src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30
  31 /**
  32  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  33  * change colors based on covariation.
  34  *
  35  * @author Lauren Michelle Lui
  36  *
  37  */
  38 public class RNAHelicesColourChooser
  39 {
  40
  41   AlignViewportI av;
  42
  43   AlignmentViewPanel ap;
  44
  45   ColourSchemeI oldcs;
  46
  47   Hashtable oldgroupColours;
  48
  49   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  50
  51   boolean adjusting = false;
  52
  53   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewportI av,
  54           final AlignmentViewPanel ap)
  55   {
  56     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  57     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  58     {
  59       oldgroupColours = new Hashtable();
  60       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
  61       {
  62         if (sg.cs != null)
  63         {
  64           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  65         }
  66       }
  67     }
  68     this.av = av;
  69     this.ap = ap;
  70
  71     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  72     {
  73       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  74
  75     }
  76
  77     adjusting = true;
  78     Vector list = new Vector();
  79     int index = 1;
  80     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  81     {
  82       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  83       if (!list.contains(label))
  84         list.addElement(label);
  85       else
  86         list.addElement(label + "_" + (index++));
  87     }
  88
  89     adjusting = false;
  90
  91     changeColour();
  92
  93   }
  94
  95   void changeColour()
  96   {
  97     // Check if combobox is still adjusting
  98     if (adjusting)
  99     {
 100       return;
 101     }
 102     RNAHelicesColour rhc = null;
 103
 104     rhc = new RNAHelicesColour(av.getAlignment());
 105
 106     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 107
 108     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 109     {
 110       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 111       {
 112         if (sg.cs == null)
 113         {
 114           continue;
 115         }
 116
 117         sg.cs = new RNAHelicesColour(sg);
 118
 119       }
 120     }
 121
 122     ap.paintAlignment(false);
 123   }
 124
 125   void reset()
 126   {
 127     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 128     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 129     {
 130       for (SequenceGroup sg : ap.getAlignment().getGroups())
 131       {
 132         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 133       }
 134     }
 135   }
 136
 137   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 138   {
 139     changeColour();
 140   }
 141
 142 }