src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
  28
  29 /**
  30  * Class JGroupDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class JGroupDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public JGroupDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.jalview.org";
  70     _xmlName = "JGroup";
  71     _elementDefinition = true;
  72
  73     // -- set grouping compositor
  74     setCompositorAsSequence();
  75     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  76     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  77     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  78     // -- initialize attribute descriptors
  79
  80     // -- _start
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  82             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  84     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  85     {
  86       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  87               throws IllegalStateException
  88       {
  89         JGroup target = (JGroup) object;
  90         if (!target.hasStart())
  91         {
  92           return null;
  93         }
  94         return new java.lang.Integer(target.getStart());
  95       }
  96
  97       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  98               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  99       {
 100         try
 101         {
 102           JGroup target = (JGroup) object;
 103           // if null, use delete method for optional primitives
 104           if (value == null)
 105           {
 106             target.deleteStart();
 107             return;
 108           }
 109           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());
 110         } catch (java.lang.Exception ex)
 111         {
 112           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 113         }
 114       }
 115
 116       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 117       {
 118         return null;
 119       }
 120     };
 121     desc.setHandler(handler);
 122     desc.setMultivalued(false);
 123     addFieldDescriptor(desc);
 124
 125     // -- validation code for: _start
 126     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 127     { // -- local scope
 128       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 129       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 130       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 131       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 132       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 133     }
 134     desc.setValidator(fieldValidator);
 135     // -- _end
 136     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 137             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
 138             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 139     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 140     {
 141       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 142               throws IllegalStateException
 143       {
 144         JGroup target = (JGroup) object;
 145         if (!target.hasEnd())
 146         {
 147           return null;
 148         }
 149         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
 150       }
 151
 152       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 153               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 154       {
 155         try
 156         {
 157           JGroup target = (JGroup) object;
 158           // if null, use delete method for optional primitives
 159           if (value == null)
 160           {
 161             target.deleteEnd();
 162             return;
 163           }
 164           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
 165         } catch (java.lang.Exception ex)
 166         {
 167           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 168         }
 169       }
 170
 171       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 172       {
 173         return null;
 174       }
 175     };
 176     desc.setHandler(handler);
 177     desc.setMultivalued(false);
 178     addFieldDescriptor(desc);
 179
 180     // -- validation code for: _end
 181     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 182     { // -- local scope
 183       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 184       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 185       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 186       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 187       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 188     }
 189     desc.setValidator(fieldValidator);
 190     // -- _name
 191     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 192             java.lang.String.class, "_name", "name",
 193             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 194     desc.setImmutable(true);
 195     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 196     {
 197       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 198               throws IllegalStateException
 199       {
 200         JGroup target = (JGroup) object;
 201         return target.getName();
 202       }
 203
 204       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 205               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 206       {
 207         try
 208         {
 209           JGroup target = (JGroup) object;
 210           target.setName((java.lang.String) value);
 211         } catch (java.lang.Exception ex)
 212         {
 213           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 214         }
 215       }
 216
 217       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 218       {
 219         return null;
 220       }
 221     };
 222     desc.setHandler(handler);
 223     desc.setMultivalued(false);
 224     addFieldDescriptor(desc);
 225
 226     // -- validation code for: _name
 227     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 228     { // -- local scope
 229       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 230       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 231       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 232       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 233     }
 234     desc.setValidator(fieldValidator);
 235     // -- _colour
 236     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 237             java.lang.String.class, "_colour", "colour",
 238             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 239     desc.setImmutable(true);
 240     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 241     {
 242       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 243               throws IllegalStateException
 244       {
 245         JGroup target = (JGroup) object;
 246         return target.getColour();
 247       }
 248
 249       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 250               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 251       {
 252         try
 253         {
 254           JGroup target = (JGroup) object;
 255           target.setColour((java.lang.String) value);
 256         } catch (java.lang.Exception ex)
 257         {
 258           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 259         }
 260       }
 261
 262       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 263       {
 264         return null;
 265       }
 266     };
 267     desc.setHandler(handler);
 268     desc.setMultivalued(false);
 269     addFieldDescriptor(desc);
 270
 271     // -- validation code for: _colour
 272     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 273     { // -- local scope
 274       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 275       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 276       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 277       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 278     }
 279     desc.setValidator(fieldValidator);
 280     // -- _consThreshold
 281     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 282             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",
 283             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 284     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 285     {
 286       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 287               throws IllegalStateException
 288       {
 289         JGroup target = (JGroup) object;
 290         if (!target.hasConsThreshold())
 291         {
 292           return null;
 293         }
 294         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());
 295       }
 296
 297       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 298               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 299       {
 300         try
 301         {
 302           JGroup target = (JGroup) object;
 303           // if null, use delete method for optional primitives
 304           if (value == null)
 305           {
 306             target.deleteConsThreshold();
 307             return;
 308           }
 309           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 310         } catch (java.lang.Exception ex)
 311         {
 312           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 313         }
 314       }
 315
 316       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 317       {
 318         return null;
 319       }
 320     };
 321     desc.setHandler(handler);
 322     desc.setMultivalued(false);
 323     addFieldDescriptor(desc);
 324
 325     // -- validation code for: _consThreshold
 326     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 327     { // -- local scope
 328       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 329       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 330       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 331       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 332       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 333     }
 334     desc.setValidator(fieldValidator);
 335     // -- _pidThreshold
 336     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 337             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",
 338             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 339     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 340     {
 341       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 342               throws IllegalStateException
 343       {
 344         JGroup target = (JGroup) object;
 345         if (!target.hasPidThreshold())
 346         {
 347           return null;
 348         }
 349         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());
 350       }
 351
 352       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 353               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 354       {
 355         try
 356         {
 357           JGroup target = (JGroup) object;
 358           // if null, use delete method for optional primitives
 359           if (value == null)
 360           {
 361             target.deletePidThreshold();
 362             return;
 363           }
 364           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 365         } catch (java.lang.Exception ex)
 366         {
 367           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 368         }
 369       }
 370
 371       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 372       {
 373         return null;
 374       }
 375     };
 376     desc.setHandler(handler);
 377     desc.setMultivalued(false);
 378     addFieldDescriptor(desc);
 379
 380     // -- validation code for: _pidThreshold
 381     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 382     { // -- local scope
 383       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 384       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 385       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 386       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 387       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 388     }
 389     desc.setValidator(fieldValidator);
 390     // -- _outlineColour
 391     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 392             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",
 393             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 394     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 395     {
 396       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 397               throws IllegalStateException
 398       {
 399         JGroup target = (JGroup) object;
 400         if (!target.hasOutlineColour())
 401         {
 402           return null;
 403         }
 404         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());
 405       }
 406
 407       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 408               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 409       {
 410         try
 411         {
 412           JGroup target = (JGroup) object;
 413           // if null, use delete method for optional primitives
 414           if (value == null)
 415           {
 416             target.deleteOutlineColour();
 417             return;
 418           }
 419           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 420         } catch (java.lang.Exception ex)
 421         {
 422           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 423         }
 424       }
 425
 426       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 427       {
 428         return null;
 429       }
 430     };
 431     desc.setHandler(handler);
 432     desc.setMultivalued(false);
 433     addFieldDescriptor(desc);
 434
 435     // -- validation code for: _outlineColour
 436     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 437     { // -- local scope
 438       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 439       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 440       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 441       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 442       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 443     }
 444     desc.setValidator(fieldValidator);
 445     // -- _displayBoxes
 446     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 447             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",
 448             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 449     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 450     {
 451       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 452               throws IllegalStateException
 453       {
 454         JGroup target = (JGroup) object;
 455         if (!target.hasDisplayBoxes())
 456         {
 457           return null;
 458         }
 459         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE
 460                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 461       }
 462
 463       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 464               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 465       {
 466         try
 467         {
 468           JGroup target = (JGroup) object;
 469           // if null, use delete method for optional primitives
 470           if (value == null)
 471           {
 472             target.deleteDisplayBoxes();
 473             return;
 474           }
 475           target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 476         } catch (java.lang.Exception ex)
 477         {
 478           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 479         }
 480       }
 481
 482       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 483       {
 484         return null;
 485       }
 486     };
 487     desc.setHandler(handler);
 488     desc.setMultivalued(false);
 489     addFieldDescriptor(desc);
 490
 491     // -- validation code for: _displayBoxes
 492     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 493     { // -- local scope
 494       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 495       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 496       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 497     }
 498     desc.setValidator(fieldValidator);
 499     // -- _displayText
 500     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 501             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",
 502             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 503     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 504     {
 505       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 506               throws IllegalStateException
 507       {
 508         JGroup target = (JGroup) object;
 509         if (!target.hasDisplayText())
 510         {
 511           return null;
 512         }
 513         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 514                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 515       }
 516
 517       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 518               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 519       {
 520         try
 521         {
 522           JGroup target = (JGroup) object;
 523           // if null, use delete method for optional primitives
 524           if (value == null)
 525           {
 526             target.deleteDisplayText();
 527             return;
 528           }
 529           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 530         } catch (java.lang.Exception ex)
 531         {
 532           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 533         }
 534       }
 535
 536       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 537       {
 538         return null;
 539       }
 540     };
 541     desc.setHandler(handler);
 542     desc.setMultivalued(false);
 543     addFieldDescriptor(desc);
 544
 545     // -- validation code for: _displayText
 546     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 547     { // -- local scope
 548       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 549       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 550       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 551     }
 552     desc.setValidator(fieldValidator);
 553     // -- _colourText
 554     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 555             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",
 556             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 557     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 558     {
 559       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 560               throws IllegalStateException
 561       {
 562         JGroup target = (JGroup) object;
 563         if (!target.hasColourText())
 564         {
 565           return null;
 566         }
 567         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE
 568                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 569       }
 570
 571       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 572               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 573       {
 574         try
 575         {
 576           JGroup target = (JGroup) object;
 577           // if null, use delete method for optional primitives
 578           if (value == null)
 579           {
 580             target.deleteColourText();
 581             return;
 582           }
 583           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 584         } catch (java.lang.Exception ex)
 585         {
 586           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 587         }
 588       }
 589
 590       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 591       {
 592         return null;
 593       }
 594     };
 595     desc.setHandler(handler);
 596     desc.setMultivalued(false);
 597     addFieldDescriptor(desc);
 598
 599     // -- validation code for: _colourText
 600     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 601     { // -- local scope
 602       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 603       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 604       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 605     }
 606     desc.setValidator(fieldValidator);
 607     // -- _textCol1
 608     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 609             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",
 610             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 611     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 612     {
 613       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 614               throws IllegalStateException
 615       {
 616         JGroup target = (JGroup) object;
 617         if (!target.hasTextCol1())
 618         {
 619           return null;
 620         }
 621         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());
 622       }
 623
 624       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 625               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 626       {
 627         try
 628         {
 629           JGroup target = (JGroup) object;
 630           // if null, use delete method for optional primitives
 631           if (value == null)
 632           {
 633             target.deleteTextCol1();
 634             return;
 635           }
 636           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());
 637         } catch (java.lang.Exception ex)
 638         {
 639           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 640         }
 641       }
 642
 643       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 644       {
 645         return null;
 646       }
 647     };
 648     desc.setHandler(handler);
 649     desc.setMultivalued(false);
 650     addFieldDescriptor(desc);
 651
 652     // -- validation code for: _textCol1
 653     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 654     { // -- local scope
 655       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 656       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 657       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 658       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 659       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 660     }
 661     desc.setValidator(fieldValidator);
 662     // -- _textCol2
 663     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 664             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",
 665             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 666     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 667     {
 668       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 669               throws IllegalStateException
 670       {
 671         JGroup target = (JGroup) object;
 672         if (!target.hasTextCol2())
 673         {
 674           return null;
 675         }
 676         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());
 677       }
 678
 679       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 680               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 681       {
 682         try
 683         {
 684           JGroup target = (JGroup) object;
 685           // if null, use delete method for optional primitives
 686           if (value == null)
 687           {
 688             target.deleteTextCol2();
 689             return;
 690           }
 691           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());
 692         } catch (java.lang.Exception ex)
 693         {
 694           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 695         }
 696       }
 697
 698       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 699       {
 700         return null;
 701       }
 702     };
 703     desc.setHandler(handler);
 704     desc.setMultivalued(false);
 705     addFieldDescriptor(desc);
 706
 707     // -- validation code for: _textCol2
 708     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 709     { // -- local scope
 710       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 711       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 712       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 713       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 714       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 715     }
 716     desc.setValidator(fieldValidator);
 717     // -- _textColThreshold
 718     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 719             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",
 720             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 721     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 722     {
 723       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 724               throws IllegalStateException
 725       {
 726         JGroup target = (JGroup) object;
 727         if (!target.hasTextColThreshold())
 728         {
 729           return null;
 730         }
 731         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());
 732       }
 733
 734       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 735               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 736       {
 737         try
 738         {
 739           JGroup target = (JGroup) object;
 740           // if null, use delete method for optional primitives
 741           if (value == null)
 742           {
 743             target.deleteTextColThreshold();
 744             return;
 745           }
 746           target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
 747         } catch (java.lang.Exception ex)
 748         {
 749           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 750         }
 751       }
 752
 753       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 754       {
 755         return null;
 756       }
 757     };
 758     desc.setHandler(handler);
 759     desc.setMultivalued(false);
 760     addFieldDescriptor(desc);
 761
 762     // -- validation code for: _textColThreshold
 763     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 764     { // -- local scope
 765       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 766       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 767       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 768       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 769       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 770     }
 771     desc.setValidator(fieldValidator);
 772     // -- _showUnconserved
 773     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 774             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",
 775             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 776     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 777     {
 778       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 779               throws IllegalStateException
 780       {
 781         JGroup target = (JGroup) object;
 782         if (!target.hasShowUnconserved())
 783         {
 784           return null;
 785         }
 786         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE
 787                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 788       }
 789
 790       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 791               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 792       {
 793         try
 794         {
 795           JGroup target = (JGroup) object;
 796           // if null, use delete method for optional primitives
 797           if (value == null)
 798           {
 799             target.deleteShowUnconserved();
 800             return;
 801           }
 802           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)
 803                   .booleanValue());
 804         } catch (java.lang.Exception ex)
 805         {
 806           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 807         }
 808       }
 809
 810       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 811       {
 812         return null;
 813       }
 814     };
 815     desc.setHandler(handler);
 816     desc.setMultivalued(false);
 817     addFieldDescriptor(desc);
 818
 819     // -- validation code for: _showUnconserved
 820     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 821     { // -- local scope
 822       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 823       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 824       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 825     }
 826     desc.setValidator(fieldValidator);
 827     // -- _ignoreGapsinConsensus
 828     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 829             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",
 830             "ignoreGapsinConsensus",
 831             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 832     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 833     {
 834       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 835               throws IllegalStateException
 836       {
 837         JGroup target = (JGroup) object;
 838         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())
 839         {
 840           return null;
 841         }
 842         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE
 843                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 844       }
 845
 846       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 847               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 848       {
 849         try
 850         {
 851           JGroup target = (JGroup) object;
 852           // if null, use delete method for optional primitives
 853           if (value == null)
 854           {
 855             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();
 856             return;
 857           }
 858           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)
 859                   .booleanValue());
 860         } catch (java.lang.Exception ex)
 861         {
 862           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 863         }
 864       }
 865
 866       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 867       {
 868         return null;
 869       }
 870     };
 871     desc.setHandler(handler);
 872     desc.setMultivalued(false);
 873     addFieldDescriptor(desc);
 874
 875     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus
 876     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 877     { // -- local scope
 878       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 879       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 880       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 881     }
 882     desc.setValidator(fieldValidator);
 883     // -- _showConsensusHistogram
 884     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 885             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",
 886             "showConsensusHistogram",
 887             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 888     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 889     {
 890       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 891               throws IllegalStateException
 892       {
 893         JGroup target = (JGroup) object;
 894         if (!target.hasShowConsensusHistogram())
 895         {
 896           return null;
 897         }
 898         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE
 899                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 900       }
 901
 902       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 903               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 904       {
 905         try
 906         {
 907           JGroup target = (JGroup) object;
 908           // if null, use delete method for optional primitives
 909           if (value == null)
 910           {
 911             target.deleteShowConsensusHistogram();
 912             return;
 913           }
 914           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)
 915                   .booleanValue());
 916         } catch (java.lang.Exception ex)
 917         {
 918           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 919         }
 920       }
 921
 922       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 923       {
 924         return null;
 925       }
 926     };
 927     desc.setHandler(handler);
 928     desc.setMultivalued(false);
 929     addFieldDescriptor(desc);
 930
 931     // -- validation code for: _showConsensusHistogram
 932     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 933     { // -- local scope
 934       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 935       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 936       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 937     }
 938     desc.setValidator(fieldValidator);
 939     // -- _showSequenceLogo
 940     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 941             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",
 942             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 943     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 944     {
 945       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 946               throws IllegalStateException
 947       {
 948         JGroup target = (JGroup) object;
 949         if (!target.hasShowSequenceLogo())
 950         {
 951           return null;
 952         }
 953         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
 954                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 955       }
 956
 957       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 958               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 959       {
 960         try
 961         {
 962           JGroup target = (JGroup) object;
 963           // if null, use delete method for optional primitives
 964           if (value == null)
 965           {
 966             target.deleteShowSequenceLogo();
 967             return;
 968           }
 969           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
 970                   .booleanValue());
 971         } catch (java.lang.Exception ex)
 972         {
 973           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 974         }
 975       }
 976
 977       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 978       {
 979         return null;
 980       }
 981     };
 982     desc.setHandler(handler);
 983     desc.setMultivalued(false);
 984     addFieldDescriptor(desc);
 985
 986     // -- validation code for: _showSequenceLogo
 987     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 988     { // -- local scope
 989       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 990       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 991       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 992     }
 993     desc.setValidator(fieldValidator);
 994     // -- _normaliseSequenceLogo
 995     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 996             java.lang.Boolean.TYPE, "_normaliseSequenceLogo",
 997             "normaliseSequenceLogo",
 998             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 999     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1000     {
1001       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1002               throws IllegalStateException
1003       {
1004         JGroup target = (JGroup) object;
1005         if (!target.hasNormaliseSequenceLogo())
1006         {
1007           return null;
1008         }
1009         return (target.getNormaliseSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
1010                 : java.lang.Boolean.FALSE);
1011       }
1012
1013       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1014               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1015       {
1016         try
1017         {
1018           JGroup target = (JGroup) object;
1019           // if null, use delete method for optional primitives
1020           if (value == null)
1021           {
1022             target.deleteNormaliseSequenceLogo();
1023             return;
1024           }
1025           target.setNormaliseSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
1026                   .booleanValue());
1027         } catch (java.lang.Exception ex)
1028         {
1029           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1030         }
1031       }
1032
1033       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1034       {
1035         return null;
1036       }
1037     };
1038     desc.setHandler(handler);
1039     desc.setMultivalued(false);
1040     addFieldDescriptor(desc);
1041
1042     // -- validation code for: _normaliseSequenceLogo
1043     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1044     { // -- local scope
1045       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
1046       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
1047       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1048     }
1049     desc.setValidator(fieldValidator);
1050     // -- _id
1051     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1052             java.lang.String.class, "_id", "id",
1053             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1054     desc.setImmutable(true);
1055     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1056     {
1057       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1058               throws IllegalStateException
1059       {
1060         JGroup target = (JGroup) object;
1061         return target.getId();
1062       }
1063
1064       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1065               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1066       {
1067         try
1068         {
1069           JGroup target = (JGroup) object;
1070           target.setId((java.lang.String) value);
1071         } catch (java.lang.Exception ex)
1072         {
1073           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1074         }
1075       }
1076
1077       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1078       {
1079         return null;
1080       }
1081     };
1082     desc.setHandler(handler);
1083     desc.setMultivalued(false);
1084     addFieldDescriptor(desc);
1085
1086     // -- validation code for: _id
1087     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1088     { // -- local scope
1089       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1090       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1091       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1092       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1093     }
1094     desc.setValidator(fieldValidator);
1095     // -- initialize element descriptors
1096
1097     // -- _seqList
1098     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1099             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",
1100             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1101     desc.setImmutable(true);
1102     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1103     {
1104       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1105               throws IllegalStateException
1106       {
1107         JGroup target = (JGroup) object;
1108         return target.getSeq();
1109       }
1110
1111       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1112               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1113       {
1114         try
1115         {
1116           JGroup target = (JGroup) object;
1117           target.addSeq((java.lang.String) value);
1118         } catch (java.lang.Exception ex)
1119         {
1120           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1121         }
1122       }
1123
1124       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1125               IllegalArgumentException
1126       {
1127         try
1128         {
1129           JGroup target = (JGroup) object;
1130           target.removeAllSeq();
1131         } catch (java.lang.Exception ex)
1132         {
1133           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1134         }
1135       }
1136
1137       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1138       {
1139         return null;
1140       }
1141     };
1142     desc.setHandler(handler);
1143     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1144     desc.setRequired(true);
1145     desc.setMultivalued(true);
1146     addFieldDescriptor(desc);
1147
1148     // -- validation code for: _seqList
1149     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1150     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1151     { // -- local scope
1152       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1153       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1154       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1155       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1156     }
1157     desc.setValidator(fieldValidator);
1158     // -- _annotationColours
1159     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1160             jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,
1161             "_annotationColours", "annotationColours",
1162             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1163     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1164     {
1165       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1166               throws IllegalStateException
1167       {
1168         JGroup target = (JGroup) object;
1169         return target.getAnnotationColours();
1170       }
1171
1172       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1173               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1174       {
1175         try
1176         {
1177           JGroup target = (JGroup) object;
1178           target.setAnnotationColours((jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) value);
1179         } catch (java.lang.Exception ex)
1180         {
1181           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1182         }
1183       }
1184
1185       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1186       {
1187         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours();
1188       }
1189     };
1190     desc.setHandler(handler);
1191     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1192     desc.setMultivalued(false);
1193     addFieldDescriptor(desc);
1194
1195     // -- validation code for: _annotationColours
1196     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1197     { // -- local scope
1198     }
1199     desc.setValidator(fieldValidator);
1200   }
1201
1202   // -----------/
1203   // - Methods -/
1204   // -----------/
1205
1206   /**
1207    * Method getAccessMode.
1208    *
1209    * @return the access mode specified for this class.
1210    */
1211   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1212   {
1213     return null;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Method getIdentity.
1218    *
1219    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1220    */
1221   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1222   {
1223     return super.getIdentity();
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Method getJavaClass.
1228    *
1229    * @return the Java class represented by this descriptor.
1230    */
1231   public java.lang.Class getJavaClass()
1232   {
1233     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;
1234   }
1235
1236   /**
1237    * Method getNameSpacePrefix.
1238    *
1239    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1240    */
1241   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1242   {
1243     return _nsPrefix;
1244   }
1245
1246   /**
1247    * Method getNameSpaceURI.
1248    *
1249    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1250    */
1251   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1252   {
1253     return _nsURI;
1254   }
1255
1256   /**
1257    * Method getValidator.
1258    *
1259    * @return a specific validator for the class described by this
1260    *         ClassDescriptor.
1261    */
1262   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1263   {
1264     return this;
1265   }
1266
1267   /**
1268    * Method getXMLName.
1269    *
1270    * @return the XML Name for the Class being described.
1271    */
1272   public java.lang.String getXMLName()
1273   {
1274     return _xmlName;
1275   }
1276
1277   /**
1278    * Method isElementDefinition.
1279    *
1280    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1281    *         element or element with anonymous type definition.
1282    */
1283   public boolean isElementDefinition()
1284   {
1285     return _elementDefinition;
1286   }
1287
1288 }