src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.util.Map;
  27
  28 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31
  32 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  33 {
  34   public Blosum62ColourScheme()
  35   {
  36     super();
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  41   {
  42     if ('a' <= res && res <= 'z')
  43     {
  44       // TO UPPERCASE !!!
  45       res -= ('a' - 'A');
  46     }
  47
  48     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  49             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  50     {
  51       return Color.white;
  52     }
  53
  54     Color currentColour;
  55
  56     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  57     {
  58       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  59
  60       if (max.indexOf(res) > -1)
  61       {
  62         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  63       }
  64       else
  65       {
  66         int c = 0;
  67         int max_aa = 0;
  68         int n = max.length();
  69
  70         do
  71         {
  72           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  73         } while (++max_aa < n);
  74
  75         if (c > 0)
  76         {
  77           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  78         }
  79         else
  80         {
  81           currentColour = Color.white;
  82         }
  83       }
  84
  85       if (conservationColouring)
  86       {
  87         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  88       }
  89     }
  90     else
  91     {
  92       return Color.white;
  93     }
  94
  95     return currentColour;
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 100           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 101   {
 102     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 103     return newcs;
 104   }
 105 }