src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.analysis.AAFrequency;
  22 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 public class PIDColourScheme extends ResidueColourScheme
  28 {
  29   public Color[] pidColours;
  30
  31   public float[] thresholds;
  32
  33   SequenceGroup group;
  34
  35   public PIDColourScheme()
  36   {
  37     this.pidColours = ResidueProperties.pidColours;
  38     this.thresholds = ResidueProperties.pidThresholds;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  43   {
  44     if ('a' <= c && c <= 'z')
  45     {
  46       c -= ('a' - 'A');
  47     }
  48
  49     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null)
  50     {
  51       return Color.white;
  52     }
  53
  54     if ((threshold != 0) && !aboveThreshold(c, j))
  55     {
  56       return Color.white;
  57     }
  58
  59     Color currentColour = Color.white;
  60
  61     double sc = 0;
  62
  63     if (consensus.length <= j)
  64     {
  65       return Color.white;
  66     }
  67
  68     if ((Integer
  69             .parseInt(consensus[j].get(AAFrequency.MAXCOUNT).toString()) != -1)
  70             && consensus[j].contains(String.valueOf(c)))
  71     {
  72       sc = ((Float) consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue();
  73
  74       if (!jalview.util.Comparison.isGap(c))
  75       {
  76         for (int i = 0; i < thresholds.length; i++)
  77         {
  78           if (sc > thresholds[i])
  79           {
  80             currentColour = pidColours[i];
  81
  82             break;
  83           }
  84         }
  85       }
  86     }
  87
  88     if (conservationColouring)
  89     {
  90       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  91     }
  92
  93     return currentColour;
  94   }
  95 }