src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  27  *
  28  * @author JimP
  29  *
  30  */
  31 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy
  32 {
  33   public PfamSeed()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   /*
  39    * (non-Javadoc)
  40    *
  41    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  42    */
  43   protected String getXFAMURL()
  44   {
  45     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  52    */
  53   public String getDbName()
  54   {
  55     return "PFAM (Seed)";
  56   }
  57
  58   public String getDbSource()
  59   {
  60     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  61   }
  62
  63   public String getTestQuery()
  64   {
  65     return "PF03760";
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public int getTier()
  70   {
  71     return 0;
  72   }
  73 }