src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  30 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  31
  32 /**
  33  * Class JSeq.
  34  *
  35  * @version $Revision$ $Date$
  36  */
  37 public class JSeq implements java.io.Serializable
  38 {
  39
  40   // --------------------------/
  41   // - Class/Member Variables -/
  42   // --------------------------/
  43
  44   /**
  45    * Field _colour.
  46    */
  47   private int _colour;
  48
  49   /**
  50    * keeps track of state for field: _colour
  51    */
  52   private boolean _has_colour;
  53
  54   /**
  55    * Field _start.
  56    */
  57   private int _start;
  58
  59   /**
  60    * keeps track of state for field: _start
  61    */
  62   private boolean _has_start;
  63
  64   /**
  65    * Field _end.
  66    */
  67   private int _end;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _end
  71    */
  72   private boolean _has_end;
  73
  74   /**
  75    * Field _id.
  76    */
  77   private java.lang.String _id;
  78
  79   /**
  80    * Field _hidden.
  81    */
  82   private boolean _hidden;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _hidden
  86    */
  87   private boolean _has_hidden;
  88
  89   /**
  90    * Field _featuresList.
  91    */
  92   private java.util.Vector _featuresList;
  93
  94   /**
  95    * Field _pdbidsList.
  96    */
  97   private java.util.Vector _pdbidsList;
  98
  99   /**
 100    * Field _hiddenSequencesList.
 101    */
 102   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
 103
 104   // ----------------/
 105   // - Constructors -/
 106   // ----------------/
 107
 108   public JSeq()
 109   {
 110     super();
 111     this._featuresList = new java.util.Vector();
 112     this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 113     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 114   }
 115
 116   // -----------/
 117   // - Methods -/
 118   // -----------/
 119
 120   /**
 121    *
 122    *
 123    * @param vFeatures
 124    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 125    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 126    */
 127   public void addFeatures(
 128           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 129           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 130   {
 131     this._featuresList.addElement(vFeatures);
 132   }
 133
 134   /**
 135    *
 136    *
 137    * @param index
 138    * @param vFeatures
 139    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 140    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 141    */
 142   public void addFeatures(final int index,
 143           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 144           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 145   {
 146     this._featuresList.add(index, vFeatures);
 147   }
 148
 149   /**
 150    *
 151    *
 152    * @param vHiddenSequences
 153    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 154    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 155    */
 156   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 157           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 158   {
 159     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(
 160             vHiddenSequences));
 161   }
 162
 163   /**
 164    *
 165    *
 166    * @param index
 167    * @param vHiddenSequences
 168    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 169    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 170    */
 171   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 172           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 173   {
 174     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(
 175             vHiddenSequences));
 176   }
 177
 178   /**
 179    *
 180    *
 181    * @param vPdbids
 182    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 183    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 184    */
 185   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 186           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 187   {
 188     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 189   }
 190
 191   /**
 192    *
 193    *
 194    * @param index
 195    * @param vPdbids
 196    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 197    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 198    */
 199   public void addPdbids(final int index,
 200           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 201           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 202   {
 203     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 204   }
 205
 206   /**
 207      */
 208   public void deleteColour()
 209   {
 210     this._has_colour = false;
 211   }
 212
 213   /**
 214      */
 215   public void deleteEnd()
 216   {
 217     this._has_end = false;
 218   }
 219
 220   /**
 221      */
 222   public void deleteHidden()
 223   {
 224     this._has_hidden = false;
 225   }
 226
 227   /**
 228      */
 229   public void deleteStart()
 230   {
 231     this._has_start = false;
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Method enumerateFeatures.
 236    *
 237    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features
 238    *         elements
 239    */
 240   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()
 241   {
 242     return this._featuresList.elements();
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Method enumerateHiddenSequences.
 247    *
 248    * @return an Enumeration over all int elements
 249    */
 250   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()
 251   {
 252     return this._hiddenSequencesList.elements();
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Method enumeratePdbids.
 257    *
 258    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids
 259    *         elements
 260    */
 261   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()
 262   {
 263     return this._pdbidsList.elements();
 264   }
 265
 266   /**
 267    * Returns the value of field 'colour'.
 268    *
 269    * @return the value of field 'Colour'.
 270    */
 271   public int getColour()
 272   {
 273     return this._colour;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Returns the value of field 'end'.
 278    *
 279    * @return the value of field 'End'.
 280    */
 281   public int getEnd()
 282   {
 283     return this._end;
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Method getFeatures.
 288    *
 289    * @param index
 290    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 291    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 292    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the
 293    *         given index
 294    */
 295   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)
 296           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 297   {
 298     // check bounds for index
 299     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 300     {
 301         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 302                           "getFeatures",
 303                           Integer.valueOf(index).toString(),
 304                           Integer.valueOf((this._featuresList.size() - 1)).toString()
 305           }));
 306     }
 307
 308     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList
 309             .get(index);
 310   }
 311
 312   /**
 313    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.
 314    * <p>
 315    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 316    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 317    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 318    *
 319    * @return this collection as an Array
 320    */
 321   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()
 322   {
 323     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 324     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList
 325             .toArray(array);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Method getFeaturesCount.
 330    *
 331    * @return the size of this collection
 332    */
 333   public int getFeaturesCount()
 334   {
 335     return this._featuresList.size();
 336   }
 337
 338   /**
 339    * Returns the value of field 'hidden'.
 340    *
 341    * @return the value of field 'Hidden'.
 342    */
 343   public boolean getHidden()
 344   {
 345     return this._hidden;
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Method getHiddenSequences.
 350    *
 351    * @param index
 352    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 353    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 354    * @return the value of the int at the given index
 355    */
 356   public int getHiddenSequences(final int index)
 357           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 358   {
 359     // check bounds for index
 360     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 361     {
 362         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 363                   "getHiddenSequences",
 364                   Integer.valueOf(index).toString(),
 365                   Integer.valueOf((this._hiddenSequencesList.size() - 1)).toString()
 366         }));
 367     }
 368
 369     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an
 374    * Array.
 375    *
 376    * @return this collection as an Array
 377    */
 378   public int[] getHiddenSequences()
 379   {
 380     int size = this._hiddenSequencesList.size();
 381     int[] array = new int[size];
 382     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 383     for (int index = 0; index < size; index++)
 384     {
 385       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 386     }
 387     return array;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Method getHiddenSequencesCount.
 392    *
 393    * @return the size of this collection
 394    */
 395   public int getHiddenSequencesCount()
 396   {
 397     return this._hiddenSequencesList.size();
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Returns the value of field 'id'.
 402    *
 403    * @return the value of field 'Id'.
 404    */
 405   public java.lang.String getId()
 406   {
 407     return this._id;
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Method getPdbids.
 412    *
 413    * @param index
 414    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 415    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 416    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given
 417    *         index
 418    */
 419   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)
 420           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 421   {
 422     // check bounds for index
 423     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 424     {
 425         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 426                           "getPdbids",
 427                           Integer.valueOf(index).toString(),
 428                           Integer.valueOf((this._pdbidsList.size() - 1)).toString()
 429           }));
 430     }
 431
 432     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.
 437    * <p>
 438    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 439    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 440    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 441    *
 442    * @return this collection as an Array
 443    */
 444   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()
 445   {
 446     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 447     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList
 448             .toArray(array);
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Method getPdbidsCount.
 453    *
 454    * @return the size of this collection
 455    */
 456   public int getPdbidsCount()
 457   {
 458     return this._pdbidsList.size();
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Returns the value of field 'start'.
 463    *
 464    * @return the value of field 'Start'.
 465    */
 466   public int getStart()
 467   {
 468     return this._start;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Method hasColour.
 473    *
 474    * @return true if at least one Colour has been added
 475    */
 476   public boolean hasColour()
 477   {
 478     return this._has_colour;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Method hasEnd.
 483    *
 484    * @return true if at least one End has been added
 485    */
 486   public boolean hasEnd()
 487   {
 488     return this._has_end;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Method hasHidden.
 493    *
 494    * @return true if at least one Hidden has been added
 495    */
 496   public boolean hasHidden()
 497   {
 498     return this._has_hidden;
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Method hasStart.
 503    *
 504    * @return true if at least one Start has been added
 505    */
 506   public boolean hasStart()
 507   {
 508     return this._has_start;
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Returns the value of field 'hidden'.
 513    *
 514    * @return the value of field 'Hidden'.
 515    */
 516   public boolean isHidden()
 517   {
 518     return this._hidden;
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Method isValid.
 523    *
 524    * @return true if this object is valid according to the schema
 525    */
 526   public boolean isValid()
 527   {
 528     try
 529     {
 530       validate();
 531     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 532     {
 533       return false;
 534     }
 535     return true;
 536   }
 537
 538   /**
 539    *
 540    *
 541    * @param out
 542    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 543    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 544    *           marshaling
 545    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 546    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 547    */
 548   public void marshal(final java.io.Writer out)
 549           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 550           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 551   {
 552     Marshaller.marshal(this, out);
 553   }
 554
 555   /**
 556    *
 557    *
 558    * @param handler
 559    * @throws java.io.IOException
 560    *           if an IOException occurs during marshaling
 561    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 562    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 563    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 564    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 565    *           marshaling
 566    */
 567   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 568           throws java.io.IOException,
 569           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 570           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 571   {
 572     Marshaller.marshal(this, handler);
 573   }
 574
 575   /**
 576      */
 577   public void removeAllFeatures()
 578   {
 579     this._featuresList.clear();
 580   }
 581
 582   /**
 583      */
 584   public void removeAllHiddenSequences()
 585   {
 586     this._hiddenSequencesList.clear();
 587   }
 588
 589   /**
 590      */
 591   public void removeAllPdbids()
 592   {
 593     this._pdbidsList.clear();
 594   }
 595
 596   /**
 597    * Method removeFeatures.
 598    *
 599    * @param vFeatures
 600    * @return true if the object was removed from the collection.
 601    */
 602   public boolean removeFeatures(
 603           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 604   {
 605     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 606     return removed;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Method removeFeaturesAt.
 611    *
 612    * @param index
 613    * @return the element removed from the collection
 614    */
 615   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 616           final int index)
 617   {
 618     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 619     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Method removeHiddenSequences.
 624    *
 625    * @param vHiddenSequences
 626    * @return true if the object was removed from the collection.
 627    */
 628   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 629   {
 630     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(
 631             vHiddenSequences));
 632     return removed;
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Method removeHiddenSequencesAt.
 637    *
 638    * @param index
 639    * @return the element removed from the collection
 640    */
 641   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)
 642   {
 643     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 644     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 645   }
 646
 647   /**
 648    * Method removePdbids.
 649    *
 650    * @param vPdbids
 651    * @return true if the object was removed from the collection.
 652    */
 653   public boolean removePdbids(
 654           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 655   {
 656     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 657     return removed;
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Method removePdbidsAt.
 662    *
 663    * @param index
 664    * @return the element removed from the collection
 665    */
 666   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 667           final int index)
 668   {
 669     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 670     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Sets the value of field 'colour'.
 675    *
 676    * @param colour
 677    *          the value of field 'colour'.
 678    */
 679   public void setColour(final int colour)
 680   {
 681     this._colour = colour;
 682     this._has_colour = true;
 683   }
 684
 685   /**
 686    * Sets the value of field 'end'.
 687    *
 688    * @param end
 689    *          the value of field 'end'.
 690    */
 691   public void setEnd(final int end)
 692   {
 693     this._end = end;
 694     this._has_end = true;
 695   }
 696
 697   /**
 698    *
 699    *
 700    * @param index
 701    * @param vFeatures
 702    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 703    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 704    */
 705   public void setFeatures(final int index,
 706           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 707           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 708   {
 709     // check bounds for index
 710     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 711     {
 712         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 713                   "setFeatures",
 714                   Integer.valueOf(index).toString(),
 715                   Integer.valueOf((this._featuresList.size() - 1)).toString()
 716         }));
 717     }
 718
 719     this._featuresList.set(index, vFeatures);
 720   }
 721
 722   /**
 723    *
 724    *
 725    * @param vFeaturesArray
 726    */
 727   public void setFeatures(
 728           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)
 729   {
 730     // -- copy array
 731     _featuresList.clear();
 732
 733     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)
 734     {
 735       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 736     }
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Sets the value of field 'hidden'.
 741    *
 742    * @param hidden
 743    *          the value of field 'hidden'.
 744    */
 745   public void setHidden(final boolean hidden)
 746   {
 747     this._hidden = hidden;
 748     this._has_hidden = true;
 749   }
 750
 751   /**
 752    *
 753    *
 754    * @param index
 755    * @param vHiddenSequences
 756    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 757    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 758    */
 759   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 760           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 761   {
 762     // check bounds for index
 763     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 764     {
 765         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 766                           "setHiddenSequences",
 767                           Integer.valueOf(index).toString(),
 768                           Integer.valueOf((this._hiddenSequencesList.size() - 1)).toString()
 769           }));
 770     }
 771
 772     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(
 773             vHiddenSequences));
 774   }
 775
 776   /**
 777    *
 778    *
 779    * @param vHiddenSequencesArray
 780    */
 781   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)
 782   {
 783     // -- copy array
 784     _hiddenSequencesList.clear();
 785
 786     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)
 787     {
 788       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(
 789               vHiddenSequencesArray[i]));
 790     }
 791   }
 792
 793   /**
 794    * Sets the value of field 'id'.
 795    *
 796    * @param id
 797    *          the value of field 'id'.
 798    */
 799   public void setId(final java.lang.String id)
 800   {
 801     this._id = id;
 802   }
 803
 804   /**
 805    *
 806    *
 807    * @param index
 808    * @param vPdbids
 809    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 810    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 811    */
 812   public void setPdbids(final int index,
 813           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 814           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 815   {
 816     // check bounds for index
 817     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 818     {
 819         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 820                   "setPdbids",
 821                   Integer.valueOf(index).toString(),
 822                   Integer.valueOf((this._pdbidsList.size() - 1)).toString()
 823         }));
 824     }
 825
 826     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 827   }
 828
 829   /**
 830    *
 831    *
 832    * @param vPdbidsArray
 833    */
 834   public void setPdbids(
 835           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)
 836   {
 837     // -- copy array
 838     _pdbidsList.clear();
 839
 840     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)
 841     {
 842       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 843     }
 844   }
 845
 846   /**
 847    * Sets the value of field 'start'.
 848    *
 849    * @param start
 850    *          the value of field 'start'.
 851    */
 852   public void setStart(final int start)
 853   {
 854     this._start = start;
 855     this._has_start = true;
 856   }
 857
 858   /**
 859    * Method unmarshal.
 860    *
 861    * @param reader
 862    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 863    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 864    *           marshaling
 865    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 866    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 867    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
 868    */
 869   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
 870           final java.io.Reader reader)
 871           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 872           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 873   {
 874     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(
 875             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
 876   }
 877
 878   /**
 879    *
 880    *
 881    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 882    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 883    */
 884   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 885   {
 886     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 887     validator.validate(this);
 888   }
 889
 890 }