src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 public class EmblCdsSource extends EmblFlatfileSource // was EmblXmlSource
  27 {
  28
  29   public EmblCdsSource()
  30   {
  31     super();
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public String getDbSource()
  36   {
  37     return DBRefSource.EMBLCDS;
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  42   {
  43     if (queries.indexOf(".") > -1)
  44     {
  45       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  46     }
  47     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  48   }
  49
  50   /**
  51    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  52    */
  53   @Override
  54   public String getTestQuery()
  55   {
  56     return "CAA37824";
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getDbName()
  61   {
  62     return "EMBL (CDS)";
  63   }
  64
  65 }