src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 /**
  27  * @author JimP
  28  *
  29  */
  30 public class EmblSource extends /* EmblXmlSource */ EmblFlatfileSource
  31 {
  32
  33   public EmblSource()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   /*
  39    * (non-Javadoc)
  40    *
  41    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  42    */
  43   @Override
  44   public String getDbSource()
  45   {
  46     return DBRefSource.EMBL;
  47   }
  48
  49   /*
  50    * (non-Javadoc)
  51    *
  52    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  53    */
  54   @Override
  55   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  56   {
  57     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  58   }
  59
  60   /**
  61    * return LHD_CHICK coding gene
  62    */
  63   @Override
  64   public String getTestQuery()
  65   {
  66     return "X53828";
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public String getDbName()
  71   {
  72     return "EMBL"; // getDbSource();
  73   }
  74 }