src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.PIDScoreModel;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Enumeration;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 public class ResidueProperties
  35 {
  36   public static Hashtable<String, ScoreModelI> scoreMatrices = new Hashtable();
  37
  38   // Stores residue codes/names and colours and other things
  39   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  40
  41   public static final int[] nucleotideIndex;
  42
  43   public static final int[] purinepyrimidineIndex;
  44
  45   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  46
  47   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  48
  49   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  50
  51   static
  52   {
  53     aaIndex = new int[255];
  54     for (int i = 0; i < 255; i++)
  55     {
  56       aaIndex[i] = 23;
  57     }
  58
  59     aaIndex['A'] = 0;
  60     aaIndex['R'] = 1;
  61     aaIndex['N'] = 2;
  62     aaIndex['D'] = 3;
  63     aaIndex['C'] = 4;
  64     aaIndex['Q'] = 5;
  65     aaIndex['E'] = 6;
  66     aaIndex['G'] = 7;
  67     aaIndex['H'] = 8;
  68     aaIndex['I'] = 9;
  69     aaIndex['L'] = 10;
  70     aaIndex['K'] = 11;
  71     aaIndex['M'] = 12;
  72     aaIndex['F'] = 13;
  73     aaIndex['P'] = 14;
  74     aaIndex['S'] = 15;
  75     aaIndex['T'] = 16;
  76     aaIndex['W'] = 17;
  77     aaIndex['Y'] = 18;
  78     aaIndex['V'] = 19;
  79     aaIndex['B'] = 20;
  80     aaIndex['Z'] = 21;
  81     aaIndex['X'] = 22;
  82     aaIndex['U'] = 22;
  83     aaIndex['a'] = 0;
  84     aaIndex['r'] = 1;
  85     aaIndex['n'] = 2;
  86     aaIndex['d'] = 3;
  87     aaIndex['c'] = 4;
  88     aaIndex['q'] = 5;
  89     aaIndex['e'] = 6;
  90     aaIndex['g'] = 7;
  91     aaIndex['h'] = 8;
  92     aaIndex['i'] = 9;
  93     aaIndex['l'] = 10;
  94     aaIndex['k'] = 11;
  95     aaIndex['m'] = 12;
  96     aaIndex['f'] = 13;
  97     aaIndex['p'] = 14;
  98     aaIndex['s'] = 15;
  99     aaIndex['t'] = 16;
 100     aaIndex['w'] = 17;
 101     aaIndex['y'] = 18;
 102     aaIndex['v'] = 19;
 103     aaIndex['b'] = 20;
 104     aaIndex['z'] = 21;
 105     aaIndex['x'] = 22;
 106     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
 107     // extend subt. matrices
 108   }
 109
 110   /**
 111    * maximum (gap) index for matrices involving protein alphabet
 112    */
 113   public final static int maxProteinIndex = 23;
 114
 115   /**
 116    * maximum (gap) index for matrices involving nucleotide alphabet
 117    */
 118   public final static int maxNucleotideIndex = 10;
 119
 120   static
 121   {
 122     nucleotideIndex = new int[255];
 123     for (int i = 0; i < 255; i++)
 124     {
 125       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 126     }
 127
 128     nucleotideIndex['A'] = 0;
 129     nucleotideIndex['a'] = 0;
 130     nucleotideIndex['C'] = 1;
 131     nucleotideIndex['c'] = 1;
 132     nucleotideIndex['G'] = 2;
 133     nucleotideIndex['g'] = 2;
 134     nucleotideIndex['T'] = 3;
 135     nucleotideIndex['t'] = 3;
 136     nucleotideIndex['U'] = 4;
 137     nucleotideIndex['u'] = 4;
 138     nucleotideIndex['I'] = 5;
 139     nucleotideIndex['i'] = 5;
 140     nucleotideIndex['X'] = 6;
 141     nucleotideIndex['x'] = 6;
 142     nucleotideIndex['R'] = 7;
 143     nucleotideIndex['r'] = 7;
 144     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 145     nucleotideIndex['y'] = 8;
 146     nucleotideIndex['N'] = 9;
 147     nucleotideIndex['n'] = 9;
 148
 149     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 150     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 151     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 152     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 153     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 154     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 155     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 156     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 157     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 158     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 159     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 160     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 161     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 162     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 163     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 164     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 165     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 166     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 167     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 168     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 169     nucleotideName.put("W", "Weak nucleotide (A or T)");
 170     nucleotideName.put("w", "Weak nucleotide (A or T)");
 171     nucleotideName.put("S", "Strong nucleotide (G or C)");
 172     nucleotideName.put("s", "Strong nucleotide (G or C)");
 173     nucleotideName.put("M", "Amino (A or C)");
 174     nucleotideName.put("m", "Amino (A or C)");
 175     nucleotideName.put("K", "Keto (G or T)");
 176     nucleotideName.put("k", "Keto (G or T)");
 177     nucleotideName.put("B", "Not A (G or C or T)");
 178     nucleotideName.put("b", "Not A (G or C or T)");
 179     nucleotideName.put("H", "Not G (A or C or T)");
 180     nucleotideName.put("h", "Not G (A or C or T)");
 181     nucleotideName.put("D", "Not C (A or G or T)");
 182     nucleotideName.put("d", "Not C (A or G or T)");
 183     nucleotideName.put("V", "Not T (A or G or C");
 184     nucleotideName.put("v", "Not T (A or G or C");
 185
 186   }
 187
 188   static
 189   {
 190     purinepyrimidineIndex = new int[255];
 191     for (int i = 0; i < 255; i++)
 192     {
 193       purinepyrimidineIndex[i] = 3; // non-nucleotide symbols are all non-gap
 194       // gaps.
 195     }
 196
 197     purinepyrimidineIndex['A'] = 0;
 198     purinepyrimidineIndex['a'] = 0;
 199     purinepyrimidineIndex['C'] = 1;
 200     purinepyrimidineIndex['c'] = 1;
 201     purinepyrimidineIndex['G'] = 0;
 202     purinepyrimidineIndex['g'] = 0;
 203     purinepyrimidineIndex['T'] = 1;
 204     purinepyrimidineIndex['t'] = 1;
 205     purinepyrimidineIndex['U'] = 1;
 206     purinepyrimidineIndex['u'] = 1;
 207     purinepyrimidineIndex['I'] = 2;
 208     purinepyrimidineIndex['i'] = 2;
 209     purinepyrimidineIndex['X'] = 2;
 210     purinepyrimidineIndex['x'] = 2;
 211     purinepyrimidineIndex['R'] = 0;
 212     purinepyrimidineIndex['r'] = 0;
 213     purinepyrimidineIndex['Y'] = 1;
 214     purinepyrimidineIndex['y'] = 1;
 215     purinepyrimidineIndex['N'] = 2;
 216     purinepyrimidineIndex['n'] = 2;
 217   }
 218
 219   static
 220   {
 221     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 222     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 223     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 224     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 225     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 226     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 227     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 228     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 229     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 230     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 231     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 232     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 233     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 234     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 235     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 236     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 237     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 238     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 239     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 240     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 241     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 242     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 243     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 244     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 245     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 246     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 247     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 248     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 249     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 250   }
 251
 252   static
 253   {
 254     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 255     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 256     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 257     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 258     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 259     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 260     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 261     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 262     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 263     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 264     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 265     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 266     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 267     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 268     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 269     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 270     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 271     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 272     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 273     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 274     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 275     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 276     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 277     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 278     aa2Triplet.put("M", "MET");
 279     aa2Triplet.put("m", "MET");
 280     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 281     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 282     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 283     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 284     aa2Triplet.put("S", "SER");
 285     aa2Triplet.put("s", "SER");
 286     aa2Triplet.put("T", "THR");
 287     aa2Triplet.put("t", "THR");
 288     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 289     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 290     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 291     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 292     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 293     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 294   }
 295
 296   public static final String[] aa =
 297   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 298       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 299
 300   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 301
 302   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 303
 304   static
 305   {
 306     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 307     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 308     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 309     scaleColours.addElement(Color.red);
 310     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 311     scaleColours.addElement(Color.orange);
 312     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 313     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 314     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 315     scaleColours.addElement(Color.white);
 316   }
 317
 318   public static final Color[] taylor =
 319   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 320       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 321       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 322       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 323       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 324       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 325       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 326       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 327       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 328       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 329       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 330       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 331       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 332       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 333       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 334       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 335       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 336       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 337       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 338       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 339       Color.white, // B
 340       Color.white, // Z
 341       Color.white, // X
 342       Color.white, // -
 343       Color.white, // *
 344       Color.white // .
 345   };
 346
 347   public static final Color[] nucleotide =
 348   { new Color(100, 247, 63), // A
 349       new Color(255, 179, 64), // C
 350       new Color(235, 65, 60), // G
 351       new Color(60, 136, 238), // T
 352       new Color(60, 136, 238), // U
 353       Color.white, // I (inosine)
 354       Color.white, // X (xanthine)
 355       Color.white, // R
 356       Color.white, // Y
 357       Color.white, // N
 358       Color.white, // Gap
 359   };
 360
 361   // Added for PurinePyrimidineColourScheme
 362   public static final Color[] purinepyrimidine =
 363   { new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
 364       new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
 365       Color.white, // all other nucleotides
 366       Color.white // Gap
 367   };
 368
 369   // Zappo
 370   public static final Color[] zappo =
 371   { Color.pink, // A
 372       midBlue, // R
 373       Color.green, // N
 374       Color.red, // D
 375       Color.yellow, // C
 376       Color.green, // Q
 377       Color.red, // E
 378       Color.magenta, // G
 379       midBlue,// Color.red, // H
 380       Color.pink, // I
 381       Color.pink, // L
 382       midBlue, // K
 383       Color.pink, // M
 384       Color.orange, // F
 385       Color.magenta, // P
 386       Color.green, // S
 387       Color.green, // T
 388       Color.orange, // W
 389       Color.orange, // Y
 390       Color.pink, // V
 391       Color.white, // B
 392       Color.white, // Z
 393       Color.white, // X
 394       Color.white, // -
 395       Color.white, // *
 396       Color.white, // .
 397       Color.white // ' '
 398   };
 399
 400   // Dunno where I got these numbers from
 401   public static final double[] hyd2 =
 402   { 0.62, // A
 403       0.29, // R
 404       -0.90, // N
 405       -0.74, // D
 406       1.19, // C
 407       0.48, // Q
 408       -0.40, // E
 409       1.38, // G
 410       -1.50, // H
 411       1.06, // I
 412       0.64, // L
 413       -0.78, // K
 414       0.12, // M
 415       -0.85, // F
 416       -2.53, // P
 417       -0.18, // S
 418       -0.05, // T
 419       1.08, // W
 420       0.81, // Y
 421       0.0, // V
 422       0.26, // B
 423       0.0, // Z
 424       0.0 // X
 425   };
 426
 427   public static final double[] helix =
 428   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 429       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 430
 431   public static final double helixmin = 0.57;
 432
 433   public static final double helixmax = 1.51;
 434
 435   public static final double[] strand =
 436   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 437       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 438
 439   public static final double strandmin = 0.37;
 440
 441   public static final double strandmax = 1.7;
 442
 443   public static final double[] turn =
 444   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 445       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 446       0 };
 447
 448   public static final double turnmin = 0.47;
 449
 450   public static final double turnmax = 1.56;
 451
 452   public static final double[] buried =
 453   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 454       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 455
 456   public static final double buriedmin = 0.05;
 457
 458   public static final double buriedmax = 4.6;
 459
 460   // This is hydropathy index
 461   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 462   // 1157, 105-132, 1982
 463   public static final double[] hyd =
 464   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 465       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 466
 467   public static final double hydmax = 4.5;
 468
 469   public static final double hydmin = -3.9;
 470
 471   // public static final double hydmax = 1.38;
 472   // public static final double hydmin = -2.53;
 473   private static final int[][] BLOSUM62 =
 474   {
 475       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 476           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 477       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 478           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 479       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 480           -3, 3, 0, -1, -4 },
 481       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 482           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 483       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 484           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 485       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 486           -2, 0, 3, -1, -4 },
 487       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 488           -2, 1, 4, -1, -4 },
 489       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 490           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 491       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 492           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 493       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 494           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 495       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 496           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 497       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 498           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 499       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 500           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 501       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 502           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 503       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 504           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 505       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 506           -2, 0, 0, 0, -4 },
 507       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 508           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 509       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 510           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 511       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 512           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 513       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 514           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 515       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 516           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 517       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 518           -2, 1, 4, -1, -4 },
 519       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 520           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 521       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 522           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 523
 524   static final int[][] PAM250 =
 525   {
 526       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 527           0, 0, 0, 0, -8 },
 528       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 529           -2, -1, 0, -1, -8 },
 530       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 531           2, 1, 0, -8 },
 532       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 533           -2, 3, 3, -1, -8 },
 534       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 535           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 536       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 537           -2, 1, 3, -1, -8 },
 538       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 539           -2, 3, 3, -1, -8 },
 540       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 541           -1, 0, 0, -1, -8 },
 542       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 543           -2, 1, 2, -1, -8 },
 544       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 545           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 546       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 547           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 548       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 549           -2, 1, 0, -1, -8 },
 550       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 551           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 552       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 553           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 554       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 555           -1, -1, 0, -1, -8 },
 556       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 557           -1, 0, 0, 0, -8 },
 558       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 559           0, 0, -1, 0, -8 },
 560       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 561           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 562       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 563           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 564       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 565           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 566       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 567           -2, 3, 2, -1, -8 },
 568       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 569           -2, 2, 3, -1, -8 },
 570       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 571           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 572       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 573           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 574
 575   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 576   // value of the aa
 577
 578   static
 579   {
 580     ssHash.put("H", Color.magenta);
 581     ssHash.put("E", Color.yellow);
 582     ssHash.put("-", Color.white);
 583     ssHash.put(".", Color.white);
 584     ssHash.put("S", Color.cyan);
 585     ssHash.put("T", Color.blue);
 586     ssHash.put("G", Color.pink);
 587     ssHash.put("I", Color.pink);
 588     ssHash.put("B", Color.yellow);
 589   }
 590
 591   /*
 592    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 593    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 594    */
 595
 596   // JBPNote: patch matrix for T/U equivalence when working with DNA or RNA.
 597   // Will equate sequences if working with mixed nucleotide sets.
 598   // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
 599   // N matches any other base weakly
 600   //
 601   static final int[][] DNA =
 602   {
 603   { 10, -8, -8, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // A
 604       { -8, 10, -8, -8, -8, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // C
 605       { -8, -8, 10, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // G
 606       { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // T
 607       { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // U
 608       { 1, 1, 1, 1, 1, 10, 0, 0, 0, 1, 1 }, // I
 609       { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 10, 0, 0, 1, 1 }, // X
 610       { 1, -8, 1, -8, -8, 0, 0, 10, -8, 1, 1 }, // R
 611       { -8, 1, -8, 1, 1, 0, 0, -8, 10, 1, 1 }, // Y
 612       { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 10, 1 }, // N
 613       { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 }, // -
 614   };
 615   /**
 616    * register matrices in list
 617    */
 618   static
 619   {
 620     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 621     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 622     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 623
 624   }
 625
 626   public static final Color[] pidColours =
 627   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 628       // Color.lightGray,
 629       new Color(204, 204, 255), };
 630
 631   public static final float[] pidThresholds =
 632   { 80, 60, 40, };
 633
 634   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 635
 636   public static Vector Lys = new Vector();
 637
 638   public static Vector Asn = new Vector();
 639
 640   public static Vector Gln = new Vector();
 641
 642   public static Vector His = new Vector();
 643
 644   public static Vector Glu = new Vector();
 645
 646   public static Vector Asp = new Vector();
 647
 648   public static Vector Tyr = new Vector();
 649
 650   public static Vector Thr = new Vector();
 651
 652   public static Vector Pro = new Vector();
 653
 654   public static Vector Ala = new Vector();
 655
 656   public static Vector Ser = new Vector();
 657
 658   public static Vector Arg = new Vector();
 659
 660   public static Vector Gly = new Vector();
 661
 662   public static Vector Trp = new Vector();
 663
 664   public static Vector Cys = new Vector();
 665
 666   public static Vector Ile = new Vector();
 667
 668   public static Vector Met = new Vector();
 669
 670   public static Vector Leu = new Vector();
 671
 672   public static Vector Val = new Vector();
 673
 674   public static Vector Phe = new Vector();
 675
 676   public static Vector STOP = new Vector();
 677
 678   static
 679   {
 680     codonHash.put("K", Lys);
 681     codonHash.put("N", Asn);
 682     codonHash.put("Q", Gln);
 683     codonHash.put("H", His);
 684     codonHash.put("E", Glu);
 685     codonHash.put("D", Asp);
 686     codonHash.put("Y", Tyr);
 687     codonHash.put("T", Thr);
 688     codonHash.put("P", Pro);
 689     codonHash.put("A", Ala);
 690     codonHash.put("S", Ser);
 691     codonHash.put("R", Arg);
 692     codonHash.put("G", Gly);
 693     codonHash.put("W", Trp);
 694     codonHash.put("C", Cys);
 695     codonHash.put("I", Ile);
 696     codonHash.put("M", Met);
 697     codonHash.put("L", Leu);
 698     codonHash.put("V", Val);
 699     codonHash.put("F", Phe);
 700     codonHash.put("STOP", STOP);
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Nucleotide Ambiguity Codes
 705    */
 706   public static final Hashtable<String, String[]> ambiguityCodes = new Hashtable<String, String[]>();
 707
 708   /**
 709    * Codon triplets with additional symbols for unambiguous codons that include
 710    * ambiguity codes
 711    */
 712   public static final Hashtable<String, String> codonHash2 = new Hashtable<String, String>();
 713
 714   /**
 715    * all ambiguity codes for a given base
 716    */
 717   public final static Hashtable<String, List<String>> _ambiguityCodes = new Hashtable<String, List<String>>();
 718
 719   static
 720   {
 721     /**
 722      * 3.2. Purine (adenine or guanine): R
 723      *
 724      * R is the symbol previously recommended [1].
 725      */
 726     ambiguityCodes.put("R", new String[]
 727     { "A", "G" });
 728
 729     /**
 730      * 3.3. Pyrimidine (thymine or cytosine): Y
 731      *
 732      * Y is the symbol previously recommended [1].
 733      */
 734     ambiguityCodes.put("Y", new String[]
 735     { "T", "C" });
 736     /**
 737      * 3.4. Adenine or thymine: W
 738      *
 739      * Although several diverse symbols have been used for this pair, (and for
 740      * the reciprocal pair G+C), only two symbols have a rational basis, L and
 741      * W: L derives from DNA density (light; G+C - heavy - would thus be H); W
 742      * derives from the strength of the hydrogen bonding interaction between the
 743      * base pairs (weak for A+T: G +C - strong - would thus be S). However, the
 744      * system recommended for the three-base series (not-A = B, etc., see below,
 745      * section 3.8) rules out H as this would be not-G. W is thus recommended.
 746      */
 747     ambiguityCodes.put("W", new String[]
 748     { "A", "T" });
 749     /**
 750      * 3.5. Guanine or cytosine: S
 751      *
 752      * The choice of this symbol is discussed above in section 3.4.
 753      */
 754     ambiguityCodes.put("S", new String[]
 755     { "G", "C" });
 756     /**
 757      * 3.6. Adenine or cytosine: M
 758      *
 759      * There are few common features between A and C. The presence of an NH2
 760      * group in similar positions on both bases (Fig. 1) makes possible a
 761      * logically derived symbol. A and N being ruled out, M (from aMino) is
 762      * recommended.
 763      *
 764      *
 765      * Fig. 1. Origin of the symbols M and K The four bases are drawn so as to
 766      * show the relationship between adenine and cytosine on the one hand, which
 767      * both have aMino groups at the ring position most distant from the point
 768      * of attachment to the sugar, and between guanine and thymine on the other,
 769      * which both have Keto groups at the corresponding position. The ring atoms
 770      * are numbered as recommended [24-26], although for the present purpose
 771      * this has the disadvantage of giving discordant numbers to the
 772      * corresponding positions.
 773      */
 774     ambiguityCodes.put("M", new String[]
 775     { "A", "C" });
 776     /**
 777      * 3.7. Guanine or thymine: K By analogy with A and C (section 3.6), both G
 778      * and T have Keto groups in similar positions (Fig. 1).
 779      */
 780     ambiguityCodes.put("K", new String[]
 781     { "G", "T" });
 782     /**
 783      * 3.8. Adenine or thymine or cytosine: H
 784      *
 785      * Not-G is the most simple means of memorising this combination and symbols
 786      * logically related to G were examined. F and H would both be suitable, as
 787      * the letters before and after G in the alphabet, but A would have no
 788      * equivalent to F. The use of H has historical precedence [2].
 789      */
 790     ambiguityCodes.put("H", new String[]
 791     { "A", "T", "C" });
 792     /**
 793      * 3.9. Guanine or cytosine or thymine: B
 794      *
 795      * Not-A as above (section 3.8).
 796      */
 797     ambiguityCodes.put("B", new String[]
 798     { "G", "T", "C" });
 799     /**
 800      * 3.10. Guanine or adenine or cytosine: V
 801      *
 802      * Not-T by analogy with not-G (section 3.8) would be U but this is ruled
 803      * out to eliminate confusion with uracil. V is the next logical choice.
 804      * Note that T and U may in some cases be considered to be synonyms.
 805      */
 806     ambiguityCodes.put("V", new String[]
 807     { "G", "A", "C" });
 808     /**
 809      * 3.11. Guanine or adenine or thymine: D
 810      *
 811      * Not-C as above (section 3.8).
 812      */
 813     ambiguityCodes.put("D", new String[]
 814     { "G", "A", "T" });
 815     /**
 816      * 3.12. Guanine or adenine or thymine or cytosine: N
 817      */
 818     ambiguityCodes.put("R", new String[]
 819     { "G", "A", "T", "C" });
 820     // Now build codon translation table
 821     codonHash2.put("AAA", "K");
 822     codonHash2.put("AAG", "K");
 823     codonHash2.put("AAC", "N");
 824     codonHash2.put("AAT", "N");
 825
 826     codonHash2.put("CAA", "Q");
 827     codonHash2.put("CAG", "Q");
 828     codonHash2.put("CAC", "H");
 829     codonHash2.put("CAT", "H");
 830
 831     codonHash2.put("GAA", "E");
 832     codonHash2.put("GAG", "E");
 833     codonHash2.put("GAC", "D");
 834     codonHash2.put("GAT", "D");
 835
 836     codonHash2.put("TAC", "Y");
 837     codonHash2.put("TAT", "Y");
 838
 839     codonHash2.put("ACA", "T");
 840     codonHash2.put("ACC", "T");
 841     codonHash2.put("ACT", "T");
 842     codonHash2.put("ACG", "T");
 843
 844     codonHash2.put("CCA", "P");
 845     codonHash2.put("CCG", "P");
 846     codonHash2.put("CCC", "P");
 847     codonHash2.put("CCT", "P");
 848
 849     codonHash2.put("GCA", "A");
 850     codonHash2.put("GCG", "A");
 851     codonHash2.put("GCC", "A");
 852     codonHash2.put("GCT", "A");
 853
 854     codonHash2.put("TCA", "S");
 855     codonHash2.put("TCG", "S");
 856     codonHash2.put("TCC", "S");
 857     codonHash2.put("TCT", "S");
 858     codonHash2.put("AGC", "S");
 859     codonHash2.put("AGT", "S");
 860
 861     codonHash2.put("AGA", "R");
 862     codonHash2.put("AGG", "R");
 863     codonHash2.put("CGA", "R");
 864     codonHash2.put("CGG", "R");
 865     codonHash2.put("CGC", "R");
 866     codonHash2.put("CGT", "R");
 867
 868     codonHash2.put("GGA", "G");
 869     codonHash2.put("GGG", "G");
 870     codonHash2.put("GGC", "G");
 871     codonHash2.put("GGT", "G");
 872
 873     codonHash2.put("TGA", "*");
 874     codonHash2.put("TAA", "*");
 875     codonHash2.put("TAG", "*");
 876
 877     codonHash2.put("TGG", "W");
 878
 879     codonHash2.put("TGC", "C");
 880     codonHash2.put("TGT", "C");
 881
 882     codonHash2.put("ATA", "I");
 883     codonHash2.put("ATC", "I");
 884     codonHash2.put("ATT", "I");
 885
 886     codonHash2.put("ATG", "M");
 887
 888     codonHash2.put("CTA", "L");
 889     codonHash2.put("CTG", "L");
 890     codonHash2.put("CTC", "L");
 891     codonHash2.put("CTT", "L");
 892     codonHash2.put("TTA", "L");
 893     codonHash2.put("TTG", "L");
 894
 895     codonHash2.put("GTA", "V");
 896     codonHash2.put("GTG", "V");
 897     codonHash2.put("GTC", "V");
 898     codonHash2.put("GTT", "V");
 899
 900     codonHash2.put("TTC", "F");
 901     codonHash2.put("TTT", "F");
 902
 903     buildAmbiguityCodonSet();
 904   }
 905
 906   /**
 907    * programmatic generation of codons including ambiguity codes
 908    */
 909   public static void buildAmbiguityCodonSet()
 910   {
 911     if (_ambiguityCodes.size() > 0)
 912     {
 913       System.err
 914               .println("Ignoring multiple calls to buildAmbiguityCodonSet");
 915       return;
 916     }
 917     // Invert the ambiguity code set
 918     for (Map.Entry<String, String[]> acode : ambiguityCodes.entrySet())
 919     {
 920       for (String r : acode.getValue())
 921       {
 922         List<String> codesfor = _ambiguityCodes.get(r);
 923         if (codesfor == null)
 924         {
 925           _ambiguityCodes.put(r, codesfor = new ArrayList<String>());
 926         }
 927         if (!codesfor.contains(acode.getKey()))
 928         {
 929           codesfor.add(acode.getKey());
 930         }
 931         else
 932         {
 933           System.err
 934                   .println("Inconsistency in the IUBMB ambiguity code nomenclature table: collision for "
 935                           + acode.getKey() + " in residue " + r);
 936         }
 937       }
 938     }
 939     // and programmatically add in the ambiguity codes that yield the same amino
 940     // acid
 941     String[] unambcodons = codonHash2.keySet().toArray(
 942             new String[codonHash2.size()]);
 943     for (String codon : unambcodons)
 944     {
 945       String residue = codonHash2.get(codon);
 946       String acodon[][] = new String[codon.length()][];
 947       for (int i = 0, iSize = codon.length(); i < iSize; i++)
 948       {
 949         String _ac = "" + codon.charAt(i);
 950         List<String> acodes = _ambiguityCodes.get(_ac);
 951         if (acodes != null)
 952         {
 953           acodon[i] = acodes.toArray(new String[acodes.size()]);
 954         }
 955         else
 956         {
 957           acodon[i] = new String[]
 958           {};
 959         }
 960       }
 961       // enumerate all combinations and test for veracity of translation
 962       int tpos[] = new int[codon.length()], cpos[] = new int[codon.length()];
 963       for (int i = 0; i < tpos.length; i++)
 964       {
 965         tpos[i] = -1;
 966       }
 967       tpos[acodon.length - 1] = 0;
 968       int ipos, j;
 969       while (tpos[0] < acodon[0].length)
 970       {
 971         // make all codons for this combination
 972         char allres[][] = new char[tpos.length][];
 973         String _acodon = "";
 974         char _anuc;
 975         for (ipos = 0; ipos < tpos.length; ipos++)
 976         {
 977           if (acodon[ipos].length == 0 || tpos[ipos] < 0)
 978           {
 979             _acodon += codon.charAt(ipos);
 980             allres[ipos] = new char[]
 981             { codon.charAt(ipos) };
 982           }
 983           else
 984           {
 985             _acodon += acodon[ipos][tpos[ipos]];
 986             String[] altbase = ambiguityCodes.get(acodon[ipos][tpos[ipos]]);
 987             allres[ipos] = new char[altbase.length];
 988             j = 0;
 989             for (String ab : altbase)
 990             {
 991               allres[ipos][j++] = ab.charAt(0);
 992             }
 993           }
 994         }
 995         // test all codons for this combination
 996         for (ipos = 0; ipos < cpos.length; ipos++)
 997         {
 998           cpos[ipos] = 0;
 999         }
1000         boolean valid = true;
1001         do
1002         {
1003           String _codon = "";
1004           for (j = 0; j < cpos.length; j++)
1005           {
1006             _codon += allres[j][cpos[j]];
1007           }
1008           String tr = codonHash2.get(_codon);
1009           if (valid = (tr != null && tr.equals(residue)))
1010           {
1011             // advance to next combination
1012             ipos = acodon.length - 1;
1013             while (++cpos[ipos] >= allres[ipos].length && ipos > 0)
1014             {
1015               cpos[ipos] = 0;
1016               ipos--;
1017             }
1018           }
1019         } while (valid && cpos[0] < allres[0].length);
1020         if (valid)
1021         {
1022           // Add this to the set of codons we will translate
1023           // System.out.println("Adding ambiguity codon: " + _acodon + " for "
1024           // + residue);
1025           codonHash2.put(_acodon, residue);
1026         }
1027         else
1028         {
1029           // System.err.println("Rejecting ambiguity codon: " + _acodon
1030           // + " for " + residue);
1031         }
1032         // next combination
1033         ipos = acodon.length - 1;
1034         while (++tpos[ipos] >= acodon[ipos].length && ipos > 0)
1035         {
1036           tpos[ipos] = -1;
1037           ipos--;
1038         }
1039       }
1040     }
1041
1042   }
1043
1044   static
1045   {
1046     Lys.addElement("AAA");
1047     Lys.addElement("AAG");
1048     Asn.addElement("AAC");
1049     Asn.addElement("AAT");
1050
1051     Gln.addElement("CAA");
1052     Gln.addElement("CAG");
1053     His.addElement("CAC");
1054     His.addElement("CAT");
1055
1056     Glu.addElement("GAA");
1057     Glu.addElement("GAG");
1058     Asp.addElement("GAC");
1059     Asp.addElement("GAT");
1060
1061     Tyr.addElement("TAC");
1062     Tyr.addElement("TAT");
1063
1064     Thr.addElement("ACA");
1065     Thr.addElement("ACG");
1066     Thr.addElement("ACC");
1067     Thr.addElement("ACT");
1068
1069     Pro.addElement("CCA");
1070     Pro.addElement("CCG");
1071     Pro.addElement("CCC");
1072     Pro.addElement("CCT");
1073
1074     Ala.addElement("GCA");
1075     Ala.addElement("GCG");
1076     Ala.addElement("GCC");
1077     Ala.addElement("GCT");
1078
1079     Ser.addElement("TCA");
1080     Ser.addElement("TCG");
1081     Ser.addElement("TCC");
1082     Ser.addElement("TCT");
1083     Ser.addElement("AGC");
1084     Ser.addElement("AGT");
1085
1086     Arg.addElement("AGA");
1087     Arg.addElement("AGG");
1088     Arg.addElement("CGA");
1089     Arg.addElement("CGG");
1090     Arg.addElement("CGC");
1091     Arg.addElement("CGT");
1092
1093     Gly.addElement("GGA");
1094     Gly.addElement("GGG");
1095     Gly.addElement("GGC");
1096     Gly.addElement("GGT");
1097
1098     STOP.addElement("TGA");
1099     STOP.addElement("TAA");
1100     STOP.addElement("TAG");
1101
1102     Trp.addElement("TGG");
1103
1104     Cys.addElement("TGC");
1105     Cys.addElement("TGT");
1106
1107     Ile.addElement("ATA");
1108     Ile.addElement("ATC");
1109     Ile.addElement("ATT");
1110
1111     Met.addElement("ATG");
1112
1113     Leu.addElement("CTA");
1114     Leu.addElement("CTG");
1115     Leu.addElement("CTC");
1116     Leu.addElement("CTT");
1117     Leu.addElement("TTA");
1118     Leu.addElement("TTG");
1119
1120     Val.addElement("GTA");
1121     Val.addElement("GTG");
1122     Val.addElement("GTC");
1123     Val.addElement("GTT");
1124
1125     Phe.addElement("TTC");
1126     Phe.addElement("TTT");
1127   }
1128
1129   // Stores residue codes/names and colours and other things
1130   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
1131
1132   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
1133
1134   public static Hashtable polar = new Hashtable();
1135
1136   public static Hashtable small = new Hashtable();
1137
1138   public static Hashtable positive = new Hashtable();
1139
1140   public static Hashtable negative = new Hashtable();
1141
1142   public static Hashtable charged = new Hashtable();
1143
1144   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
1145
1146   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
1147
1148   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
1149
1150   public static Hashtable proline = new Hashtable();
1151
1152   static
1153   {
1154     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
1155     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
1156     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
1157     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
1158     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
1159     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
1160     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
1161     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
1162     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
1163     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
1164     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
1165     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
1166     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
1167     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
1168     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
1169     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
1170     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
1171     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
1172     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
1173     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
1174     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
1175     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
1176     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
1177   }
1178
1179   static
1180   {
1181     polar.put("Y", new Integer(1));
1182     polar.put("W", new Integer(1));
1183     polar.put("H", new Integer(1));
1184     polar.put("K", new Integer(1));
1185     polar.put("R", new Integer(1));
1186     polar.put("E", new Integer(1));
1187     polar.put("Q", new Integer(1));
1188     polar.put("D", new Integer(1));
1189     polar.put("N", new Integer(1));
1190     polar.put("S", new Integer(1));
1191     polar.put("T", new Integer(1));
1192     polar.put("X", new Integer(1));
1193     polar.put("-", new Integer(1));
1194     polar.put("*", new Integer(1));
1195     polar.put("I", new Integer(0));
1196     polar.put("L", new Integer(0));
1197     polar.put("V", new Integer(0));
1198     polar.put("C", new Integer(0));
1199     polar.put("A", new Integer(0));
1200     polar.put("G", new Integer(0));
1201     polar.put("M", new Integer(0));
1202     polar.put("F", new Integer(0));
1203     polar.put("P", new Integer(0));
1204   }
1205
1206   static
1207   {
1208     small.put("I", new Integer(0));
1209     small.put("L", new Integer(0));
1210     small.put("V", new Integer(1));
1211     small.put("C", new Integer(1));
1212     small.put("A", new Integer(1));
1213     small.put("G", new Integer(1));
1214     small.put("M", new Integer(0));
1215     small.put("F", new Integer(0));
1216     small.put("Y", new Integer(0));
1217     small.put("W", new Integer(0));
1218     small.put("H", new Integer(0));
1219     small.put("K", new Integer(0));
1220     small.put("R", new Integer(0));
1221     small.put("E", new Integer(0));
1222     small.put("Q", new Integer(0));
1223     small.put("D", new Integer(1));
1224     small.put("N", new Integer(1));
1225     small.put("S", new Integer(1));
1226     small.put("T", new Integer(1));
1227     small.put("P", new Integer(1));
1228     small.put("-", new Integer(1));
1229     small.put("*", new Integer(1));
1230   }
1231
1232   static
1233   {
1234     positive.put("I", new Integer(0));
1235     positive.put("L", new Integer(0));
1236     positive.put("V", new Integer(0));
1237     positive.put("C", new Integer(0));
1238     positive.put("A", new Integer(0));
1239     positive.put("G", new Integer(0));
1240     positive.put("M", new Integer(0));
1241     positive.put("F", new Integer(0));
1242     positive.put("Y", new Integer(0));
1243     positive.put("W", new Integer(0));
1244     positive.put("H", new Integer(1));
1245     positive.put("K", new Integer(1));
1246     positive.put("R", new Integer(1));
1247     positive.put("E", new Integer(0));
1248     positive.put("Q", new Integer(0));
1249     positive.put("D", new Integer(0));
1250     positive.put("N", new Integer(0));
1251     positive.put("S", new Integer(0));
1252     positive.put("T", new Integer(0));
1253     positive.put("P", new Integer(0));
1254     positive.put("-", new Integer(1));
1255     positive.put("*", new Integer(1));
1256   }
1257
1258   static
1259   {
1260     negative.put("I", new Integer(0));
1261     negative.put("L", new Integer(0));
1262     negative.put("V", new Integer(0));
1263     negative.put("C", new Integer(0));
1264     negative.put("A", new Integer(0));
1265     negative.put("G", new Integer(0));
1266     negative.put("M", new Integer(0));
1267     negative.put("F", new Integer(0));
1268     negative.put("Y", new Integer(0));
1269     negative.put("W", new Integer(0));
1270     negative.put("H", new Integer(0));
1271     negative.put("K", new Integer(0));
1272     negative.put("R", new Integer(0));
1273     negative.put("E", new Integer(1));
1274     negative.put("Q", new Integer(0));
1275     negative.put("D", new Integer(1));
1276     negative.put("N", new Integer(0));
1277     negative.put("S", new Integer(0));
1278     negative.put("T", new Integer(0));
1279     negative.put("P", new Integer(0));
1280     negative.put("-", new Integer(1));
1281     negative.put("*", new Integer(1));
1282   }
1283
1284   static
1285   {
1286     charged.put("I", new Integer(0));
1287     charged.put("L", new Integer(0));
1288     charged.put("V", new Integer(0));
1289     charged.put("C", new Integer(0));
1290     charged.put("A", new Integer(0));
1291     charged.put("G", new Integer(0));
1292     charged.put("M", new Integer(0));
1293     charged.put("F", new Integer(0));
1294     charged.put("Y", new Integer(0));
1295     charged.put("W", new Integer(0));
1296     charged.put("H", new Integer(1));
1297     charged.put("K", new Integer(1));
1298     charged.put("R", new Integer(1));
1299     charged.put("E", new Integer(1));
1300     charged.put("Q", new Integer(0));
1301     charged.put("D", new Integer(1));
1302     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged.
1303                                       // Alternative would be charged and
1304                                       // negative (in basic form)?
1305     charged.put("S", new Integer(0));
1306     charged.put("T", new Integer(0));
1307     charged.put("P", new Integer(0));
1308     charged.put("-", new Integer(1));
1309     charged.put("*", new Integer(1));
1310   }
1311
1312   static
1313   {
1314     aromatic.put("I", new Integer(0));
1315     aromatic.put("L", new Integer(0));
1316     aromatic.put("V", new Integer(0));
1317     aromatic.put("C", new Integer(0));
1318     aromatic.put("A", new Integer(0));
1319     aromatic.put("G", new Integer(0));
1320     aromatic.put("M", new Integer(0));
1321     aromatic.put("F", new Integer(1));
1322     aromatic.put("Y", new Integer(1));
1323     aromatic.put("W", new Integer(1));
1324     aromatic.put("H", new Integer(1));
1325     aromatic.put("K", new Integer(0));
1326     aromatic.put("R", new Integer(0));
1327     aromatic.put("E", new Integer(0));
1328     aromatic.put("Q", new Integer(0));
1329     aromatic.put("D", new Integer(0));
1330     aromatic.put("N", new Integer(0));
1331     aromatic.put("S", new Integer(0));
1332     aromatic.put("T", new Integer(0));
1333     aromatic.put("P", new Integer(0));
1334     aromatic.put("-", new Integer(1));
1335     aromatic.put("*", new Integer(1));
1336   }
1337
1338   static
1339   {
1340     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1341     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1342     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1343     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1344     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1345     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1346     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1347     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1348     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1349     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1350     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1351     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1352     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1353     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1354     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1355     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1356     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1357     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1358     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1359     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1360     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1361     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1362   }
1363
1364   static
1365   {
1366     tiny.put("I", new Integer(0));
1367     tiny.put("L", new Integer(0));
1368     tiny.put("V", new Integer(0));
1369     tiny.put("C", new Integer(0));
1370     tiny.put("A", new Integer(1));
1371     tiny.put("G", new Integer(1));
1372     tiny.put("M", new Integer(0));
1373     tiny.put("F", new Integer(0));
1374     tiny.put("Y", new Integer(0));
1375     tiny.put("W", new Integer(0));
1376     tiny.put("H", new Integer(0));
1377     tiny.put("K", new Integer(0));
1378     tiny.put("R", new Integer(0));
1379     tiny.put("E", new Integer(0));
1380     tiny.put("Q", new Integer(0));
1381     tiny.put("D", new Integer(0));
1382     tiny.put("N", new Integer(0));
1383     tiny.put("S", new Integer(1));
1384     tiny.put("T", new Integer(0));
1385     tiny.put("P", new Integer(0));
1386     tiny.put("-", new Integer(1));
1387     tiny.put("*", new Integer(1));
1388   }
1389
1390   static
1391   {
1392     proline.put("I", new Integer(0));
1393     proline.put("L", new Integer(0));
1394     proline.put("V", new Integer(0));
1395     proline.put("C", new Integer(0));
1396     proline.put("A", new Integer(0));
1397     proline.put("G", new Integer(0));
1398     proline.put("M", new Integer(0));
1399     proline.put("F", new Integer(0));
1400     proline.put("Y", new Integer(0));
1401     proline.put("W", new Integer(0));
1402     proline.put("H", new Integer(0));
1403     proline.put("K", new Integer(0));
1404     proline.put("R", new Integer(0));
1405     proline.put("E", new Integer(0));
1406     proline.put("Q", new Integer(0));
1407     proline.put("D", new Integer(0));
1408     proline.put("N", new Integer(0));
1409     proline.put("S", new Integer(0));
1410     proline.put("T", new Integer(0));
1411     proline.put("P", new Integer(1));
1412     proline.put("-", new Integer(1));
1413     proline.put("*", new Integer(1));
1414   }
1415
1416   static
1417   {
1418     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1419     propHash.put("small", small);
1420     propHash.put("positive", positive);
1421     propHash.put("negative", negative);
1422     propHash.put("charged", charged);
1423     propHash.put("aromatic", aromatic);
1424     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1425     propHash.put("tiny", tiny);
1426     propHash.put("proline", proline);
1427     propHash.put("polar", polar);
1428   }
1429   static
1430   {
1431     int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
1432     for (int i = 0; i < maxProteinIndex; i++)
1433     {
1434       int maxF = 0, maxP = 0, maxEP = 0;
1435       String ic = "";
1436       if (aa.length > i)
1437       {
1438         ic += aa[i];
1439       }
1440       else
1441       {
1442         ic = "-";
1443       }
1444       for (int j = i + 1; j < maxProteinIndex; j++)
1445       {
1446         String jc = "";
1447         if (aa.length > j)
1448         {
1449           jc += aa[j];
1450         }
1451         else
1452         {
1453           jc = "-";
1454         }
1455         propMatrixF[i][j] = 0;
1456         propMatrixPos[i][j] = 0;
1457         propMatrixEpos[i][j] = 0;
1458         for (Enumeration<String> en = propHash.keys(); en
1459                 .hasMoreElements();)
1460         {
1461           String ph = en.nextElement();
1462           Map<String, Integer> pph = (Map<String, Integer>) propHash
1463                   .get(ph);
1464           if (pph.get(ic) != null && pph.get(jc) != null)
1465           {
1466             int icp = pph.get(ic).intValue(), jcp = pph.get(jc).intValue();
1467             // Still working on these definitions.
1468             propMatrixPos[i][j] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1469             propMatrixPos[j][i] += icp == jcp && icp > 0 ? 2 : 0;
1470             propMatrixF[i][j] += icp == jcp ? 2 : 0;
1471             propMatrixF[j][i] += icp == jcp ? 2 : 0;
1472             propMatrixEpos[i][j] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1473             propMatrixEpos[j][i] += icp == jcp ? (1 + icp * 2) : 0;
1474           }
1475         }
1476         if (maxF < propMatrixF[i][j])
1477         {
1478           maxF = propMatrixF[i][j];
1479         }
1480         if (maxP < propMatrixPos[i][j])
1481         {
1482           maxP = propMatrixPos[i][j];
1483         }
1484         if (maxEP < propMatrixEpos[i][j])
1485         {
1486           maxEP = propMatrixEpos[i][j];
1487         }
1488       }
1489       propMatrixF[i][i] = maxF;
1490       propMatrixPos[i][i] = maxP;
1491       propMatrixEpos[i][i] = maxEP;
1492     }
1493     // JAL-1512 comment out physicochemical score matrices for 2.8.1 release
1494     // scoreMatrices.put("Conservation Pos", new
1495     // ScoreMatrix("Conservation Pos",propMatrixPos,0));
1496     // scoreMatrices.put("Conservation Both", new
1497     // ScoreMatrix("Conservation Both",propMatrixF,0));
1498     // scoreMatrices.put("Conservation EnhPos", new
1499     // ScoreMatrix("Conservation EnhPos",propMatrixEpos,0));
1500     scoreMatrices.put("PID", new PIDScoreModel());
1501   }
1502
1503   private ResidueProperties()
1504   {
1505   }
1506
1507   public static double getHydmax()
1508   {
1509     return hydmax;
1510   }
1511
1512   public static double getHydmin()
1513   {
1514     return hydmin;
1515   }
1516
1517   public static double[] getHyd()
1518   {
1519     return hyd;
1520   }
1521
1522   public static Hashtable getAA3Hash()
1523   {
1524     return aa3Hash;
1525   }
1526
1527   public static int[][] getDNA()
1528   {
1529     return ResidueProperties.DNA;
1530   }
1531
1532   public static int[][] getBLOSUM62()
1533   {
1534     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1535   }
1536
1537   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1538   {
1539     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1540   }
1541
1542   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1543   {
1544     int pog = 0;
1545
1546     try
1547     {
1548       int a = aaIndex[c1];
1549       int b = aaIndex[c2];
1550
1551       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1552     } catch (Exception e)
1553     {
1554       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1555     }
1556
1557     return pog;
1558   }
1559
1560   public static Vector getCodons(String res)
1561   {
1562     if (codonHash.containsKey(res))
1563     {
1564       return (Vector) codonHash.get(res);
1565     }
1566
1567     return null;
1568   }
1569
1570   public static String codonTranslate(String lccodon)
1571   {
1572     if (false)
1573     {
1574       return _codonTranslate(lccodon);
1575     }
1576     String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());
1577     if (cdn != null && cdn.equals("*"))
1578     {
1579       return "STOP";
1580     }
1581     return cdn;
1582   }
1583
1584   public static String _codonTranslate(String lccodon)
1585   {
1586     String codon = lccodon.toUpperCase();
1587     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1588     if (codon.indexOf('X') > -1 || codon.indexOf('N') > -1)
1589     {
1590       return "X";
1591     }
1592     Enumeration e = codonHash.keys();
1593
1594     while (e.hasMoreElements())
1595     {
1596       String key = (String) e.nextElement();
1597       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1598
1599       if (tmp.contains(codon))
1600       {
1601         return key;
1602       }
1603     }
1604
1605     return null;
1606   }
1607
1608   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1609   {
1610     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1611   }
1612
1613   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1614   {
1615     return ResidueProperties.getDNA();
1616   }
1617
1618   /**
1619    * get a ScoreMatrix based on its string name
1620    *
1621    * @param pwtype
1622    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1623    */
1624   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1625   {
1626     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1627     if (val != null && val instanceof ScoreMatrix)
1628     {
1629       return (ScoreMatrix) val;
1630     }
1631     return null;
1632   }
1633
1634   /**
1635    * get a ScoreModel based on its string name
1636    *
1637    * @param pwtype
1638    * @return scoremodel of type pwtype or null
1639    */
1640   public static ScoreModelI getScoreModel(String pwtype)
1641   {
1642     return scoreMatrices.get(pwtype);
1643   }
1644
1645   public static int getPAM250(char c, char d)
1646   {
1647     int a = aaIndex[c];
1648     int b = aaIndex[d];
1649
1650     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1651
1652     return pog;
1653   }
1654
1655   public static Hashtable toDssp3State;
1656   static
1657   {
1658     toDssp3State = new Hashtable();
1659     toDssp3State.put("H", "H");
1660     toDssp3State.put("E", "E");
1661     toDssp3State.put("C", " ");
1662     toDssp3State.put(" ", " ");
1663     toDssp3State.put("T", " ");
1664     toDssp3State.put("B", "E");
1665     toDssp3State.put("G", "H");
1666     toDssp3State.put("I", "H");
1667     toDssp3State.put("X", " ");
1668   }
1669
1670   /**
1671    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1672    *
1673    * @param ssstring
1674    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1675    */
1676   public static String getDssp3state(String ssstring)
1677   {
1678     if (ssstring == null)
1679     {
1680       return null;
1681     }
1682     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1683     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1684     {
1685       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1686       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1687       {
1688         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1689       }
1690       else
1691       {
1692         ss.append(" ");
1693       }
1694     }
1695     return ss.toString();
1696   }
1697
1698   /**
1699    * Used by getRNASecStrucState
1700    *
1701    */
1702   public static Hashtable<String, String> toRNAssState;
1703
1704   public static boolean RNAcloseParen[] = new boolean[255];
1705   static
1706   {
1707     toRNAssState = new Hashtable<String, String>();
1708     toRNAssState.put(")", "(");
1709     toRNAssState.put("(", "(");
1710     toRNAssState.put("]", "[");
1711     toRNAssState.put("[", "[");
1712     toRNAssState.put("{", "{");
1713     toRNAssState.put("}", "{");
1714     toRNAssState.put(">", ">");
1715     toRNAssState.put("<", ">");
1716     toRNAssState.put("A", "A");
1717     toRNAssState.put("a", "A");
1718     toRNAssState.put("B", "B");
1719     toRNAssState.put("b", "B");
1720     toRNAssState.put("C", "C");
1721     toRNAssState.put("c", "C");
1722     toRNAssState.put("D", "D");
1723     toRNAssState.put("d", "D");
1724     toRNAssState.put("E", "E");
1725     toRNAssState.put("e", "E");
1726     toRNAssState.put("F", "F");
1727     toRNAssState.put("f", "F");
1728     toRNAssState.put("G", "G");
1729     toRNAssState.put("g", "G");
1730     toRNAssState.put("H", "H");
1731     toRNAssState.put("h", "H");
1732     toRNAssState.put("I", "I");
1733     toRNAssState.put("i", "I");
1734     toRNAssState.put("J", "J");
1735     toRNAssState.put("j", "J");
1736     toRNAssState.put("K", "K");
1737     toRNAssState.put("k", "K");
1738     toRNAssState.put("L", "L");
1739     toRNAssState.put("l", "L");
1740     toRNAssState.put("M", "M");
1741     toRNAssState.put("m", "M");
1742     toRNAssState.put("N", "N");
1743     toRNAssState.put("n", "N");
1744     toRNAssState.put("O", "O");
1745     toRNAssState.put("o", "O");
1746     toRNAssState.put("P", "P");
1747     toRNAssState.put("p", "P");
1748     toRNAssState.put("Q", "Q");
1749     toRNAssState.put("q", "Q");
1750     toRNAssState.put("R", "R");
1751     toRNAssState.put("r", "R");
1752     toRNAssState.put("S", "S");
1753     toRNAssState.put("s", "S");
1754     toRNAssState.put("T", "T");
1755     toRNAssState.put("t", "T");
1756     toRNAssState.put("U", "U");
1757     toRNAssState.put("u", "U");
1758     toRNAssState.put("V", "V");
1759     toRNAssState.put("v", "V");
1760     toRNAssState.put("W", "W");
1761     toRNAssState.put("w", "W");
1762     toRNAssState.put("X", "X");
1763     toRNAssState.put("x", "X");
1764     toRNAssState.put("Y", "Y");
1765     toRNAssState.put("y", "Y");
1766     toRNAssState.put("Z", "Z");
1767     toRNAssState.put("z", "Z");
1768     for (int p = 0; p < RNAcloseParen.length; p++)
1769     {
1770       RNAcloseParen[p] = false;
1771     }
1772     for (String k : toRNAssState.keySet())
1773     {
1774       RNAcloseParen[k.charAt(0)] = k.charAt(0) != toRNAssState.get(k)
1775               .charAt(0);
1776     }
1777   }
1778
1779   /**
1780    * translate to RNA secondary structure representation
1781    *
1782    * @param ssstring
1783    * @return ssstring as a RNA-state secondary structure assignment.
1784    */
1785   public static String getRNASecStrucState(String ssstring)
1786   {
1787     if (ssstring == null)
1788     {
1789       return null;
1790     }
1791     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1792     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1793     {
1794       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1795       if (toRNAssState.containsKey(ssc))
1796       {
1797         // valid ss character - so return it
1798         ss.append(ssc); // (String) toRNAssState.get(ssc));
1799       }
1800       else
1801       {
1802         ss.append(" ");
1803       }
1804     }
1805     return ss.toString();
1806   }
1807
1808   public static boolean isCloseParenRNA(char dc)
1809   {
1810     return RNAcloseParen[dc];
1811   }
1812
1813   // main method generates perl representation of residue property hash
1814   // / cut here
1815   public static void main(String[] args)
1816   {
1817     Hashtable aa = new Hashtable();
1818     System.out.println("my %aa = {");
1819     // invert property hashes
1820     Enumeration prop = propHash.keys();
1821     while (prop.hasMoreElements())
1822     {
1823       String pname = (String) prop.nextElement();
1824       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1825       Enumeration res = phash.keys();
1826       while (res.hasMoreElements())
1827       {
1828         String rname = (String) res.nextElement();
1829         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1830         if (aprops == null)
1831         {
1832           aprops = new Vector();
1833           aa.put(rname, aprops);
1834         }
1835         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1836         if (hasprop.intValue() == 1)
1837         {
1838           aprops.addElement(pname);
1839         }
1840       }
1841     }
1842     Enumeration res = aa.keys();
1843     while (res.hasMoreElements())
1844     {
1845       String rname = (String) res.nextElement();
1846
1847       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1848       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1849       while (props.hasMoreElements())
1850       {
1851         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1852         if (props.hasMoreElements())
1853         {
1854           System.out.println(", ");
1855         }
1856       }
1857       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1858     }
1859     System.out.println("};");
1860   }
1861   // to here
1862
1863 }