src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  54
  55   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  56
  57   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  58
  59   /**
  60    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  61    */
  62   private final boolean debugRedraw;
  63
  64   private int charWidth, endRes, charHeight;
  65
  66   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  67
  68   private FontMetrics fm;
  69
  70   private final boolean USE_FILL_ROUND_RECT = Platform.isAMacAndNotJS();
  71
  72   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  73           av_normaliseProfile = false;
  74
  75   ResidueShaderI profcolour = null;
  76
  77   private ColumnSelection columnSelection;
  78
  79   private HiddenColumns hiddenColumns;
  80
  81   private ProfilesI hconsensus;
  82
  83   private Hashtable<String, Object>[] complementConsensus;
  84
  85   private Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus;
  86
  87   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  88
  89   /**
  90    * attributes set from AwtRenderPanelI
  91    */
  92   /**
  93    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  94    * rendered
  95    */
  96   private Image fadedImage;
  97
  98   /**
  99    * panel being rendered into
 100    */
 101   private ImageObserver annotationPanel;
 102
 103   /**
 104    * width of image to render in panel
 105    */
 106   private int imgWidth;
 107
 108   /**
 109    * offset to beginning of visible area
 110    */
 111   private int sOffset;
 112
 113   /**
 114    * offset to end of visible area
 115    */
 116   private int visHeight;
 117
 118   /**
 119    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 120    * annotation given the current view settings
 121    */
 122   private boolean useClip = true;
 123
 124   /**
 125    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 126    * jalview 2.8.1
 127    */
 128   private boolean canClip = false;
 129
 130   public AnnotationRenderer()
 131   {
 132     this(false);
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Create a new annotation Renderer
 137    *
 138    * @param debugRedraw
 139    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 140    *          output
 141    */
 142   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 143   {
 144     this.debugRedraw = debugRedraw;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 149    */
 150   public void dispose()
 151   {
 152     hiddenColumns = null;
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 166             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 167     int x1 = lastSSX;
 168     int x2 = (x * charWidth);
 169
 170     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 171             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 172
 173     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 174             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 175     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 176             || row_annotations[column] == null
 177             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 178
 179     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 180     {
 181       if (diffupstream)
 182       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 183       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 184       {
 185         /*
 186          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 187          * display a backward arrow
 188          */
 189         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 190                 new int[]
 191                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 192                 3);
 193         x1 += 5;
 194       }
 195       if (diffdownstream)
 196       {
 197         x2 -= 1;
 198       }
 199     }
 200     else
 201     {
 202       // display a forward arrow
 203       if (diffdownstream)
 204       {
 205         /*
 206          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 207          * display a forward arrow
 208          */
 209         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 210                 new int[]
 211                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 212                 3);
 213         x2 -= 5;
 214       }
 215       if (diffupstream)
 216       {
 217         x1 += 1;
 218       }
 219     }
 220     // draw arrow body
 221     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 222   }
 223
 224   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 225           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 226           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 227           boolean validEnd)
 228   {
 229     // System.out.println(nonCanColor);
 230
 231     g.setColor(nonCanColor);
 232     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 233             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 234     int x1 = lastSSX;
 235     int x2 = (x * charWidth);
 236
 237     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 238             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 239
 240     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 241             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 242     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 243             || row_annotations[column] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 245     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 246     // down:"+diffdownstream);
 247     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 248     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 249     {
 250
 251       if (diffupstream)
 252       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 253       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 254       {
 255         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 256                 new int[]
 257                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 258                 3);
 259         x1 += 5;
 260       }
 261       if (diffdownstream)
 262       {
 263         x2 -= 1;
 264       }
 265     }
 266     else
 267     {
 268
 269       // display a forward arrow
 270       if (diffdownstream)
 271       {
 272         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 273                 new int[]
 274                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 275                 3);
 276         x2 -= 5;
 277       }
 278       if (diffupstream)
 279       {
 280         x1 += 1;
 281       }
 282     }
 283     // draw arrow body
 284     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 285   }
 286
 287   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 288   // av)
 289   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 290           AlignViewportI av)
 291   {
 292     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 293     annotationPanel = annotPanel;
 294     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 295     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 296     // visible area for rendering
 297     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 298     if (bounds != null)
 299     {
 300       sOffset = bounds[0];
 301       visHeight = bounds[1];
 302       if (visHeight == 0)
 303       {
 304         useClip = false;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         useClip = canClip;
 309       }
 310     }
 311     else
 312     {
 313       useClip = false;
 314     }
 315
 316     updateFromAlignViewport(av);
 317   }
 318
 319   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 320   {
 321     charWidth = av.getCharWidth();
 322     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 323     charHeight = av.getCharHeight();
 324     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 325     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 326     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 327     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 328     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 329     profcolour = av.getResidueShading();
 330     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 331     {
 332       /*
 333        * Use default colour for sequence logo if
 334        * the alignment has no colourscheme set
 335        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 336        */
 337       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 338               ? new NucleotideColourScheme()
 339               : new ZappoColourScheme();
 340       profcolour = new ResidueShader(col);
 341     }
 342     columnSelection = av.getColumnSelection();
 343     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 344     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 345     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 346     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 347     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 352    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 353    * depend on the profile type.
 354    *
 355    * @param aa
 356    * @param column
 357    * @return
 358    */
 359   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 360   {
 361     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 362     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 363     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 364     //
 365     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 366             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 367     {
 368       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 369       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 370               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 371       {
 372         // TODO? group consensus for cDNA complement
 373         return AAFrequency.extractProfile(
 374                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 375                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 376       }
 377       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 378       // be stored
 379       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 380       {
 381         if (forComplement)
 382         {
 383           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 384                   av_ignoreGapsConsensus);
 385         }
 386         else
 387         {
 388           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 389                   av_ignoreGapsConsensus);
 390         }
 391       }
 392     }
 393     else
 394     {
 395       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 396       {
 397         // TODO implement group structure consensus
 398         /*
 399          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 400          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 401          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 402          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 403          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 404          */
 405         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 406         // to
 407         // be stored
 408         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 409                 && hStrucConsensus != null
 410                 && hStrucConsensus.length > column)
 411         {
 412           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 413                   av_ignoreGapsConsensus);
 414         }
 415       }
 416     }
 417     return null;
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 422    *
 423    * @param annotPanel
 424    *          container frame
 425    * @param av
 426    *          data and view settings to render
 427    * @param g
 428    *          destination for graphics
 429    * @param activeRow
 430    *          row where a mouse event occured (or -1)
 431    * @param startRes
 432    *          first column that will be drawn
 433    * @param endRes
 434    *          last column that will be drawn
 435    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 436    *         currently being calculated
 437    */
 438   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 439           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 440           int endRes)
 441   {
 442     long stime = System.currentTimeMillis();
 443     boolean usedFaded = false;
 444     // NOTES:
 445     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 446     // AlignViewport
 447     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 448     fm = g.getFontMetrics();
 449     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 450     // int temp = 0;
 451     if (aa == null)
 452     {
 453       return false;
 454     }
 455     int x = 0, y = 0;
 456     int column = 0;
 457     char lastSS;
 458     int lastSSX;
 459     int iconOffset = 0;
 460     boolean validRes = false;
 461     boolean validEnd = false;
 462     boolean labelAllCols = false;
 463     // boolean centreColLabels;
 464     // boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 465     boolean scaleColLabel = false;
 466     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 467             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 468     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 469             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 470     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 471             .getComplementConsensusAnnotation();
 472
 473     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 474     int charOffset = 0; // offset for a label
 475     // \u03B2 \u03B1
 476     // debug ints
 477     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 478     boolean clipst = false, clipend = false;
 479     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 480     {
 481       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 482       boolean renderHistogram = true;
 483       boolean renderProfile = false;
 484       boolean normaliseProfile = false;
 485       boolean isRNA = row.isRNA();
 486
 487       // check if this is a consensus annotation row and set the display
 488       // settings appropriately
 489       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 490       // data
 491       if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 492       {
 493         renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 494         renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 495         normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 496       }
 497       else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 498               || row == complementConsensusAnnot)
 499       {
 500         renderHistogram = av_renderHistogram;
 501         renderProfile = av_renderProfile;
 502         normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 503       }
 504
 505       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 506       if (!row.visible)
 507       {
 508         continue;
 509       }
 510       // centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 511       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 512       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 513       lastSS = ' ';
 514       lastSSX = 0;
 515
 516       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 517               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 518       {// if_in_visible_region
 519         if (!clipst)
 520         {
 521           clipst = true;
 522           yfrom = y;
 523           f_i = i;
 524         }
 525         yto = y;
 526         f_to = i;
 527         if (row.graph > 0)
 528         {
 529           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 530           {
 531             continue;
 532           }
 533
 534           // this is so that we draw the characters below the graph
 535           y += row.height;
 536
 537           if (row.hasText)
 538           {
 539             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 540             y -= charHeight;
 541           }
 542         }
 543         else if (row.hasText)
 544         {
 545           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 546
 547         }
 548         else
 549         {
 550           iconOffset = 0;
 551         }
 552
 553         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 554         {
 555           y += charHeight;
 556           usedFaded = true;
 557           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 558                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 559           g.setColor(Color.black);
 560           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 561
 562           continue;
 563         }
 564
 565         /*
 566          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 567          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 568          *
 569          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 570          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 571          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 572          *
 573          * g.setColor(Color.black); //
 574          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 575          *
 576          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 577          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 578          *
 579          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 580          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 581          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 582          * g.setColor(Color.black); // /
 583          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 584          *
 585          * continue; }
 586          */
 587         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 588         // column
 589         // of startRes
 590         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 591         while (x < endRes - startRes)
 592         {
 593           if (hasHiddenColumns)
 594           {
 595             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 596             if (column > row_annotations.length - 1)
 597             {
 598               break;
 599             }
 600           }
 601           else
 602           {
 603             column = startRes + x;
 604           }
 605
 606           if ((row_annotations == null)
 607                   || (row_annotations.length <= column)
 608                   || (row_annotations[column] == null))
 609           {
 610             validRes = false;
 611           }
 612           else
 613           {
 614             validRes = true;
 615           }
 616           final String displayChar = validRes
 617                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 618                   : null;
 619           if (x > -1)
 620           {
 621             if (activeRow == i)
 622             {
 623               g.setColor(Color.red);
 624
 625               if (columnSelection != null)
 626               {
 627                 if (columnSelection.contains(column))
 628                 {
 629                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 630                 }
 631               }
 632             }
 633             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 634             {
 635               g.setColor(Color.orange);
 636               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 637             }
 638             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 639             {
 640               g.setColor(Color.orange.darker());
 641               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 642             }
 643             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 644                     && (displayChar.length() > 0))
 645             {
 646               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 647               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 648                       displayChar.length());
 649
 650               /*
 651                * shrink label width to fit in column, if that is
 652                * both configured and necessary
 653                */
 654               boolean scaledToFit = false;
 655               float fmScaling = 1f;
 656               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 657               {
 658                 scaledToFit = true;
 659                 fmScaling = charWidth;
 660                 fmScaling /= fmWidth;
 661                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 662                 fmWidth = charWidth;
 663               }
 664
 665               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 666
 667               if (row_annotations[column].colour == null)
 668               {
 669                 gg.setColor(Color.black);
 670               }
 671               else
 672               {
 673                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 674               }
 675
 676               /*
 677                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 678                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 679                */
 680               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 681               final int yPos = y + iconOffset;
 682
 683               /*
 684                * translate to drawing position _before_ applying any scaling
 685                */
 686               gg.translate(xPos, yPos);
 687               if (scaledToFit)
 688               {
 689                 /*
 690                  * use a scaling transform to make the label narrower
 691                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 692                  */
 693                 gg.transform(
 694                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 695               }
 696               if (column == 0 || row.graph > 0)
 697               {
 698                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 699               }
 700               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 701                       || !displayChar.equals(
 702                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 703                       || (displayChar.length() < 2
 704                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 705               {
 706                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 707               }
 708               if (scaledToFit)
 709               {
 710                 /*
 711                  * undo scaling before translating back
 712                  * (restoring saved transform does NOT work in JS PDFGraphics!)
 713                  */
 714                 gg.transform(AffineTransform
 715                         .getScaleInstance(1D / fmScaling, 1.0));
 716               }
 717               gg.translate(-xPos, -yPos);
 718             }
 719           }
 720           if (row.hasIcons)
 721           {
 722             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 723                     : '-';
 724
 725             if (ss == '(')
 726             {
 727               // distinguish between forward/backward base-pairing
 728               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 729               {
 730
 731                 ss = ')';
 732
 733               }
 734             }
 735             if (ss == '[')
 736             {
 737               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 738               {
 739                 ss = ']';
 740
 741               }
 742             }
 743             if (ss == '{')
 744             {
 745               // distinguish between forward/backward base-pairing
 746               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 747               {
 748                 ss = '}';
 749
 750               }
 751             }
 752             if (ss == '<')
 753             {
 754               // distinguish between forward/backward base-pairing
 755               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 756               {
 757                 ss = '>';
 758
 759               }
 760             }
 761             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 762             {
 763               // distinguish between forward/backward base-pairing
 764               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 765               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 766               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 767               {
 768                 ss = (char) ssLowerCase;
 769               }
 770             }
 771
 772             if (!validRes || (ss != lastSS))
 773             {
 774
 775               if (x > -1)
 776               {
 777
 778                 // int nb_annot = x - temp;
 779                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 780                 // annot :"+nb_annot);
 781                 switch (lastSS)
 782                 {
 783                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 784                 case ')': // and opposite direction
 785                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 786                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 787                   // temp = x;
 788                   break;
 789
 790                 case 'H':
 791                   if (!isRNA)
 792                   {
 793                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 794                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 795                             validEnd);
 796                     break;
 797                   }
 798                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 799                 case 'E':
 800                   if (!isRNA)
 801                   {
 802                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 803                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 804                             validEnd);
 805                     break;
 806                   }
 807                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 808
 809                 case '{':
 810                 case '}':
 811                 case '[':
 812                 case ']':
 813                 case '>':
 814                 case '<':
 815                 case 'A':
 816                 case 'a':
 817                 case 'B':
 818                 case 'b':
 819                 case 'C':
 820                 case 'c':
 821                 case 'D':
 822                 case 'd':
 823                 case 'e':
 824                 case 'F':
 825                 case 'f':
 826                 case 'G':
 827                 case 'g':
 828                 case 'h':
 829                 case 'I':
 830                 case 'i':
 831                 case 'J':
 832                 case 'j':
 833                 case 'K':
 834                 case 'k':
 835                 case 'L':
 836                 case 'l':
 837                 case 'M':
 838                 case 'm':
 839                 case 'N':
 840                 case 'n':
 841                 case 'O':
 842                 case 'o':
 843                 case 'P':
 844                 case 'p':
 845                 case 'Q':
 846                 case 'q':
 847                 case 'R':
 848                 case 'r':
 849                 case 'S':
 850                 case 's':
 851                 case 'T':
 852                 case 't':
 853                 case 'U':
 854                 case 'u':
 855                 case 'V':
 856                 case 'v':
 857                 case 'W':
 858                 case 'w':
 859                 case 'X':
 860                 case 'x':
 861                 case 'Y':
 862                 case 'y':
 863                 case 'Z':
 864                 case 'z':
 865
 866                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 867                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 868                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 869                           validRes, validEnd);
 870                   // temp = x;
 871                   break;
 872                 default:
 873                   g.setColor(Color.gray);
 874                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 875                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 876                   // temp = x;
 877                   break;
 878                 }
 879               }
 880               if (validRes)
 881               {
 882                 lastSS = ss;
 883               }
 884               else
 885               {
 886                 lastSS = ' ';
 887               }
 888               if (x > -1)
 889               {
 890                 lastSSX = (x * charWidth);
 891               }
 892             }
 893           }
 894           column++;
 895           x++;
 896         }
 897         if (column >= row_annotations.length)
 898         {
 899           column = row_annotations.length - 1;
 900           validEnd = false;
 901         }
 902         else
 903         {
 904           validEnd = true;
 905         }
 906         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 907                 || (row_annotations[column] == null))
 908         {
 909           validRes = false;
 910         }
 911         else
 912         {
 913           validRes = true;
 914         }
 915         // x ++;
 916
 917         if (row.hasIcons)
 918         {
 919           switch (lastSS)
 920           {
 921
 922           case 'H':
 923             if (!isRNA)
 924             {
 925               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 926                       startRes, column, validRes, validEnd);
 927               break;
 928             }
 929             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 930
 931           case 'E':
 932             if (!isRNA)
 933             {
 934               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 935                       startRes, column, validRes, validEnd);
 936               break;
 937             }
 938             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 939
 940           case '(':
 941           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 942
 943             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 944                     startRes, column, validRes, validEnd);
 945
 946             break;
 947           case '{':
 948           case '}':
 949           case '[':
 950           case ']':
 951           case '>':
 952           case '<':
 953           case 'A':
 954           case 'a':
 955           case 'B':
 956           case 'b':
 957           case 'C':
 958           case 'c':
 959           case 'D':
 960           case 'd':
 961           case 'e':
 962           case 'F':
 963           case 'f':
 964           case 'G':
 965           case 'g':
 966           case 'h':
 967           case 'I':
 968           case 'i':
 969           case 'J':
 970           case 'j':
 971           case 'K':
 972           case 'k':
 973           case 'L':
 974           case 'l':
 975           case 'M':
 976           case 'm':
 977           case 'N':
 978           case 'n':
 979           case 'O':
 980           case 'o':
 981           case 'P':
 982           case 'p':
 983           case 'Q':
 984           case 'q':
 985           case 'R':
 986           case 'r':
 987           case 'T':
 988           case 't':
 989           case 'U':
 990           case 'u':
 991           case 'V':
 992           case 'v':
 993           case 'W':
 994           case 'w':
 995           case 'X':
 996           case 'x':
 997           case 'Y':
 998           case 'y':
 999           case 'Z':
1000           case 'z':
1001             // System.out.println(lastSS);
1002             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1003             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1004                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1005             break;
1006           default:
1007             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1008                     startRes, column, validRes, validEnd);
1009             break;
1010           }
1011         }
1012
1013         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1014         {
1015           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1016           {
1017             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1018             {
1019               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1020               // computed efficiently for all visible labels
1021               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1022               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1023               {
1024                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1025                 {
1026                   continue;
1027                 }
1028
1029                 if (aa[gg] != row)
1030                 {
1031                   aa[gg].visible = false;
1032                 }
1033                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1034                 {
1035                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1036                 }
1037                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1038                 {
1039                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1040                 }
1041               }
1042
1043               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1044               {
1045                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1046                 {
1047                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1048                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1049                 }
1050               }
1051
1052               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1053             }
1054             else
1055             {
1056               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1057                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1058             }
1059           }
1060           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1061           {
1062             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1063                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1064                     renderProfile, normaliseProfile);
1065           }
1066         }
1067       }
1068       else
1069       {
1070         if (clipst && !clipend)
1071         {
1072           clipend = true;
1073         }
1074       } // end if_in_visible_region
1075       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1076       {
1077         y += charHeight;
1078       }
1079
1080       if (row.graph == 0)
1081       {
1082         y += aa[i].height;
1083       }
1084     }
1085     if (debugRedraw)
1086     {
1087       if (canClip)
1088       {
1089         if (clipst)
1090         {
1091           System.err.println(
1092                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1093         }
1094         if (clipend)
1095         {
1096           System.err.println(
1097                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1098         }
1099       }
1100       ;
1101       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1102               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1103     }
1104     ;
1105
1106     return !usedFaded;
1107   }
1108
1109   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1110
1111   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1112
1113   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1114
1115   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1116
1117   // private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1118
1119   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1120           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1121           boolean validEnd)
1122   {
1123     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1124     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1125   }
1126
1127   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1128
1129           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1130           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1131   {
1132     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1133
1134     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1135             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1136     {
1137       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1138               7);
1139       g.fillPolygon(
1140               new int[]
1141               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1142               new int[]
1143               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1144               3);
1145     }
1146     else
1147     {
1148       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1149               7);
1150     }
1151
1152   }
1153
1154   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1155           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1156           boolean validEnd)
1157   {
1158     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1159
1160     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1161             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1162     int x1 = lastSSX;
1163     int x2 = (x * charWidth);
1164
1165     if (USE_FILL_ROUND_RECT)
1166     {
1167       int ofs = charWidth / 2;
1168       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1169       // to offscreen image on the MAC
1170       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1171       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1172               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1173       {
1174       }
1175       else
1176       {
1177         // g.setColor(Color.orange);
1178         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1179                 0, 0);
1180       }
1181       if (!validRes || row[column] == null
1182               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1183       {
1184
1185       }
1186       else
1187       {
1188         // g.setColor(Color.magenta);
1189         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1190                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1191
1192       }
1193
1194       return;
1195     }
1196
1197     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1198             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1199     {
1200       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1201       x1 += charWidth / 2;
1202     }
1203
1204     if (!validRes || row[column] == null
1205             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1206     {
1207       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1208               8, 270, 180);
1209       x2 -= charWidth / 2;
1210     }
1211
1212     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1213   }
1214
1215   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1216           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1217           float max, int graphHeight)
1218   {
1219     if (sRes > aa_annotations.length)
1220     {
1221       return;
1222     }
1223
1224     int x = 0;
1225
1226     // Adjustment for fastpaint to left
1227     if (eRes < endRes)
1228     {
1229       eRes++;
1230     }
1231
1232     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1233
1234     if (sRes == 0)
1235     {
1236       x++;
1237     }
1238
1239     int y1 = y, y2 = y;
1240     float range = max - min;
1241
1242     // //Draw origin
1243     if (min < 0)
1244     {
1245       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1246     }
1247
1248     g.setColor(Color.gray);
1249     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1250
1251     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1252
1253     int column;
1254     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1255
1256     while (x < eRes - sRes)
1257     {
1258       column = sRes + x;
1259       if (hasHiddenColumns)
1260       {
1261         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1262       }
1263
1264       if (column > aaMax)
1265       {
1266         break;
1267       }
1268
1269       if (aa_annotations[column] == null
1270               || aa_annotations[column - 1] == null)
1271       {
1272         x++;
1273         continue;
1274       }
1275
1276       if (aa_annotations[column].colour == null)
1277       {
1278         g.setColor(Color.black);
1279       }
1280       else
1281       {
1282         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1283       }
1284
1285       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1286               * graphHeight);
1287       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1288               * graphHeight);
1289
1290       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1291               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1292       x++;
1293     }
1294
1295     if (_aa.threshold != null)
1296     {
1297       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1298       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1299       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1300               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1301               { 5f, 3f }, 0f));
1302
1303       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1304       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1305       g2.setStroke(new BasicStroke());
1306     }
1307   }
1308
1309   @SuppressWarnings("unused")
1310   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1311           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1312           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1313           boolean normaliseProfile)
1314   {
1315     if (sRes > aa_annotations.length)
1316     {
1317       return;
1318     }
1319     Font ofont = g.getFont();
1320     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1321
1322     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1323
1324     float range = max - min;
1325
1326     if (min < 0)
1327     {
1328       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1329     }
1330
1331     g.setColor(Color.gray);
1332
1333     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1334
1335     int column;
1336     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1337     while (x < eRes - sRes)
1338     {
1339       column = sRes + x;
1340       if (hasHiddenColumns)
1341       {
1342         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1343       }
1344
1345       if (column > aaMax)
1346       {
1347         break;
1348       }
1349
1350       if (aa_annotations[column] == null)
1351       {
1352         x++;
1353         continue;
1354       }
1355       if (aa_annotations[column].colour == null)
1356       {
1357         g.setColor(Color.black);
1358       }
1359       else
1360       {
1361         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1362       }
1363
1364       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1365               * _aa.graphHeight);
1366
1367       if (renderHistogram)
1368       {
1369         if (y1 - y2 > 0)
1370         {
1371           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1372         }
1373         else
1374         {
1375           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1376         }
1377       }
1378       // draw profile if available
1379       if (renderProfile)
1380       {
1381
1382         /*
1383          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1384          */
1385         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1386
1387         // just try to draw the logo if profl is not null
1388         if (profl != null && profl[2] != 0)
1389         {
1390           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1391           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1392           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1393           final double normaliseFactor = normaliseProfile ? _aa.graphHeight
1394                   : (y2 - y1);
1395
1396           /**
1397            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1398            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1399            */
1400           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1401                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1402
1403           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1404           // than 0.5 px
1405           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1406           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1407           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1408
1409           double asc = fm.getAscent();
1410           double dec = fm.getDescent();
1411           double fht = fm.getHeight();
1412
1413           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1414           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1415
1416           /*
1417            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1418            */
1419
1420           float ht2 = ht;
1421
1422           // profl[1] is the number of values in the profile
1423           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1424           {
1425
1426             String s;
1427             if (isStructureProfile)
1428             {
1429               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1430               dc[0] = (char) profl[c++];
1431               dc[1] = (char) profl[c++];
1432               s = new String(dc);
1433             }
1434             else if (isCdnaProfile)
1435             {
1436               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1437               s = new String(dc);
1438             }
1439             else
1440             {
1441               dc[0] = (char) profl[c++];
1442               s = new String(dc);
1443             }
1444             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1445
1446             int percent = profl[c++];
1447             if (percent == 0)
1448             {
1449               // failsafe in case a count rounds down to 0%
1450               continue;
1451             }
1452             double newHeight = normaliseFactor * scale * percent;
1453
1454             /*
1455              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1456              * codon translation if a cDNA profile
1457              */
1458             Color colour = null;
1459             if (isCdnaProfile)
1460             {
1461               final String codonTranslation = ResidueProperties
1462                       .codonTranslate(s);
1463               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1464                       column, null);
1465             }
1466             else
1467             {
1468               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1469             }
1470             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1471
1472             // Debug - render boxes around characters
1473             // g.setColor(Color.red);
1474             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1475             // (int)(scl));
1476             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1477
1478             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1479             double sy = newHeight / asc;
1480             double newAsc = asc * sy;
1481             double newDec = dec * sy;
1482             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1483             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1484             // by definition. Was:
1485             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1486             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1487
1488             if (Platform.isJS())
1489             {
1490               /*
1491                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1492                * so use a scaling transform to draw instead,
1493                * this is off by a very small amount
1494                */
1495               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1496               Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
1497               int xShift = (int) Math.round(x * charWidth / sx);
1498               int yShift = (int) Math.round(hght / sy);
1499               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1500               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1501               gg.transform(
1502                       AffineTransform.getScaleInstance(1D / sx, 1D / sy));
1503               ht2 += newHeight;
1504             }
1505             else
1506             /**
1507              * Java only
1508              *
1509              * @j2sIgnore
1510              */
1511             {
1512               // Java ('normal') method is to scale the font to fit
1513
1514               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1515               Font font = ofont
1516                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1517               g.setFont(font);
1518               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1519               g.setFont(ofont);
1520
1521               ht += newHeight;
1522             }
1523           }
1524         }
1525       }
1526       x++;
1527     }
1528     if (_aa.threshold != null)
1529     {
1530       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1531       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1532       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1533               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1534               { 5f, 3f }, 0f));
1535
1536       y2 = (int) (y
1537               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1538       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1539       g2.setStroke(new BasicStroke());
1540     }
1541   }
1542
1543   // used by overview window
1544   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1545           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1546   {
1547     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1548     g.setColor(Color.white);
1549     g.fillRect(0, 0, width, y);
1550     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1551
1552     int x = 0, height;
1553
1554     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1555     {
1556       if (aa_annotations[j] != null)
1557       {
1558         if (aa_annotations[j].colour == null)
1559         {
1560           g.setColor(Color.black);
1561         }
1562         else
1563         {
1564           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1565         }
1566
1567         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1568         if (height > y)
1569         {
1570           height = y;
1571         }
1572
1573         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1574       }
1575       x += charWidth;
1576     }
1577   }
1578
1579   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1580   {
1581     switch (lastss)
1582     {
1583     case '{':
1584     case '}':
1585       return new Color(255, 125, 5);
1586
1587     case '[':
1588     case ']':
1589       return new Color(245, 115, 10);
1590
1591     case '>':
1592     case '<':
1593       return new Color(235, 135, 15);
1594
1595     case 'A':
1596     case 'a':
1597       return new Color(225, 105, 20);
1598
1599     case 'B':
1600     case 'b':
1601       return new Color(215, 145, 30);
1602
1603     case 'C':
1604     case 'c':
1605       return new Color(205, 95, 35);
1606
1607     case 'D':
1608     case 'd':
1609       return new Color(195, 155, 45);
1610
1611     case 'E':
1612     case 'e':
1613       return new Color(185, 85, 55);
1614
1615     case 'F':
1616     case 'f':
1617       return new Color(175, 165, 65);
1618
1619     case 'G':
1620     case 'g':
1621       return new Color(170, 75, 75);
1622
1623     case 'H':
1624     case 'h':
1625       return new Color(160, 175, 85);
1626
1627     case 'I':
1628     case 'i':
1629       return new Color(150, 65, 95);
1630
1631     case 'J':
1632     case 'j':
1633       return new Color(140, 185, 105);
1634
1635     case 'K':
1636     case 'k':
1637       return new Color(130, 55, 110);
1638
1639     case 'L':
1640     case 'l':
1641       return new Color(120, 195, 120);
1642
1643     case 'M':
1644     case 'm':
1645       return new Color(110, 45, 130);
1646
1647     case 'N':
1648     case 'n':
1649       return new Color(100, 205, 140);
1650
1651     case 'O':
1652     case 'o':
1653       return new Color(90, 35, 150);
1654
1655     case 'P':
1656     case 'p':
1657       return new Color(85, 215, 160);
1658
1659     case 'Q':
1660     case 'q':
1661       return new Color(75, 25, 170);
1662
1663     case 'R':
1664     case 'r':
1665       return new Color(65, 225, 180);
1666
1667     case 'S':
1668     case 's':
1669       return new Color(55, 15, 185);
1670
1671     case 'T':
1672     case 't':
1673       return new Color(45, 235, 195);
1674
1675     case 'U':
1676     case 'u':
1677       return new Color(35, 5, 205);
1678
1679     case 'V':
1680     case 'v':
1681       return new Color(25, 245, 215);
1682
1683     case 'W':
1684     case 'w':
1685       return new Color(15, 0, 225);
1686
1687     case 'X':
1688     case 'x':
1689       return new Color(10, 255, 235);
1690
1691     case 'Y':
1692     case 'y':
1693       return new Color(5, 150, 245);
1694
1695     case 'Z':
1696     case 'z':
1697       return new Color(0, 80, 255);
1698
1699     default:
1700       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1701       return null;
1702
1703     }
1704   }
1705 }