src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.ext.ensembl.EnsemblGene;
  24 import jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource;
  25 import jalview.ws.dbsources.EmblSource;
  26 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  27 import jalview.ws.dbsources.PfamFull;
  28 import jalview.ws.dbsources.PfamSeed;
  29 import jalview.ws.dbsources.RfamSeed;
  30 import jalview.ws.dbsources.TDBeacons;
  31 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
  32 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  34
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.Collections;
  37 import java.util.List;
  38
  39 /**
  40  * This implements the run-time discovery of sequence database clients.
  41  *
  42  */
  43 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher
  44 {
  45   /**
  46    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable
  47    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and
  48    * queried for their DbRefSource and version association.
  49    *
  50    */
  51   public SequenceFetcher()
  52   {
  53     addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class);
  54     // addDBRefSourceImpl(EnsemblGenomes.class);
  55     addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
  56     addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
  57     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class);
  58     // not a sequence source yet
  59     // addDBRefSourceImpl(TDBeacons.class);
  60     addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
  61     addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
  62     addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
  63     addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
  64   }
  65
  66   /**
  67    * return an ordered list of database sources excluding alignment only
  68    * databases
  69    */
  70   public String[] getNonAlignmentSources()
  71   {
  72     String[] srcs = this.getSupportedDb();
  73     List<String> src = new ArrayList<>();
  74
  75     for (int i = 0; i < srcs.length; i++)
  76     {
  77       boolean accept = true;
  78       for (DbSourceProxy dbs : getSourceProxy(srcs[i]))
  79       {
  80         // Skip the alignment databases for the moment - they're not useful for
  81         // verifying a single sequence against its reference source
  82         if (dbs.isAlignmentSource())
  83         {
  84           accept = false;
  85           break;
  86         }
  87       }
  88       if (accept)
  89       {
  90         src.add(srcs[i]);
  91       }
  92     }
  93
  94     Collections.sort(src, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
  95     return src.toArray(new String[src.size()]);
  96   }
  97 }