src/jalview/ws/dbsources/EmblFlatfileSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5
   6 import com.stevesoft.pat.Regex;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.io.DataSourceType;
  13 import jalview.io.EmblFlatFile;
  14 import jalview.io.FileParse;
  15 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  16
  17 /**
  18  * A class that does partial parsing of an EMBL flatfile.
  19  *
  20  * @author gmcarstairs
  21  *
  22  */
  23 public abstract class EmblFlatfileSource extends EbiFileRetrievedProxy
  24 {
  25   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  26
  27   @Override
  28   public String getDbVersion()
  29   {
  30     return "0";
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public String getAccessionSeparator()
  35   {
  36     return null;
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public Regex getAccessionValidator()
  41   {
  42     return ACCESSION_REGEX;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public boolean isValidReference(String accession)
  47   {
  48     if (accession == null || accession.length() < 2)
  49     {
  50       return false;
  51     }
  52     return getAccessionValidator().search(accession);
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  57   {
  58     return null;
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public int getTier()
  63   {
  64     return 0;
  65   }
  66
  67   protected AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query)
  68           throws Exception
  69   {
  70     startQuery();
  71     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();
  72     File reply;
  73     try
  74     {
  75       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(
  76               dbName.toLowerCase() + ":" + query.trim(), null, "txt");
  77     } catch (Exception e)
  78     {
  79       stopQuery();
  80       throw new Exception(
  81               String.format("EBI EMBL XML retrieval failed for %s:%s",
  82                       dbName.toLowerCase(), query.trim()),
  83               e);
  84     }
  85     return getEmblSequenceRecords(dbName, query, reply);
  86   }
  87
  88   private AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query,
  89           File reply) throws IOException
  90   {
  91     AlignmentI al = null;
  92
  93     if (reply != null && reply.exists())
  94     {
  95       file = reply.getAbsolutePath();
  96       FileParse fp = new FileParse(file, DataSourceType.FILE);
  97       EmblFlatFile emblParser = new EmblFlatFile(fp, getDbSource());
  98       emblParser.parse();
  99       SequenceI[] seqs = emblParser.getSeqsAsArray();
 100       if (seqs.length > 0)
 101       {
 102         al = new Alignment(seqs);
 103       }
 104
 105       if (al == null)
 106       {
 107         Cache.log.error(
 108                 "No record found for '" + dbName + ":" + query + "'");
 109       }
 110     }
 111
 112     stopQuery();
 113     return al;
 114   }
 115 }