src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  34
  35 /**
  36  * Class AnnotationDescriptor.
  37  *
  38  * @version $Revision$ $Date$
  39  */
  40 public class AnnotationDescriptor extends
  41         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _elementDefinition.
  50    */
  51   private boolean _elementDefinition;
  52
  53   /**
  54    * Field _nsPrefix.
  55    */
  56   private java.lang.String _nsPrefix;
  57
  58   /**
  59    * Field _nsURI.
  60    */
  61   private java.lang.String _nsURI;
  62
  63   /**
  64    * Field _xmlName.
  65    */
  66   private java.lang.String _xmlName;
  67
  68   // ----------------/
  69   // - Constructors -/
  70   // ----------------/
  71
  72   public AnnotationDescriptor()
  73   {
  74     super();
  75     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  76     _xmlName = "Annotation";
  77     _elementDefinition = true;
  78
  79     // -- set grouping compositor
  80     setCompositorAsSequence();
  81     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  82     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  83     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  84     // -- initialize attribute descriptors
  85
  86     // -- _graph
  87     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  88             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  89             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  90     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  91     {
  92       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  93               throws IllegalStateException
  94       {
  95         Annotation target = (Annotation) object;
  96         if (!target.hasGraph())
  97         {
  98           return null;
  99         }
 100         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
 101                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 102       }
 103
 104       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 105               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 106       {
 107         try
 108         {
 109           Annotation target = (Annotation) object;
 110           // ignore null values for non optional primitives
 111           if (value == null)
 112           {
 113             return;
 114           }
 115
 116           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 117         } catch (java.lang.Exception ex)
 118         {
 119           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 120         }
 121       }
 122
 123       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 124       {
 125         return null;
 126       }
 127     };
 128     desc.setHandler(handler);
 129     desc.setRequired(true);
 130     desc.setMultivalued(false);
 131     addFieldDescriptor(desc);
 132
 133     // -- validation code for: _graph
 134     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 135     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 136     { // -- local scope
 137       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 138       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 139       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 140     }
 141     desc.setValidator(fieldValidator);
 142     // -- _graphType
 143     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 144             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 145             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 146     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 147     {
 148       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 149               throws IllegalStateException
 150       {
 151         Annotation target = (Annotation) object;
 152         if (!target.hasGraphType())
 153         {
 154           return null;
 155         }
 156         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 157       }
 158
 159       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 160               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 161       {
 162         try
 163         {
 164           Annotation target = (Annotation) object;
 165           // if null, use delete method for optional primitives
 166           if (value == null)
 167           {
 168             target.deleteGraphType();
 169             return;
 170           }
 171           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 172         } catch (java.lang.Exception ex)
 173         {
 174           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 175         }
 176       }
 177
 178       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 179       {
 180         return null;
 181       }
 182     };
 183     desc.setHandler(handler);
 184     desc.setMultivalued(false);
 185     addFieldDescriptor(desc);
 186
 187     // -- validation code for: _graphType
 188     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 189     { // -- local scope
 190       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 191       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 192       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 193       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 194       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 195     }
 196     desc.setValidator(fieldValidator);
 197     // -- _sequenceRef
 198     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 199             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 200             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 201     desc.setImmutable(true);
 202     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 203     {
 204       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 205               throws IllegalStateException
 206       {
 207         Annotation target = (Annotation) object;
 208         return target.getSequenceRef();
 209       }
 210
 211       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 212               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 213       {
 214         try
 215         {
 216           Annotation target = (Annotation) object;
 217           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 218         } catch (java.lang.Exception ex)
 219         {
 220           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 221         }
 222       }
 223
 224       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 225       {
 226         return null;
 227       }
 228     };
 229     desc.setHandler(handler);
 230     desc.setMultivalued(false);
 231     addFieldDescriptor(desc);
 232
 233     // -- validation code for: _sequenceRef
 234     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 235     { // -- local scope
 236       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 237       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 238       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 239       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 240     }
 241     desc.setValidator(fieldValidator);
 242     // -- _groupRef
 243     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 244             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 245             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 246     desc.setImmutable(true);
 247     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 248     {
 249       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 250               throws IllegalStateException
 251       {
 252         Annotation target = (Annotation) object;
 253         return target.getGroupRef();
 254       }
 255
 256       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 257               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 258       {
 259         try
 260         {
 261           Annotation target = (Annotation) object;
 262           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 263         } catch (java.lang.Exception ex)
 264         {
 265           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 266         }
 267       }
 268
 269       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 270       {
 271         return null;
 272       }
 273     };
 274     desc.setHandler(handler);
 275     desc.setMultivalued(false);
 276     addFieldDescriptor(desc);
 277
 278     // -- validation code for: _groupRef
 279     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 280     { // -- local scope
 281       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 282       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 283       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 284       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 285     }
 286     desc.setValidator(fieldValidator);
 287     // -- _graphColour
 288     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 289             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 290             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 291     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 292     {
 293       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 294               throws IllegalStateException
 295       {
 296         Annotation target = (Annotation) object;
 297         if (!target.hasGraphColour())
 298         {
 299           return null;
 300         }
 301         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 302       }
 303
 304       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 305               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 306       {
 307         try
 308         {
 309           Annotation target = (Annotation) object;
 310           // if null, use delete method for optional primitives
 311           if (value == null)
 312           {
 313             target.deleteGraphColour();
 314             return;
 315           }
 316           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 317         } catch (java.lang.Exception ex)
 318         {
 319           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 320         }
 321       }
 322
 323       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 324       {
 325         return null;
 326       }
 327     };
 328     desc.setHandler(handler);
 329     desc.setMultivalued(false);
 330     addFieldDescriptor(desc);
 331
 332     // -- validation code for: _graphColour
 333     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 334     { // -- local scope
 335       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 336       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 337       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 338       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 339       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 340     }
 341     desc.setValidator(fieldValidator);
 342     // -- _graphGroup
 343     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 344             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 345             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 346     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 347     {
 348       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 349               throws IllegalStateException
 350       {
 351         Annotation target = (Annotation) object;
 352         if (!target.hasGraphGroup())
 353         {
 354           return null;
 355         }
 356         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 357       }
 358
 359       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 360               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 361       {
 362         try
 363         {
 364           Annotation target = (Annotation) object;
 365           // if null, use delete method for optional primitives
 366           if (value == null)
 367           {
 368             target.deleteGraphGroup();
 369             return;
 370           }
 371           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 372         } catch (java.lang.Exception ex)
 373         {
 374           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 375         }
 376       }
 377
 378       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 379       {
 380         return null;
 381       }
 382     };
 383     desc.setHandler(handler);
 384     desc.setMultivalued(false);
 385     addFieldDescriptor(desc);
 386
 387     // -- validation code for: _graphGroup
 388     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 389     { // -- local scope
 390       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 391       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 392       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 393       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 394       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 395     }
 396     desc.setValidator(fieldValidator);
 397     // -- _graphHeight
 398     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 399             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 400             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 401     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 402     {
 403       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 404               throws IllegalStateException
 405       {
 406         Annotation target = (Annotation) object;
 407         if (!target.hasGraphHeight())
 408         {
 409           return null;
 410         }
 411         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 412       }
 413
 414       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 415               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 416       {
 417         try
 418         {
 419           Annotation target = (Annotation) object;
 420           // if null, use delete method for optional primitives
 421           if (value == null)
 422           {
 423             target.deleteGraphHeight();
 424             return;
 425           }
 426           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 427         } catch (java.lang.Exception ex)
 428         {
 429           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 430         }
 431       }
 432
 433       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 434       {
 435         return null;
 436       }
 437     };
 438     desc.setHandler(handler);
 439     desc.setMultivalued(false);
 440     addFieldDescriptor(desc);
 441
 442     // -- validation code for: _graphHeight
 443     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 444     { // -- local scope
 445       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 446       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 447       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 448       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 449       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 450     }
 451     desc.setValidator(fieldValidator);
 452     // -- _id
 453     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 454             java.lang.String.class, "_id", "id",
 455             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 456     desc.setImmutable(true);
 457     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 458     {
 459       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 460               throws IllegalStateException
 461       {
 462         Annotation target = (Annotation) object;
 463         return target.getId();
 464       }
 465
 466       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 467               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 468       {
 469         try
 470         {
 471           Annotation target = (Annotation) object;
 472           target.setId((java.lang.String) value);
 473         } catch (java.lang.Exception ex)
 474         {
 475           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 476         }
 477       }
 478
 479       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 480       {
 481         return null;
 482       }
 483     };
 484     desc.setHandler(handler);
 485     desc.setMultivalued(false);
 486     addFieldDescriptor(desc);
 487
 488     // -- validation code for: _id
 489     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 490     { // -- local scope
 491       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 492       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 493       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 494       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 495     }
 496     desc.setValidator(fieldValidator);
 497     // -- _scoreOnly
 498     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 499             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 500             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 501     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 502     {
 503       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 504               throws IllegalStateException
 505       {
 506         Annotation target = (Annotation) object;
 507         if (!target.hasScoreOnly())
 508         {
 509           return null;
 510         }
 511         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 512                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 513       }
 514
 515       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 516               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 517       {
 518         try
 519         {
 520           Annotation target = (Annotation) object;
 521           // if null, use delete method for optional primitives
 522           if (value == null)
 523           {
 524             target.deleteScoreOnly();
 525             return;
 526           }
 527           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 528         } catch (java.lang.Exception ex)
 529         {
 530           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 531         }
 532       }
 533
 534       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 535       {
 536         return null;
 537       }
 538     };
 539     desc.setHandler(handler);
 540     desc.setMultivalued(false);
 541     addFieldDescriptor(desc);
 542
 543     // -- validation code for: _scoreOnly
 544     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 545     { // -- local scope
 546       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 547       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 548       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 549     }
 550     desc.setValidator(fieldValidator);
 551     // -- _score
 552     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 553             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 554             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 555     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 556     {
 557       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 558               throws IllegalStateException
 559       {
 560         Annotation target = (Annotation) object;
 561         if (!target.hasScore())
 562         {
 563           return null;
 564         }
 565         return new java.lang.Double(target.getScore());
 566       }
 567
 568       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 569               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 570       {
 571         try
 572         {
 573           Annotation target = (Annotation) object;
 574           // if null, use delete method for optional primitives
 575           if (value == null)
 576           {
 577             target.deleteScore();
 578             return;
 579           }
 580           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 581         } catch (java.lang.Exception ex)
 582         {
 583           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 584         }
 585       }
 586
 587       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 588       {
 589         return null;
 590       }
 591     };
 592     desc.setHandler(handler);
 593     desc.setMultivalued(false);
 594     addFieldDescriptor(desc);
 595
 596     // -- validation code for: _score
 597     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 598     { // -- local scope
 599       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 600       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 601       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 602       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 603       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 604     }
 605     desc.setValidator(fieldValidator);
 606     // -- _visible
 607     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 608             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 609             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 610     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 611     {
 612       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 613               throws IllegalStateException
 614       {
 615         Annotation target = (Annotation) object;
 616         if (!target.hasVisible())
 617         {
 618           return null;
 619         }
 620         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 621                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 622       }
 623
 624       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 625               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 626       {
 627         try
 628         {
 629           Annotation target = (Annotation) object;
 630           // if null, use delete method for optional primitives
 631           if (value == null)
 632           {
 633             target.deleteVisible();
 634             return;
 635           }
 636           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 637         } catch (java.lang.Exception ex)
 638         {
 639           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 640         }
 641       }
 642
 643       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 644       {
 645         return null;
 646       }
 647     };
 648     desc.setHandler(handler);
 649     desc.setMultivalued(false);
 650     addFieldDescriptor(desc);
 651
 652     // -- validation code for: _visible
 653     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 654     { // -- local scope
 655       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 656       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 657       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 658     }
 659     desc.setValidator(fieldValidator);
 660     // -- _centreColLabels
 661     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 662             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 663             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 664     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 665     {
 666       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 667               throws IllegalStateException
 668       {
 669         Annotation target = (Annotation) object;
 670         if (!target.hasCentreColLabels())
 671         {
 672           return null;
 673         }
 674         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 675                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 676       }
 677
 678       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 679               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 680       {
 681         try
 682         {
 683           Annotation target = (Annotation) object;
 684           // if null, use delete method for optional primitives
 685           if (value == null)
 686           {
 687             target.deleteCentreColLabels();
 688             return;
 689           }
 690           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 691                   .booleanValue());
 692         } catch (java.lang.Exception ex)
 693         {
 694           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 695         }
 696       }
 697
 698       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 699       {
 700         return null;
 701       }
 702     };
 703     desc.setHandler(handler);
 704     desc.setMultivalued(false);
 705     addFieldDescriptor(desc);
 706
 707     // -- validation code for: _centreColLabels
 708     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 709     { // -- local scope
 710       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 711       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 712       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 713     }
 714     desc.setValidator(fieldValidator);
 715     // -- _scaleColLabels
 716     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 717             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 718             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 719     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 720     {
 721       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 722               throws IllegalStateException
 723       {
 724         Annotation target = (Annotation) object;
 725         if (!target.hasScaleColLabels())
 726         {
 727           return null;
 728         }
 729         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 730                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 731       }
 732
 733       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 734               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 735       {
 736         try
 737         {
 738           Annotation target = (Annotation) object;
 739           // if null, use delete method for optional primitives
 740           if (value == null)
 741           {
 742             target.deleteScaleColLabels();
 743             return;
 744           }
 745           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 746                   .booleanValue());
 747         } catch (java.lang.Exception ex)
 748         {
 749           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 750         }
 751       }
 752
 753       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 754       {
 755         return null;
 756       }
 757     };
 758     desc.setHandler(handler);
 759     desc.setMultivalued(false);
 760     addFieldDescriptor(desc);
 761
 762     // -- validation code for: _scaleColLabels
 763     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 764     { // -- local scope
 765       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 766       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 767       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 768     }
 769     desc.setValidator(fieldValidator);
 770     // -- _showAllColLabels
 771     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 772             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 773             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 774     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 775     {
 776       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 777               throws IllegalStateException
 778       {
 779         Annotation target = (Annotation) object;
 780         if (!target.hasShowAllColLabels())
 781         {
 782           return null;
 783         }
 784         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 785                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 786       }
 787
 788       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 789               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 790       {
 791         try
 792         {
 793           Annotation target = (Annotation) object;
 794           // if null, use delete method for optional primitives
 795           if (value == null)
 796           {
 797             target.deleteShowAllColLabels();
 798             return;
 799           }
 800           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 801                   .booleanValue());
 802         } catch (java.lang.Exception ex)
 803         {
 804           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 805         }
 806       }
 807
 808       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 809       {
 810         return null;
 811       }
 812     };
 813     desc.setHandler(handler);
 814     desc.setMultivalued(false);
 815     addFieldDescriptor(desc);
 816
 817     // -- validation code for: _showAllColLabels
 818     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 819     { // -- local scope
 820       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 821       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 822       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 823     }
 824     desc.setValidator(fieldValidator);
 825     // -- _autoCalculated
 826     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 827             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 828             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 829     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 830     {
 831       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 832               throws IllegalStateException
 833       {
 834         Annotation target = (Annotation) object;
 835         if (!target.hasAutoCalculated())
 836         {
 837           return null;
 838         }
 839         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 840                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 841       }
 842
 843       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 844               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 845       {
 846         try
 847         {
 848           Annotation target = (Annotation) object;
 849           // if null, use delete method for optional primitives
 850           if (value == null)
 851           {
 852             target.deleteAutoCalculated();
 853             return;
 854           }
 855           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 856                   .booleanValue());
 857         } catch (java.lang.Exception ex)
 858         {
 859           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 860         }
 861       }
 862
 863       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 864       {
 865         return null;
 866       }
 867     };
 868     desc.setHandler(handler);
 869     desc.setMultivalued(false);
 870     addFieldDescriptor(desc);
 871
 872     // -- validation code for: _autoCalculated
 873     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 874     { // -- local scope
 875       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 876       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 877       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 878     }
 879     desc.setValidator(fieldValidator);
 880     // -- _belowAlignment
 881     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 882             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 883             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 884     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 885     {
 886       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 887               throws IllegalStateException
 888       {
 889         Annotation target = (Annotation) object;
 890         if (!target.hasBelowAlignment())
 891         {
 892           return null;
 893         }
 894         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 895                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 896       }
 897
 898       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 899               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 900       {
 901         try
 902         {
 903           Annotation target = (Annotation) object;
 904           // if null, use delete method for optional primitives
 905           if (value == null)
 906           {
 907             target.deleteBelowAlignment();
 908             return;
 909           }
 910           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 911                   .booleanValue());
 912         } catch (java.lang.Exception ex)
 913         {
 914           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 915         }
 916       }
 917
 918       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 919       {
 920         return null;
 921       }
 922     };
 923     desc.setHandler(handler);
 924     desc.setMultivalued(false);
 925     addFieldDescriptor(desc);
 926
 927     // -- validation code for: _belowAlignment
 928     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 929     { // -- local scope
 930       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 931       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 932       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 933     }
 934     desc.setValidator(fieldValidator);
 935     // -- _calcId
 936     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 937             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 938             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 939     desc.setImmutable(true);
 940     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 941     {
 942       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 943               throws IllegalStateException
 944       {
 945         Annotation target = (Annotation) object;
 946         return target.getCalcId();
 947       }
 948
 949       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 950               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 951       {
 952         try
 953         {
 954           Annotation target = (Annotation) object;
 955           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 956         } catch (java.lang.Exception ex)
 957         {
 958           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 959         }
 960       }
 961
 962       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 963       {
 964         return null;
 965       }
 966     };
 967     desc.setHandler(handler);
 968     desc.setMultivalued(false);
 969     addFieldDescriptor(desc);
 970
 971     // -- validation code for: _calcId
 972     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 973     { // -- local scope
 974       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 975       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 976       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 977       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 978     }
 979     desc.setValidator(fieldValidator);
 980     // -- initialize element descriptors
 981
 982     // -- _annotationElementList
 983     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 984             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 985             "_annotationElementList", "annotationElement",
 986             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 987     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 988     {
 989       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 990               throws IllegalStateException
 991       {
 992         Annotation target = (Annotation) object;
 993         return target.getAnnotationElement();
 994       }
 995
 996       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 997               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 998       {
 999         try
1000         {
1001           Annotation target = (Annotation) object;
1002           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
1003         } catch (java.lang.Exception ex)
1004         {
1005           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1006         }
1007       }
1008
1009       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1010               IllegalArgumentException
1011       {
1012         try
1013         {
1014           Annotation target = (Annotation) object;
1015           target.removeAllAnnotationElement();
1016         } catch (java.lang.Exception ex)
1017         {
1018           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1019         }
1020       }
1021
1022       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1023       {
1024         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1025       }
1026     };
1027     desc.setHandler(handler);
1028     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1029     desc.setMultivalued(true);
1030     addFieldDescriptor(desc);
1031
1032     // -- validation code for: _annotationElementList
1033     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1034     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1035     { // -- local scope
1036     }
1037     desc.setValidator(fieldValidator);
1038     // -- _label
1039     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1040             java.lang.String.class, "_label", "label",
1041             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1042     desc.setImmutable(true);
1043     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1044     {
1045       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1046               throws IllegalStateException
1047       {
1048         Annotation target = (Annotation) object;
1049         return target.getLabel();
1050       }
1051
1052       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1053               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1054       {
1055         try
1056         {
1057           Annotation target = (Annotation) object;
1058           target.setLabel((java.lang.String) value);
1059         } catch (java.lang.Exception ex)
1060         {
1061           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1062         }
1063       }
1064
1065       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1066       {
1067         return null;
1068       }
1069     };
1070     desc.setHandler(handler);
1071     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1072     desc.setRequired(true);
1073     desc.setMultivalued(false);
1074     addFieldDescriptor(desc);
1075
1076     // -- validation code for: _label
1077     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1078     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1079     { // -- local scope
1080       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1081       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1082       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1083       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1084     }
1085     desc.setValidator(fieldValidator);
1086     // -- _description
1087     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1088             java.lang.String.class, "_description", "description",
1089             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1090     desc.setImmutable(true);
1091     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1092     {
1093       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1094               throws IllegalStateException
1095       {
1096         Annotation target = (Annotation) object;
1097         return target.getDescription();
1098       }
1099
1100       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1101               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1102       {
1103         try
1104         {
1105           Annotation target = (Annotation) object;
1106           target.setDescription((java.lang.String) value);
1107         } catch (java.lang.Exception ex)
1108         {
1109           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1110         }
1111       }
1112
1113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1114       {
1115         return null;
1116       }
1117     };
1118     desc.setHandler(handler);
1119     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1120     desc.setMultivalued(false);
1121     addFieldDescriptor(desc);
1122
1123     // -- validation code for: _description
1124     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1125     { // -- local scope
1126       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1127       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1128       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1129       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1130     }
1131     desc.setValidator(fieldValidator);
1132     // -- _thresholdLine
1133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1134             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1135             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1136             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1138     {
1139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1140               throws IllegalStateException
1141       {
1142         Annotation target = (Annotation) object;
1143         return target.getThresholdLine();
1144       }
1145
1146       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1147               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1148       {
1149         try
1150         {
1151           Annotation target = (Annotation) object;
1152           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1153         } catch (java.lang.Exception ex)
1154         {
1155           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1156         }
1157       }
1158
1159       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1160       {
1161         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1162       }
1163     };
1164     desc.setHandler(handler);
1165     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1166     desc.setMultivalued(false);
1167     addFieldDescriptor(desc);
1168
1169     // -- validation code for: _thresholdLine
1170     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1171     { // -- local scope
1172     }
1173     desc.setValidator(fieldValidator);
1174   }
1175
1176   // -----------/
1177   // - Methods -/
1178   // -----------/
1179
1180   /**
1181    * Method getAccessMode.
1182    *
1183    * @return the access mode specified for this class.
1184    */
1185   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1186   {
1187     return null;
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Method getIdentity.
1192    *
1193    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1194    */
1195   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1196   {
1197     return super.getIdentity();
1198   }
1199
1200   /**
1201    * Method getJavaClass.
1202    *
1203    * @return the Java class represented by this descriptor.
1204    */
1205   public java.lang.Class getJavaClass()
1206   {
1207     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1208   }
1209
1210   /**
1211    * Method getNameSpacePrefix.
1212    *
1213    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1214    */
1215   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1216   {
1217     return _nsPrefix;
1218   }
1219
1220   /**
1221    * Method getNameSpaceURI.
1222    *
1223    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1224    */
1225   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1226   {
1227     return _nsURI;
1228   }
1229
1230   /**
1231    * Method getValidator.
1232    *
1233    * @return a specific validator for the class described by this
1234    *         ClassDescriptor.
1235    */
1236   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1237   {
1238     return this;
1239   }
1240
1241   /**
1242    * Method getXMLName.
1243    *
1244    * @return the XML Name for the Class being described.
1245    */
1246   public java.lang.String getXMLName()
1247   {
1248     return _xmlName;
1249   }
1250
1251   /**
1252    * Method isElementDefinition.
1253    *
1254    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1255    *         element or element with anonymous type definition.
1256    */
1257   public boolean isElementDefinition()
1258   {
1259     return _elementDefinition;
1260   }
1261
1262 }