src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.*;\r
   5 \r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI {\r
  10     Color    [] colors;\r
  11     int         threshold = 90;\r
  12 \r
  13     public ResidueColourScheme(Color[] colors, int threshold) {\r
  14         this.colors    = colors;\r
  15         this.threshold = threshold;\r
  16     }\r
  17 \r
  18     public ResidueColourScheme() {\r
  19     }\r
  20 \r
  21     public Color findColour(String aa)\r
  22     {\r
  23       return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  24     }\r
  25 \r
  26     public Color findColour(SequenceI seq,String s, int j, Vector aa) {\r
  27         try {\r
  28             return colors[((Integer)(ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue()];\r
  29         } catch (Exception e) {\r
  30             return Color.white;\r
  31         }\r
  32     }\r
  33 \r
  34     // aa should maybe be a class\r
  35     public Color getColour(SequenceI seq, int j,Vector aa) {\r
  36 \r
  37         Color  c       = Color.white;\r
  38         String s       = seq.getSequence(j,j+1);\r
  39 \r
  40         if (threshold > 0 && aa != null)\r
  41         {\r
  42             if (aboveThreshold(aa,seq,j,threshold))\r
  43                 c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  44         }\r
  45         else\r
  46             c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  47 \r
  48 \r
  49       return c;\r
  50     }\r
  51     public int getThreshold() {\r
  52         return threshold;\r
  53     }\r
  54 \r
  55     public void setThreshold(int ct) {\r
  56         threshold = ct;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public Vector  getColours(SequenceI s, Vector aa) {\r
  60         Vector colours = new Vector();\r
  61 \r
  62         for (int j = 0; j < s.getLength(); j++)\r
  63             colours.addElement(getColour(s,j,aa));\r
  64 \r
  65         return colours;\r
  66     }\r
  67 \r
  68     public Vector getColours(SequenceGroup sg, Vector aa) {\r
  69         Vector colours = new Vector();\r
  70 \r
  71         for (int j = 0; j < sg.getSize(); j++) {\r
  72             SequenceI s = sg.getSequenceAt(j);\r
  73 \r
  74             for (int i = 0; i < s.getLength();i++) {\r
  75                 colours.addElement(getColour(s,i,aa));\r
  76             }\r
  77         }\r
  78         return colours;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     public boolean aboveThreshold(Vector aa,SequenceI seq, int j, int threshold) {\r
  82         String    s    = seq.getSequence(j,j+1);\r
  83         Hashtable hash = (Hashtable)aa.elementAt(j);\r
  84 \r
  85         if (j < aa.size()) {\r
  86             String maxRes = (String)hash.get("maxResidue");\r
  87 \r
  88             double sc = 0;\r
  89 \r
  90             if (((Integer)hash.get("maxCount")).intValue() != -1  && hash.contains(s)) {\r
  91                 int maxCount = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  92                 int resCount = ((Integer)hash.get(s)).intValue();\r
  93 \r
  94                 sc = resCount * 100.0 / resCount;\r
  95 \r
  96                 // This should be isGap somewhere\r
  97                 if  ( !s.equals("-")  && !s.equals(".") && !s.equals(" ")) {\r
  98                     if (sc >= (double)threshold) {\r
  99                         return true;\r
 100                     }\r
 101                 }\r
 102             }\r
 103         }\r
 104         return false;\r
 105     }\r
 106 \r
 107     public boolean canThreshold() {\r
 108         return true;\r
 109     }\r
 110     public boolean isUserDefinable() {\r
 111         return false;\r
 112     }\r
 113 }\r