src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  15  *
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  17  */
  18
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  22
  23 /**
  24  * Flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from RFAM
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  *
  28  */
  29 public class RfamFull extends Rfam implements DbSourceProxy
  30 {
  31   public RfamFull()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getXFAMURL()
  40    */
  41   protected String getXFAMURL()
  42   {
  43     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  44   }
  45
  46   /*
  47    * (non-Javadoc)
  48    *
  49    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  50    */
  51   public String getDbName()
  52   {
  53     return "RFAM (Full)";
  54   }
  55
  56   public String getDbSource()
  57   {
  58     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  59   }
  60
  61   public String getTestQuery()
  62   {
  63     // Can be retrieved from http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  64     // or
  65     // http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=RF00014
  66     return "RF00014";
  67   }
  68
  69   public String getDbVersion()
  70   {
  71     return null;
  72   }
  73
  74 }