src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class JSeq.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _colour.\r
  42      */\r
  43     private int _colour;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _colour\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_colour;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _start.\r
  52      */\r
  53     private int _start;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _start\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_start;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _end.\r
  62      */\r
  63     private int _end;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * keeps track of state for field: _end\r
  67      */\r
  68     private boolean _has_end;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Field _id.\r
  72      */\r
  73     private java.lang.String _id;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * Field _hidden.\r
  77      */\r
  78     private boolean _hidden;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * keeps track of state for field: _hidden\r
  82      */\r
  83     private boolean _has_hidden;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _featuresList.\r
  87      */\r
  88     private java.util.Vector _featuresList;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _pdbidsList.\r
  92      */\r
  93     private java.util.Vector _pdbidsList;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Field _hiddenSequencesList.\r
  97      */\r
  98     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;\r
  99 \r
 100 \r
 101       //----------------/\r
 102      //- Constructors -/\r
 103     //----------------/\r
 104 \r
 105     public JSeq() {\r
 106         super();\r
 107         this._featuresList = new java.util.Vector();\r
 108         this._pdbidsList = new java.util.Vector();\r
 109         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();\r
 110     }\r
 111 \r
 112 \r
 113       //-----------/\r
 114      //- Methods -/\r
 115     //-----------/\r
 116 \r
 117     /**\r
 118      * \r
 119      * \r
 120      * @param vFeatures\r
 121      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 122      * given is outside the bounds of the collection\r
 123      */\r
 124     public void addFeatures(\r
 125             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 126     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 127         this._featuresList.addElement(vFeatures);\r
 128     }\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * \r
 132      * \r
 133      * @param index\r
 134      * @param vFeatures\r
 135      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 136      * given is outside the bounds of the collection\r
 137      */\r
 138     public void addFeatures(\r
 139             final int index,\r
 140             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 141     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 142         this._featuresList.add(index, vFeatures);\r
 143     }\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * \r
 147      * \r
 148      * @param vHiddenSequences\r
 149      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 150      * given is outside the bounds of the collection\r
 151      */\r
 152     public void addHiddenSequences(\r
 153             final int vHiddenSequences)\r
 154     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 155         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * \r
 160      * \r
 161      * @param index\r
 162      * @param vHiddenSequences\r
 163      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 164      * given is outside the bounds of the collection\r
 165      */\r
 166     public void addHiddenSequences(\r
 167             final int index,\r
 168             final int vHiddenSequences)\r
 169     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 170         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 171     }\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * \r
 175      * \r
 176      * @param vPdbids\r
 177      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 178      * given is outside the bounds of the collection\r
 179      */\r
 180     public void addPdbids(\r
 181             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 182     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 183         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * \r
 188      * \r
 189      * @param index\r
 190      * @param vPdbids\r
 191      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 192      * given is outside the bounds of the collection\r
 193      */\r
 194     public void addPdbids(\r
 195             final int index,\r
 196             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 197     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 198         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);\r
 199     }\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      */\r
 203     public void deleteColour(\r
 204     ) {\r
 205         this._has_colour= false;\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      */\r
 210     public void deleteEnd(\r
 211     ) {\r
 212         this._has_end= false;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      */\r
 217     public void deleteHidden(\r
 218     ) {\r
 219         this._has_hidden= false;\r
 220     }\r
 221 \r
 222     /**\r
 223      */\r
 224     public void deleteStart(\r
 225     ) {\r
 226         this._has_start= false;\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Method enumerateFeatures.\r
 231      * \r
 232      * @return an Enumeration over all\r
 233      * jalview.schemabinding.version2.Features elements\r
 234      */\r
 235     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(\r
 236     ) {\r
 237         return this._featuresList.elements();\r
 238     }\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * Method enumerateHiddenSequences.\r
 242      * \r
 243      * @return an Enumeration over all int elements\r
 244      */\r
 245     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(\r
 246     ) {\r
 247         return this._hiddenSequencesList.elements();\r
 248     }\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Method enumeratePdbids.\r
 252      * \r
 253      * @return an Enumeration over all\r
 254      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements\r
 255      */\r
 256     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(\r
 257     ) {\r
 258         return this._pdbidsList.elements();\r
 259     }\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * Returns the value of field 'colour'.\r
 263      * \r
 264      * @return the value of field 'Colour'.\r
 265      */\r
 266     public int getColour(\r
 267     ) {\r
 268         return this._colour;\r
 269     }\r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * Returns the value of field 'end'.\r
 273      * \r
 274      * @return the value of field 'End'.\r
 275      */\r
 276     public int getEnd(\r
 277     ) {\r
 278         return this._end;\r
 279     }\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * Method getFeatures.\r
 283      * \r
 284      * @param index\r
 285      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 286      * given is outside the bounds of the collection\r
 287      * @return the value of the\r
 288      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index\r
 289      */\r
 290     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(\r
 291             final int index)\r
 292     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 293         // check bounds for index\r
 294         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 295             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 296         }\r
 297         \r
 298         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);\r
 299     }\r
 300 \r
 301     /**\r
 302      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in\r
 303      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 304      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 305      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 306      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 307      * \r
 308      * @return this collection as an Array\r
 309      */\r
 310     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(\r
 311     ) {\r
 312         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];\r
 313         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);\r
 314     }\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * Method getFeaturesCount.\r
 318      * \r
 319      * @return the size of this collection\r
 320      */\r
 321     public int getFeaturesCount(\r
 322     ) {\r
 323         return this._featuresList.size();\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 328      * \r
 329      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 330      */\r
 331     public boolean getHidden(\r
 332     ) {\r
 333         return this._hidden;\r
 334     }\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * Method getHiddenSequences.\r
 338      * \r
 339      * @param index\r
 340      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 341      * given is outside the bounds of the collection\r
 342      * @return the value of the int at the given index\r
 343      */\r
 344     public int getHiddenSequences(\r
 345             final int index)\r
 346     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 347         // check bounds for index\r
 348         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 349             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 350         }\r
 351         \r
 352         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();\r
 353     }\r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the\r
 357      * collection in an Array.  \r
 358      * \r
 359      * @return this collection as an Array\r
 360      */\r
 361     public int[] getHiddenSequences(\r
 362     ) {\r
 363         int size = this._hiddenSequencesList.size();\r
 364         int[] array = new int[size];\r
 365         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();\r
 366         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 367             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();\r
 368         }\r
 369         return array;\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * Method getHiddenSequencesCount.\r
 374      * \r
 375      * @return the size of this collection\r
 376      */\r
 377     public int getHiddenSequencesCount(\r
 378     ) {\r
 379         return this._hiddenSequencesList.size();\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Returns the value of field 'id'.\r
 384      * \r
 385      * @return the value of field 'Id'.\r
 386      */\r
 387     public java.lang.String getId(\r
 388     ) {\r
 389         return this._id;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Method getPdbids.\r
 394      * \r
 395      * @param index\r
 396      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 397      * given is outside the bounds of the collection\r
 398      * @return the value of the\r
 399      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index\r
 400      */\r
 401     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(\r
 402             final int index)\r
 403     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 404         // check bounds for index\r
 405         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 406             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 407         }\r
 408         \r
 409         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);\r
 410     }\r
 411 \r
 412     /**\r
 413      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in\r
 414      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 415      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 416      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 417      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 418      * \r
 419      * @return this collection as an Array\r
 420      */\r
 421     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(\r
 422     ) {\r
 423         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];\r
 424         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);\r
 425     }\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * Method getPdbidsCount.\r
 429      * \r
 430      * @return the size of this collection\r
 431      */\r
 432     public int getPdbidsCount(\r
 433     ) {\r
 434         return this._pdbidsList.size();\r
 435     }\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Returns the value of field 'start'.\r
 439      * \r
 440      * @return the value of field 'Start'.\r
 441      */\r
 442     public int getStart(\r
 443     ) {\r
 444         return this._start;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * Method hasColour.\r
 449      * \r
 450      * @return true if at least one Colour has been added\r
 451      */\r
 452     public boolean hasColour(\r
 453     ) {\r
 454         return this._has_colour;\r
 455     }\r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * Method hasEnd.\r
 459      * \r
 460      * @return true if at least one End has been added\r
 461      */\r
 462     public boolean hasEnd(\r
 463     ) {\r
 464         return this._has_end;\r
 465     }\r
 466 \r
 467     /**\r
 468      * Method hasHidden.\r
 469      * \r
 470      * @return true if at least one Hidden has been added\r
 471      */\r
 472     public boolean hasHidden(\r
 473     ) {\r
 474         return this._has_hidden;\r
 475     }\r
 476 \r
 477     /**\r
 478      * Method hasStart.\r
 479      * \r
 480      * @return true if at least one Start has been added\r
 481      */\r
 482     public boolean hasStart(\r
 483     ) {\r
 484         return this._has_start;\r
 485     }\r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * Returns the value of field 'hidden'.\r
 489      * \r
 490      * @return the value of field 'Hidden'.\r
 491      */\r
 492     public boolean isHidden(\r
 493     ) {\r
 494         return this._hidden;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     /**\r
 498      * Method isValid.\r
 499      * \r
 500      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 501      */\r
 502     public boolean isValid(\r
 503     ) {\r
 504         try {\r
 505             validate();\r
 506         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 507             return false;\r
 508         }\r
 509         return true;\r
 510     }\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * \r
 514      * \r
 515      * @param out\r
 516      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 517      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 518      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 519      * object is an invalid instance according to the schema\r
 520      */\r
 521     public void marshal(\r
 522             final java.io.Writer out)\r
 523     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 524         Marshaller.marshal(this, out);\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      * \r
 529      * \r
 530      * @param handler\r
 531      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 532      * marshaling\r
 533      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 534      * object is an invalid instance according to the schema\r
 535      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 536      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 537      */\r
 538     public void marshal(\r
 539             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 540     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 541         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      */\r
 546     public void removeAllFeatures(\r
 547     ) {\r
 548         this._featuresList.clear();\r
 549     }\r
 550 \r
 551     /**\r
 552      */\r
 553     public void removeAllHiddenSequences(\r
 554     ) {\r
 555         this._hiddenSequencesList.clear();\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      */\r
 560     public void removeAllPdbids(\r
 561     ) {\r
 562         this._pdbidsList.clear();\r
 563     }\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Method removeFeatures.\r
 567      * \r
 568      * @param vFeatures\r
 569      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 570      */\r
 571     public boolean removeFeatures(\r
 572             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {\r
 573         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);\r
 574         return removed;\r
 575     }\r
 576 \r
 577     /**\r
 578      * Method removeFeaturesAt.\r
 579      * \r
 580      * @param index\r
 581      * @return the element removed from the collection\r
 582      */\r
 583     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(\r
 584             final int index) {\r
 585         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);\r
 586         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;\r
 587     }\r
 588 \r
 589     /**\r
 590      * Method removeHiddenSequences.\r
 591      * \r
 592      * @param vHiddenSequences\r
 593      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 594      */\r
 595     public boolean removeHiddenSequences(\r
 596             final int vHiddenSequences) {\r
 597         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 598         return removed;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     /**\r
 602      * Method removeHiddenSequencesAt.\r
 603      * \r
 604      * @param index\r
 605      * @return the element removed from the collection\r
 606      */\r
 607     public int removeHiddenSequencesAt(\r
 608             final int index) {\r
 609         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);\r
 610         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();\r
 611     }\r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * Method removePdbids.\r
 615      * \r
 616      * @param vPdbids\r
 617      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 618      */\r
 619     public boolean removePdbids(\r
 620             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {\r
 621         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);\r
 622         return removed;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      * Method removePdbidsAt.\r
 627      * \r
 628      * @param index\r
 629      * @return the element removed from the collection\r
 630      */\r
 631     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(\r
 632             final int index) {\r
 633         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);\r
 634         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * Sets the value of field 'colour'.\r
 639      * \r
 640      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 641      */\r
 642     public void setColour(\r
 643             final int colour) {\r
 644         this._colour = colour;\r
 645         this._has_colour = true;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     /**\r
 649      * Sets the value of field 'end'.\r
 650      * \r
 651      * @param end the value of field 'end'.\r
 652      */\r
 653     public void setEnd(\r
 654             final int end) {\r
 655         this._end = end;\r
 656         this._has_end = true;\r
 657     }\r
 658 \r
 659     /**\r
 660      * \r
 661      * \r
 662      * @param index\r
 663      * @param vFeatures\r
 664      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 665      * given is outside the bounds of the collection\r
 666      */\r
 667     public void setFeatures(\r
 668             final int index,\r
 669             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)\r
 670     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 671         // check bounds for index\r
 672         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {\r
 673             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");\r
 674         }\r
 675         \r
 676         this._featuresList.set(index, vFeatures);\r
 677     }\r
 678 \r
 679     /**\r
 680      * \r
 681      * \r
 682      * @param vFeaturesArray\r
 683      */\r
 684     public void setFeatures(\r
 685             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {\r
 686         //-- copy array\r
 687         _featuresList.clear();\r
 688         \r
 689         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {\r
 690                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);\r
 691         }\r
 692     }\r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Sets the value of field 'hidden'.\r
 696      * \r
 697      * @param hidden the value of field 'hidden'.\r
 698      */\r
 699     public void setHidden(\r
 700             final boolean hidden) {\r
 701         this._hidden = hidden;\r
 702         this._has_hidden = true;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * \r
 707      * \r
 708      * @param index\r
 709      * @param vHiddenSequences\r
 710      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 711      * given is outside the bounds of the collection\r
 712      */\r
 713     public void setHiddenSequences(\r
 714             final int index,\r
 715             final int vHiddenSequences)\r
 716     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 717         // check bounds for index\r
 718         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {\r
 719             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");\r
 720         }\r
 721         \r
 722         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));\r
 723     }\r
 724 \r
 725     /**\r
 726      * \r
 727      * \r
 728      * @param vHiddenSequencesArray\r
 729      */\r
 730     public void setHiddenSequences(\r
 731             final int[] vHiddenSequencesArray) {\r
 732         //-- copy array\r
 733         _hiddenSequencesList.clear();\r
 734         \r
 735         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {\r
 736                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));\r
 737         }\r
 738     }\r
 739 \r
 740     /**\r
 741      * Sets the value of field 'id'.\r
 742      * \r
 743      * @param id the value of field 'id'.\r
 744      */\r
 745     public void setId(\r
 746             final java.lang.String id) {\r
 747         this._id = id;\r
 748     }\r
 749 \r
 750     /**\r
 751      * \r
 752      * \r
 753      * @param index\r
 754      * @param vPdbids\r
 755      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 756      * given is outside the bounds of the collection\r
 757      */\r
 758     public void setPdbids(\r
 759             final int index,\r
 760             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)\r
 761     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 762         // check bounds for index\r
 763         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {\r
 764             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");\r
 765         }\r
 766         \r
 767         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);\r
 768     }\r
 769 \r
 770     /**\r
 771      * \r
 772      * \r
 773      * @param vPdbidsArray\r
 774      */\r
 775     public void setPdbids(\r
 776             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {\r
 777         //-- copy array\r
 778         _pdbidsList.clear();\r
 779         \r
 780         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {\r
 781                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);\r
 782         }\r
 783     }\r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * Sets the value of field 'start'.\r
 787      * \r
 788      * @param start the value of field 'start'.\r
 789      */\r
 790     public void setStart(\r
 791             final int start) {\r
 792         this._start = start;\r
 793         this._has_start = true;\r
 794     }\r
 795 \r
 796     /**\r
 797      * Method unmarshal.\r
 798      * \r
 799      * @param reader\r
 800      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 801      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 802      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 803      * object is an invalid instance according to the schema\r
 804      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 805      */\r
 806     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(\r
 807             final java.io.Reader reader)\r
 808     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 809         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);\r
 810     }\r
 811 \r
 812     /**\r
 813      * \r
 814      * \r
 815      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 816      * object is an invalid instance according to the schema\r
 817      */\r
 818     public void validate(\r
 819     )\r
 820     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 821         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 822         validator.validate(this);\r
 823     }\r
 824 \r
 825 }\r