src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import com.stevesoft.pat.Regex;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27
  28 public class EmblCdsSource extends /*EmblXmlSource */ EmblFlatfileSource
  29 {
  30
  31   public EmblCdsSource()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public String getDbSource()
  38   {
  39     return DBRefSource.EMBLCDS;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  44   {
  45     if (queries.indexOf(".") > -1)
  46     {
  47       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  48     }
  49     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  50   }
  51
  52   /**
  53    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  54    */
  55   @Override
  56   public String getTestQuery()
  57   {
  58     return "CAA37824";
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public String getDbName()
  63   {
  64     return "EMBL (CDS)";
  65   }
  66
  67 }