src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.SequenceType;
  28
  29 /**
  30  * Class SequenceTypeDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class SequenceTypeDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public SequenceTypeDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  70     _xmlName = "SequenceType";
  71     _elementDefinition = false;
  72
  73     // -- set grouping compositor
  74     setCompositorAsSequence();
  75     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  76     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  77     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  78     // -- initialize attribute descriptors
  79
  80     // -- _id
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  82             java.lang.String.class, "_id", "id",
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  84     desc.setImmutable(true);
  85     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  86     {
  87       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  88               throws IllegalStateException
  89       {
  90         SequenceType target = (SequenceType) object;
  91         return target.getId();
  92       }
  93
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96       {
  97         try
  98         {
  99           SequenceType target = (SequenceType) object;
 100           target.setId((java.lang.String) value);
 101         } catch (java.lang.Exception ex)
 102         {
 103           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 104         }
 105       }
 106
 107       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 108       {
 109         return null;
 110       }
 111     };
 112     desc.setHandler(handler);
 113     desc.setMultivalued(false);
 114     addFieldDescriptor(desc);
 115
 116     // -- validation code for: _id
 117     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 118     { // -- local scope
 119       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 120       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 121       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 122       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 123     }
 124     desc.setValidator(fieldValidator);
 125     // -- _description
 126     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 127             java.lang.String.class, "_description", "description",
 128             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 129     desc.setImmutable(true);
 130     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 131     {
 132       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 133               throws IllegalStateException
 134       {
 135         SequenceType target = (SequenceType) object;
 136         return target.getDescription();
 137       }
 138
 139       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 140               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 141       {
 142         try
 143         {
 144           SequenceType target = (SequenceType) object;
 145           target.setDescription((java.lang.String) value);
 146         } catch (java.lang.Exception ex)
 147         {
 148           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 149         }
 150       }
 151
 152       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 153       {
 154         return null;
 155       }
 156     };
 157     desc.setHandler(handler);
 158     desc.setMultivalued(false);
 159     addFieldDescriptor(desc);
 160
 161     // -- validation code for: _description
 162     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 163     { // -- local scope
 164       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 165       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 166       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 167       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 168     }
 169     desc.setValidator(fieldValidator);
 170     // -- initialize element descriptors
 171
 172     // -- _sequence
 173     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 174             java.lang.String.class, "_sequence", "sequence",
 175             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 176     desc.setImmutable(true);
 177     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 178     {
 179       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 180               throws IllegalStateException
 181       {
 182         SequenceType target = (SequenceType) object;
 183         return target.getSequence();
 184       }
 185
 186       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 187               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 188       {
 189         try
 190         {
 191           SequenceType target = (SequenceType) object;
 192           target.setSequence((java.lang.String) value);
 193         } catch (java.lang.Exception ex)
 194         {
 195           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 196         }
 197       }
 198
 199       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 200       {
 201         return null;
 202       }
 203     };
 204     desc.setHandler(handler);
 205     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 206     desc.setMultivalued(false);
 207     addFieldDescriptor(desc);
 208
 209     // -- validation code for: _sequence
 210     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 211     { // -- local scope
 212       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 213       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 214       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 215       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 216     }
 217     desc.setValidator(fieldValidator);
 218     // -- _name
 219     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 220             java.lang.String.class, "_name", "name",
 221             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 222     desc.setImmutable(true);
 223     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 224     {
 225       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 226               throws IllegalStateException
 227       {
 228         SequenceType target = (SequenceType) object;
 229         return target.getName();
 230       }
 231
 232       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 233               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 234       {
 235         try
 236         {
 237           SequenceType target = (SequenceType) object;
 238           target.setName((java.lang.String) value);
 239         } catch (java.lang.Exception ex)
 240         {
 241           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 242         }
 243       }
 244
 245       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 246       {
 247         return null;
 248       }
 249     };
 250     desc.setHandler(handler);
 251     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
 252     desc.setMultivalued(false);
 253     addFieldDescriptor(desc);
 254
 255     // -- validation code for: _name
 256     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 257     { // -- local scope
 258       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 259       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 260       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 261       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 262     }
 263     desc.setValidator(fieldValidator);
 264   }
 265
 266   // -----------/
 267   // - Methods -/
 268   // -----------/
 269
 270   /**
 271    * Method getAccessMode.
 272    *
 273    * @return the access mode specified for this class.
 274    */
 275   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 276   {
 277     return null;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Method getIdentity.
 282    *
 283    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 284    */
 285   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 286   {
 287     return super.getIdentity();
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Method getJavaClass.
 292    *
 293    * @return the Java class represented by this descriptor.
 294    */
 295   public java.lang.Class getJavaClass()
 296   {
 297     return jalview.schemabinding.version2.SequenceType.class;
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Method getNameSpacePrefix.
 302    *
 303    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 304    */
 305   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 306   {
 307     return _nsPrefix;
 308   }
 309
 310   /**
 311    * Method getNameSpaceURI.
 312    *
 313    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 314    */
 315   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 316   {
 317     return _nsURI;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Method getValidator.
 322    *
 323    * @return a specific validator for the class described by this
 324    *         ClassDescriptor.
 325    */
 326   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 327   {
 328     return this;
 329   }
 330
 331   /**
 332    * Method getXMLName.
 333    *
 334    * @return the XML Name for the Class being described.
 335    */
 336   public java.lang.String getXMLName()
 337   {
 338     return _xmlName;
 339   }
 340
 341   /**
 342    * Method isElementDefinition.
 343    *
 344    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
 345    *         element or element with anonymous type definition.
 346    */
 347   public boolean isElementDefinition()
 348   {
 349     return _elementDefinition;
 350   }
 351
 352 }