src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  22 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.IdentityHashMap;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.TreeMap;
  35
  36 /**
  37  * Defines the color score for T-Coffee MSA
  38  * <p>
  39  * See http://tcoffee.org
  40  *
  41  *
  42  * @author Paolo Di Tommaso
  43  *
  44  */
  45 public class TCoffeeColourScheme extends ResidueColourScheme
  46 {
  47
  48   static final Color[] colors =
  49   { new Color(102, 102, 255), // #6666FF
  50       new Color(0, 255, 0), // #00FF00
  51       new Color(102, 255, 0), // #66FF00
  52       new Color(204, 255, 0), // #CCFF00
  53       new Color(255, 255, 0), // #FFFF00
  54       new Color(255, 204, 0), // #FFCC00
  55       new Color(255, 153, 0), // #FF9900
  56       new Color(255, 102, 0), // #FF6600
  57       new Color(255, 51, 0), // #FF3300
  58       new Color(255, 34, 0) // #FF2000
  59   };
  60
  61   IdentityHashMap<SequenceI, Color[]> seqMap;
  62
  63   /**
  64    * the color scheme needs to look at the alignment to get and cache T-COFFEE
  65    * scores
  66    *
  67    * @param alignment
  68    *          - annotated sequences to be searched
  69    */
  70   public TCoffeeColourScheme(AnnotatedCollectionI alignment)
  71   {
  72     alignmentChanged(alignment, null);
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  77           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  78   {
  79     // TODO: if sequences have been represented and they have scores, could
  80     // compute an average sequence score for the representative
  81
  82     // assume only one set of TCOFFEE scores - but could have more than one
  83     // potentially.
  84     ArrayList<AlignmentAnnotation> annots = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  85     // Search alignment to get all tcoffee annotation and pick one set of
  86     // annotation to use to colour seqs.
  87     seqMap = new IdentityHashMap<SequenceI, Color[]>();
  88     AnnotatedCollectionI alcontext = alignment instanceof AlignmentI ? alignment : alignment.getContext();
  89     int w = 0;
  90     for (AlignmentAnnotation al : alcontext
  91             .findAnnotation(TCoffeeScoreFile.TCOFFEE_SCORE))
  92     {
  93       if (al.sequenceRef != null && !al.belowAlignment)
  94       {
  95         annots.add(al);
  96         if (w < al.annotations.length)
  97         {
  98           w = al.annotations.length;
  99         }
 100         Color[] scores = new Color[al.annotations.length];
 101         int i = 0;
 102         for (Annotation an : al.annotations)
 103         {
 104           scores[i++] = (an != null) ? an.colour : Color.white;
 105         }
 106         seqMap.put(al.sequenceRef, scores);
 107       }
 108     }
 109     // TODO: compute average colour for each symbol type in each column - gives
 110     // a second order colourscheme for colouring a sequence logo derived from
 111     // the alignment (colour reflects quality of alignment for each residue
 112     // class)
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
 117   {
 118     Color[] cols;
 119
 120     if (seqMap == null || (cols = seqMap.get(seq)) == null)
 121     {
 122       // see above TODO about computing a colour for each residue in each
 123       // column: cc = _rcols[i][indexFor[c]];
 124       return Color.white;
 125     }
 126
 127     if (j < 0 || j >= cols.length)
 128     {
 129       return Color.white;
 130     }
 131     return cols[j];
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 136           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 137   {
 138     return new TCoffeeColourScheme(sg);
 139   }
 140 }