src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import jalview.datamodel.Alignment;
  22 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Vector;
  30
  31 import MCview.PDBChain;
  32 import MCview.PDBfile;
  33
  34 import com.stevesoft.pat.Regex;
  35
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.io.FormatAdapter;
  38 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  39 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  40
  41 /**
  42  * @author JimP
  43  *
  44  */
  45 public class Pdb extends EbiFileRetrievedProxy implements DbSourceProxy
  46 {
  47   public Pdb()
  48   {
  49     super();
  50     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);
  51   }
  52
  53   /*
  54    * (non-Javadoc)
  55    *
  56    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  57    */
  58   public String getAccessionSeparator()
  59   {
  60     // TODO Auto-generated method stub
  61     return null;
  62   }
  63
  64   /*
  65    * (non-Javadoc)
  66    *
  67    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  68    */
  69   public Regex getAccessionValidator()
  70   {
  71     return new Regex("([1-9][0-9A-Za-z]{3}):?([ _A-Za-z0-9]?)");
  72   }
  73
  74   /*
  75    * (non-Javadoc)
  76    *
  77    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  78    */
  79   public String getDbSource()
  80   {
  81     return DBRefSource.PDB;
  82   }
  83
  84   /*
  85    * (non-Javadoc)
  86    *
  87    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  88    */
  89   public String getDbVersion()
  90   {
  91     return "0";
  92   }
  93
  94   /*
  95    * (non-Javadoc)
  96    *
  97    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  98    */
  99   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 100   {
 101     AlignmentI pdbfile = null;
 102     Vector result = new Vector();
 103     String chain = null;
 104     String id = null;
 105     if (queries.indexOf(":") > -1)
 106     {
 107       chain = queries.substring(queries.indexOf(":") + 1);
 108       id = queries.substring(0, queries.indexOf(":"));
 109     }
 110     else
 111     {
 112       id = queries;
 113     }
 114     if (queries.length() > 4 && chain == null)
 115     {
 116       chain = queries.substring(4, 5);
 117       id = queries.substring(0, 4);
 118     }
 119     if (!isValidReference(id))
 120     {
 121       System.err.println("Ignoring invalid pdb query: '" + id + "'");
 122       stopQuery();
 123       return null;
 124     }
 125     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 126     file = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw").getAbsolutePath();
 127     stopQuery();
 128     if (file == null)
 129     {
 130       return null;
 131     }
 132     try
 133     {
 134
 135       pdbfile = new FormatAdapter().readFile(file,
 136               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, "PDB");
 137       if (pdbfile != null)
 138       {
 139         List<SequenceI> toremove=new ArrayList<SequenceI>();
 140         for (SequenceI pdbcs : pdbfile.getSequences())
 141         {
 142           String chid = null;
 143           // Mapping map=null;
 144           for (PDBEntry pid : (Vector<PDBEntry>) pdbcs.getPDBId())
 145           {
 146             if (pid.getFile() == file)
 147             {
 148               chid = (String) pid.getProperty().get("CHAIN");
 149
 150             }
 151             ;
 152
 153           }
 154           if (chain == null
 155                   || (chid != null && (chid.equals(chain)
 156                           || chid.trim().equals(chain.trim()) || (chain
 157                           .trim().length() == 0 && chid.equals("_")))))
 158           {
 159             pdbcs.setName(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB + "|" + id
 160                     + "|" + pdbcs.getName());
 161             // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 162             // like below
 163             /*
 164              * PDBEntry entry = new PDBEntry(); // Construct the PDBEntry
 165              * entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 166              * entry.setProperty(new Hashtable());
 167              * entry.getProperty().put("chains", pdbchain.id + "=" +
 168              * sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 169              * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 170              */
 171             // Add PDB DB Refs
 172             // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from
 173             // a
 174             // verifiable source
 175             // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 176             // information
 177             DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(getDbSource(),
 178                     getDbVersion(), (chid == null ? id : id + chid));
 179             // dbentry.setMap()
 180             pdbcs.addDBRef(dbentry);
 181           }
 182           else
 183           {
 184             // mark this sequence to be removed from the alignment
 185             // - since it's not from the right chain
 186             toremove.add(pdbcs);
 187           }
 188         }
 189         // now remove marked sequences
 190         for (SequenceI pdbcs:toremove) {
 191           pdbfile.deleteSequence(pdbcs);
 192         }
 193       }
 194
 195       if (pdbfile == null || pdbfile.getHeight() < 1)
 196       {
 197         throw new Exception("No PDB Records for " + id + " chain "
 198                 + ((chain == null) ? "' '" : chain));
 199       }
 200
 201     } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 202     {
 203       stopQuery();
 204       throw (ex);
 205     }
 206     return pdbfile;
 207   }
 208
 209   /*
 210    * (non-Javadoc)
 211    *
 212    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 213    */
 214   public boolean isValidReference(String accession)
 215   {
 216     Regex r = getAccessionValidator();
 217     return r.search(accession.trim());
 218   }
 219
 220   /**
 221    * obtain human glyoxalase chain A sequence
 222    */
 223   public String getTestQuery()
 224   {
 225     return "1QIPA";
 226   }
 227
 228   public String getDbName()
 229   {
 230     return "PDB"; // getDbSource();
 231   }
 232
 233   @Override
 234   public int getTier()
 235   {
 236     return 0;
 237   }
 238 }