src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Tree.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Tree implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _width.\r
  42      */\r
  43     private int _width;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _width\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_width;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _height.\r
  52      */\r
  53     private int _height;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _height\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_height;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _xpos.\r
  62      */\r
  63     private int _xpos;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * keeps track of state for field: _xpos\r
  67      */\r
  68     private boolean _has_xpos;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Field _ypos.\r
  72      */\r
  73     private int _ypos;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * keeps track of state for field: _ypos\r
  77      */\r
  78     private boolean _has_ypos;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * Field _fontName.\r
  82      */\r
  83     private java.lang.String _fontName;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _fontSize.\r
  87      */\r
  88     private int _fontSize;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * keeps track of state for field: _fontSize\r
  92      */\r
  93     private boolean _has_fontSize;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Field _fontStyle.\r
  97      */\r
  98     private int _fontStyle;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 102      */\r
 103     private boolean _has_fontStyle;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * Field _threshold.\r
 107      */\r
 108     private float _threshold;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * keeps track of state for field: _threshold\r
 112      */\r
 113     private boolean _has_threshold;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * Field _showBootstrap.\r
 117      */\r
 118     private boolean _showBootstrap;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * keeps track of state for field: _showBootstrap\r
 122      */\r
 123     private boolean _has_showBootstrap;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * Field _showDistances.\r
 127      */\r
 128     private boolean _showDistances;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * keeps track of state for field: _showDistances\r
 132      */\r
 133     private boolean _has_showDistances;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * Field _markUnlinked.\r
 137      */\r
 138     private boolean _markUnlinked;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * keeps track of state for field: _markUnlinked\r
 142      */\r
 143     private boolean _has_markUnlinked;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * Field _fitToWindow.\r
 147      */\r
 148     private boolean _fitToWindow;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * keeps track of state for field: _fitToWindow\r
 152      */\r
 153     private boolean _has_fitToWindow;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * Field _currentTree.\r
 157      */\r
 158     private boolean _currentTree;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * keeps track of state for field: _currentTree\r
 162      */\r
 163     private boolean _has_currentTree;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * Tree ID added for binding tree visualization settings to\r
 167      * vamsas document trees in jalview 2.4.1\r
 168      */\r
 169     private java.lang.String _id;\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * Field _title.\r
 173      */\r
 174     private java.lang.String _title;\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Field _newick.\r
 178      */\r
 179     private java.lang.String _newick;\r
 180 \r
 181 \r
 182       //----------------/\r
 183      //- Constructors -/\r
 184     //----------------/\r
 185 \r
 186     public Tree() {\r
 187         super();\r
 188     }\r
 189 \r
 190 \r
 191       //-----------/\r
 192      //- Methods -/\r
 193     //-----------/\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      */\r
 197     public void deleteCurrentTree(\r
 198     ) {\r
 199         this._has_currentTree= false;\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      */\r
 204     public void deleteFitToWindow(\r
 205     ) {\r
 206         this._has_fitToWindow= false;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      */\r
 211     public void deleteFontSize(\r
 212     ) {\r
 213         this._has_fontSize= false;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      */\r
 218     public void deleteFontStyle(\r
 219     ) {\r
 220         this._has_fontStyle= false;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      */\r
 225     public void deleteHeight(\r
 226     ) {\r
 227         this._has_height= false;\r
 228     }\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      */\r
 232     public void deleteMarkUnlinked(\r
 233     ) {\r
 234         this._has_markUnlinked= false;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     /**\r
 238      */\r
 239     public void deleteShowBootstrap(\r
 240     ) {\r
 241         this._has_showBootstrap= false;\r
 242     }\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      */\r
 246     public void deleteShowDistances(\r
 247     ) {\r
 248         this._has_showDistances= false;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      */\r
 253     public void deleteThreshold(\r
 254     ) {\r
 255         this._has_threshold= false;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      */\r
 260     public void deleteWidth(\r
 261     ) {\r
 262         this._has_width= false;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      */\r
 267     public void deleteXpos(\r
 268     ) {\r
 269         this._has_xpos= false;\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      */\r
 274     public void deleteYpos(\r
 275     ) {\r
 276         this._has_ypos= false;\r
 277     }\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 281      * \r
 282      * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 283      */\r
 284     public boolean getCurrentTree(\r
 285     ) {\r
 286         return this._currentTree;\r
 287     }\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 291      * \r
 292      * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 293      */\r
 294     public boolean getFitToWindow(\r
 295     ) {\r
 296         return this._fitToWindow;\r
 297     }\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 301      * \r
 302      * @return the value of field 'FontName'.\r
 303      */\r
 304     public java.lang.String getFontName(\r
 305     ) {\r
 306         return this._fontName;\r
 307     }\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 311      * \r
 312      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 313      */\r
 314     public int getFontSize(\r
 315     ) {\r
 316         return this._fontSize;\r
 317     }\r
 318 \r
 319     /**\r
 320      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 321      * \r
 322      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 323      */\r
 324     public int getFontStyle(\r
 325     ) {\r
 326         return this._fontStyle;\r
 327     }\r
 328 \r
 329     /**\r
 330      * Returns the value of field 'height'.\r
 331      * \r
 332      * @return the value of field 'Height'.\r
 333      */\r
 334     public int getHeight(\r
 335     ) {\r
 336         return this._height;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 341      * following description: Tree ID added for binding tree\r
 342      * visualization settings to vamsas document trees in jalview\r
 343      * 2.4.1\r
 344      * \r
 345      * @return the value of field 'Id'.\r
 346      */\r
 347     public java.lang.String getId(\r
 348     ) {\r
 349         return this._id;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 354      * \r
 355      * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 356      */\r
 357     public boolean getMarkUnlinked(\r
 358     ) {\r
 359         return this._markUnlinked;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * Returns the value of field 'newick'.\r
 364      * \r
 365      * @return the value of field 'Newick'.\r
 366      */\r
 367     public java.lang.String getNewick(\r
 368     ) {\r
 369         return this._newick;\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 374      * \r
 375      * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 376      */\r
 377     public boolean getShowBootstrap(\r
 378     ) {\r
 379         return this._showBootstrap;\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 384      * \r
 385      * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 386      */\r
 387     public boolean getShowDistances(\r
 388     ) {\r
 389         return this._showDistances;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Returns the value of field 'threshold'.\r
 394      * \r
 395      * @return the value of field 'Threshold'.\r
 396      */\r
 397     public float getThreshold(\r
 398     ) {\r
 399         return this._threshold;\r
 400     }\r
 401 \r
 402     /**\r
 403      * Returns the value of field 'title'.\r
 404      * \r
 405      * @return the value of field 'Title'.\r
 406      */\r
 407     public java.lang.String getTitle(\r
 408     ) {\r
 409         return this._title;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     /**\r
 413      * Returns the value of field 'width'.\r
 414      * \r
 415      * @return the value of field 'Width'.\r
 416      */\r
 417     public int getWidth(\r
 418     ) {\r
 419         return this._width;\r
 420     }\r
 421 \r
 422     /**\r
 423      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 424      * \r
 425      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 426      */\r
 427     public int getXpos(\r
 428     ) {\r
 429         return this._xpos;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 434      * \r
 435      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 436      */\r
 437     public int getYpos(\r
 438     ) {\r
 439         return this._ypos;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     /**\r
 443      * Method hasCurrentTree.\r
 444      * \r
 445      * @return true if at least one CurrentTree has been added\r
 446      */\r
 447     public boolean hasCurrentTree(\r
 448     ) {\r
 449         return this._has_currentTree;\r
 450     }\r
 451 \r
 452     /**\r
 453      * Method hasFitToWindow.\r
 454      * \r
 455      * @return true if at least one FitToWindow has been added\r
 456      */\r
 457     public boolean hasFitToWindow(\r
 458     ) {\r
 459         return this._has_fitToWindow;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * Method hasFontSize.\r
 464      * \r
 465      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 466      */\r
 467     public boolean hasFontSize(\r
 468     ) {\r
 469         return this._has_fontSize;\r
 470     }\r
 471 \r
 472     /**\r
 473      * Method hasFontStyle.\r
 474      * \r
 475      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 476      */\r
 477     public boolean hasFontStyle(\r
 478     ) {\r
 479         return this._has_fontStyle;\r
 480     }\r
 481 \r
 482     /**\r
 483      * Method hasHeight.\r
 484      * \r
 485      * @return true if at least one Height has been added\r
 486      */\r
 487     public boolean hasHeight(\r
 488     ) {\r
 489         return this._has_height;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * Method hasMarkUnlinked.\r
 494      * \r
 495      * @return true if at least one MarkUnlinked has been added\r
 496      */\r
 497     public boolean hasMarkUnlinked(\r
 498     ) {\r
 499         return this._has_markUnlinked;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     /**\r
 503      * Method hasShowBootstrap.\r
 504      * \r
 505      * @return true if at least one ShowBootstrap has been added\r
 506      */\r
 507     public boolean hasShowBootstrap(\r
 508     ) {\r
 509         return this._has_showBootstrap;\r
 510     }\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * Method hasShowDistances.\r
 514      * \r
 515      * @return true if at least one ShowDistances has been added\r
 516      */\r
 517     public boolean hasShowDistances(\r
 518     ) {\r
 519         return this._has_showDistances;\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * Method hasThreshold.\r
 524      * \r
 525      * @return true if at least one Threshold has been added\r
 526      */\r
 527     public boolean hasThreshold(\r
 528     ) {\r
 529         return this._has_threshold;\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * Method hasWidth.\r
 534      * \r
 535      * @return true if at least one Width has been added\r
 536      */\r
 537     public boolean hasWidth(\r
 538     ) {\r
 539         return this._has_width;\r
 540     }\r
 541 \r
 542     /**\r
 543      * Method hasXpos.\r
 544      * \r
 545      * @return true if at least one Xpos has been added\r
 546      */\r
 547     public boolean hasXpos(\r
 548     ) {\r
 549         return this._has_xpos;\r
 550     }\r
 551 \r
 552     /**\r
 553      * Method hasYpos.\r
 554      * \r
 555      * @return true if at least one Ypos has been added\r
 556      */\r
 557     public boolean hasYpos(\r
 558     ) {\r
 559         return this._has_ypos;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * Returns the value of field 'currentTree'.\r
 564      * \r
 565      * @return the value of field 'CurrentTree'.\r
 566      */\r
 567     public boolean isCurrentTree(\r
 568     ) {\r
 569         return this._currentTree;\r
 570     }\r
 571 \r
 572     /**\r
 573      * Returns the value of field 'fitToWindow'.\r
 574      * \r
 575      * @return the value of field 'FitToWindow'.\r
 576      */\r
 577     public boolean isFitToWindow(\r
 578     ) {\r
 579         return this._fitToWindow;\r
 580     }\r
 581 \r
 582     /**\r
 583      * Returns the value of field 'markUnlinked'.\r
 584      * \r
 585      * @return the value of field 'MarkUnlinked'.\r
 586      */\r
 587     public boolean isMarkUnlinked(\r
 588     ) {\r
 589         return this._markUnlinked;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     /**\r
 593      * Returns the value of field 'showBootstrap'.\r
 594      * \r
 595      * @return the value of field 'ShowBootstrap'.\r
 596      */\r
 597     public boolean isShowBootstrap(\r
 598     ) {\r
 599         return this._showBootstrap;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * Returns the value of field 'showDistances'.\r
 604      * \r
 605      * @return the value of field 'ShowDistances'.\r
 606      */\r
 607     public boolean isShowDistances(\r
 608     ) {\r
 609         return this._showDistances;\r
 610     }\r
 611 \r
 612     /**\r
 613      * Method isValid.\r
 614      * \r
 615      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 616      */\r
 617     public boolean isValid(\r
 618     ) {\r
 619         try {\r
 620             validate();\r
 621         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 622             return false;\r
 623         }\r
 624         return true;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * \r
 629      * \r
 630      * @param out\r
 631      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 632      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 633      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 634      * object is an invalid instance according to the schema\r
 635      */\r
 636     public void marshal(\r
 637             final java.io.Writer out)\r
 638     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 639         Marshaller.marshal(this, out);\r
 640     }\r
 641 \r
 642     /**\r
 643      * \r
 644      * \r
 645      * @param handler\r
 646      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 647      * marshaling\r
 648      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 649      * object is an invalid instance according to the schema\r
 650      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 651      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 652      */\r
 653     public void marshal(\r
 654             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 655     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 656         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 657     }\r
 658 \r
 659     /**\r
 660      * Sets the value of field 'currentTree'.\r
 661      * \r
 662      * @param currentTree the value of field 'currentTree'.\r
 663      */\r
 664     public void setCurrentTree(\r
 665             final boolean currentTree) {\r
 666         this._currentTree = currentTree;\r
 667         this._has_currentTree = true;\r
 668     }\r
 669 \r
 670     /**\r
 671      * Sets the value of field 'fitToWindow'.\r
 672      * \r
 673      * @param fitToWindow the value of field 'fitToWindow'.\r
 674      */\r
 675     public void setFitToWindow(\r
 676             final boolean fitToWindow) {\r
 677         this._fitToWindow = fitToWindow;\r
 678         this._has_fitToWindow = true;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      * Sets the value of field 'fontName'.\r
 683      * \r
 684      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
 685      */\r
 686     public void setFontName(\r
 687             final java.lang.String fontName) {\r
 688         this._fontName = fontName;\r
 689     }\r
 690 \r
 691     /**\r
 692      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
 693      * \r
 694      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
 695      */\r
 696     public void setFontSize(\r
 697             final int fontSize) {\r
 698         this._fontSize = fontSize;\r
 699         this._has_fontSize = true;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
 704      * \r
 705      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
 706      */\r
 707     public void setFontStyle(\r
 708             final int fontStyle) {\r
 709         this._fontStyle = fontStyle;\r
 710         this._has_fontStyle = true;\r
 711     }\r
 712 \r
 713     /**\r
 714      * Sets the value of field 'height'.\r
 715      * \r
 716      * @param height the value of field 'height'.\r
 717      */\r
 718     public void setHeight(\r
 719             final int height) {\r
 720         this._height = height;\r
 721         this._has_height = true;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     /**\r
 725      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 726      * following description: Tree ID added for binding tree\r
 727      * visualization settings to vamsas document trees in jalview\r
 728      * 2.4.1\r
 729      * \r
 730      * @param id the value of field 'id'.\r
 731      */\r
 732     public void setId(\r
 733             final java.lang.String id) {\r
 734         this._id = id;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Sets the value of field 'markUnlinked'.\r
 739      * \r
 740      * @param markUnlinked the value of field 'markUnlinked'.\r
 741      */\r
 742     public void setMarkUnlinked(\r
 743             final boolean markUnlinked) {\r
 744         this._markUnlinked = markUnlinked;\r
 745         this._has_markUnlinked = true;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Sets the value of field 'newick'.\r
 750      * \r
 751      * @param newick the value of field 'newick'.\r
 752      */\r
 753     public void setNewick(\r
 754             final java.lang.String newick) {\r
 755         this._newick = newick;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Sets the value of field 'showBootstrap'.\r
 760      * \r
 761      * @param showBootstrap the value of field 'showBootstrap'.\r
 762      */\r
 763     public void setShowBootstrap(\r
 764             final boolean showBootstrap) {\r
 765         this._showBootstrap = showBootstrap;\r
 766         this._has_showBootstrap = true;\r
 767     }\r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * Sets the value of field 'showDistances'.\r
 771      * \r
 772      * @param showDistances the value of field 'showDistances'.\r
 773      */\r
 774     public void setShowDistances(\r
 775             final boolean showDistances) {\r
 776         this._showDistances = showDistances;\r
 777         this._has_showDistances = true;\r
 778     }\r
 779 \r
 780     /**\r
 781      * Sets the value of field 'threshold'.\r
 782      * \r
 783      * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
 784      */\r
 785     public void setThreshold(\r
 786             final float threshold) {\r
 787         this._threshold = threshold;\r
 788         this._has_threshold = true;\r
 789     }\r
 790 \r
 791     /**\r
 792      * Sets the value of field 'title'.\r
 793      * \r
 794      * @param title the value of field 'title'.\r
 795      */\r
 796     public void setTitle(\r
 797             final java.lang.String title) {\r
 798         this._title = title;\r
 799     }\r
 800 \r
 801     /**\r
 802      * Sets the value of field 'width'.\r
 803      * \r
 804      * @param width the value of field 'width'.\r
 805      */\r
 806     public void setWidth(\r
 807             final int width) {\r
 808         this._width = width;\r
 809         this._has_width = true;\r
 810     }\r
 811 \r
 812     /**\r
 813      * Sets the value of field 'xpos'.\r
 814      * \r
 815      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
 816      */\r
 817     public void setXpos(\r
 818             final int xpos) {\r
 819         this._xpos = xpos;\r
 820         this._has_xpos = true;\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /**\r
 824      * Sets the value of field 'ypos'.\r
 825      * \r
 826      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
 827      */\r
 828     public void setYpos(\r
 829             final int ypos) {\r
 830         this._ypos = ypos;\r
 831         this._has_ypos = true;\r
 832     }\r
 833 \r
 834     /**\r
 835      * Method unmarshal.\r
 836      * \r
 837      * @param reader\r
 838      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 839      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 840      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 841      * object is an invalid instance according to the schema\r
 842      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Tree\r
 843      */\r
 844     public static jalview.schemabinding.version2.Tree unmarshal(\r
 845             final java.io.Reader reader)\r
 846     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 847         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Tree.class, reader);\r
 848     }\r
 849 \r
 850     /**\r
 851      * \r
 852      * \r
 853      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 854      * object is an invalid instance according to the schema\r
 855      */\r
 856     public void validate(\r
 857     )\r
 858     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 859         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 860         validator.validate(this);\r
 861     }\r
 862 \r
 863 }\r