src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.schemabinding.version2.Tree;
  28
  29 /**
  30  * Class TreeDescriptor.
  31  *
  32  * @version $Revision$ $Date$
  33  */
  34 public class TreeDescriptor extends
  35         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _elementDefinition.
  44    */
  45   private boolean _elementDefinition;
  46
  47   /**
  48    * Field _nsPrefix.
  49    */
  50   private java.lang.String _nsPrefix;
  51
  52   /**
  53    * Field _nsURI.
  54    */
  55   private java.lang.String _nsURI;
  56
  57   /**
  58    * Field _xmlName.
  59    */
  60   private java.lang.String _xmlName;
  61
  62   // ----------------/
  63   // - Constructors -/
  64   // ----------------/
  65
  66   public TreeDescriptor()
  67   {
  68     super();
  69     _nsURI = "www.jalview.org";
  70     _xmlName = "tree";
  71     _elementDefinition = true;
  72
  73     // -- set grouping compositor
  74     setCompositorAsSequence();
  75     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  76     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  77     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  78     // -- initialize attribute descriptors
  79
  80     // -- _fontName
  81     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  82             java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",
  83             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  84     desc.setImmutable(true);
  85     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  86     {
  87       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  88               throws IllegalStateException
  89       {
  90         Tree target = (Tree) object;
  91         return target.getFontName();
  92       }
  93
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
  96       {
  97         try
  98         {
  99           Tree target = (Tree) object;
 100           target.setFontName((java.lang.String) value);
 101         } catch (java.lang.Exception ex)
 102         {
 103           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 104         }
 105       }
 106
 107       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 108       {
 109         return null;
 110       }
 111     };
 112     desc.setHandler(handler);
 113     desc.setMultivalued(false);
 114     addFieldDescriptor(desc);
 115
 116     // -- validation code for: _fontName
 117     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 118     { // -- local scope
 119       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 120       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 121       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 122       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 123     }
 124     desc.setValidator(fieldValidator);
 125     // -- _fontSize
 126     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 127             java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",
 128             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 129     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 130     {
 131       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 132               throws IllegalStateException
 133       {
 134         Tree target = (Tree) object;
 135         if (!target.hasFontSize())
 136         {
 137           return null;
 138         }
 139         return new java.lang.Integer(target.getFontSize());
 140       }
 141
 142       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 143               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 144       {
 145         try
 146         {
 147           Tree target = (Tree) object;
 148           // if null, use delete method for optional primitives
 149           if (value == null)
 150           {
 151             target.deleteFontSize();
 152             return;
 153           }
 154           target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());
 155         } catch (java.lang.Exception ex)
 156         {
 157           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 158         }
 159       }
 160
 161       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 162       {
 163         return null;
 164       }
 165     };
 166     desc.setHandler(handler);
 167     desc.setMultivalued(false);
 168     addFieldDescriptor(desc);
 169
 170     // -- validation code for: _fontSize
 171     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 172     { // -- local scope
 173       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 174       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 175       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 176       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 177       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 178     }
 179     desc.setValidator(fieldValidator);
 180     // -- _fontStyle
 181     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 182             java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",
 183             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 184     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 185     {
 186       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 187               throws IllegalStateException
 188       {
 189         Tree target = (Tree) object;
 190         if (!target.hasFontStyle())
 191         {
 192           return null;
 193         }
 194         return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());
 195       }
 196
 197       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 198               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 199       {
 200         try
 201         {
 202           Tree target = (Tree) object;
 203           // if null, use delete method for optional primitives
 204           if (value == null)
 205           {
 206             target.deleteFontStyle();
 207             return;
 208           }
 209           target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());
 210         } catch (java.lang.Exception ex)
 211         {
 212           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 213         }
 214       }
 215
 216       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 217       {
 218         return null;
 219       }
 220     };
 221     desc.setHandler(handler);
 222     desc.setMultivalued(false);
 223     addFieldDescriptor(desc);
 224
 225     // -- validation code for: _fontStyle
 226     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 227     { // -- local scope
 228       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 229       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 230       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 231       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 232       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 233     }
 234     desc.setValidator(fieldValidator);
 235     // -- _threshold
 236     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 237             java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",
 238             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 239     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 240     {
 241       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 242               throws IllegalStateException
 243       {
 244         Tree target = (Tree) object;
 245         if (!target.hasThreshold())
 246         {
 247           return null;
 248         }
 249         return new java.lang.Float(target.getThreshold());
 250       }
 251
 252       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 253               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 254       {
 255         try
 256         {
 257           Tree target = (Tree) object;
 258           // if null, use delete method for optional primitives
 259           if (value == null)
 260           {
 261             target.deleteThreshold();
 262             return;
 263           }
 264           target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());
 265         } catch (java.lang.Exception ex)
 266         {
 267           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 268         }
 269       }
 270
 271       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 272       {
 273         return null;
 274       }
 275     };
 276     desc.setHandler(handler);
 277     desc.setMultivalued(false);
 278     addFieldDescriptor(desc);
 279
 280     // -- validation code for: _threshold
 281     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 282     { // -- local scope
 283       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;
 284       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();
 285       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 286       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);
 287       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);
 288     }
 289     desc.setValidator(fieldValidator);
 290     // -- _showBootstrap
 291     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 292             java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap",
 293             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 294     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 295     {
 296       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 297               throws IllegalStateException
 298       {
 299         Tree target = (Tree) object;
 300         if (!target.hasShowBootstrap())
 301         {
 302           return null;
 303         }
 304         return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE
 305                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 306       }
 307
 308       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 309               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 310       {
 311         try
 312         {
 313           Tree target = (Tree) object;
 314           // if null, use delete method for optional primitives
 315           if (value == null)
 316           {
 317             target.deleteShowBootstrap();
 318             return;
 319           }
 320           target.setShowBootstrap(((java.lang.Boolean) value)
 321                   .booleanValue());
 322         } catch (java.lang.Exception ex)
 323         {
 324           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 325         }
 326       }
 327
 328       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 329       {
 330         return null;
 331       }
 332     };
 333     desc.setHandler(handler);
 334     desc.setMultivalued(false);
 335     addFieldDescriptor(desc);
 336
 337     // -- validation code for: _showBootstrap
 338     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 339     { // -- local scope
 340       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 341       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 342       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 343     }
 344     desc.setValidator(fieldValidator);
 345     // -- _showDistances
 346     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 347             java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances",
 348             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 349     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 350     {
 351       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 352               throws IllegalStateException
 353       {
 354         Tree target = (Tree) object;
 355         if (!target.hasShowDistances())
 356         {
 357           return null;
 358         }
 359         return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE
 360                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 361       }
 362
 363       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 364               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 365       {
 366         try
 367         {
 368           Tree target = (Tree) object;
 369           // if null, use delete method for optional primitives
 370           if (value == null)
 371           {
 372             target.deleteShowDistances();
 373             return;
 374           }
 375           target.setShowDistances(((java.lang.Boolean) value)
 376                   .booleanValue());
 377         } catch (java.lang.Exception ex)
 378         {
 379           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 380         }
 381       }
 382
 383       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 384       {
 385         return null;
 386       }
 387     };
 388     desc.setHandler(handler);
 389     desc.setMultivalued(false);
 390     addFieldDescriptor(desc);
 391
 392     // -- validation code for: _showDistances
 393     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 394     { // -- local scope
 395       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 396       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 397       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 398     }
 399     desc.setValidator(fieldValidator);
 400     // -- _markUnlinked
 401     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 402             java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked",
 403             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 404     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 405     {
 406       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 407               throws IllegalStateException
 408       {
 409         Tree target = (Tree) object;
 410         if (!target.hasMarkUnlinked())
 411         {
 412           return null;
 413         }
 414         return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE
 415                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 416       }
 417
 418       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 419               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 420       {
 421         try
 422         {
 423           Tree target = (Tree) object;
 424           // if null, use delete method for optional primitives
 425           if (value == null)
 426           {
 427             target.deleteMarkUnlinked();
 428             return;
 429           }
 430           target.setMarkUnlinked(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 431         } catch (java.lang.Exception ex)
 432         {
 433           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 434         }
 435       }
 436
 437       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 438       {
 439         return null;
 440       }
 441     };
 442     desc.setHandler(handler);
 443     desc.setMultivalued(false);
 444     addFieldDescriptor(desc);
 445
 446     // -- validation code for: _markUnlinked
 447     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 448     { // -- local scope
 449       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 450       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 451       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 452     }
 453     desc.setValidator(fieldValidator);
 454     // -- _fitToWindow
 455     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 456             java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow",
 457             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 458     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 459     {
 460       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 461               throws IllegalStateException
 462       {
 463         Tree target = (Tree) object;
 464         if (!target.hasFitToWindow())
 465         {
 466           return null;
 467         }
 468         return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE
 469                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 470       }
 471
 472       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 473               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 474       {
 475         try
 476         {
 477           Tree target = (Tree) object;
 478           // if null, use delete method for optional primitives
 479           if (value == null)
 480           {
 481             target.deleteFitToWindow();
 482             return;
 483           }
 484           target.setFitToWindow(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 485         } catch (java.lang.Exception ex)
 486         {
 487           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 488         }
 489       }
 490
 491       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 492       {
 493         return null;
 494       }
 495     };
 496     desc.setHandler(handler);
 497     desc.setMultivalued(false);
 498     addFieldDescriptor(desc);
 499
 500     // -- validation code for: _fitToWindow
 501     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 502     { // -- local scope
 503       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 504       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 505       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 506     }
 507     desc.setValidator(fieldValidator);
 508     // -- _currentTree
 509     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 510             java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree",
 511             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 512     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 513     {
 514       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 515               throws IllegalStateException
 516       {
 517         Tree target = (Tree) object;
 518         if (!target.hasCurrentTree())
 519         {
 520           return null;
 521         }
 522         return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE
 523                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 524       }
 525
 526       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 527               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 528       {
 529         try
 530         {
 531           Tree target = (Tree) object;
 532           // if null, use delete method for optional primitives
 533           if (value == null)
 534           {
 535             target.deleteCurrentTree();
 536             return;
 537           }
 538           target.setCurrentTree(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 539         } catch (java.lang.Exception ex)
 540         {
 541           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 542         }
 543       }
 544
 545       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 546       {
 547         return null;
 548       }
 549     };
 550     desc.setHandler(handler);
 551     desc.setMultivalued(false);
 552     addFieldDescriptor(desc);
 553
 554     // -- validation code for: _currentTree
 555     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 556     { // -- local scope
 557       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 558       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 559       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 560     }
 561     desc.setValidator(fieldValidator);
 562     // -- _id
 563     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 564             java.lang.String.class, "_id", "id",
 565             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 566     super.setIdentity(desc);
 567     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 568     {
 569       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 570               throws IllegalStateException
 571       {
 572         Tree target = (Tree) object;
 573         return target.getId();
 574       }
 575
 576       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 577               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 578       {
 579         try
 580         {
 581           Tree target = (Tree) object;
 582           target.setId((java.lang.String) value);
 583         } catch (java.lang.Exception ex)
 584         {
 585           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 586         }
 587       }
 588
 589       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 590       {
 591         return new java.lang.String();
 592       }
 593     };
 594     desc.setHandler(handler);
 595     desc.setMultivalued(false);
 596     addFieldDescriptor(desc);
 597
 598     // -- validation code for: _id
 599     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 600     { // -- local scope
 601       org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator typeValidator;
 602       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IdValidator();
 603       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 604     }
 605     desc.setValidator(fieldValidator);
 606     // -- _width
 607     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 608             java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",
 609             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 610     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 611     {
 612       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 613               throws IllegalStateException
 614       {
 615         Tree target = (Tree) object;
 616         if (!target.hasWidth())
 617         {
 618           return null;
 619         }
 620         return new java.lang.Integer(target.getWidth());
 621       }
 622
 623       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 624               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 625       {
 626         try
 627         {
 628           Tree target = (Tree) object;
 629           // if null, use delete method for optional primitives
 630           if (value == null)
 631           {
 632             target.deleteWidth();
 633             return;
 634           }
 635           target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());
 636         } catch (java.lang.Exception ex)
 637         {
 638           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 639         }
 640       }
 641
 642       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 643       {
 644         return null;
 645       }
 646     };
 647     desc.setHandler(handler);
 648     desc.setMultivalued(false);
 649     addFieldDescriptor(desc);
 650
 651     // -- validation code for: _width
 652     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 653     { // -- local scope
 654       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 655       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 656       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 657       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 658       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 659     }
 660     desc.setValidator(fieldValidator);
 661     // -- _height
 662     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 663             java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",
 664             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 665     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 666     {
 667       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 668               throws IllegalStateException
 669       {
 670         Tree target = (Tree) object;
 671         if (!target.hasHeight())
 672         {
 673           return null;
 674         }
 675         return new java.lang.Integer(target.getHeight());
 676       }
 677
 678       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 679               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 680       {
 681         try
 682         {
 683           Tree target = (Tree) object;
 684           // if null, use delete method for optional primitives
 685           if (value == null)
 686           {
 687             target.deleteHeight();
 688             return;
 689           }
 690           target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 691         } catch (java.lang.Exception ex)
 692         {
 693           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 694         }
 695       }
 696
 697       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 698       {
 699         return null;
 700       }
 701     };
 702     desc.setHandler(handler);
 703     desc.setMultivalued(false);
 704     addFieldDescriptor(desc);
 705
 706     // -- validation code for: _height
 707     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 708     { // -- local scope
 709       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 710       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 711       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 712       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 713       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 714     }
 715     desc.setValidator(fieldValidator);
 716     // -- _xpos
 717     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 718             java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",
 719             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 720     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 721     {
 722       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 723               throws IllegalStateException
 724       {
 725         Tree target = (Tree) object;
 726         if (!target.hasXpos())
 727         {
 728           return null;
 729         }
 730         return new java.lang.Integer(target.getXpos());
 731       }
 732
 733       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 734               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 735       {
 736         try
 737         {
 738           Tree target = (Tree) object;
 739           // if null, use delete method for optional primitives
 740           if (value == null)
 741           {
 742             target.deleteXpos();
 743             return;
 744           }
 745           target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());
 746         } catch (java.lang.Exception ex)
 747         {
 748           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 749         }
 750       }
 751
 752       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 753       {
 754         return null;
 755       }
 756     };
 757     desc.setHandler(handler);
 758     desc.setMultivalued(false);
 759     addFieldDescriptor(desc);
 760
 761     // -- validation code for: _xpos
 762     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 763     { // -- local scope
 764       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 765       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 766       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 767       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 768       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 769     }
 770     desc.setValidator(fieldValidator);
 771     // -- _ypos
 772     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 773             java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",
 774             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 775     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 776     {
 777       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 778               throws IllegalStateException
 779       {
 780         Tree target = (Tree) object;
 781         if (!target.hasYpos())
 782         {
 783           return null;
 784         }
 785         return new java.lang.Integer(target.getYpos());
 786       }
 787
 788       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 789               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 790       {
 791         try
 792         {
 793           Tree target = (Tree) object;
 794           // if null, use delete method for optional primitives
 795           if (value == null)
 796           {
 797             target.deleteYpos();
 798             return;
 799           }
 800           target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());
 801         } catch (java.lang.Exception ex)
 802         {
 803           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 804         }
 805       }
 806
 807       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 808       {
 809         return null;
 810       }
 811     };
 812     desc.setHandler(handler);
 813     desc.setMultivalued(false);
 814     addFieldDescriptor(desc);
 815
 816     // -- validation code for: _ypos
 817     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 818     { // -- local scope
 819       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 820       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 821       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 822       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 823       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 824     }
 825     desc.setValidator(fieldValidator);
 826     // -- initialize element descriptors
 827
 828     // -- _title
 829     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 830             java.lang.String.class, "_title", "title",
 831             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 832     desc.setImmutable(true);
 833     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 834     {
 835       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 836               throws IllegalStateException
 837       {
 838         Tree target = (Tree) object;
 839         return target.getTitle();
 840       }
 841
 842       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 843               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 844       {
 845         try
 846         {
 847           Tree target = (Tree) object;
 848           target.setTitle((java.lang.String) value);
 849         } catch (java.lang.Exception ex)
 850         {
 851           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 852         }
 853       }
 854
 855       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 856       {
 857         return null;
 858       }
 859     };
 860     desc.setHandler(handler);
 861     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 862     desc.setMultivalued(false);
 863     addFieldDescriptor(desc);
 864
 865     // -- validation code for: _title
 866     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 867     { // -- local scope
 868       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 869       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 870       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 871       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 872     }
 873     desc.setValidator(fieldValidator);
 874     // -- _newick
 875     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 876             java.lang.String.class, "_newick", "newick",
 877             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 878     desc.setImmutable(true);
 879     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 880     {
 881       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 882               throws IllegalStateException
 883       {
 884         Tree target = (Tree) object;
 885         return target.getNewick();
 886       }
 887
 888       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 889               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 890       {
 891         try
 892         {
 893           Tree target = (Tree) object;
 894           target.setNewick((java.lang.String) value);
 895         } catch (java.lang.Exception ex)
 896         {
 897           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 898         }
 899       }
 900
 901       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 902       {
 903         return null;
 904       }
 905     };
 906     desc.setHandler(handler);
 907     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
 908     desc.setMultivalued(false);
 909     addFieldDescriptor(desc);
 910
 911     // -- validation code for: _newick
 912     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 913     { // -- local scope
 914       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 915       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 916       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 917       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 918     }
 919     desc.setValidator(fieldValidator);
 920   }
 921
 922   // -----------/
 923   // - Methods -/
 924   // -----------/
 925
 926   /**
 927    * Method getAccessMode.
 928    *
 929    * @return the access mode specified for this class.
 930    */
 931   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
 932   {
 933     return null;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * Method getIdentity.
 938    *
 939    * @return the identity field, null if this class has no identity.
 940    */
 941   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
 942   {
 943     return super.getIdentity();
 944   }
 945
 946   /**
 947    * Method getJavaClass.
 948    *
 949    * @return the Java class represented by this descriptor.
 950    */
 951   public java.lang.Class getJavaClass()
 952   {
 953     return jalview.schemabinding.version2.Tree.class;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * Method getNameSpacePrefix.
 958    *
 959    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
 960    */
 961   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
 962   {
 963     return _nsPrefix;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Method getNameSpaceURI.
 968    *
 969    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
 970    */
 971   public java.lang.String getNameSpaceURI()
 972   {
 973     return _nsURI;
 974   }
 975
 976   /**
 977    * Method getValidator.
 978    *
 979    * @return a specific validator for the class described by this
 980    *         ClassDescriptor.
 981    */
 982   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
 983   {
 984     return this;
 985   }
 986
 987   /**
 988    * Method getXMLName.
 989    *
 990    * @return the XML Name for the Class being described.
 991    */
 992   public java.lang.String getXMLName()
 993   {
 994     return _xmlName;
 995   }
 996
 997   /**
 998    * Method isElementDefinition.
 999    *
1000    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1001    *         element or element with anonymous type definition.
1002    */
1003   public boolean isElementDefinition()
1004   {
1005     return _elementDefinition;
1006   }
1007
1008 }