src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;
  28
  29 /**
  30  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public JalviewModelSequenceDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.jalview.org";
  70     _elementDefinition = false;
  71
  72     // -- set grouping compositor
  73     setCompositorAsSequence();
  74     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  75     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  76     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  77     // -- initialize attribute descriptors
  78
  79     // -- initialize element descriptors
  80
  81     // -- _JSeqList
  82     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  83             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",
  84             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
  85     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  86     {
  87       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  88               throws IllegalStateException
  89       {
  90         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
  91         return target.getJSeq();
  92       }
  93
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96       {
  97         try
  98         {
  99           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 100           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);
 101         } catch (java.lang.Exception ex)
 102         {
 103           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 104         }
 105       }
 106
 107       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 108               IllegalArgumentException
 109       {
 110         try
 111         {
 112           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 113           target.removeAllJSeq();
 114         } catch (java.lang.Exception ex)
 115         {
 116           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 117         }
 118       }
 119
 120       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 121       {
 122         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();
 123       }
 124     };
 125     desc.setHandler(handler);
 126     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 127     desc.setMultivalued(true);
 128     addFieldDescriptor(desc);
 129
 130     // -- validation code for: _JSeqList
 131     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 132     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 133     { // -- local scope
 134     }
 135     desc.setValidator(fieldValidator);
 136     // -- _JGroupList
 137     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 138             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",
 139             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 140     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 141     {
 142       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 143               throws IllegalStateException
 144       {
 145         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 146         return target.getJGroup();
 147       }
 148
 149       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 150               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 151       {
 152         try
 153         {
 154           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 155           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);
 156         } catch (java.lang.Exception ex)
 157         {
 158           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 159         }
 160       }
 161
 162       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 163               IllegalArgumentException
 164       {
 165         try
 166         {
 167           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 168           target.removeAllJGroup();
 169         } catch (java.lang.Exception ex)
 170         {
 171           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 172         }
 173       }
 174
 175       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 176       {
 177         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();
 178       }
 179     };
 180     desc.setHandler(handler);
 181     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 182     desc.setMultivalued(true);
 183     addFieldDescriptor(desc);
 184
 185     // -- validation code for: _JGroupList
 186     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 187     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 188     { // -- local scope
 189     }
 190     desc.setValidator(fieldValidator);
 191     // -- _viewportList
 192     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 193             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",
 194             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 195     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 196     {
 197       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 198               throws IllegalStateException
 199       {
 200         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 201         return target.getViewport();
 202       }
 203
 204       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 205               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 206       {
 207         try
 208         {
 209           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 210           target.addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);
 211         } catch (java.lang.Exception ex)
 212         {
 213           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 214         }
 215       }
 216
 217       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 218               IllegalArgumentException
 219       {
 220         try
 221         {
 222           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 223           target.removeAllViewport();
 224         } catch (java.lang.Exception ex)
 225         {
 226           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 227         }
 228       }
 229
 230       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 231       {
 232         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();
 233       }
 234     };
 235     desc.setHandler(handler);
 236     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 237     desc.setMultivalued(true);
 238     addFieldDescriptor(desc);
 239
 240     // -- validation code for: _viewportList
 241     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 242     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 243     { // -- local scope
 244     }
 245     desc.setValidator(fieldValidator);
 246     // -- _userColoursList
 247     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 248             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,
 249             "_userColoursList", "UserColours",
 250             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 251     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 252     {
 253       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 254               throws IllegalStateException
 255       {
 256         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 257         return target.getUserColours();
 258       }
 259
 260       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 261               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 262       {
 263         try
 264         {
 265           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 266           target.addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);
 267         } catch (java.lang.Exception ex)
 268         {
 269           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 270         }
 271       }
 272
 273       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 274               IllegalArgumentException
 275       {
 276         try
 277         {
 278           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 279           target.removeAllUserColours();
 280         } catch (java.lang.Exception ex)
 281         {
 282           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 283         }
 284       }
 285
 286       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 287       {
 288         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();
 289       }
 290     };
 291     desc.setHandler(handler);
 292     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 293     desc.setMultivalued(true);
 294     addFieldDescriptor(desc);
 295
 296     // -- validation code for: _userColoursList
 297     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 298     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 299     { // -- local scope
 300     }
 301     desc.setValidator(fieldValidator);
 302     // -- _treeList
 303     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 304             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",
 305             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 306     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 307     {
 308       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 309               throws IllegalStateException
 310       {
 311         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 312         return target.getTree();
 313       }
 314
 315       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 316               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 317       {
 318         try
 319         {
 320           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 321           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);
 322         } catch (java.lang.Exception ex)
 323         {
 324           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 325         }
 326       }
 327
 328       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
 329               IllegalArgumentException
 330       {
 331         try
 332         {
 333           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 334           target.removeAllTree();
 335         } catch (java.lang.Exception ex)
 336         {
 337           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 338         }
 339       }
 340
 341       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 342       {
 343         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();
 344       }
 345     };
 346     desc.setHandler(handler);
 347     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 348     desc.setMultivalued(true);
 349     addFieldDescriptor(desc);
 350
 351     // -- validation code for: _treeList
 352     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 353     fieldValidator.setMinOccurs(0);
 354     { // -- local scope
 355     }
 356     desc.setValidator(fieldValidator);
 357     // -- _featureSettings
 358     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 359             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,
 360             "_featureSettings", "FeatureSettings",
 361             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 362     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 363     {
 364       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 365               throws IllegalStateException
 366       {
 367         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 368         return target.getFeatureSettings();
 369       }
 370
 371       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 372               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 373       {
 374         try
 375         {
 376           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;
 377           target.setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);
 378         } catch (java.lang.Exception ex)
 379         {
 380           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 381         }
 382       }
 383
 384       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 385       {
 386         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();
 387       }
 388     };
 389     desc.setHandler(handler);
 390     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 391     desc.setMultivalued(false);
 392     addFieldDescriptor(desc);
 393
 394     // -- validation code for: _featureSettings
 395     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 396     { // -- local scope
 397     }
 398     desc.setValidator(fieldValidator);
 399   }
 400
 401   // -----------/
 402   // - Methods -/
 403   // -----------/
 404
 405   /**
 406    * Method getAccessMode.
 407    *
 408    * @return the access mode specified for this class.
 409    */
 410   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 411   {
 412     return null;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Method getIdentity.
 417    *
 418    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 419    */
 420   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 421   {
 422     return super.getIdentity();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Method getJavaClass.
 427    *
 428    * @return the Java class represented by this descriptor.
 429    */
 430   public java.lang.Class getJavaClass()
 431   {
 432     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Method getNameSpacePrefix.
 437    *
 438    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 439    */
 440   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 441   {
 442     return _nsPrefix;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * Method getNameSpaceURI.
 447    *
 448    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 449    */
 450   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 451   {
 452     return _nsURI;
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Method getValidator.
 457    *
 458    * @return a specific validator for the class described by this
 459    *         ClassDescriptor.
 460    */
 461   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 462   {
 463     return this;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Method getXMLName.
 468    *
 469    * @return the XML Name for the Class being described.
 470    */
 471   public java.lang.String getXMLName()
 472   {
 473     return _xmlName;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Method isElementDefinition.
 478    *
 479    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 480    *         element or element with anonymous type definition.
 481    */
 482   public boolean isElementDefinition()
 483   {
 484     return _elementDefinition;
 485   }
 486
 487 }