src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  28 import jalview.datamodel.Mapping;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.gui.AlignFrame;
  32 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  33 import jalview.gui.Desktop;
  34 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  35 import jalview.gui.OOMWarning;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  38 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  39
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Enumeration;
  42 import java.util.Hashtable;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.StringTokenizer;
  45 import java.util.Vector;
  46
  47 import uk.ac.ebi.picr.model.UPEntry;
  48
  49 /**
  50  * Implements a runnable for validating a sequence against external databases
  51  * and then propagating references and features onto the sequence(s)
  52  *
  53  * @author $author$
  54  * @version $Revision$
  55  */
  56 public class DBRefFetcher implements Runnable
  57 {
  58   SequenceI[] dataset;
  59
  60   IProgressIndicator af;
  61
  62   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  63
  64   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();
  65
  66   boolean running = false;
  67
  68   /**
  69    * picr client instance
  70    */
  71   uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService.AccessionMapperInterface picrClient = null;
  72
  73   // /This will be a collection of Vectors of sequenceI refs.
  74   // The key will be the seq name or accession id of the seq
  75   Hashtable seqRefs;
  76
  77   DbSourceProxy[] dbSources;
  78
  79   SequenceFetcher sfetcher;
  80
  81   private SequenceI[] alseqs;
  82
  83   /**
  84    * when true - retrieved sequences will be trimmed to cover longest derived
  85    * alignment sequence
  86    */
  87   private boolean trimDsSeqs = true;
  88
  89   public DBRefFetcher()
  90   {
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object and fetches from the currently
  95    * selected set of databases.
  96    *
  97    * @param seqs
  98    *          fetch references for these sequences
  99    * @param af
 100    *          the parent alignframe for progress bar monitoring.
 101    */
 102   public DBRefFetcher(SequenceI[] seqs, AlignFrame af)
 103   {
 104     this(seqs, af, null);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object and fetches from the currently
 109    * selected set of databases.
 110    *
 111    * @param seqs
 112    *          fetch references for these sequences
 113    * @param af
 114    *          the parent alignframe for progress bar monitoring.
 115    * @param sources
 116    *          array of database source strings to query references from
 117    */
 118   public DBRefFetcher(SequenceI[] seqs, AlignFrame af,
 119           DbSourceProxy[] sources)
 120   {
 121     this.af = af;
 122     alseqs = new SequenceI[seqs.length];
 123     SequenceI[] ds = new SequenceI[seqs.length];
 124     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 125     {
 126       alseqs[i] = seqs[i];
 127       if (seqs[i].getDatasetSequence() != null)
 128         ds[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
 129       else
 130         ds[i] = seqs[i];
 131     }
 132     this.dataset = ds;
 133     // TODO Jalview 2.5 lots of this code should be in the gui package!
 134     sfetcher = jalview.gui.SequenceFetcher.getSequenceFetcherSingleton(af);
 135     // set default behaviour for transferring excess sequence data to the
 136     // dataset
 137     trimDsSeqs = Cache.getDefault("TRIM_FETCHED_DATASET_SEQS", true);
 138     if (sources == null)
 139     {
 140       // af.featureSettings_actionPerformed(null);
 141       String[] defdb = null, otherdb = sfetcher
 142               .getDbInstances(jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSequenceSource.class);
 143       List<DbSourceProxy> selsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 144       Vector dasselsrc = (af.featureSettings != null) ? af.featureSettings
 145               .getSelectedSources() : new jalview.gui.DasSourceBrowser()
 146               .getSelectedSources();
 147       Enumeration<jalviewSourceI> en = dasselsrc.elements();
 148       while (en.hasMoreElements())
 149       {
 150         jalviewSourceI src = en.nextElement();
 151         List<DbSourceProxy> sp = src.getSequenceSourceProxies();
 152         if (sp != null)
 153         {
 154           selsources.addAll(sp);
 155           if (sp.size() > 1)
 156           {
 157             Cache.log.debug("Added many Db Sources for :" + src.getTitle());
 158           }
 159         }
 160       }
 161       // select appropriate databases based on alignFrame context.
 162       if (af.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
 163       {
 164         defdb = DBRefSource.DNACODINGDBS;
 165       }
 166       else
 167       {
 168         defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
 169       }
 170       List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 171       for (String ddb : defdb)
 172       {
 173         List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
 174         if (srcesfordb != null)
 175         {
 176           srces.addAll(srcesfordb);
 177         }
 178       }
 179
 180       // append the selected sequence sources to the default dbs
 181       srces.addAll(selsources);
 182       dbSources = srces.toArray(new DbSourceProxy[0]);
 183     }
 184     else
 185     {
 186       // we assume the caller knows what they're doing and ensured that all the
 187       // db source names are valid
 188       dbSources = sources;
 189     }
 190   }
 191
 192   /**
 193    * retrieve all the das sequence sources and add them to the list of db
 194    * sources to retrieve from
 195    */
 196   public void appendAllDasSources()
 197   {
 198     if (dbSources == null)
 199     {
 200       dbSources = new DbSourceProxy[0];
 201     }
 202     // append additional sources
 203     DbSourceProxy[] otherdb = sfetcher
 204             .getDbSourceProxyInstances(jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSequenceSource.class);
 205     if (otherdb != null && otherdb.length > 0)
 206     {
 207       DbSourceProxy[] newsrc = new DbSourceProxy[dbSources.length
 208               + otherdb.length];
 209       System.arraycopy(dbSources, 0, newsrc, 0, dbSources.length);
 210       System.arraycopy(otherdb, 0, newsrc, dbSources.length, otherdb.length);
 211       dbSources = newsrc;
 212     }
 213   }
 214
 215   /**
 216    * start the fetcher thread
 217    *
 218    * @param waitTillFinished
 219    *          true to block until the fetcher has finished
 220    */
 221   public void fetchDBRefs(boolean waitTillFinished)
 222   {
 223     Thread thread = new Thread(this);
 224     thread.start();
 225     running = true;
 226
 227     if (waitTillFinished)
 228     {
 229       while (running)
 230       {
 231         try
 232         {
 233           Thread.sleep(500);
 234         } catch (Exception ex)
 235         {
 236         }
 237       }
 238     }
 239   }
 240
 241   /**
 242    * The sequence will be added to a vector of sequences belonging to key which
 243    * could be either seq name or dbref id
 244    *
 245    * @param seq
 246    *          SequenceI
 247    * @param key
 248    *          String
 249    */
 250   void addSeqId(SequenceI seq, String key)
 251   {
 252     key = key.toUpperCase();
 253
 254     Vector seqs;
 255     if (seqRefs.containsKey(key))
 256     {
 257       seqs = (Vector) seqRefs.get(key);
 258
 259       if (seqs != null && !seqs.contains(seq))
 260       {
 261         seqs.addElement(seq);
 262       }
 263       else if (seqs == null)
 264       {
 265         seqs = new Vector();
 266         seqs.addElement(seq);
 267       }
 268
 269     }
 270     else
 271     {
 272       seqs = new Vector();
 273       seqs.addElement(seq);
 274     }
 275
 276     seqRefs.put(key, seqs);
 277   }
 278
 279   /**
 280    * DOCUMENT ME!
 281    */
 282   public void run()
 283   {
 284     if (dbSources == null)
 285     {
 286       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_must_init_dbsources"));
 287     }
 288     running = true;
 289     long startTime = System.currentTimeMillis();
 290     af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.fetching_db_refs"), startTime);
 291     try
 292     {
 293       if (Cache.getDefault("DBREFFETCH_USEPICR", false))
 294       {
 295         picrClient = new uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService.AccessionMapperServiceLocator()
 296                 .getAccessionMapperPort();
 297       }
 298     } catch (Exception e)
 299     {
 300       System.err.println("Couldn't locate PICR service instance.\n");
 301       e.printStackTrace();
 302     }
 303     int db = 0;
 304     Vector sdataset = new Vector();
 305     for (int s = 0; s < dataset.length; s++)
 306     {
 307       sdataset.addElement(dataset[s]);
 308     }
 309     while (sdataset.size() > 0 && db < dbSources.length)
 310     {
 311       int maxqlen = 1; // default number of queries made to at one time
 312       System.err.println("Verifying against " + dbSources[db].getDbName());
 313       boolean dn = false;
 314
 315       // iterate through db for each remaining un-verified sequence
 316       SequenceI[] currSeqs = new SequenceI[sdataset.size()];
 317       sdataset.copyInto(currSeqs);// seqs that are to be validated against
 318       // dbSources[db]
 319       Vector queries = new Vector(); // generated queries curSeq
 320       seqRefs = new Hashtable();
 321
 322       int seqIndex = 0;
 323
 324       jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy dbsource = dbSources[db];
 325       {
 326         // for moment, we dumbly iterate over all retrieval sources for a
 327         // particular database
 328         // TODO: introduce multithread multisource queries and logic to remove a
 329         // query from other sources if any source for a database returns a
 330         // record
 331         if (dbsource.getDbSourceProperties().containsKey(
 332                 DBRefSource.MULTIACC))
 333         {
 334           maxqlen = ((Integer) dbsource.getDbSourceProperties().get(
 335                   DBRefSource.MULTIACC)).intValue();
 336         }
 337         else
 338         {
 339           maxqlen = 1;
 340         }
 341         while (queries.size() > 0 || seqIndex < currSeqs.length)
 342         {
 343           if (queries.size() > 0)
 344           {
 345             // Still queries to make for current seqIndex
 346             StringBuffer queryString = new StringBuffer("");
 347             int numq = 0, nqSize = (maxqlen > queries.size()) ? queries
 348                     .size() : maxqlen;
 349
 350             while (queries.size() > 0 && numq < nqSize)
 351             {
 352               String query = (String) queries.elementAt(0);
 353               if (dbsource.isValidReference(query))
 354               {
 355                 queryString.append((numq == 0) ? "" : dbsource
 356                         .getAccessionSeparator());
 357                 queryString.append(query);
 358                 numq++;
 359               }
 360               // remove the extracted query string
 361               queries.removeElementAt(0);
 362             }
 363             // make the queries and process the response
 364             AlignmentI retrieved = null;
 365             try
 366             {
 367               if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled())
 368               {
 369                 jalview.bin.Cache.log.debug("Querying "
 370                         + dbsource.getDbName() + " with : '"
 371                         + queryString.toString() + "'");
 372               }
 373               retrieved = dbsource.getSequenceRecords(queryString
 374                       .toString());
 375             } catch (Exception ex)
 376             {
 377               ex.printStackTrace();
 378             } catch (OutOfMemoryError err)
 379             {
 380               new OOMWarning("retrieving database references ("
 381                       + queryString.toString() + ")", err);
 382             }
 383             if (retrieved != null)
 384             {
 385               transferReferences(sdataset, dbsource.getDbSource(),
 386                       retrieved, trimDsSeqs);
 387             }
 388           }
 389           else
 390           {
 391             // make some more strings for use as queries
 392             for (int i = 0; (seqIndex < dataset.length) && (i < 50); seqIndex++, i++)
 393             {
 394               SequenceI sequence = dataset[seqIndex];
 395               DBRefEntry[] uprefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 396                       sequence.getDBRef(), new String[]
 397                       { dbsource.getDbSource() }); // jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT
 398               // });
 399               // check for existing dbrefs to use
 400               if (uprefs != null && uprefs.length > 0)
 401               {
 402                 for (int j = 0; j < uprefs.length; j++)
 403                 {
 404                   addSeqId(sequence, uprefs[j].getAccessionId());
 405                   queries.addElement(uprefs[j].getAccessionId()
 406                           .toUpperCase());
 407                 }
 408               }
 409               else
 410               {
 411                 // generate queries from sequence ID string
 412                 StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 413                         sequence.getName(), "|");
 414                 while (st.hasMoreTokens())
 415                 {
 416                   String token = st.nextToken();
 417                   UPEntry[] presp = null;
 418                   if (picrClient != null)
 419                   {
 420                     // resolve the string against PICR to recover valid IDs
 421                     try
 422                     {
 423                       presp = picrClient.getUPIForAccession(token, null,
 424                               picrClient.getMappedDatabaseNames(), null,
 425                               true);
 426                     } catch (Exception e)
 427                     {
 428                       System.err.println("Exception with Picr for '"
 429                               + token + "'\n");
 430                       e.printStackTrace();
 431                     }
 432                   }
 433                   if (presp != null && presp.length > 0)
 434                   {
 435                     for (int id = 0; id < presp.length; id++)
 436                     {
 437                       // construct sequences from response if sequences are
 438                       // present, and do a transferReferences
 439                       // otherwise transfer non sequence x-references directly.
 440                     }
 441                     System.out
 442                             .println("Validated ID against PICR... (for what its worth):"
 443                                     + token);
 444                     addSeqId(sequence, token);
 445                     queries.addElement(token.toUpperCase());
 446                   }
 447                   else
 448                   {
 449                     // if ()
 450                     // System.out.println("Not querying source with token="+token+"\n");
 451                     addSeqId(sequence, token);
 452                     queries.addElement(token.toUpperCase());
 453                   }
 454                 }
 455               }
 456             }
 457           }
 458         }
 459       }
 460       // advance to next database
 461       db++;
 462     } // all databases have been queries.
 463     if (sbuffer.length() > 0)
 464     {
 465       output.setText(MessageManager
 466               .getString("label.your_sequences_have_been_verified")
 467               + sbuffer.toString());
 468       Desktop.addInternalFrame(output,
 469               MessageManager.getString("label.sequence_names_updated"),
 470               600, 300);
 471       // The above is the dataset, we must now find out the index
 472       // of the viewed sequence
 473
 474     }
 475
 476     af.setProgressBar(
 477             MessageManager.getString("label.dbref_search_completed"),
 478             startTime);
 479     // promptBeforeBlast();
 480
 481     running = false;
 482
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Verify local sequences in seqRefs against the retrieved sequence database
 487    * records.
 488    *
 489    * @param trimDatasetSeqs
 490    *
 491    */
 492   void transferReferences(Vector sdataset, String dbSource,
 493           AlignmentI retrievedAl, boolean trimDatasetSeqs) // File
 494   // file)
 495   {
 496     System.out.println("trimming ? " + trimDatasetSeqs);
 497     if (retrievedAl == null || retrievedAl.getHeight() == 0)
 498     {
 499       return;
 500     }
 501     SequenceI[] retrieved = recoverDbSequences(retrievedAl
 502             .getSequencesArray());
 503     SequenceI sequence = null;
 504     boolean transferred = false;
 505     StringBuffer messages = new StringBuffer();
 506
 507     // Vector entries = new Uniprot().getUniprotEntries(file);
 508
 509     int i, iSize = retrieved.length; // entries == null ? 0 : entries.size();
 510     // UniprotEntry entry;
 511     for (i = 0; i < iSize; i++)
 512     {
 513       SequenceI entry = retrieved[i]; // (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 514
 515       // Work out which sequences this sequence matches,
 516       // taking into account all accessionIds and names in the file
 517       Vector sequenceMatches = new Vector();
 518       // look for corresponding accession ids
 519       DBRefEntry[] entryRefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 520               entry.getDBRef(), new String[]
 521               { dbSource });
 522       if (entryRefs == null)
 523       {
 524         System.err
 525                 .println("Dud dbSource string ? no entryrefs selected for "
 526                         + dbSource + " on " + entry.getName());
 527         continue;
 528       }
 529       for (int j = 0; j < entryRefs.length; j++)
 530       {
 531         String accessionId = entryRefs[j].getAccessionId(); // .getAccession().elementAt(j).toString();
 532         // match up on accessionId
 533         if (seqRefs.containsKey(accessionId.toUpperCase()))
 534         {
 535           Vector seqs = (Vector) seqRefs.get(accessionId);
 536           for (int jj = 0; jj < seqs.size(); jj++)
 537           {
 538             sequence = (SequenceI) seqs.elementAt(jj);
 539             if (!sequenceMatches.contains(sequence))
 540             {
 541               sequenceMatches.addElement(sequence);
 542             }
 543           }
 544         }
 545       }
 546       if (sequenceMatches.size() == 0)
 547       {
 548         // failed to match directly on accessionId==query so just compare all
 549         // sequences to entry
 550         Enumeration e = seqRefs.keys();
 551         while (e.hasMoreElements())
 552         {
 553           Vector sqs = (Vector) seqRefs.get(e.nextElement());
 554           if (sqs != null && sqs.size() > 0)
 555           {
 556             Enumeration sqe = sqs.elements();
 557             while (sqe.hasMoreElements())
 558             {
 559               sequenceMatches.addElement(sqe.nextElement());
 560             }
 561           }
 562         }
 563       }
 564       // look for corresponding names
 565       // this is uniprot specific ?
 566       // could be useful to extend this so we try to find any 'significant'
 567       // information in common between two sequence objects.
 568       /*
 569        * DBRefEntry[] entryRefs =
 570        * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(entry.getDBRef(), new String[] {
 571        * dbSource }); for (int j = 0; j < entry.getName().size(); j++) { String
 572        * name = entry.getName().elementAt(j).toString(); if
 573        * (seqRefs.containsKey(name)) { Vector seqs = (Vector) seqRefs.get(name);
 574        * for (int jj = 0; jj < seqs.size(); jj++) { sequence = (SequenceI)
 575        * seqs.elementAt(jj); if (!sequenceMatches.contains(sequence)) {
 576        * sequenceMatches.addElement(sequence); } } } }
 577        */
 578       // sequenceMatches now contains the set of all sequences associated with
 579       // the returned db record
 580       String entrySeq = entry.getSequenceAsString().toUpperCase();
 581       for (int m = 0; m < sequenceMatches.size(); m++)
 582       {
 583         sequence = (SequenceI) sequenceMatches.elementAt(m);
 584         // only update start and end positions and shift features if there are
 585         // no existing references
 586         // TODO: test for legacy where uniprot or EMBL refs exist but no
 587         // mappings are made (but content matches retrieved set)
 588         boolean updateRefFrame = sequence.getDBRef() == null
 589                 || sequence.getDBRef().length == 0;
 590         // TODO:
 591         // verify sequence against the entry sequence
 592
 593         String nonGapped = AlignSeq.extractGaps("-. ",
 594                 sequence.getSequenceAsString()).toUpperCase();
 595
 596         int absStart = entrySeq.indexOf(nonGapped);
 597         int mapStart = entry.getStart();
 598         jalview.datamodel.Mapping mp;
 599
 600         if (absStart == -1)
 601         {
 602           // Is local sequence contained in dataset sequence?
 603           absStart = nonGapped.indexOf(entrySeq);
 604           if (absStart == -1)
 605           { // verification failed.
 606             messages.append(sequence.getName()
 607                     + " SEQUENCE NOT %100 MATCH \n");
 608             continue;
 609           }
 610           transferred = true;
 611           sbuffer.append(sequence.getName() + " HAS " + absStart
 612                   + " PREFIXED RESIDUES COMPARED TO " + dbSource + "\n");
 613           //
 614           // + " - ANY SEQUENCE FEATURES"
 615           // + " HAVE BEEN ADJUSTED ACCORDINGLY \n");
 616           // absStart = 0;
 617           // create valid mapping between matching region of local sequence and
 618           // the mapped sequence
 619           mp = new Mapping(null, new int[]
 620           { sequence.getStart() + absStart,
 621               sequence.getStart() + absStart + entrySeq.length() - 1 },
 622                   new int[]
 623                   { entry.getStart(),
 624                       entry.getStart() + entrySeq.length() - 1 }, 1, 1);
 625           updateRefFrame = false; // mapping is based on current start/end so
 626           // don't modify start and end
 627         }
 628         else
 629         {
 630           transferred = true;
 631           // update start and end of local sequence to place it in entry's
 632           // reference frame.
 633           // apply identity map map from whole of local sequence to matching
 634           // region of database
 635           // sequence
 636           mp = null; // Mapping.getIdentityMap();
 637           // new Mapping(null,
 638           // new int[] { absStart+sequence.getStart(),
 639           // absStart+sequence.getStart()+entrySeq.length()-1},
 640           // new int[] { entry.getStart(), entry.getEnd() }, 1, 1);
 641           // relocate local features for updated start
 642           if (updateRefFrame)
 643           {
 644             if (sequence.getSequenceFeatures() != null)
 645             {
 646               SequenceFeature[] sf = sequence.getSequenceFeatures();
 647               int start = sequence.getStart();
 648               int end = sequence.getEnd();
 649               int startShift = 1 - absStart - start; // how much the features
 650                                                      // are
 651               // to be shifted by
 652               for (int sfi = 0; sfi < sf.length; sfi++)
 653               {
 654                 if (sf[sfi].getBegin() >= start && sf[sfi].getEnd() <= end)
 655                 {
 656                   // shift feature along by absstart
 657                   sf[sfi].setBegin(sf[sfi].getBegin() + startShift);
 658                   sf[sfi].setEnd(sf[sfi].getEnd() + startShift);
 659                 }
 660               }
 661             }
 662           }
 663         }
 664
 665         System.out.println("Adding dbrefs to " + sequence.getName()
 666                 + " from " + dbSource + " sequence : " + entry.getName());
 667         sequence.transferAnnotation(entry, mp);
 668         // unknownSequences.remove(sequence);
 669         int absEnd = absStart + nonGapped.length();
 670         absStart += 1;
 671         if (!trimDatasetSeqs)
 672         {
 673           // insert full length sequence from record
 674           sequence.setSequence(entry.getSequenceAsString());
 675           sequence.setStart(entry.getStart());
 676         }
 677         if (updateRefFrame)
 678         {
 679           // finally, update local sequence reference frame if we're allowed
 680           if (trimDatasetSeqs)
 681           {
 682             // just fix start/end
 683             sequence.setStart(absStart);
 684             sequence.setEnd(absEnd);
 685           }
 686           // search for alignment sequences to update coordinate frame for
 687           for (int alsq = 0; alsq < alseqs.length; alsq++)
 688           {
 689             if (alseqs[alsq].getDatasetSequence() == sequence)
 690             {
 691               String ngAlsq = AlignSeq.extractGaps("-. ",
 692                       alseqs[alsq].getSequenceAsString()).toUpperCase();
 693               int oldstrt = alseqs[alsq].getStart();
 694               alseqs[alsq].setStart(sequence.getSequenceAsString()
 695                       .toUpperCase().indexOf(ngAlsq)
 696                       + sequence.getStart());
 697               if (oldstrt != alseqs[alsq].getStart())
 698               {
 699                 alseqs[alsq].setEnd(ngAlsq.length()
 700                         + alseqs[alsq].getStart() - 1);
 701               }
 702             }
 703           }
 704           // TODO: search for all other references to this dataset sequence, and
 705           // update start/end
 706           // TODO: update all AlCodonMappings which involve this alignment
 707           // sequence (e.g. Q30167 cdna translation from exon2 product (vamsas
 708           // demo)
 709         }
 710         // and remove it from the rest
 711         // TODO: decide if we should remove annotated sequence from set
 712         sdataset.remove(sequence);
 713         // TODO: should we make a note of sequences that have received new DB
 714         // ids, so we can query all enabled DAS servers for them ?
 715       }
 716     }
 717     if (!transferred)
 718     {
 719       // report the ID/sequence mismatches
 720       sbuffer.append(messages);
 721     }
 722   }
 723
 724   /**
 725    * loop thru and collect additional sequences in Map.
 726    *
 727    * @param sequencesArray
 728    * @return
 729    */
 730   private SequenceI[] recoverDbSequences(SequenceI[] sequencesArray)
 731   {
 732     Vector nseq = new Vector();
 733     for (int i = 0; sequencesArray != null && i < sequencesArray.length; i++)
 734     {
 735       nseq.addElement(sequencesArray[i]);
 736       DBRefEntry dbr[] = sequencesArray[i].getDBRef();
 737       jalview.datamodel.Mapping map = null;
 738       for (int r = 0; (dbr != null) && r < dbr.length; r++)
 739       {
 740         if ((map = dbr[r].getMap()) != null)
 741         {
 742           if (map.getTo() != null && !nseq.contains(map.getTo()))
 743           {
 744             nseq.addElement(map.getTo());
 745           }
 746         }
 747       }
 748     }
 749     if (nseq.size() > 0)
 750     {
 751       sequencesArray = new SequenceI[nseq.size()];
 752       nseq.toArray(sequencesArray);
 753     }
 754     return sequencesArray;
 755   }
 756 }