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 549          *
 550          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 551          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 552          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 553          * g.setColor(Color.black); // /
 554          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 555          *
 556          * continue; }
 557          */
 558         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 559         // column
 560         // of startRes
 561         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 562         while (x < endRes - startRes)
 563         {
 564           if (hasHiddenColumns)
 565           {
 566             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 567             if (column > row_annotations.length - 1)
 568             {
 569               break;
 570             }
 571           }
 572           else
 573           {
 574             column = startRes + x;
 575           }
 576
 577           if ((row_annotations == null)
 578                   || (row_annotations.length <= column)
 579                   || (row_annotations[column] == null))
 580           {
 581             validRes = false;
 582           }
 583           else
 584           {
 585             validRes = true;
 586           }
 587           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 588                   : null;
 589           if (x > -1)
 590           {
 591             if (activeRow == i)
 592             {
 593               g.setColor(Color.red);
 594
 595               if (columnSelection != null)
 596               {
 597                 for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 598                 {
 599                   int v = columnSelection.columnAt(n);
 600
 601                   if (v == column)
 602                   {
 603                     g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 604                   }
 605                 }
 606               }
 607             }
 608             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 609             {
 610               g.setColor(Color.orange);
 611               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 612             }
 613             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 614             {
 615               g.setColor(Color.orange.darker());
 616               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 617             }
 618             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 619                     && (displayChar.length() > 0))
 620             {
 621
 622               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 623                       displayChar.length());
 624               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 625               {
 626                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 627                 // displayChar.length());
 628                 //
 629                 // if (scaleColLabel)
 630                 // {
 631                   // justify the label and scale to fit in column
 632                   if (fmWidth > charWidth)
 633                   {
 634                     // scale only if the current font isn't already small enough
 635                     fmScaling = charWidth;
 636                     fmScaling /= fmWidth;
 637                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 638                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 639                     // and update the label's width to reflect the scaling.
 640                     fmWidth = charWidth;
 641                   }
 642                 // }
 643               }
 644               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 645               // else
 646               // {
 647               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 648               // }
 649               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 650
 651               if (row_annotations[column].colour == null)
 652               {
 653                 g.setColor(Color.black);
 654               }
 655               else
 656               {
 657                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 658               }
 659
 660               if (column == 0 || row.graph > 0)
 661               {
 662                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 663                         + iconOffset);
 664               }
 665               else if (row_annotations[column - 1] == null
 666                       || (labelAllCols
 667                               || !displayChar
 668                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 669                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 670               {
 671                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 672                         + iconOffset);
 673               }
 674               g.setFont(ofont);
 675             }
 676           }
 677           if (row.hasIcons)
 678           {
 679             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 680                     : '-';
 681
 682             if (ss == '(')
 683             {
 684               // distinguish between forward/backward base-pairing
 685               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 686               {
 687
 688                 ss = ')';
 689
 690               }
 691             }
 692             if (ss == '[')
 693             {
 694               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 695               {
 696                 ss = ']';
 697
 698               }
 699             }
 700             if (ss == '{')
 701             {
 702               // distinguish between forward/backward base-pairing
 703               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 704               {
 705                 ss = '}';
 706
 707               }
 708             }
 709             if (ss == '<')
 710             {
 711               // distinguish between forward/backward base-pairing
 712               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 713               {
 714                 ss = '>';
 715
 716               }
 717             }
 718             if (ss >= 65)
 719             {
 720               // distinguish between forward/backward base-pairing
 721               if (displayChar.indexOf(ss + 32) > -1)
 722               {
 723
 724                 ss = (char) (ss + 32);
 725
 726               }
 727             }
 728
 729             if (!validRes || (ss != lastSS))
 730             {
 731
 732               if (x > -1)
 733               {
 734
 735                 int nb_annot = x - temp;
 736                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 737                 switch (lastSS)
 738                 {
 739                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 740                 case ')': // and opposite direction
 741                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 742                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 743                   temp = x;
 744                   break;
 745
 746                 case 'H':
 747                   if (!isRNA)
 748                   {
 749                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 750                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 751                             validEnd);
 752                     break;
 753                   }
 754
 755                 case 'E':
 756                   if (!isRNA)
 757                   {
 758                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 759                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 760                             validEnd);
 761                     break;
 762                   }
 763
 764                 case '{':
 765                 case '}':
 766                 case '[':
 767                 case ']':
 768                 case '>':
 769                 case '<':
 770                 case 'A':
 771                 case 'a':
 772                 case 'B':
 773                 case 'b':
 774                 case 'C':
 775                 case 'c':
 776                 case 'D':
 777                 case 'd':
 778                 case 'e':
 779                 case 'F':
 780                 case 'f':
 781                 case 'G':
 782                 case 'g':
 783                 case 'h':
 784                 case 'I':
 785                 case 'i':
 786                 case 'J':
 787                 case 'j':
 788                 case 'K':
 789                 case 'k':
 790                 case 'L':
 791                 case 'l':
 792                 case 'M':
 793                 case 'm':
 794                 case 'N':
 795                 case 'n':
 796                 case 'O':
 797                 case 'o':
 798                 case 'P':
 799                 case 'p':
 800                 case 'Q':
 801                 case 'q':
 802                 case 'R':
 803                 case 'r':
 804                 case 'S':
 805                 case 's':
 806                 case 'T':
 807                 case 't':
 808                 case 'U':
 809                 case 'u':
 810                 case 'V':
 811                 case 'v':
 812                 case 'W':
 813                 case 'w':
 814                 case 'X':
 815                 case 'x':
 816                 case 'Y':
 817                 case 'y':
 818                 case 'Z':
 819                 case 'z':
 820
 821                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 822                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 823                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 824                           validRes, validEnd);
 825                   temp = x;
 826                   break;
 827                 default:
 828                   g.setColor(Color.gray);
 829                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 830                           - lastSSX, 2);
 831                   temp = x;
 832                   break;
 833                 }
 834               }
 835               if (validRes)
 836               {
 837                 lastSS = ss;
 838               }
 839               else
 840               {
 841                 lastSS = ' ';
 842               }
 843               if (x > -1)
 844               {
 845                 lastSSX = (x * charWidth);
 846               }
 847             }
 848           }
 849           column++;
 850           x++;
 851         }
 852         if (column >= row_annotations.length)
 853         {
 854           column = row_annotations.length - 1;
 855           validEnd = false;
 856         }
 857         else
 858         {
 859           validEnd = true;
 860         }
 861         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 862                 || (row_annotations[column] == null))
 863         {
 864           validRes = false;
 865         }
 866         else
 867         {
 868           validRes = true;
 869         }
 870
 871         // x ++;
 872
 873         if (row.hasIcons)
 874         {
 875           switch (lastSS)
 876           {
 877
 878           case 'H':
 879             if (!isRNA)
 880             {
 881               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 882                       startRes, column, validRes, validEnd);
 883               break;
 884             }
 885
 886           case 'E':
 887             if (!isRNA)
 888             {
 889               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 890                       startRes, column, validRes, validEnd);
 891               break;
 892             }
 893
 894           case '(':
 895           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 896
 897             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 898                     startRes, column, validRes, validEnd);
 899
 900             break;
 901           case '{':
 902           case '}':
 903           case '[':
 904           case ']':
 905           case '>':
 906           case '<':
 907           case 'A':
 908           case 'a':
 909           case 'B':
 910           case 'b':
 911           case 'C':
 912           case 'c':
 913           case 'D':
 914           case 'd':
 915           case 'e':
 916           case 'F':
 917           case 'f':
 918           case 'G':
 919           case 'g':
 920           case 'h':
 921           case 'I':
 922           case 'i':
 923           case 'J':
 924           case 'j':
 925           case 'K':
 926           case 'k':
 927           case 'L':
 928           case 'l':
 929           case 'M':
 930           case 'm':
 931           case 'N':
 932           case 'n':
 933           case 'O':
 934           case 'o':
 935           case 'P':
 936           case 'p':
 937           case 'Q':
 938           case 'q':
 939           case 'R':
 940           case 'r':
 941           case 'T':
 942           case 't':
 943           case 'U':
 944           case 'u':
 945           case 'V':
 946           case 'v':
 947           case 'W':
 948           case 'w':
 949           case 'X':
 950           case 'x':
 951           case 'Y':
 952           case 'y':
 953           case 'Z':
 954           case 'z':
 955             // System.out.println(lastSS);
 956             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 957             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 958                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 959             break;
 960           default:
 961             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 962                     startRes, column, validRes, validEnd);
 963             break;
 964           }
 965         }
 966
 967         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 968         {
 969           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 970           {
 971             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 972             {
 973               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 974               // computed efficiently for all visible labels
 975               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 976               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 977               {
 978                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 979                 {
 980                   continue;
 981                 }
 982
 983                 if (aa[gg] != row)
 984                 {
 985                   aa[gg].visible = false;
 986                 }
 987                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 988                 {
 989                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 990                 }
 991                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 992                 {
 993                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 994                 }
 995               }
 996
 997               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 998               {
 999                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1000                 {
1001                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1002                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1003                 }
1004               }
1005
1006               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1007             }
1008             else
1009             {
1010               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1011                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1012             }
1013           }
1014           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1015           {
1016             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1017                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1018                     renderProfile, normaliseProfile);
1019           }
1020         }
1021       }
1022       else
1023       {
1024         if (clipst && !clipend)
1025         {
1026           clipend = true;
1027         }
1028       }// end if_in_visible_region
1029       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1030       {
1031         y += charHeight;
1032       }
1033
1034       if (row.graph == 0)
1035       {
1036         y += aa[i].height;
1037       }
1038     }
1039     if (debugRedraw)
1040     {
1041       if (canClip)
1042       {
1043         if (clipst)
1044         {
1045           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1046                   + ")");
1047         }
1048         if (clipend)
1049         {
1050           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1051                   + ")");
1052         }
1053       }
1054       ;
1055       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1056               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1057     }
1058     ;
1059
1060     return !usedFaded;
1061   }
1062
1063   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1064
1065   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1066
1067   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1068
1069   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1070
1071   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1072
1073   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1074           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1075           boolean validRes, boolean validEnd)
1076   {
1077     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1078     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1079   }
1080
1081   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1082
1083   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1084           boolean validRes, boolean validEnd)
1085   {
1086     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1087
1088     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1089             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1090     {
1091       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1092               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1093       g.fillPolygon(new int[]
1094       { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1095               new int[]
1096               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1097               3);
1098     }
1099     else
1100     {
1101       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1102               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1103     }
1104
1105   }
1106
1107   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1108           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1109           boolean validRes, boolean validEnd)
1110   {
1111     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1112
1113     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1114     int x1 = lastSSX;
1115     int x2 = (x * charWidth);
1116
1117     if (MAC)
1118     {
1119       int ofs = charWidth / 2;
1120       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1121       // to offscreen image on the MAC
1122       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1123       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1124               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1125       {
1126       }
1127       else
1128       {
1129         // g.setColor(Color.orange);
1130         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1131                 0, 0);
1132       }
1133       if (!validRes || row[column] == null
1134               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1135       {
1136
1137       }
1138       else
1139       {
1140         // g.setColor(Color.magenta);
1141         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1142                 + 1, 8, 0, 0);
1143
1144       }
1145
1146       return;
1147     }
1148
1149     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1150             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1151     {
1152       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1153       x1 += charWidth / 2;
1154     }
1155
1156     if (!validRes || row[column] == null
1157             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1158     {
1159       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1160               8, 270, 180);
1161       x2 -= charWidth / 2;
1162     }
1163
1164     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1165   }
1166
1167   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1168           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1169           float min, float max, int graphHeight)
1170   {
1171     if (sRes > aa_annotations.length)
1172     {
1173       return;
1174     }
1175
1176     int x = 0;
1177
1178     // Adjustment for fastpaint to left
1179     if (eRes < endRes)
1180     {
1181       eRes++;
1182     }
1183
1184     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1185
1186     if (sRes == 0)
1187     {
1188       x++;
1189     }
1190
1191     int y1 = y, y2 = y;
1192     float range = max - min;
1193
1194     // //Draw origin
1195     if (min < 0)
1196     {
1197       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1198     }
1199
1200     g.setColor(Color.gray);
1201     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1202
1203     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1204
1205     int column;
1206     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1207
1208     while (x < eRes - sRes)
1209     {
1210       column = sRes + x;
1211       if (hasHiddenColumns)
1212       {
1213         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1214       }
1215
1216       if (column > aaMax)
1217       {
1218         break;
1219       }
1220
1221       if (aa_annotations[column] == null
1222               || aa_annotations[column - 1] == null)
1223       {
1224         x++;
1225         continue;
1226       }
1227
1228       if (aa_annotations[column].colour == null)
1229       {
1230         g.setColor(Color.black);
1231       }
1232       else
1233       {
1234         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1235       }
1236
1237       y1 = y
1238               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1239       y2 = y
1240               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1241
1242       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1243               + charWidth / 2, y2);
1244       x++;
1245     }
1246
1247     if (_aa.threshold != null)
1248     {
1249       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1250       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1251       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1252               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1253               { 5f, 3f }, 0f));
1254
1255       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1256       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1257       g2.setStroke(new BasicStroke());
1258     }
1259   }
1260
1261   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1262           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1263           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1264           boolean normaliseProfile)
1265   {
1266     if (sRes > aa_annotations.length)
1267     {
1268       return;
1269     }
1270     Font ofont = g.getFont();
1271     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1272
1273     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1274
1275     float range = max - min;
1276
1277     if (min < 0)
1278     {
1279       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1280     }
1281
1282     g.setColor(Color.gray);
1283
1284     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1285
1286     int column;
1287     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1288     while (x < eRes - sRes)
1289     {
1290       column = sRes + x;
1291       if (hasHiddenColumns)
1292       {
1293         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1294       }
1295
1296       if (column > aaMax)
1297       {
1298         break;
1299       }
1300
1301       if (aa_annotations[column] == null)
1302       {
1303         x++;
1304         continue;
1305       }
1306       if (aa_annotations[column].colour == null)
1307       {
1308         g.setColor(Color.black);
1309       }
1310       else
1311       {
1312         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1313       }
1314
1315       y1 = y
1316               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1317
1318       if (renderHistogram)
1319       {
1320         if (y1 - y2 > 0)
1321         {
1322           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1323         }
1324         else
1325         {
1326           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1327         }
1328       }
1329       // draw profile if available
1330       if (renderProfile)
1331       {
1332
1333         /*
1334          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1335          */
1336         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1337
1338         // just try to draw the logo if profl is not null
1339         if (profl != null && profl[2] != 0)
1340         {
1341           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1342           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1343           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1344           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1345           double hght;
1346           float wdth;
1347           double ht2 = 0;
1348           char[] dc;
1349
1350           /**
1351            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1352            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1353            */
1354           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1355
1356           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1357           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1358           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1359           double scl = 0.0;
1360
1361           /*
1362            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1363            */
1364           int c = 3;
1365           int valuesProcessed = 0;
1366           // profl[1] is the number of values in the profile
1367           while (valuesProcessed < profl[1])
1368           {
1369             if (isStructureProfile)
1370             {
1371               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1372               dc[0] = (char) profl[c++];
1373               dc[1] = (char) profl[c++];
1374             }
1375             else if (isCdnaProfile)
1376             {
1377               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1378             }
1379             else
1380             {
1381               dc[0] = (char) profl[c++];
1382             }
1383
1384             wdth = charWidth;
1385             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1386
1387             ht += scl;
1388             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1389             scl = htn * scale * profl[c++];
1390             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1391                     .getFontRenderContext());
1392             g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1393                     wdth, scl / lm.getAscent())));
1394             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1395
1396             // Debug - render boxes around characters
1397             // g.setColor(Color.red);
1398             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1399             // (int)(scl));
1400             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1401
1402             /*
1403              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1404              * codon translation if a cDNA profile
1405              */
1406             Color colour = null;
1407             if (isCdnaProfile)
1408             {
1409               final String codonTranslation = ResidueProperties
1410                       .codonTranslate(new String(dc));
1411               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1412                       column, null);
1413             }
1414             else
1415             {
1416               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1417             }
1418             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1419
1420             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1421                     .getBaselineIndex()]));
1422
1423             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1424             valuesProcessed++;
1425           }
1426           g.setFont(ofont);
1427         }
1428       }
1429       x++;
1430     }
1431     if (_aa.threshold != null)
1432     {
1433       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1434       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1435       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1436               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1437               { 5f, 3f }, 0f));
1438
1439       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1440               * _aa.graphHeight);
1441       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1442       g2.setStroke(new BasicStroke());
1443     }
1444   }
1445
1446   // used by overview window
1447   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1448           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1449   {
1450     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1451     g.setColor(Color.white);
1452     g.fillRect(0, 0, width, y);
1453     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1454
1455     int x = 0, height;
1456
1457     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1458     {
1459       if (aa_annotations[j] != null)
1460       {
1461         if (aa_annotations[j].colour == null)
1462         {
1463           g.setColor(Color.black);
1464         }
1465         else
1466         {
1467           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1468         }
1469
1470         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1471         if (height > y)
1472         {
1473           height = y;
1474         }
1475
1476         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1477       }
1478       x += charWidth;
1479     }
1480   }
1481
1482   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1483   {
1484     switch (lastss)
1485     {
1486     case '{':
1487     case '}':
1488       return new Color(255, 125, 5);
1489
1490     case '[':
1491     case ']':
1492       return new Color(245, 115, 10);
1493
1494     case '>':
1495     case '<':
1496       return new Color(235, 135, 15);
1497
1498     case 'A':
1499     case 'a':
1500       return new Color(225, 105, 20);
1501
1502     case 'B':
1503     case 'b':
1504       return new Color(215, 145, 30);
1505
1506     case 'C':
1507     case 'c':
1508       return new Color(205, 95, 35);
1509
1510     case 'D':
1511     case 'd':
1512       return new Color(195, 155, 45);
1513
1514     case 'E':
1515     case 'e':
1516       return new Color(185, 85, 55);
1517
1518     case 'F':
1519     case 'f':
1520       return new Color(175, 165, 65);
1521
1522     case 'G':
1523     case 'g':
1524       return new Color(170, 75, 75);
1525
1526     case 'H':
1527     case 'h':
1528       return new Color(160, 175, 85);
1529
1530     case 'I':
1531     case 'i':
1532       return new Color(150, 65, 95);
1533
1534     case 'J':
1535     case 'j':
1536       return new Color(140, 185, 105);
1537
1538     case 'K':
1539     case 'k':
1540       return new Color(130, 55, 110);
1541
1542     case 'L':
1543     case 'l':
1544       return new Color(120, 195, 120);
1545
1546     case 'M':
1547     case 'm':
1548       return new Color(110, 45, 130);
1549
1550     case 'N':
1551     case 'n':
1552       return new Color(100, 205, 140);
1553
1554     case 'O':
1555     case 'o':
1556       return new Color(90, 35, 150);
1557
1558     case 'P':
1559     case 'p':
1560       return new Color(85, 215, 160);
1561
1562     case 'Q':
1563     case 'q':
1564       return new Color(75, 25, 170);
1565
1566     case 'R':
1567     case 'r':
1568       return new Color(65, 225, 180);
1569
1570     case 'S':
1571     case 's':
1572       return new Color(55, 15, 185);
1573
1574     case 'T':
1575     case 't':
1576       return new Color(45, 235, 195);
1577
1578     case 'U':
1579     case 'u':
1580       return new Color(35, 5, 205);
1581
1582     case 'V':
1583     case 'v':
1584       return new Color(25, 245, 215);
1585
1586     case 'W':
1587     case 'w':
1588       return new Color(15, 0, 225);
1589
1590     case 'X':
1591     case 'x':
1592       return new Color(10, 255, 235);
1593
1594     case 'Y':
1595     case 'y':
1596       return new Color(5, 150, 245);
1597
1598     case 'Z':
1599     case 'z':
1600       return new Color(0, 80, 255);
1601
1602     default:
1603       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1604       return null;
1605
1606     }
1607   }
1608 }